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Apis mellifera
cluster # 186 cluster # 186       Sequences # 6       consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_186#0 length = 608 sequences # 3  
 consensus_186#1 length = 459 sequences # 3  
consensusID : consensus_186#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 608
fasta sequence 
                              [TCTCAGTCTTTTTTCGAATAGTTTGAATATCTATTGAAGTTTAACACGTATTTAGCCAATATGAAAATCTATTTTATTGTCGGCCTTCTCTTCATGGCTATGGTTGCTATCATGGCTGCACCTGTTGAGGATGAATTCGAGCCACTTGAGCATTTTGAGAATGAAGAACGTGCCGACAGACATAGAAGAGTAACTTGTGACCTTCTCTCATTCAAAGGACAAGTTAATGACAGTGCTTGCGCTGCTAACTGTCTCAGTTTGGGTAAAGCTGGAGGTCATTGCGAGAAAGGAGTTTGTATTTGTCGAAAAACCAGTTTCAAAGATCTCTGGGACAAACGTTTCGGTTAAGTGCCATTATGAAGATTCAACGATGAAATTTTTTAACAAAAAATATGAAAACGCGAAATGATTAAGAAATGAAAAATGAAAAACTGTATTATCATTGAAAATTCTATGAACTTTAATTTACTTATTTAATAAATAATATAAGTAAATTATCTTTTGGTTTAATTTCTTTAAAGTATTATCTTTTGAATAAATAAATTTTTTTATATAGATAAATTAGATAATAATAGAAAATAAATTTTTTTTCTAAATATAAAAAAAAA]

[+] EMBL AM15955              [TCTCAGTCTTTTTTCGAATAGTTTGAATATCTATTGAAGTTTAACACGTATTTAGCCAATATGAAAATCTATTTTATTGTCGGCCTTCTCTTCATGGCTATGGTTGCTATCATGGCTGCACCTGTTGAGGATGAATTCGAGCCACTTGAGCATTTTGAGAATGAAGAACGTGCCGACAGACATAGAAGAGTAACTTGTGACCTTCTCTCATTCAAAGGACAAGTTAATGACAGTGCTTGCGCTGCTAACTGTCTCAGTTTGGGTAAAGCTGGAGGTCATTGCGAGAAAGTTGGATGTATTTGTCGAAAAACCAGTTTCAAAGATCTCTGGGACAAACGTTTCGGTTAAGTGCCATTATGAAGATTCAACGATGAAATTTTTTAACAAAAAATATGAAAACGCGAAATGATTAAGAAATGAAAAATGAAAAACTGTATTATCATTGAAAATTCTATGAACTTTAATTTACTTATTTAATAAAT                                                                                                                              ]
[+] EMBL BI504686             [                                                                           ATTGTCGGCCTTCTCTTCATGGCTATGGTTGCTATCATGGCTGCACCTGTTGAGGATGAATTCGAGCCACTTGAGCATTTTGAGAATGAAGAACGTGCCGACAGACATAGAAGAGTAACTTGTGACCTTCTCTCATTCAAAGGACAAGTTAATGACAGTGCTTGCGCTGCTAACTGTCTCAGTTTGGGTAAAGCTGGAGGTCATTGCGAGAAAGGAGTTTGTATTTGTCGAAAAACCAGTTTCAAAGATCTCTGGGACAAACGTTTCGGTTAAGTGCCATTATGAAGATTCAACGATGAAATTTTTTAACAAAAAATATGAAAACGCGAAATGATTAAGAAATGAAAAATGAAAAACTGTATTATCATTGAAAATTCTATGAACTTTAATTTACTTATTTAATAAATAATATAAGTAAATTATCTTTTGGTTTAATTTCTTTAAAGTATTATCTTTTGAATAAATAAATTTTTTTATATAGATAAATTAGATAATAATAGAAAATAAATTTTTTTTCTAAATATAAAAAAAAA]
[+] EMBL BI505342             [                                                                                                        TGCTATCATGGCTGCACCTGTTGAGGATGAATTCGAGCCACTTGAGCATTTTGAGAATGAAGAACGTGCCGACAGACATAGAAGAGTAACTTGTGACCTTCTCTCATTCAAAGGACAAGTTAATGACAGTGCTTGCGCTGCTAACTGTCTCAGTTTGGGTAAAGCTGGAGGTCATTGCGAGAAAGGAGTTTGTATTTGTCGAAAAACCAGTTTCAAAGATCTCTGGGACAAACGTTTCGGTTAAGTGCCATTATGAAGATTCAACGATGAAATTTTTTAACAAAAAATATGAAAACGCGAAATGATTAAGAAATG                                                                                                                                                                                             ]




>consensus_186#0
TCTCAGTCTTTTTTCGAATAGTTTGAATATCTATTGAAGTTTAACACGTATTTAGCCAAT
ATGAAAATCTATTTTATTGTCGGCCTTCTCTTCATGGCTATGGTTGCTATCATGGCTGCA
CCTGTTGAGGATGAATTCGAGCCACTTGAGCATTTTGAGAATGAAGAACGTGCCGACAGA
CATAGAAGAGTAACTTGTGACCTTCTCTCATTCAAAGGACAAGTTAATGACAGTGCTTGC
GCTGCTAACTGTCTCAGTTTGGGTAAAGCTGGAGGTCATTGCGAGAAAGGAGTTTGTATT
TGTCGAAAAACCAGTTTCAAAGATCTCTGGGACAAACGTTTCGGTTAAGTGCCATTATGA
AGATTCAACGATGAAATTTTTTAACAAAAAATATGAAAACGCGAAATGATTAAGAAATGA
AAAATGAAAAACTGTATTATCATTGAAAATTCTATGAACTTTAATTTACTTATTTAATAA
ATAATATAAGTAAATTATCTTTTGGTTTAATTTCTTTAAAGTATTATCTTTTGAATAAAT
AAATTTTTTTATATAGATAAATTAGATAATAATAGAAAATAAATTTTTTTTCTAAATATA
AAAAAAAA

consensusID : consensus_186#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 459
fasta sequence 
                              [ACCTGTTGAGGATGAATTCGAGCCACTTGAGCATTTTGAGAATGAAGAACGTGCCGACAGACATAGAAGAGTAACTTGTGACCTTCTCTCATTCAAAGGACAAGTTAATGACAGTGCTTGCGCTGCTAACTGTCTCAGTTTGGGTAAAGCTGGAGGTCATTGCGAGAAAGGAGTTTGTATTTGTCGAAAAACCAGTTTCAAAGATCTCTGGGACAAACGTTTCGGTTAAGTGCCATTATGAAGATTCAACGATGAAATTTTTTAACAAAAAATATGAAAACGCGAAATGATTAAGAAATGAAAAATGAAAAACTGTATTATCATTGAAAATTCTATGAACTTTAATTTACTTATTTAATAAATAATATAAGTAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL BI516384             [ACCTGTTGAGGATGAATTCGAGCCACTTGAGCATTTTGAGAATGAAGAACGTGCCGACAGACATAGAAGAGTAACTTGTGACCTTCTCTCATTCAAAGGACAAGTTAATGACAGTGCTTGCGCTGCTAACTGTCTCAGTTTGGGTAAAGCTGGAGGTCATTGCGAGAAAGGAGTTTGTATTTGTCGAAAAACCAGTTTCAAAGATCTCTGGGACAAACGTTTCGGTTAAGTGCCATTATGAAGATTCAACGATGAAATTTTTTAACAAAAAATATGAAAACGCGAAATGATTAAGAAATGAAAAATGAAAAACTGTATTATCATTGAAAATTCTATGAACTTTAATTTACTTATTTAATAAATAATATAAGTAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
[+] EMBL BI516540             [ACCTGTTGAGGATGAATTCGAGCCACTTGAGCATTTTGAGAATGAAGAACGTGCCGACAGACATAGAAGAGTAACTTGTGACCTTCTCTCATTCAAAGGACAAGTTAATGACAGTGCTTGCGCTGCTAACTGTCTCAGTTTGGGTAAAGCTGGAGGTCATTGCGAGAAAGGAGTTTGTATTTGTCGAAAAACCAGTTTCAAAGATCTCTGGGACAAACGTTTCGGTTAAGTGCCATTATGAAGATTCAACGATGAAATTTTTTAACAAAAAATATGAAAACGCGAAATGATTAAGAAATGAAAAATGAAAAACTGTATTATCATTGAAAATTCTATGAACTTTAATTTACTTATT                                                                                                        ]
[+] EMBL BI504906             [            TGAATTCGAGCCACTTGAGCATTTTGAGAATGAAGAACGTGCCGACAGACATAGAAGAGTAACTTGTGACCTTCTCTCATTCAAAGGACAAGTTAATGACAGTGCTTGCGCTGCTAACTGTCTCAGTTTGGGTAAAGCTGGAGGTCATTGCGAGAAAGGAGTTTGTATTTGTCGAAAAACCAGTTTCAAAGATCTCTGGGACAAACGTTTCGGTTAAGTGCCATTATGAAGATTCAACGATGAAATTTTTTAACAAAAAATATGAAAACGCGAAATGATTAAGAAATGAAAAATGAAAAACTGTATTATCATTGAAAATTCTATGAACTTTAATTTACTTATTTAATAAATAATATAAGTAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA                                                             ]




>consensus_186#1
ACCTGTTGAGGATGAATTCGAGCCACTTGAGCATTTTGAGAATGAAGAACGTGCCGACAG
ACATAGAAGAGTAACTTGTGACCTTCTCTCATTCAAAGGACAAGTTAATGACAGTGCTTG
CGCTGCTAACTGTCTCAGTTTGGGTAAAGCTGGAGGTCATTGCGAGAAAGGAGTTTGTAT
TTGTCGAAAAACCAGTTTCAAAGATCTCTGGGACAAACGTTTCGGTTAAGTGCCATTATG
AAGATTCAACGATGAAATTTTTTAACAAAAAATATGAAAACGCGAAATGATTAAGAAATG
AAAAATGAAAAACTGTATTATCATTGAAAATTCTATGAACTTTAATTTACTTATTTAATA
AATAATATAAGTAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_186#0      TCTCAGTCTTTTTTCGAATAGTTTGAATATCTATTGAAGTTTAACACGTATTTAGCCAAT 60
consensus_186#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_186#0      ATGAAAATCTATTTTATTGTCGGCCTTCTCTTCATGGCTATGGTTGCTATCATGGCTGCA 120
consensus_186#1      -----------------------------------------------------------A 1
                                                                                *

consensus_186#0      CCTGTTGAGGATGAATTCGAGCCACTTGAGCATTTTGAGAATGAAGAACGTGCCGACAGA 180
consensus_186#1      CCTGTTGAGGATGAATTCGAGCCACTTGAGCATTTTGAGAATGAAGAACGTGCCGACAGA 61
                     ************************************************************

consensus_186#0      CATAGAAGAGTAACTTGTGACCTTCTCTCATTCAAAGGACAAGTTAATGACAGTGCTTGC 240
consensus_186#1      CATAGAAGAGTAACTTGTGACCTTCTCTCATTCAAAGGACAAGTTAATGACAGTGCTTGC 121
                     ************************************************************

consensus_186#0      GCTGCTAACTGTCTCAGTTTGGGTAAAGCTGGAGGTCATTGCGAGAAAGGAGTTTGTATT 300
consensus_186#1      GCTGCTAACTGTCTCAGTTTGGGTAAAGCTGGAGGTCATTGCGAGAAAGGAGTTTGTATT 181
                     ************************************************************

consensus_186#0      TGTCGAAAAACCAGTTTCAAAGATCTCTGGGACAAACGTTTCGGTTAAGTGCCATTATGA 360
consensus_186#1      TGTCGAAAAACCAGTTTCAAAGATCTCTGGGACAAACGTTTCGGTTAAGTGCCATTATGA 241
                     ************************************************************

consensus_186#0      AGATTCAACGATGAAATTTTTTAACAAAAAATATGAAAACGCGAAATGATTAAGAAATGA 420
consensus_186#1      AGATTCAACGATGAAATTTTTTAACAAAAAATATGAAAACGCGAAATGATTAAGAAATGA 301
                     ************************************************************

consensus_186#0      AAAATGAAAAACTGTATTATCATTGAAAATTCTATGAACTTTAATTTACTTATTTAATAA 480
consensus_186#1      AAAATGAAAAACTGTATTATCATTGAAAATTCTATGAACTTTAATTTACTTATTTAATAA 361
                     ************************************************************

consensus_186#0      ATAATATAAGTAAATTATCTTTTGGTTTAATTTCTTTAAAGTATTATCTTTTGAATAAAT 540
consensus_186#1      ATAATATAAGTAAATTAA-----AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 416
                     *****************           **       ***  *  *       ** *** 

consensus_186#0      AAATTTTTTTATATAGATAAATTAGATAATAATAGAAAATAAATTTTTTTTCTAAATATA 600
consensus_186#1      AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA----------------- 459
                     ***       * * * * ***  * * ** ** * **** ***                 

consensus_186#0      AAAAAAAA 608
consensus_186#1      --------


Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)