cluster # 161

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Apis mellifera
cluster # 161 cluster # 161 Sequences # 6 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_161#0 length = 693 sequences # 2

consensus_161#1 length = 577 sequences # 4

consensusID : consensus_161#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 693
fasta sequence

                              [TAGAATCAACATAATTTTGACGTGTTTTGCGATTAAAAGTATAAGTATGATGATATTTGAGGCTCGAGTGCCAAACGACAAAATTAAAATTATAAAAATATATCGAAGATTCTCACGTATTCAACGACTTCGAAGATACTTACCTATTCTATCTAAAAGTACGCACTCTCTTCTTTAAAATCAATAGTCTTTCTTCCTAGTTGTTTGATGTTTCTTTTTTAAACACAGATTAGCTAGATCGGCTAACAAAGTTATTATTTAATTGAAAAAAGGCTTGTCCACGGCGTTCGAATTTCAGTTTAAGCGGGTTAAACTGTGCTTTGATTGAAATGGTTACCATATAGTGAAATTTGTTGATAAATAATCTTTTTCTTCTGTCTCTTAAATAAAAAAAAATACCTATGATATTCAAAATGATCAGTGTGAAATTTGAAAAGAATACGTGAGTATACATCCTTTCTAATTGCAATAATAATTTCAAATTTTGGTTCAAATTCCATAGTAATTATGTGGAAACTAGATTCAATCAAAGCTCATGAAGGAAACAAATAGTTGACTCAATTTCAAAGTACAAATTGAATATCCATGTAAGTAGTGGGAAAATTCGTAACGACGGGGTCAAGCTTTATGTCAGCCATATTNNGCGAGTTGCGATGATGATAACGGTAAGCAACGCAGCGAATTCGTAATGCC]

[+] EMBL BI514981             [TAGAATCAACATAATTTTGACGTGTTTTGCGATTAAAAGTATAAGTATGATGATATTTGAGGCTCGAGTGCCAAACGACAAAATTAAAATTATAAAAATATATCGAAGATTCTCACGTATTCAACGACTTCGAAGATACTTACCTATTCTATCTAAAAGTACGCACTCTCTTCTTTAAAATCAATAGTCTTTCTTCCTAGTTGTTTGATGTTTCTTTTTTAAACACAGATTAGCTAGATCGGCTAACAAAGTTATTATTTAATTGAAAAAAGGCTTGTCCACGGCGTTCGAATTTCAGTTTAAGCGGGTTAAACTGTGCTTTGATTGAAATGGTTACCATATAGTGAAATTTGTTGATAAATAATCTTTTTCTTCTGTCTCTTAAATAAAAAAAAATACCTATGATATTCAAAATGATCAGTGTGAAATTTGAAAAGAATACGTGAGTATACATCCTTTCTAATTGCAATAATAATTTCAAATTTTCGTTCAAATTCCATAGTAATTATGTGGAAACTAGAT                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL BI515872             [                                                                                                                                                                                                                                                                                      CCACGGCGTTCGAATTTCAGTTTAAGCGGGTTAAACTGTGCTTTAATTGAAATAGTTACCATATAGTGAAATTTGTTGATAAATAATCTTTTTCTTCTGTCTCTTAAAT AAAAAAAATACCTATAATATTCAAAATGATCAGTGTGAAATTTGAAAAGAATACGTGAGTATACATCCTTTCTAATTGCAATAATAATTTCAAATTTTGGTTCAAATTCCATAGTAATTATGTGGAAACTAGATTCAATCAAAGCTCATGAAGGAAACAAATAGTTGACTCAATTTCAAAGTACAAATTGAATATCCATGTAAGTAGTGGGAAAATTCGTAACGACGGGGTCAAGCTTTATGTCAGCCATATTNNGCGAGTTGCGATGATGATAACGGTAAGCAACGCAGCGAATTCGTAATGCC]




>consensus_161#0
TAGAATCAACATAATTTTGACGTGTTTTGCGATTAAAAGTATAAGTATGATGATATTTGA
GGCTCGAGTGCCAAACGACAAAATTAAAATTATAAAAATATATCGAAGATTCTCACGTAT
TCAACGACTTCGAAGATACTTACCTATTCTATCTAAAAGTACGCACTCTCTTCTTTAAAA
TCAATAGTCTTTCTTCCTAGTTGTTTGATGTTTCTTTTTTAAACACAGATTAGCTAGATC
GGCTAACAAAGTTATTATTTAATTGAAAAAAGGCTTGTCCACGGCGTTCGAATTTCAGTT
TAAGCGGGTTAAACTGTGCTTTGATTGAAATGGTTACCATATAGTGAAATTTGTTGATAA
ATAATCTTTTTCTTCTGTCTCTTAAATAAAAAAAAATACCTATGATATTCAAAATGATCA
GTGTGAAATTTGAAAAGAATACGTGAGTATACATCCTTTCTAATTGCAATAATAATTTCA
AATTTTGGTTCAAATTCCATAGTAATTATGTGGAAACTAGATTCAATCAAAGCTCATGAA
GGAAACAAATAGTTGACTCAATTTCAAAGTACAAATTGAATATCCATGTAAGTAGTGGGA
AAATTCGTAACGACGGGGTCAAGCTTTATGTCAGCCATATTNNGCGAGTTGCGATGATGA
TAACGGTAAGCAACGCAGCGAATTCGTAATGCC

consensusID : consensus_161#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 577
fasta sequence

                              [TTAATAAAAGGAATATTGGACGCGAGCGAGAGTAGGGAACACGGTGTTGTTCTTCTTTTTAGAATTAACGAGTGAATACGTGCACCAGTGGATGCGAGTTGTCTCATTCGCCTACAGGGATCGATATTCAAAGTGTGTTCTAAGCCTTTTTTAAGCGCGACTTGGTTTTCTGCAAGACAGACCGAAGAACAAGGGGGCTACTCGTGTTATTTTTGTTACTTTCTACATGACTATATATATTTTTTTCGATATTTTTTTCCTTTGGAGTCTTTAATGCTCCAACATTTAAAAAAATCATCTTGAGTAGCCCTAACGTTTAGAAAAAGAAAAAGGAAAAAAAAAAAATATGTACGTGATAGGAGCCCGAGGAATGCGTGAGAGTCATTCATAGTTATGAGGCTAATTGTTGCGCTTTGTACTTCGAATTTAGCAAACAACTAGTAGTAGTAAAACTTTTATTATTCTTTTTTGATAAAAATTTTAGTGAAGGTAGCGAGTTGGTAAAAAAAACCTTGAAAAGGTTTTAACATCGTTAGAATCAACATAATTTTGACGTGTTTTGCGATTAAAAGTATAA]

[+] EMBL BI513013             [TTAATAAAAGGAATATTGGACGCGAGCGAGAGTAGGGAACACGGTGTTGTTCTTCTTTTTAGAATTAACGAGTGAATACGTGCACCAGTGGATGCGAGTTGTCTCATTCGCCTACAGGGATCGATATTCAAAGTGTGTTCTAAGCCTTTTTTAAGCGCGACTTGGTTTTCTGCAAGACAGAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL BI513590             [                                                  TCTTCTTTTTAGAATTAACGAGTGAATACGTGCACCAGTGGATGCGAGTTGTCTCATTCGCCTACAGGGATCGATATTCAAAGTGTGTTCTAAGCCTTTTTTAAGCGCGACTTGGTTTTCTGCAAGACAGACCGAAGAACAAGGGGGCTACTCGTGTTATTTTTGTTACTTTCTACATGACTATATATATTTTTTTCGATATTTTTTTCCTTTGGAGTCTTTAATGCTCCAACATTTAAAAAAATCATCTTGAGTAGCCCTAACGTTTAGA                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL BI517040             [                                                                                    CCAGTGGATGCGAGTTGTCTCATTCGCCTACAGGGATCGATATTCAAAGTGTGTTCTAAGCCTTTTTTAAGCGCGACTTGGTTTTCTGCAAGACAGACCGAAGAACAAGGGGGCTACTCGTGTTATTTTTGTTACTTTCTACATGACTATATATATTTTTTTCGATA TTTTTTCCTTTGGANTCTTTAATGCTCCTACATTTAAAAAAATCATCTT                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL BI511170             [                                                                                                                                                         AGCGCGACTTGGTTTTCTGCAAGACAGACCGAAGAACAAGGGGGCTACTCGTGTTATTTTTGTTACTTTCTACATGACTATATATATTTTTTTCGATATTTTTTTCCTTTGGAGTCTTTAATGCTCCAACATTTAAAAAAATCATCTTGAGTAGCCCTAACGTTTAGAAAAAGAAAAAGGAAAAAAAAAAAATATGTACGTGATAGGAGCCCGAGGAATGCGTGAGAGTCATTCATAGTTATGAGGCTAATTGTTGCGCTTTGTACTTCGAATTTAGCAAACAACTAGTAGTAGTAAAACTTTTATTATTCTTTTTTGATAAAAATTTTAGTGAAGGTAGCGAGTTGGTAAAAAAAACCTTGAAAAGGTTTTAACATCGTTAGAATCAACATAATTTTGACGTGTTTTGCGATTAAAAGTATAA]




>consensus_161#1
TTAATAAAAGGAATATTGGACGCGAGCGAGAGTAGGGAACACGGTGTTGTTCTTCTTTTT
AGAATTAACGAGTGAATACGTGCACCAGTGGATGCGAGTTGTCTCATTCGCCTACAGGGA
TCGATATTCAAAGTGTGTTCTAAGCCTTTTTTAAGCGCGACTTGGTTTTCTGCAAGACAG
ACCGAAGAACAAGGGGGCTACTCGTGTTATTTTTGTTACTTTCTACATGACTATATATAT
TTTTTTCGATATTTTTTTCCTTTGGAGTCTTTAATGCTCCAACATTTAAAAAAATCATCT
TGAGTAGCCCTAACGTTTAGAAAAAGAAAAAGGAAAAAAAAAAAATATGTACGTGATAGG
AGCCCGAGGAATGCGTGAGAGTCATTCATAGTTATGAGGCTAATTGTTGCGCTTTGTACT
TCGAATTTAGCAAACAACTAGTAGTAGTAAAACTTTTATTATTCTTTTTTGATAAAAATT
TTAGTGAAGGTAGCGAGTTGGTAAAAAAAACCTTGAAAAGGTTTTAACATCGTTAGAATC
AACATAATTTTGACGTGTTTTGCGATTAAAAGTATAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_161#0      TAGAATCAACATAATTTTGACGTGTTTTGCGATTAAAAGTATAAGTAT-GATGATATTTG 59
consensus_161#1      --------------------------------TTAATAAAAGGAATATTGGACGCGAGCG 28
                                                     **** *  *  * *** *         *

consensus_161#0      AGGCTCGAGTGCCAAACGACAAAATTAAAATTATAAAAATATATCGAAGATTCTCACGTA 119
consensus_161#1      AGAGTAGGGAAC---ACGGTGTTGTTCTTCTTTTTAGAAT-TAACGAGTGAATACGTGCA 84
                     **  * * *  *   ***      **    ** * * *** ** ***       *  * *

consensus_161#0      TTCAACGACTTCGAAGATACTTACCTATTCTATCTAAAAGTACGCACTCTCTTCTTTAAA 179
consensus_161#1      C-CAGTGGATGCGAG-----TTGTCTCATTCGCCTACAGGGAT-CGATATTCAAAGTGTG 137
                       **  *  * ***      **  **  *    *** * * *  *  * *      *   

consensus_161#0      ATCAATAGTCTTTCTTCCTAGTTGTTTGATGTTTCTTTTTTAAACACAGATTAGCTAGAT 239
consensus_161#1      TTCTA-AGCCTTTTTTAAGCGCGACTTGGT-TTTCTGCAAGACAGACCGAAGAACAAGGG 195
                      ** * ** **** **    *    *** * *****     * * ** **  * * **  

consensus_161#0      CGGCTAACAAAGTTATTATTTAATTGAAAAAAGGCTTGTCCACGGCGTTCGAATTTCAGT 299
consensus_161#1      -GGCTACTCGTGTTATTTTT--GTTAC-------TTTCTACATGAC-TATATATATTTTT 244
                      *****     ****** **   **          ** * ** * * *    ** *   *

consensus_161#0      TTAAGCGGGTTAAACTGTGCTTTGATTGAAATGGTTACCATATAGTGAAATTTGTTGATA 359
consensus_161#1      TTCGATATTTT--------TTTCCTTTGGAGTCTTTA----ATGCTCCAACATTTAAAAA 292
                     **       **         **   *** * *  ***    **  *  **  * *  * *

consensus_161#0      AATAATCTTTTTCTTCTGTCTCTTAAATAAAAAAAAATACCTATGATATTCAAAATGATC 419
consensus_161#1      AATCATCTTGAGTAGCCCTAACGTTTAGAAAAAGAAAAAGGAAAAAAAAAAAATATGTAC 352
                     *** *****      *  *  * *  * ***** *** *   *  * *   ** ***  *

consensus_161#0      AGTGTGAAATTTGAAAAGAATACGTGAGTATACATCCTTTCTAATTGCAATAATAATTTC 479
consensus_161#1      GTGATAGGAGCCCGAG-GAATGCGTGAGAGT-CATTCATAGTTATGAGGCTAATTGTTGC 410
                         *   *     *  **** ******  * *** * *  * **     ****  ** *

consensus_161#0      AAATTTTGGTTCAAATTCCATAGTAATTATGTGGAAACTAGATTCAATCAAAGCTCATGA 539
consensus_161#1      GCTTTGTACTTCGAATTTAGCAAACAACTAGTAGTAGTAAAACTT--TTATTATTCTTTT 468
                        ** *  *** ****    *   *    ** * *   * * *   * *    ** *  

consensus_161#0      AGGAAACAAATAGTTGACTCAATTTCAAAGTACAAATTGAATATCCATGTAAGTAGTGGG 599
consensus_161#1      TTGATAAAAATTTTAG--------TGAAGGTAGCGAGTTGGTA---AAAAAAACCTTGAA 517
                       ** * ****  * *        * ** ***   * *   **   *   **    **  

consensus_161#0      AAAATTC--GTAACGACGGGGTCAAGCTTTATGTCAGCCATATTNNGCGAGTTGCGATGA 657
consensus_161#1      AAGGTTTTAACATCGTTAGAATCAA--CATAATTTTGACGTGTTTTGCGA-TTAAAAGTA 574
                     **  **     * **   *  ****    **  *  * * * **  **** **   *  *

consensus_161#0      TGATAACGGTAAGCAACGCAGCGAATTCGTAATGCC 693
consensus_161#1      TAA--------------------------------- 577
                     * *

Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr)