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Apis mellifera
cluster # 111 cluster # 111       Sequences # 7       consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_111#0 length = 577 sequences # 5  
 consensus_111#1 length = 436 sequences # 2  
consensusID : consensus_111#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 577
fasta sequence 
                              [TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTCGTTAAATTATTAATGTCTCTTTTAATTTATATTTTTAATATTATACGTGTATACGCATCTCTGTATGTATTACGTGTACGTTAAAGAGAGAGATTATCAGAGTATTACGCGCTATATATAATTGAAATAAATATGTGTATATATATTTATATTATGTATAATATGGCTATGCCGTGAATGGCTCGTCGGCTGCGCTTGCAACGACTCGATCATTGTAAGACACTGTACAAAAATACCGCTTATAATAATTAGTAATAATAACAACGCAGCCGGCGAGACTAAAACTTACGGCCATCAGAGATATGTCTCGACATGGTTCTTTGGGTGCCTTCAACGCGAATATGCGCAAGTGACTAACCCATTTCATCGTTCTACGATCACCTAAAAAGGATATGTTTCACTACACTGAGTCAGGAGTCCCGGTGTTCTTTATCACTAGTGCTAGTATCAATATATAGAAATTAATACAATTAA-GAAGAAATTTATAATTGTAAAAATATCAATGTATCAGATTAATTATATCAAATTTTTTTTTTAAATTTAATA]

[-] EMBL BI508886             [TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTCGTTAAATTATTAATGTCTCTTTTAATTTATATTTTTAATATTATACGTGTATACGCATCTCTGTATGTATTACGTGTACGTTAAAGAGAGAGATTATCAGAGTATTACGCGCTATATATAATTGAAATAAATATGTGTATATATATTTATATTATGTATAATATGGCTATGCCGTGAATGGCTCGTCGGCTGCGCTTGCAACGACTCGATCATTGTAAGAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL BI514646             [                               GTTAAATTATTAATGTCTCTTTTAATTTATATTTTTAATATTATACGTGTATACGCATCTCTGTATGTATTACGTGTACGTTAAAGAGAGAGATTATCAGAGTATTACGCGCTATATATAATTGAAATAAATATGTGTATATATATTTATATTATGTATAATATGGCTATGCCGTGAATGGCTCGTCGGCTGCGCTTGCAACGACTCGATCATTGTAAGACACTGTACAAAAATACCGCTTATAATAATTAGTAATAATAACAACGCAGCCGGCGAGACTAAAACTTACGGCCATCAGAGATATGTCTCGACATGGTTCTTTGGGTGCCTTCAACGCGAATATGCGCAAGTGACTAACCCATTTCATCGTTCTACGATCACCTAAAAAGGATATGTTTCACTACACTGAGTCAGGAGTCCCGGTGTTCTTTATCACTAGTACTAGTATCAATATATAGAAATTAATACAATTAATTCTGAAATTTATAATTGTCAAATTATCAATGTATCAGATTAATTATATCAAATTTTTTTTTTAAATTTAATA]
[+] EMBL BI502776             [                                                                TTTAATATTATACGTGTATACGCATCTCTGTATGTATTACGTGTACGTTAAAGAGAGAGATTATCAGAGTATTACGCGCTATATATAATTGAAATAAATATGTGTATATATATTTATATTATGTATAATATGGCTATGCCGTGAATGGCTCGTCGGCTGCGCTTGCAACGACTCGATCATTGTAAGACACTGTACAAAAATACCGCTTATAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL BI508627             [                                                                      ATTATACGTGTATACGCATCTCTGTATGTATTACGTGTACGTTAAAGAGAGAGATTATCAGAGTATTACGCGCTATATATAATTGAAATAAATATGTGTATATATATTTATATTATGTATAATATGGCTATGCCGTGAATGGCTCGTCGGCTGCGCTTGCAACGACTCGATCATTGTAAGACACTGTACAAAAATACCGCTTATAATAATTAGTAATAATAACAACGCAGCCGGCGAGACTAAAACTTACGGCCATCAGAGATATGTCTCGACATGGTTCTTTGGGTGCCTTCAACGCGAATATGCGCAAGTGACTAACCCATTTCATCGTTCTACGATCACCTAAAAAAAA                                                                                                                                                            ]
[-] EMBL BI513677             [                                                                                               ATGTATTACGTGTACGTTAAAGAGAGAGATTATCAGAGTATTACGCGCTATATATAATTGAAATAAATATGTGTATATATATTTATATTATGTATAATATGGCTATGCCGTGAATGGCTCGTCGGCTGCGCTTGCAACGACTCGATCATTGTAAGACACTGTACAAAAATACCGCTTATAATAATTAGTAATAATAACAACGCAGCCGGCGAGACTAAAACTTACGGCCATCAGAGATATGTCTCGACATGGTTCTTTGGGTGCCTTCAACGCGAATATGCGCAAGTGACTAACCCATTTCATCGTTCTACGATCACCTAAAAAGGATATGTTTCACTACACTGAGTCAGGAGTCCCGGTGTTCTTTATCACTAGTGCTAGTATCAATATATAGAAATTAATACAATTAA GAAGAAATTTATAATTATAATCA                                                 ]




>consensus_111#0
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTCGTTAAATTATTAATGTCTCTTTTAATTTA
TATTTTTAATATTATACGTGTATACGCATCTCTGTATGTATTACGTGTACGTTAAAGAGA
GAGATTATCAGAGTATTACGCGCTATATATAATTGAAATAAATATGTGTATATATATTTA
TATTATGTATAATATGGCTATGCCGTGAATGGCTCGTCGGCTGCGCTTGCAACGACTCGA
TCATTGTAAGACACTGTACAAAAATACCGCTTATAATAATTAGTAATAATAACAACGCAG
CCGGCGAGACTAAAACTTACGGCCATCAGAGATATGTCTCGACATGGTTCTTTGGGTGCC
TTCAACGCGAATATGCGCAAGTGACTAACCCATTTCATCGTTCTACGATCACCTAAAAAG
GATATGTTTCACTACACTGAGTCAGGAGTCCCGGTGTTCTTTATCACTAGTGCTAGTATC
AATATATAGAAATTAATACAATTAAGAAGAAATTTATAATTGTAAAAATATCAATGTATC
AGATTAATTATATCAAATTTTTTTTTTAAATTTAATA

consensusID : consensus_111#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 436
fasta sequence 
                              [GTAATAATAACAACGCAGCCGGCGAGACTAAAACTTACGGCCATCAGAGATATGTCTCGACATGGTTCTTTGGGTGCCTTCAACGCGAATATGCGCAAGTGACTAACCCATTTCATCGTTCTACGATNNNCTAAAAAGGATATGTTTCACTACACTGAGTCAGGAGTCCCGGTGTTCTTTATCACTAGTGCTAGTATCAATATATAGAAATTAATACAATTAAGAAGAAATTTATAATTATAATCATATGTCAAATTATCAAATATTATATATTAAATTATCAATATATCAGATTAATTATATCAAATTTTTTTTTTTTAATTTAATAAATAAATATATACTATTGTCGATAAATAAAATGAAATAGAAAATTAAGAATGTATTGCTATAATTAACATCATAACAAATACGTTTGTTTATTTTTCTACTTTTTCCC]

[-] EMBL BI516053             [GTAATAATAACAACGCAGCCGGCGAGACTAAAACTTACGGCCATCAGAGATATGTCTCGACATGGTTCTTTGGGTGCCTTCAACGCGAATATGCGCAAGTGACTAACCCATTTCATCGTTCTACGATCACCTAAAAAGGATATGTTTCACTACACTGAGTCAGGAGTCCCGGTGTTCTTTATCACTAGTGCTAGTATCAATATATAGAAATTAATACAATTAAGAAGAAATTTATAATTATAATCATATGTCAAATTATCAAATATTATATATTAAATTATCAATATATCAGATTAATTATATCAAATTTTTTTTTTTTAATTTAATAAATAAATATATACTATTGTCGATAAATAAAATGAAATAGAAAATTAAGAATGTATTGCTATAATTAACATCATAACAAATACGTTTGTTTATTTTTCTACTTTTTCCC]
[-] EMBL BI516150             [                                                         CGACATGGTTCTTTGGGTGCCTTCAACGCGAATATGCGCAAGTGACTAACCCATTTCATCGTTCTACGATNNNCTAAAAAGGATATGTTTCACTACACTGAGTCAGGAGTCCCGGTGTTCTTTATCACTAGTGCTAGTATCAATATATAGAAATTAATACAATTAAGAAGAAATTTATAATTATAATCATATGTCAAATTATCAAATATTATATATTAAATTATCAATATATCAGATTAATTATATCAAATTTTTTTTTTTTAATTTAATAAATAAATATATACTATTGTCGATAAATAAAATGAAATAGAAAATTAAGAATGTATTGCTATAATTAACATCATAACAAATACGTTTGTTTATTTTTCTACTTTTTCCC]




>consensus_111#1
GTAATAATAACAACGCAGCCGGCGAGACTAAAACTTACGGCCATCAGAGATATGTCTCGA
CATGGTTCTTTGGGTGCCTTCAACGCGAATATGCGCAAGTGACTAACCCATTTCATCGTT
CTACGATNNNCTAAAAAGGATATGTTTCACTACACTGAGTCAGGAGTCCCGGTGTTCTTT
ATCACTAGTGCTAGTATCAATATATAGAAATTAATACAATTAAGAAGAAATTTATAATTA
TAATCATATGTCAAATTATCAAATATTATATATTAAATTATCAATATATCAGATTAATTA
TATCAAATTTTTTTTTTTTAATTTAATAAATAAATATATACTATTGTCGATAAATAAAAT
GAAATAGAAAATTAAGAATGTATTGCTATAATTAACATCATAACAAATACGTTTGTTTAT
TTTTCTACTTTTTCCC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_111#0      TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTCGTTAAATTATTAATGTCTCTTTTAATTTA 60
consensus_111#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_111#0      TATTTTTAATATTATACGTGTATACGCATCTCTGTATGTATTACGTGTACGTTAAAGAGA 120
consensus_111#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_111#0      GAGATTATCAGAGTATTACGCGCTATATATAATTGAAATAAATATGTGTATATATATTTA 180
consensus_111#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_111#0      TATTATGTATAATATGGCTATGCCGTGAATGGCTCGTCGGCTGCGCTTGCAACGACTCGA 240
consensus_111#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_111#0      TCATTGTAAGACACTGTACAAAAATACCGCTTATAATAATTAGTAATAATAACAACGCAG 300
consensus_111#1      ------------------------------------------GTAATAATAACAACGCAG 18
                                                               ******************

consensus_111#0      CCGGCGAGACTAAAACTTACGGCCATCAGAGATATGTCTCGACATGGTTCTTTGGGTGCC 360
consensus_111#1      CCGGCGAGACTAAAACTTACGGCCATCAGAGATATGTCTCGACATGGTTCTTTGGGTGCC 78
                     ************************************************************

consensus_111#0      TTCAACGCGAATATGCGCAAGTGACTAACCCATTTCATCGTTCTACGATCACCTAAAAAG 420
consensus_111#1      TTCAACGCGAATATGCGCAAGTGACTAACCCATTTCATCGTTCTACGATNNNCTAAAAAG 138
                     *************************************************   ********

consensus_111#0      GATATGTTTCACTACACTGAGTCAGGAGTCCCGGTGTTCTTTATCACTAGTGCTAGTATC 480
consensus_111#1      GATATGTTTCACTACACTGAGTCAGGAGTCCCGGTGTTCTTTATCACTAGTGCTAGTATC 198
                     ************************************************************

consensus_111#0      AATATATAGAAATTAATACAATTAAGAAGAAATTTATAATTGTAA--------------- 525
consensus_111#1      AATATATAGAAATTAATACAATTAAGAAGAAATTTATAATTATAATCATATGTCAAATTA 258
                     ***************************************** ***               

consensus_111#0      -----------------AAATATCAATGTATCAGATTAATTATATCAAATTTTTTTTTTA 568
consensus_111#1      TCAAATATTATATATTAAATTATCAATATATCAGATTAATTATATCAAATTTTTTTTTTT 318
                                      ** ******* ******************************* 

consensus_111#0      -AATTTAATA-------------------------------------------------- 577
consensus_111#1      TAATTTAATAAATAAATATATACTATTGTCGATAAATAAAATGAAATAGAAAATTAAGAA 378
                      *********                                                  

consensus_111#0      ----------------------------------------------------------
consensus_111#1      TGTATTGCTATAATTAACATCATAACAAATACGTTTGTTTATTTTTCTACTTTTTCCC 436


Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)