Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Apis mellifera
cluster # 1740 cluster # 1740       Sequences # 2       consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_1740#0 length = 552 sequences # 1  
 consensus_1740#1 length = 440 sequences # 1  
consensusID : consensus_1740#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 552
fasta sequence 
                              [GCTCCCTTTTTACCTTCATCATACATATGTATTAATTTTTATTTTTTTTTTAAATCTACATCTAATAAATTACAAGATTATTAATTTTTTTATAAATTGAAATTAACTCTAAAAATTAGTATTAAACTTACGCATATATATGCATATAACAAATATAAACATTTTAAAAAACAGCACCATATATACATTTAAAAAGAAATGTTAAAGATAATTATAAAATTTATATAATACTGTAAAACAGTCTTCCAATAATGATTTCTCCTTATTATGATACGTAATTTTATGTGTAATATATAGTGAAAAGAAAATAAATTATATGAACACAATTTGTTTAAAAAAAAAAAATTTTTTTTCATTTTATAAGAGTACTTTAAAAAAGAACTATCAATATTTAAGTATAAAAGGATAAAAATTATAAAGAAAATTGGAATCTTTAAAATTTTTACTTAAACATTAACATTTAAAATGAGATTTTTATATATTTTAAACTTTATATATAGCTAATTATAACTACTTTTATGTAACAAAATACTTAATTTTTCAAATTGATTA]

[+] EMBL BI516059             [GCTCCCTTTTTACCTTCATCATACATATGTATTAATTTTTATTTTTTTTTTAAATCTACATCTAATAAATTACAAGATTATTAATTTTTTTATAAATTGAAATTAACTCTAAAAATTAGTATTAAACTTACGCATATATATGCATATAACAAATATAAACATTTTAAAAAACAGCACCATATATACATTTAAAAAGAAATGTTAAAGATAATTATAAAATTTATATAATACTGTAAAACAGTCTTCCAATAATGATTTCTCCTTATTATGATACGTAATTTTATGTGTAATATATAGTGAAAAGAAAATAAATTATATGAACACAATTTGTTTAAAAAAAAAAAATTTTTTTTCATTTTATAAGAGTACTTTAAAAAAGAACTATCAATATTTAAGTATAAAAGGATAAAAATTATAAAGAAAATTGGAATCTTTAAAATTTTTACTTAAACATTAACATTTAAAATGAGATTTTTATATATTTTAAACTTTATATATAGCTAATTATAACTACTTTTATGTAACAAAATACTTAATTTTTCAAATTGATTA]




>consensus_1740#0
GCTCCCTTTTTACCTTCATCATACATATGTATTAATTTTTATTTTTTTTTTAAATCTACA
TCTAATAAATTACAAGATTATTAATTTTTTTATAAATTGAAATTAACTCTAAAAATTAGT
ATTAAACTTACGCATATATATGCATATAACAAATATAAACATTTTAAAAAACAGCACCAT
ATATACATTTAAAAAGAAATGTTAAAGATAATTATAAAATTTATATAATACTGTAAAACA
GTCTTCCAATAATGATTTCTCCTTATTATGATACGTAATTTTATGTGTAATATATAGTGA
AAAGAAAATAAATTATATGAACACAATTTGTTTAAAAAAAAAAAATTTTTTTTCATTTTA
TAAGAGTACTTTAAAAAAGAACTATCAATATTTAAGTATAAAAGGATAAAAATTATAAAG
AAAATTGGAATCTTTAAAATTTTTACTTAAACATTAACATTTAAAATGAGATTTTTATAT
ATTTTAAACTTTATATATAGCTAATTATAACTACTTTTATGTAACAAAATACTTAATTTT
TCAAATTGATTA

consensusID : consensus_1740#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 440
fasta sequence 
                              [ATACTTAATTTTTCAAATTGATTATAATCATATAATTATGTACAACGATATTCTTTCTATTTAAAAATTCATATGAAAGATTTTATGACAAATGAATTAGTTAAATTTTCATAATATATTCATTATCTACATAAATAAAAAAATTTCTATTTTATCAGTTTCTCTATGCACGGGATTCATATTTTATACAACCTTCGTCTTTAAACAAAAATTATATATTTATATTTATTTACGTTTTCAATGTTTTCGATACTAATGGTTTTATCATATGCTGACGATTTGGTGCACAAAAATCACATAGATAATTTTTCCTGTCTAATGGCATTCCCTTGGTCTCCACGCAACTTTGAACATGGAACACATAGCGTTGAAACATAAACACGAGTATTCTTATCACCTTTTTTATATTCATGTTGCCATTGAGCAACACTGTTTCTATC]

[+] EMBL BI514849             [ATACTTAATTTTTCAAATTGATTATAATCATATAATTATGTACAACGATATTCTTTCTATTTAAAAATTCATATGAAAGATTTTATGACAAATGAATTAGTTAAATTTTCATAATATATTCATTATCTACATAAATAAAAAAATTTCTATTTTATCAGTTTCTCTATGCACGGGATTCATATTTTATACAACCTTCGTCTTTAAACAAAAATTATATATTTATATTTATTTACGTTTTCAATGTTTTCGATACTAATGGTTTTATCATATGCTGACGATTTGGTGCACAAAAATCACATAGATAATTTTTCCTGTCTAATGGCATTCCCTTGGTCTCCACGCAACTTTGAACATGGAACACATAGCGTTGAAACATAAACACGAGTATTCTTATCACCTTTTTTATATTCATGTTGCCATTGAGCAACACTGTTTCTATC]




>consensus_1740#1
ATACTTAATTTTTCAAATTGATTATAATCATATAATTATGTACAACGATATTCTTTCTAT
TTAAAAATTCATATGAAAGATTTTATGACAAATGAATTAGTTAAATTTTCATAATATATT
CATTATCTACATAAATAAAAAAATTTCTATTTTATCAGTTTCTCTATGCACGGGATTCAT
ATTTTATACAACCTTCGTCTTTAAACAAAAATTATATATTTATATTTATTTACGTTTTCA
ATGTTTTCGATACTAATGGTTTTATCATATGCTGACGATTTGGTGCACAAAAATCACATA
GATAATTTTTCCTGTCTAATGGCATTCCCTTGGTCTCCACGCAACTTTGAACATGGAACA
CATAGCGTTGAAACATAAACACGAGTATTCTTATCACCTTTTTTATATTCATGTTGCCAT
TGAGCAACACTGTTTCTATC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1740#0      GCTCCCTTTTTACCTTCATCATACATATGTATTAATTTTTATTTTTTTTTTAAATCTACA 60
consensus_1740#1      --------------------------ATACTTAATTTTTCAAATTGATTATAATCATATA 34
                                                **   * * **** *  **  ** ***   ** *

consensus_1740#0      TCTAATAAATTACAAGATTATTAATTTTTTTATAAATTGAAATTAACTCTAAAAATTAGT 120
consensus_1740#1      ATTA-TGTACAACGATATTCTT--TCTATTTAAAAATTCATATGAA-----AGATTTTAT 86
                        ** *  *  ** * *** **  * * **** ***** * ** **     * * **  *

consensus_1740#0      ATTAAACTTACGCATATATATGCATATAACAAATATAAACATTTTAAAAAACAGCACCAT 180
consensus_1740#1      GACAAA-TGAATTAGTTAAATTTTCATAATATAT-TCATTATCTACATAAATAAAA--AA 142
                         *** * *   *  ** **    **** * ** * *  ** *  * *** *  *  * 

consensus_1740#0      ATATACATTTAAAAAGAAATGTTAAAGATAATTATAAAATTTATATAATACTGTAAAACA 240
consensus_1740#1      ATTTCTATTTTATCAGTTTCTCTATG------CACGGGATTCATATTTTATACAACCTTC 196
                      ** *  **** *  **      **         *    *** ****  **    *     

consensus_1740#0      GTCTTCCAATAATGATT-TCTCCTTATTATGATACGTAATTTTATGTGTAATATATAGTG 299
consensus_1740#1      GTCTTTAAACAAAAATTATATATTTATATTTATTTACGTTTTCA-ATGTTTTCGATACTA 255
                      *****  ** **  *** * *  ****  * **      *** *  ***  *  *** * 

consensus_1740#0      AAAAGAAAATAAATTATATGAACACAATTTGTTTAAAAAAAA-------AAAATTTTTTT 352
consensus_1740#1      AT----GGTTTTATCATATGCTGACGATTTGGTGCACAAAAATCACATAGATAATTTTTC 311
                      *        *  ** *****   ** ***** *  * *****        * * ***** 

consensus_1740#0      TCATTTTATAAGAGTACTTTAAA----AAAGAACTATCAATATTTAAGTATAAAAGGATA 408
consensus_1740#1      CTGTCTAATGGCATTCCCTTGGTCTCCACGCAACTTTGAACATG-GAACACATAGCGTTG 370
                         * * **   * * * **       *   **** * ** **   *  * * *  * * 

consensus_1740#0      AAAATTATAAAGAAAATTGGAATCTTTAAAATTTTTACTTAAACATTAACATTTAA-AAT 467
consensus_1740#1      AAA--CATAAACACGAGTATTCTTATCACCTTTTTTATATTCATGTTGCCATTGAGCAAC 428
                      ***   ***** *  * *    *  * *   ******  *  *  **  **** *  ** 

consensus_1740#0      GAGATTTTTATATATTTTAAACTTTATATATAGCTAATTATAACTACTTTTATGTAACAA 527
consensus_1740#1      ACTGTTTCTATC------------------------------------------------ 440
                          *** ***                                                 

consensus_1740#0      AATACTTAATTTTTCAAATTGATTA 552
consensus_1740#1      -------------------------


Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)