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consensusID : consensus_1#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 44 consensus length = 1553 fasta sequence
[TTGTCACTCGTAAAATATCTGCAGTATCTAAAAAAATGACAAGGTGGTTGTTCATGGTGGCATGCCTCGGCATAGCTTGTCAAGGCGCCATTGTTCGAGAAAATTCTCCAAGAAACTTGGAAAAATCATTGAACGTAATTCACGAATGGAAGTATTTTGATTATGACTTCGGTAGCGAAGAAAGAAGACAAGCTGCGATTCAATCTGGCGAATATGACCATACGAAAAATTATCCCTTCGACGTCGATCAATGGCGTGATAAGACTTTTGTCACCATACTAAGATACGATGGTGTTCCTTCTACTTTGAACGTGATATCTGGTAAAACTGGTAAGGGTGGACGACTTTTAAAACCATATCCTGATTGGTCGTTTGCAGAGTTTAAAGATTGCTCTAAAATTGTGAGCGCTTTCAAAATTGCGATTGACAAATTCGACAGATTGTGGGTTTTGGATTCAGGTCTTGTCAATAGAACTGTACCTGTATGTGCTCCAAAGTTGCACGTCTTTGATCTGAAAACCTCAAATCACCTTAAGCAAATCGAGATACCGCATGATATTGCCGTGAATGCCACCACAGGAAAGGGAGGGCTAGTGTCTTTGGCTGTTCAAGCTATAGATCTTGCAAATACTTTAGTGTACATGGCAGACCATAAAGGTGATGCTTTAATCGTCTACCAAAATGCCGATGATTCCTTCCATCGATTGACTTCCAACACTTTCGACTACGATCCCAGATATGCCAAAATGACGATCGATGGAGAAAGTTTCACACTGAAAAATGGAATTTGTGGAATGGCTCTTAGTCCCGTGACGAACAATCTTTATTACAGTCCTCTCGCTTCTCACGGTTTGTATTATGTTAACACGGCACCATTTATGAAATCACAATTTGGAGAAAATAACGTCCAATACCAAGGATCCGAAGATATTTTGAACACGCAATCATTGGCTAAAGCAGTATCGAAAAATGGCGTCCTCTTCGTCGGACTTGTAGGTAATTCAGCTGTTGGCTGCTGGAACGAGCATCAATCACTTCAGAGACAAAATTTAGAAATGGTCGCTCAAAATGACAGAACACTTCAAATGATCGCAGGTATGAAAATTAAGGAAGAGCTTCCACATTTCGTAGGAAGCAACAAACCTGTAAAGGATGAATATATGTTAGTTTTAAGTAACAGAATGCAGAAAATAGTAAATGATGATTTTAATTTCGACGATGTAAACTTCCGAATTTTGGGTGCAAATGTAAAGGAATTAATAAGAAATACTCATTGCGTAAATAACAATCAGAATGATAACATTCAAAATACTAACAATCAGAATGATAACAATCAGAAGAATAACAAGAAAAATGCTAACAATCAAAAGAATAACAATCAGAATGATAATTAAGTTGGTCGTTTTTCAAAATTGCATTAAAATCAATTAATTATGATGTAAACTAAATATCTTTTGAAATATTTTCTCAATATAAACCAAATATTTTGTAAAAATCTTTTTAAATTATATTATAAATGAATAAAATATTGTTTTTTGCATAAAAAAAAAAAA]
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consensusID : consensus_1#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 10 consensus length = 1398 fasta sequence
[ATAAAAAAATGACAAGGTGGTTGTTTATGGTGGCATGCCTTGGCATAGCTTGTCAAGGCGCCATTCTTCGAGAAAATTCTGCAAGAAACTTGAAAAATTCGTTGAAAGTAATGCACGAATGGAAATATATAGATTATGATTTCGGTAGCGAAGAAAAAAGACAAGCTGCGATTCAATCTGACGAATATGACCATACGAAAAATTATCCATTCGACGTCGATCAATGGCGTGATAAGACTTTTGTCACCGTACTAAGATACGATGGTGTGCCTTCTTCTTTGAACGTGATATCCGAGAAAACTGGCAACGGTGGACGACTTCTACAACCGTATCCTGATTGGTCGTGGACGAAGTATAAAGATTGCTCTGGAATCGTGAGCGCTTACAGTATTGCGATCGACAAGTTCGACAGATTGTGGGTTTTGGACTCAGGTCTTGTCAATAATACTCAACCCATGTGTTTCCCAAAATTGCTTNNNTTTGATCTAAATAGCTCACAATTGATCAAGCAAGTAGACATACCGCATGAAATTGCCGTAAATACCACCACAGAACAGGGAAGATTAAAATCTTTAGCTGTTCAAGCTATAAGTTCTGTGAATACTCTGGTGTATATAGCAGATAACAAAGGTGATGGTTTAATCGTCTACCAAAATTCCGACGATTCCTTCCATCGATTGACTTCCAACACTTTCAATTACGATCCCAGATATACCAAAATGACGGTTGAAGGTGAAAGTTTCACTGTGCAAGATGGAATTTATGGAATGGCACTTAGTCCCATGACAAACAATCTTTATTACAGTCCTCTCGCTTCTCGCGATTTGTATTATGTTAACACAAAACCATTCATAAAATCAGAATATGGAGAAAATAAAGTCCAATATAATGGAGTCCAAGATGTTTTCAACACTCAAACAACCGCTAAAGCAGTATCGAAAAATGGCATCCTTTTCTTCGGTCTCGTGAATAATACAGCTGTTGGTTGCTGGAACGAGCATCAAACACTTCAGAGAGAAAATACCGATATGGTCGCCCAAAATGAAGAGACACTTCAAATGATCGTTGGTATGAAAATTAAGCAATTGCTCCCACATATCGTCATTATTGATATAGATAATATAATAAACGATGAATATATGTTAGTTTTAACTAACAGAATGCAAAAGATATTAAACAATGATCTTAATTTCAACGATATTAATTTCCGAATTTTGATTGGAGGTGTGAGCGACTTGTTAGAAAACACTCGTTGCACAAATTTTAATATTCAGAATGATGATAGCGATGAAAATAACGATGACAGCATAAGAATCACAATAGACGCTTCATTTAATTAGCCATTTCTCGATGTATGTAAATCGAATATTCTTCAAAAATTTCTTTATATTATAAATG]
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consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_1#0 TTGTCACTCGTAAAATATCTGCAGTATCTAAAAAAATGACAAGGTGGTTGTTCATGGTGG 60
consensus_1#1 ---------------------------ATAAAAAAATGACAAGGTGGTTGTTTATGGTGG 33
************************ *******
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consensus_1#1 CATGCCTTGGCATAGCTTGTCAAGGCGCCATTCTTCGAGAAAATTCTGCAAGAAACTTGA 93
******* ************************ ************** ***********
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**** ** ***** ***** *********** *** * ******** *************
consensus_1#0 AAAGAAGACAAGCTGCGATTCAATCTGGCGAATATGACCATACGAAAAATTATCCCTTCG 240
consensus_1#1 AAAAAAGACAAGCTGCGATTCAATCTGACGAATATGACCATACGAAAAATTATCCATTCG 213
*** *********************** *************************** ****
consensus_1#0 ACGTCGATCAATGGCGTGATAAGACTTTTGTCACCATACTAAGATACGATGGTGTTCCTT 300
consensus_1#1 ACGTCGATCAATGGCGTGATAAGACTTTTGTCACCGTACTAAGATACGATGGTGTGCCTT 273
*********************************** ******************* ****
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** **************** * ******** ** ************ ** **** ****
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************ * *** ************* *** ********** ** ****
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**** ***** *********************** **************** *** **
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* * *** ***** **** ******** ** * **** * * ******
consensus_1#0 TCGAGATACCGCATGATATTGCCGTGAATGCCACCACAGGAAAGGGAGGGCTAGTGTCTT 600
consensus_1#1 TAGACATACCGCATGAAATTGCCGTAAATACCACCACAGAACAGGGAAGATTAAAATCTT 573
* ** *********** ******** *** ********* * ***** * ** ****
consensus_1#0 TGGCTGTTCAAGCTATAGATCTTGCAAATACTTTAGTGTACATGGCAGACCATAAAGGTG 660
consensus_1#1 TAGCTGTTCAAGCTATAAGTTCTGTGAATACTCTGGTGTATATAGCAGATAACAAAGGTG 633
* *************** * ** ****** * ***** ** ***** * *******
consensus_1#0 ATGCTTTAATCGTCTACCAAAATGCCGATGATTCCTTCCATCGATTGACTTCCAACACTT 720
consensus_1#1 ATGGTTTAATCGTCTACCAAAATTCCGACGATTCCTTCCATCGATTGACTTCCAACACTT 693
*** ******************* **** *******************************
consensus_1#0 TCGACTACGATCCCAGATATGCCAAAATGACGATCGATGGAGAAAGTTTCACACTGAAAA 780
consensus_1#1 TCAATTACGATCCCAGATATACCAAAATGACGGTTGAAGGTGAAAGTTTCACTGTGCAAG 753
** * *************** *********** * ** ** *********** ** **
consensus_1#0 ATGGAATTTGTGGAATGGCTCTTAGTCCCGTGACGAACAATCTTTATTACAGTCCTCTCG 840
consensus_1#1 ATGGAATTTATGGAATGGCACTTAGTCCCATGACAAACAATCTTTATTACAGTCCTCTCG 813
********* ********* ********* **** *************************
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consensus_1#1 CTTCTCGCGATTTGTATTATGTTAACACAAAACCATTCATAAAATCAGAATATGGAGAAA 873
****** ** ****************** ****** ** ****** *** ********
consensus_1#0 ATAACGTCCAATACCAAGGATCCGAAGATATTTTGAACACGCAATCATTGGCTAAAGCAG 960
consensus_1#1 ATAAAGTCCAATATAATGGAGTCCAAGATGTTTTCAACACTCAAACAACCGCTAAAGCAG 933
**** ******** * *** * ***** **** ***** *** ** **********
consensus_1#0 TATCGAAAAATGGCGTCCTCTTCGTCGGACTTGTAGGTAATTCAGCTGTTGGCTGCTGGA 1020
consensus_1#1 TATCGAAAAATGGCATCCTTTTCTTCGGTCTCGTGAATAATACAGCTGTTGGTTGCTGGA 993
************** **** *** **** ** ** **** ********** *******
consensus_1#0 ACGAGCATCAATCACTTCAGAGACAAAATTTAGAAATGGTCGCTCAAAATGACAGAACAC 1080
consensus_1#1 ACGAGCATCAAACACTTCAGAGAGAAAATACCGATATGGTCGCCCAAAATGAAGAGACAC 1053
*********** *********** ***** ** ******** ******** ****
consensus_1#0 TTCAAATGATCGCAGGTATGAAAATTAAGGAAGAGCTTCCACATTTCGTAGGAAGCAACA 1140
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************ *************** ** *** ****** **** * * *
consensus_1#0 AACCTG------TAAAGGATGAATATATGTTAGTTTTAAGTAACAGAATGCAGAAAATAG 1194
consensus_1#1 TAGATAATATAATAAACGATGAATATATGTTAGTTTTAACTAACAGAATGCAAAAGATAT 1173
* * **** ********************** ************ ** ***
consensus_1#0 TAAATGATGATTTTAATTTCGACGATGTAAACTTCCGAATTTTGGGTGCAAATGTAAAGG 1254
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**** ***** ******** ***** * ** ************ ** * *** * *
consensus_1#0 AATTAATAAGAAATACTCATTGCGTAAAT---AACAATCAGAATGATAACATTCAAAATA 1311
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* ** ** *** **** **** **** ** * ********** * **
consensus_1#0 CTAACAATCAGAATGATAACAATCAGAAGAATAACAAGAAAAATGCTAACAATCAAAAGA 1371
consensus_1#1 GCGATGAAAATAACGATGACAG-CATAAGAATCACAATAGA--CGCT--TCATTTAATTA 1339
* * * ** *** *** ** ****** **** * * *** ** ** *
consensus_1#0 ATAACAATCAGAATGATAATTAAGTTGGTCGTTTTTCAAAATTGCATTAAAATCAATTAA 1431
consensus_1#1 GCCATT-TCTCGATG-TATGTAAATCGAATATTCTTCAAAAATTTCTTTATATTA--TAA 1395
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*
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consensus_1#1 ------------------------------------------------------------
consensus_1#0 AA 1553
consensus_1#1 --
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| Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) |