cluster # 1088

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Apis mellifera
cluster # 1088 cluster # 1088 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_1088#0 length = 931 sequences # 2

consensus_1088#1 length = 598 sequences # 1

consensusID : consensus_1088#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 931
fasta sequence

                              [TACAAGAGAAGAATACGTTACGTCACGTTATTTTCAATGCCGTTGCTAGATTAGACAGAGATACTACGCCATGTAACAAGGCTTCCATCGTTAAGTCAACGTTATATCGTAATTGTGTATGTAATATATATACTTCGAATTGTGTAGCAAATATTGGATAAATAACGAAATTTAATATATAATATATAAATATATATAAAATAAATAATAAAATTTTGCAAAATATGGCAAAACAAATAAAAATGGTACTAATAGATCTTAGTGGTACTCTTCATATTGATAATACAGTGATTCCAGGTGCAGTGGAAGCTTTAAACAGGTGGTATTTTTATTTATTAAAATTATTAAATTATTATATTAAATTAGATATTAAAATTATGTCTAATAATAAATAGTATAACATATTTTTATATTACATCGATTCCATTTTATGATTTAAAATTAAATTCACTAATTTTTTTATGTCTATTTATATAATGAATAACAATAAATGAAAATTTAACAAATAAAATATAATTTATTAATGATGTATTATAATGATATATTAATGAAATTTTATTACTTCTATATAGGCTTCGAAATGCTAATATACCATATAAATTTGTCACAAATACAAGTAAAGAATCTAGCAACTTACTATATAATCGATTAACAAAATTAGGTTTTACTGTTAAAAAGGAAGAAATTTTTAGTAGTTTAATTGCAACAAGAAAACTGATCATTTCGAAAAAATTAAATCCAATGTTATTGATTGATCCTCATGCTAATGAAGATTTTGAAGATTTGGTAAAAACAAATGAAACAATGAATGCTGTAGTAATTGGATTGGCACCGGATAAATTTCATTACGAAGAATTGACAAAAGCATTCAGGTGTTATTATTAGATGGTGCATCTCTCATAGCAATTCAAAAAGCTCGATATTATAAAAG]

[+] EMBL BI506921             [TACAAGAGAAGAATACGTTACGTCACGTTATTTTCAATGCCGTTGCTAGATTAGACAGAGATACTACGCCATGTAACAAGGCTTCCATCGTTAAGTCAACGTTATATCGTAATTGTGTATGTAATATATATACTTCGAATTGTGTAGCAAATATTGGATAAATAACGAAATTTAATATATAATATATAAATATATATAAAATAAATAATAAAATTTTGCAAAATATGGCAAAACAAATAAAAATGGTACTAATAGATCTTAGTGGTACTCTTCATATTGATAATACAGTGATTCCAGGTGCAGTGGAAGCTTTAAACAGGTGGTATTTTTATTTATTAAAATTATTAAATTATTATATTAAATTAGATATTAAAATTATGTCTAATAATAAATAGTATAACATATTTTTATATTACATCGATTCCATTTTATGATTTAAAATTAAATTCACTAATTTTTTTATGTCTATTTATATAATGAATAACAATAAATGAAAATTTAACAAATAAAATATAATTTATTAATGAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL BI508253             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TAAATTATTATATTAAATTAGATATTAAAATTATGTCTAATAATAAATAGTATAACATATTTTTATATTACATCGATTCCATTTTATGATTTAAAATTAAATTCACTAATTTTTTTATGTCTATTTATATAATGAATAACAATAAATGAAAATTTAACAAATAAAATATAATTTATTAATGATGTATTATAATGATATATTAATGAAATTTTATTACTTCTATATAGGCTTCGAAATGCTAATATACCATATAAATTTGTCACAAATACAAGTAAAGAATCTAGCAACTTACTATATAATCGATTAACAAAATTAGGTTTTACTGTTAAAAAGGAAGAAATTTTTAGTAGTTTAATTGCAACAAGAAAACTGATCATTTCGAAAAAATTAAATCCAATGTTATTGATTGATCCTCATGCTAATGAAGATTTTGAAGATTTGGTAAAAACAAATGAAACAATGAATGCTGTAGTAATTGGATTGGCACCGGATAAATTTCATTACGAAGAATTGACAAAAGCATTCAGGTGTTATTATTAGATGGTGCATCTCTCATAGCAATTCAAAAAGCTCGATATTATAAAAG]




>consensus_1088#0
TACAAGAGAAGAATACGTTACGTCACGTTATTTTCAATGCCGTTGCTAGATTAGACAGAG
ATACTACGCCATGTAACAAGGCTTCCATCGTTAAGTCAACGTTATATCGTAATTGTGTAT
GTAATATATATACTTCGAATTGTGTAGCAAATATTGGATAAATAACGAAATTTAATATAT
AATATATAAATATATATAAAATAAATAATAAAATTTTGCAAAATATGGCAAAACAAATAA
AAATGGTACTAATAGATCTTAGTGGTACTCTTCATATTGATAATACAGTGATTCCAGGTG
CAGTGGAAGCTTTAAACAGGTGGTATTTTTATTTATTAAAATTATTAAATTATTATATTA
AATTAGATATTAAAATTATGTCTAATAATAAATAGTATAACATATTTTTATATTACATCG
ATTCCATTTTATGATTTAAAATTAAATTCACTAATTTTTTTATGTCTATTTATATAATGA
ATAACAATAAATGAAAATTTAACAAATAAAATATAATTTATTAATGATGTATTATAATGA
TATATTAATGAAATTTTATTACTTCTATATAGGCTTCGAAATGCTAATATACCATATAAA
TTTGTCACAAATACAAGTAAAGAATCTAGCAACTTACTATATAATCGATTAACAAAATTA
GGTTTTACTGTTAAAAAGGAAGAAATTTTTAGTAGTTTAATTGCAACAAGAAAACTGATC
ATTTCGAAAAAATTAAATCCAATGTTATTGATTGATCCTCATGCTAATGAAGATTTTGAA
GATTTGGTAAAAACAAATGAAACAATGAATGCTGTAGTAATTGGATTGGCACCGGATAAA
TTTCATTACGAAGAATTGACAAAAGCATTCAGGTGTTATTATTAGATGGTGCATCTCTCA
TAGCAATTCAAAAAGCTCGATATTATAAAAG

consensusID : consensus_1088#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 598
fasta sequence

                              [TTAGTGGTACTCTTCATATTGATAATACAGTGATTCCAGGTGCAGTGGAAGCTTTAAACAGGCTTCGAAATGCTAATATACCATATAAATTTGTCACAAATACAAGTAAAGAATCTAGCAACTTACTATATAATCGATTAACAAAATTAGGTTTTACTGTTAAAAAGGAAGAAATTTTTAGTAGTTTAATTGCAACAAGAAAACTGATCATTTCGAAAAAATTAAATCCAATGTTATTGATTGATCCTCATGCTAATGAAGATTTTGAAGATTTGGTAAAAACAAATGAAACAATGAATGCTGTAGTAATTGGATTGGCACCGGATAAATTTCATTACGAAGAATTGACAAAAGCATTCAGGTTATTATTAGATGGTGCATCTCTCATAGCAATTCAAAAAGCTCGATATTATAAAAGATCAGATGGTTTAGCTTTAGGACCAGGGGCATTTGTTGCTGGTTTAGAATATTCTGCTAATGTGAAAGCAGAAGTCATTGGAAAACCTACTGCAGAGTTTTTTAAAGCTGCTTTAGGAAACATATCTCCCGAAGAAGCAATTATGATCGGCGATGATGTTAAAGATGATGTAGCTGGTGC]

[+] EMBL BI504616             [TTAGTGGTACTCTTCATATTGATAATACAGTGATTCCAGGTGCAGTGGAAGCTTTAAACAGGCTTCGAAATGCTAATATACCATATAAATTTGTCACAAATACAAGTAAAGAATCTAGCAACTTACTATATAATCGATTAACAAAATTAGGTTTTACTGTTAAAAAGGAAGAAATTTTTAGTAGTTTAATTGCAACAAGAAAACTGATCATTTCGAAAAAATTAAATCCAATGTTATTGATTGATCCTCATGCTAATGAAGATTTTGAAGATTTGGTAAAAACAAATGAAACAATGAATGCTGTAGTAATTGGATTGGCACCGGATAAATTTCATTACGAAGAATTGACAAAAGCATTCAGGTTATTATTAGATGGTGCATCTCTCATAGCAATTCAAAAAGCTCGATATTATAAAAGATCAGATGGTTTAGCTTTAGGACCAGGGGCATTTGTTGCTGGTTTAGAATATTCTGCTAATGTGAAAGCAGAAGTCATTGGAAAACCTACTGCAGAGTTTTTTAAAGCTGCTTTAGGAAACATATCTCCCGAAGAAGCAATTATGATCGGCGATGATGTTAAAGATGATGTAGCTGGTGC]




>consensus_1088#1
TTAGTGGTACTCTTCATATTGATAATACAGTGATTCCAGGTGCAGTGGAAGCTTTAAACA
GGCTTCGAAATGCTAATATACCATATAAATTTGTCACAAATACAAGTAAAGAATCTAGCA
ACTTACTATATAATCGATTAACAAAATTAGGTTTTACTGTTAAAAAGGAAGAAATTTTTA
GTAGTTTAATTGCAACAAGAAAACTGATCATTTCGAAAAAATTAAATCCAATGTTATTGA
TTGATCCTCATGCTAATGAAGATTTTGAAGATTTGGTAAAAACAAATGAAACAATGAATG
CTGTAGTAATTGGATTGGCACCGGATAAATTTCATTACGAAGAATTGACAAAAGCATTCA
GGTTATTATTAGATGGTGCATCTCTCATAGCAATTCAAAAAGCTCGATATTATAAAAGAT
CAGATGGTTTAGCTTTAGGACCAGGGGCATTTGTTGCTGGTTTAGAATATTCTGCTAATG
TGAAAGCAGAAGTCATTGGAAAACCTACTGCAGAGTTTTTTAAAGCTGCTTTAGGAAACA
TATCTCCCGAAGAAGCAATTATGATCGGCGATGATGTTAAAGATGATGTAGCTGGTGC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1088#0      TACAAGAGAAGAATACGTTACGTCACGTTATTTTCAATGCCGTTGCTAGATTAGACAGAG 60
consensus_1088#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1088#0      ATACTACGCCATGTAACAAGGCTTCCATCGTTAAGTCAACGTTATATCGTAATTGTGTAT 120
consensus_1088#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1088#0      GTAATATATATACTTCGAATTGTGTAGCAAATATTGGATAAATAACGAAATTTAATATAT 180
consensus_1088#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1088#0      AATATATAAATATATATAAAATAAATAATAAAATTTTGCAAAATATGGCAAAACAAATAA 240
consensus_1088#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1088#0      AAATGGTACTAATAGATCTTAGTGGTACTCTTCATATTGATAATACAGTGATTCCAGGTG 300
consensus_1088#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1088#0      CAGTGGAAGCTTTAAACAGGTGGTATTTTTATTTATTAAAATTATTAAATTATTATATTA 360
consensus_1088#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1088#0      AATTAGATATTAAAATTATGTCTAATAATAAATAGTATAACATATTTTTATATTACATCG 420
consensus_1088#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1088#0      ATTCCATTTTATGATTTAAAATTAAATTCACTAATTTTTTTATGTCTATTTATATAATGA 480
consensus_1088#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1088#0      ATAACAATAAATGAAAATTTAACAAATAAAATATAATTTATTAATGATGTATTATAATGA 540
consensus_1088#1      ----------------------TTAGTGGTACTCTTCATATTGATAATACAGTGATTCCA 38
                                              * *   *       **** ** **  * *      *

consensus_1088#0      TATATTAATGAAATTTTATTACTTCTATATAGGCTTCGAAATGCTAATATACCATATAAA 600
consensus_1088#1      GGTGC-AGTGGAAGCTT--------TAAACAGGCTTCGAAATGCTAATATACCATATAAA 89
                        *   * ** **  **        ** * ******************************

consensus_1088#0      TTTGTCACAAATACAAGTAAAGAATCTAGCAACTTACTATATAATCGATTAACAAAATTA 660
consensus_1088#1      TTTGTCACAAATACAAGTAAAGAATCTAGCAACTTACTATATAATCGATTAACAAAATTA 149
                      ************************************************************

consensus_1088#0      GGTTTTACTGTTAAAAAGGAAGAAATTTTTAGTAGTTTAATTGCAACAAGAAAACTGATC 720
consensus_1088#1      GGTTTTACTGTTAAAAAGGAAGAAATTTTTAGTAGTTTAATTGCAACAAGAAAACTGATC 209
                      ************************************************************

consensus_1088#0      ATTTCGAAAAAATTAAATCCAATGTTATTGATTGATCCTCATGCTAATGAAGATTTTGAA 780
consensus_1088#1      ATTTCGAAAAAATTAAATCCAATGTTATTGATTGATCCTCATGCTAATGAAGATTTTGAA 269
                      ************************************************************

consensus_1088#0      GATTTGGTAAAAACAAATGAAACAATGAATGCTGTAGTAATTGGATTGGCACCGGATAAA 840
consensus_1088#1      GATTTGGTAAAAACAAATGAAACAATGAATGCTGTAGTAATTGGATTGGCACCGGATAAA 329
                      ************************************************************

consensus_1088#0      TTTCATTACGAAGAATTGACAAAAGCATTCAGGTGTTATTATTAGATGGTGCATCTCTCA 900
consensus_1088#1      TTTCATTACGAAGAATTGACAAAAGCATTCAGG--TTATTATTAGATGGTGCATCTCTCA 387
                      *********************************  *************************

consensus_1088#0      TAGCAATTCAAAAAGCTCGATATTATAAAAG----------------------------- 931
consensus_1088#1      TAGCAATTCAAAAAGCTCGATATTATAAAAGATCAGATGGTTTAGCTTTAGGACCAGGGG 447
                      *******************************                             

consensus_1088#0      ------------------------------------------------------------
consensus_1088#1      CATTTGTTGCTGGTTTAGAATATTCTGCTAATGTGAAAGCAGAAGTCATTGGAAAACCTA 507
                                                                                  

consensus_1088#0      ------------------------------------------------------------
consensus_1088#1      CTGCAGAGTTTTTTAAAGCTGCTTTAGGAAACATATCTCCCGAAGAAGCAATTATGATCG 567
                                                                                  

consensus_1088#0      -------------------------------
consensus_1088#1      GCGATGATGTTAAAGATGATGTAGCTGGTGC 598

Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr)