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Apis mellifera
cluster # 1355 cluster # 1355       Sequences # 2       consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_1355#0 length = 595 sequences # 1  
 consensus_1355#1 length = 244 sequences # 1  
consensusID : consensus_1355#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 595
fasta sequence 
                              [GGAAAGTTCAGAGTACGACCAAGTTCAGGAATTTTATTACCTCAAGAACAACGCTCAATTTCAGTTGTTGTACAACAAGAACATAATGTACGTGCTCTTTTACATGTTGATAAATTTTTAGTTATGTGCCTTCCATTAAAAGATCCGAATACATCAGCTCAAGAATTAGCAGTTCTATGGAAGTCTGAAAAACCAGCAGAAGAACATAAATTAAAATGTTGTTATGGTGGAATTATGAATAATGAAGTATTAAAATTAAATTCCATATCTGGAATATCAGAAAATAGTCAAATAGATACACTTTCTCGTAAGATAGCACATTTGAAAGAAAGTAATACAAAGATGCACAGTGAAGTTGTATTTCTAAAGCATTTACTATTACTTTCTATGATAGTTACAATTACAGTGGCCATAATAATTGTTTATATTTTAAAAATTGATATTAAAAATTCTATGGATCAACATTCTAGAATGGATCAAGCTTGTGACATTCACCATGAGATATAGGTTAATGAAATAGTTATTTATTTGATTTATACTTATAAATAATAAAACTTTTAATTGTTACATATTTATGTTCATGCAACGATTACAA]

[+] EMBL BI506942             [GGAAAGTTCAGAGTACGACCAAGTTCAGGAATTTTATTACCTCAAGAACAACGCTCAATTTCAGTTGTTGTACAACAAGAACATAATGTACGTGCTCTTTTACATGTTGATAAATTTTTAGTTATGTGCCTTCCATTAAAAGATCCGAATACATCAGCTCAAGAATTAGCAGTTCTATGGAAGTCTGAAAAACCAGCAGAAGAACATAAATTAAAATGTTGTTATGGTGGAATTATGAATAATGAAGTATTAAAATTAAATTCCATATCTGGAATATCAGAAAATAGTCAAATAGATACACTTTCTCGTAAGATAGCACATTTGAAAGAAAGTAATACAAAGATGCACAGTGAAGTTGTATTTCTAAAGCATTTACTATTACTTTCTATGATAGTTACAATTACAGTGGCCATAATAATTGTTTATATTTTAAAAATTGATATTAAAAATTCTATGGATCAACATTCTAGAATGGATCAAGCTTGTGACATTCACCATGAGATATAGGTTAATGAAATAGTTATTTATTTGATTTATACTTATAAATAATAAAACTTTTAATTGTTACATATTTATGTTCATGCAACGATTACAA]




>consensus_1355#0
GGAAAGTTCAGAGTACGACCAAGTTCAGGAATTTTATTACCTCAAGAACAACGCTCAATT
TCAGTTGTTGTACAACAAGAACATAATGTACGTGCTCTTTTACATGTTGATAAATTTTTA
GTTATGTGCCTTCCATTAAAAGATCCGAATACATCAGCTCAAGAATTAGCAGTTCTATGG
AAGTCTGAAAAACCAGCAGAAGAACATAAATTAAAATGTTGTTATGGTGGAATTATGAAT
AATGAAGTATTAAAATTAAATTCCATATCTGGAATATCAGAAAATAGTCAAATAGATACA
CTTTCTCGTAAGATAGCACATTTGAAAGAAAGTAATACAAAGATGCACAGTGAAGTTGTA
TTTCTAAAGCATTTACTATTACTTTCTATGATAGTTACAATTACAGTGGCCATAATAATT
GTTTATATTTTAAAAATTGATATTAAAAATTCTATGGATCAACATTCTAGAATGGATCAA
GCTTGTGACATTCACCATGAGATATAGGTTAATGAAATAGTTATTTATTTGATTTATACT
TATAAATAATAAAACTTTTAATTGTTACATATTTATGTTCATGCAACGATTACAA

consensusID : consensus_1355#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 244
fasta sequence 
                              [GAATACATCAGCTCAAGAATTAGCAGTTCTATGGAAGGTAAAAAAAAAATCTATGTAAGTTAATTATATGAACATTCATGCATGATTAAACTATAAAATTTTCTTATTCAGTCTGAAAAACCAGCAGAAGAACATAAATTAAAATGTTGTTATGGTGGAATTATGAATAATGNAGTATTAAAATTAAATTCCATATCTGGAATATCAGAAAATAGTCAAATAGATACACTTTCTCGTAAGGTAA]

[-] EMBL BI509449             [GAATACATCAGCTCAAGAATTAGCAGTTCTATGGAAGGTAAAAAAAAAATCTATGTAAGTTAATTATATGAACATTCATGCATGATTAAACTATAAAATTTTCTTATTCAGTCTGAAAAACCAGCAGAAGAACATAAATTAAAATGTTGTTATGGTGGAATTATGAATAATGNAGTATTAAAATTAAATTCCATATCTGGAATATCAGAAAATAGTCAAATAGATACACTTTCTCGTAAGGTAA]




>consensus_1355#1
GAATACATCAGCTCAAGAATTAGCAGTTCTATGGAAGGTAAAAAAAAAATCTATGTAAGT
TAATTATATGAACATTCATGCATGATTAAACTATAAAATTTTCTTATTCAGTCTGAAAAA
CCAGCAGAAGAACATAAATTAAAATGTTGTTATGGTGGAATTATGAATAATGNAGTATTA
AAATTAAATTCCATATCTGGAATATCAGAAAATAGTCAAATAGATACACTTTCTCGTAAG
GTAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1355#0      GGAAAGTTCAGAGTACGACCAAGTTCAGGAATTTTATTACCTCAAGAACAACGCTCAATT 60
consensus_1355#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1355#0      TCAGTTGTTGTACAACAAGAACATAATGTACGTGCTCTTTTACATGTTGATAAATT-TTT 119
consensus_1355#1      -------GAATACATCAGCTCAAGAATTAGCA-GTTCTATGGAAGGTAAAAAAAAAATCT 52
                                **** **     * ***   *  * *** *   * **  * ***   * *

consensus_1355#0      AGTTATGTGCCTTCCATTAAAAGATCCGAATACATCAGCTCAAGAATTAGCAGTTCTATG 179
consensus_1355#1      ATGTAAGTTAATTATATGAACATTCATGCATGATTAAACTATAAAATT-----TTCTTAT 107
                      *  ** **   **  ** ** *     * **   * * **  * ****     ****   

consensus_1355#0      GAAGTCTGAAAAACCAGCAGAAGAACATAAATTAAAATGTTGTTATGGTGGAATTATGAA 239
consensus_1355#1      TCAGTCTGAAAAACCAGCAGAAGAACATAAATTAAAATGTTGTTATGGTGGAATTATGAA 167
                        **********************************************************

consensus_1355#0      TAATGAAGTATTAAAATTAAATTCCATATCTGGAATATCAGAAAATAGTCAAATAGATAC 299
consensus_1355#1      TAATGNAGTATTAAAATTAAATTCCATATCTGGAATATCAGAAAATAGTCAAATAGATAC 227
                      ***** ******************************************************

consensus_1355#0      ACTTTCTCGTAAGATAGCACATTTGAAAGAAAGTAATACAAAGATGCACAGTGAAGTTGT 359
consensus_1355#1      ACTTTCTCGTAAGGTAA------------------------------------------- 244
                      ************* **                                            

consensus_1355#0      ATTTCTAAAGCATTTACTATTACTTTCTATGATAGTTACAATTACAGTGGCCATAATAAT 419
consensus_1355#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1355#0      TGTTTATATTTTAAAAATTGATATTAAAAATTCTATGGATCAACATTCTAGAATGGATCA 479
consensus_1355#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1355#0      AGCTTGTGACATTCACCATGAGATATAGGTTAATGAAATAGTTATTTATTTGATTTATAC 539
consensus_1355#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1355#0      TTATAAATAATAAAACTTTTAATTGTTACATATTTATGTTCATGCAACGATTACAA 595
consensus_1355#1      --------------------------------------------------------


Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)