cluster # 1836

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Apis mellifera
cluster # 1836 cluster # 1836 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_1836#0 length = 600 sequences # 1

consensus_1836#1 length = 500 sequences # 1

consensusID : consensus_1836#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 600
fasta sequence

                              [ACTGATAATATAATTATTATTAAATGAACGATAATACATTTTTAATATAATAATAGTTTAATATCGCACGGTATATATACTTTTCAAATATTTTACACTTTAATCTATTTTAAAACGAGACACAAGTTTCTAATTAAATTAATAATAATTTTCAATTTAATTACATGGAAAGATATCAGAAACATGTGAGTCGTTTAATGAAAATCGATCAATTCTTATAATCGTTGAACTATCGTATCGTTATTACCGTCATAATTATTAAAAAAAATATATTGATTGATCTTAGAAAAATTATTAACACCATATGTGACATATTGAATCGCAATATCAATTATAAAATAATTAATAATTTCTTTTTAAATTAATTTTTAAAAACCAATTATACGTTAACAAAAGCAGATAATTATTATCTAAATCATCGTACACGTGATGAGTCGGTGGCGCCATCGTGACAACCGCGCGACAAAGTATCAATTTGATTCCACTCGAATATTTTTTTGAAACAAAATATAATATTNNTGTAAAATCTAATTTTTAAATCGTATAACCGTGTAAGAAAAAAGTTGTATATTATAGAGGATGTCGGATTCAACGAAATAA]

[+] EMBL BI507567             [ACTGATAATATAATTATTATTAAATGAACGATAATACATTTTTAATATAATAATAGTTTAATATCGCACGGTATATATACTTTTCAAATATTTTACACTTTAATCTATTTTAAAACGAGACACAAGTTTCTAATTAAATTAATAATAATTTTCAATTTAATTACATGGAAAGATATCAGAAACATGTGAGTCGTTTAATGAAAATCGATCAATTCTTATAATCGTTGAACTATCGTATCGTTATTACCGTCATAATTATTAAAAAAAATATATTGATTGATCTTAGAAAAATTATTAACACCATATGTGACATATTGAATCGCAATATCAATTATAAAATAATTAATAATTTCTTTTTAAATTAATTTTTAAAAACCAATTATACGTTAACAAAAGCAGATAATTATTATCTAAATCATCGTACACGTGATGAGTCGGTGGCGCCATCGTGACAACCGCGCGACAAAGTATCAATTTGATTCCACTCGAATATTTTTTTGAAACAAAATATAATATTNNTGTAAAATCTAATTTTTAAATCGTATAACCGTGTAAGAAAAAAGTTGTATATTATAGAGGATGTCGGATTCAACGAAATAA]




>consensus_1836#0
ACTGATAATATAATTATTATTAAATGAACGATAATACATTTTTAATATAATAATAGTTTA
ATATCGCACGGTATATATACTTTTCAAATATTTTACACTTTAATCTATTTTAAAACGAGA
CACAAGTTTCTAATTAAATTAATAATAATTTTCAATTTAATTACATGGAAAGATATCAGA
AACATGTGAGTCGTTTAATGAAAATCGATCAATTCTTATAATCGTTGAACTATCGTATCG
TTATTACCGTCATAATTATTAAAAAAAATATATTGATTGATCTTAGAAAAATTATTAACA
CCATATGTGACATATTGAATCGCAATATCAATTATAAAATAATTAATAATTTCTTTTTAA
ATTAATTTTTAAAAACCAATTATACGTTAACAAAAGCAGATAATTATTATCTAAATCATC
GTACACGTGATGAGTCGGTGGCGCCATCGTGACAACCGCGCGACAAAGTATCAATTTGAT
TCCACTCGAATATTTTTTTGAAACAAAATATAATATTNNTGTAAAATCTAATTTTTAAAT
CGTATAACCGTGTAAGAAAAAAGTTGTATATTATAGAGGATGTCGGATTCAACGAAATAA

consensusID : consensus_1836#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 500
fasta sequence

                              [GAAAAAAGTTGTATATTATAGAGGATGTCGGATTCAACGAAATAAATCAATTATCGTATTGTAAGGCGAATTTCGTTCAAGTTTGAAAGGTTCGACAAGTGGCGCCATCATGGCCGCCACTTTACGGAGCATTCACTTGATCGTCTTCCGTCCTTCTAGGAGGATCTTACACCGTATGTGCCTGATACGACGGGGCTTATTGTGTGTGTGCCTTGTCGGTGGCTTCAAGATGGCCTGTAGGCTGGTTCTACGCGCCATGGTGTGATCATTTGATTCCCGGTGGTTGTGTCTCTGTAAACGTTTCGTGAAGAATTCGTCAGTGTCAAAACGACGACGTGACTCGACCGGCTGGTAACTCGGGGCAACCTGAAAATGTGACAATCGACTGAAAACCGGTAAGTCGTCACACACATGATATTATTTTCTACTTTGTGATAACTGAATGATCAATTATAATTTCGTTACAACAAGTTTAACAATATAGTCGTTTCTAAAAAAAA]

[+] EMBL BI504864             [GAAAAAAGTTGTATATTATAGAGGATGTCGGATTCAACGAAATAAATCAATTATCGTATTGTAAGGCGAATTTCGTTCAAGTTTGAAAGGTTCGACAAGTGGCGCCATCATGGCCGCCACTTTACGGAGCATTCACTTGATCGTCTTCCGTCCTTCTAGGAGGATCTTACACCGTATGTGCCTGATACGACGGGGCTTATTGTGTGTGTGCCTTGTCGGTGGCTTCAAGATGGCCTGTAGGCTGGTTCTACGCGCCATGGTGTGATCATTTGATTCCCGGTGGTTGTGTCTCTGTAAACGTTTCGTGAAGAATTCGTCAGTGTCAAAACGACGACGTGACTCGACCGGCTGGTAACTCGGGGCAACCTGAAAATGTGACAATCGACTGAAAACCGGTAAGTCGTCACACACATGATATTATTTTCTACTTTGTGATAACTGAATGATCAATTATAATTTCGTTACAACAAGTTTAACAATATAGTCGTTTCTAAAAAAAA]




>consensus_1836#1
GAAAAAAGTTGTATATTATAGAGGATGTCGGATTCAACGAAATAAATCAATTATCGTATT
GTAAGGCGAATTTCGTTCAAGTTTGAAAGGTTCGACAAGTGGCGCCATCATGGCCGCCAC
TTTACGGAGCATTCACTTGATCGTCTTCCGTCCTTCTAGGAGGATCTTACACCGTATGTG
CCTGATACGACGGGGCTTATTGTGTGTGTGCCTTGTCGGTGGCTTCAAGATGGCCTGTAG
GCTGGTTCTACGCGCCATGGTGTGATCATTTGATTCCCGGTGGTTGTGTCTCTGTAAACG
TTTCGTGAAGAATTCGTCAGTGTCAAAACGACGACGTGACTCGACCGGCTGGTAACTCGG
GGCAACCTGAAAATGTGACAATCGACTGAAAACCGGTAAGTCGTCACACACATGATATTA
TTTTCTACTTTGTGATAACTGAATGATCAATTATAATTTCGTTACAACAAGTTTAACAAT
ATAGTCGTTTCTAAAAAAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1836#0      ACTGATAATATAATTATTATTAAATGAACGATAATACATTTTTAATATAATAATAGTTTA 60
consensus_1836#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_1836#0      ATATCGCACGGTATATATACTTTTCAAATATTTTACACTTTAATCTATTTTAAAACGAGA 120
consensus_1836#1      ---------------GAAAAAAGTTGTATATTATAGAGGATGTCGGATTCAACGAAATAA 45
                                      * *    *   ***** ** *   *     ***  *  *    *

consensus_1836#0      CACAAGTTTCTAATTAAATTAATAATAATTTTCAA-TTTAATTACATGGAAAGATATCAG 179
consensus_1836#1      ATCAATTATCGTATTGTAAGGCGAATTTCGTTCAAGTTTGAAAGGTTCGACAAGTGGCGC 105
                        *** * **  ***  *     ***    ***** *** *     * ** *  *  *  

consensus_1836#0      AAACATGTGAGTCGTTTAATGAA--AATCGATCAATTCTTATAATCGTTGAACTATCGTA 237
consensus_1836#1      CATCATGGCCGCCACTTTACGGAGCATTCACTTGATCGTCTT--CCGTCCTTCTAGGAGG 163
                       * ****   * *  ** * * *  * **  *  **  *  *   ***    ***     

consensus_1836#0      TCGTTATTACCGTCATAATTATTAAAAAAAATATATTGATTGATCTTAGAAAAATTATTA 297
consensus_1836#1      ATCTTAC-ACCGT-ATGTGCCTGATACGACGGGGCTTATTGTGTGTGTGCCTTGTCGGTG 221
                         ***  ***** **     * * *  *      **  *   * *  *     *   * 

consensus_1836#0      ACACCATATGTGACATATTGAATCGCAATATCAATTATAAAATAATTAATAATTTCTTTT 357
consensus_1836#1      GCTTCA-AGATGGCCTGTAGGCTGGTTCTACGCGCCATGGTGTGATCATTTGATTCCCGG 280
                       *  ** *  ** * * * *  * *   **      **    * ** * *   ***    

consensus_1836#0      TAAATTAATTTTTAAAAACCAATTATACGTTAACAAAAGCAGATAATTATTATCTAAATC 417
consensus_1836#1      TGGTTGTGTCTCTGTAAACGTTTCGT----------GAAGAATTCGTCAGTGTCAAAACG 330
                      *   *   * * *  ****   *  *           *  *  *  * * * ** ***  

consensus_1836#0      ATCGTAC-ACGTGATGAGTCGGTGGCGCCATCGTGACAACCGCGCGACAAAGTATCAATT 476
consensus_1836#1      ACGACGTGACTCGACCGGCTGGTAAC----TCGGGGCAACC---TGAAAATGTGACAATC 383
                      *       **  **   *  ***  *    *** * *****    ** ** **  **** 

consensus_1836#0      TGATTCCACTCGAATATTTTTTTGAAACAAAATATAATATTNN----TGTAAAATCTAAT 532
consensus_1836#1      GACTGAAAACCGGTAAGTCGTCACACACATGATATTATTTTCTACTTTGTGATAACTGAA 443
                         *   *  **   * *  *   * ***  **** ** **      *** * * ** * 

consensus_1836#0      TTTTAAATCGTATAACCGTGTAAGAAAAAAGTTGTATATTATAGAGGATGTCGGATTCAA 592
consensus_1836#1      TGATCAAT--TATAATTTCGTTACAACAA-GTTTAACAATATAGTCGTTTCTAAAAAAAA 500
                      *  * ***  *****    ** * ** ** ***  * * *****  * *     *   **

consensus_1836#0      CGAAATAA 600
consensus_1836#1      --------

Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr)