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Apis mellifera
cluster # 187 cluster # 187       Sequences # 6       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_187#0 length = 571 sequences # 4  
consensus_187#1 length = 551 sequences # 2  

consensusID : consensus_187#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 571
fasta sequence
                              [TTTGTTTCTGTTGTGAATAATTAAGCCCCGGATCATCGAAATAGCAAGAGAATCTTGCTTTTAAATACGTTTATCTTGGGACAGAATGGCACGTGGACAACAGAAAATTCAATCACAAGCCAAAGCAGCTGAGAAAGCTGCAAAAGTAAAAAAACAACAAGGACATAGTGCTAATGAGCAAAAAAAGGCTGCACAGAAAGCTTTAGTTCATGTGTGCATAGTTTGTAAGGCACAAATGCCAGATCCAAAGACGTATAAACAACATTTTGAGAATAAACATCCTAAGAATGATTTACCAGAAGATTTAAAAAATATATGAGAGTAACATGTTGCACAAGCATGCAGGTTGGGATGGAGAGAGCAACAAAAAAATTATTACAAATGACAAAGTGATATAGTTCAACATTCAACTATTAAATAGTCACAAACAAGAAAAATAAATTAAATCTTGTTAGTGTTTAAAATGAACTATCGCACAGTTAACAATTGAATTTTTGTGCACAGCTCCAAATTGTAATATTATTGATAATTCATTTGTAAAACAAAATTGTTCATTTTTTTCCAAAGATAC]

[+] EMBL BI514056             [TTTGTTTCTGTTGTGAATAATTAAGCCCCGGATCATCGAAATAGCAAGAGAATCTTGCTTTTAAATACGTTTATCTTGGGACAGAATGGCACGTGGACAACAGAAAATTCAATCACAAGCCAAAGCAGCTGAGAAAGCTGCAAAAGTAAAAAAACAACAAGGACATAGTGCTAATGAGCAAAAAAAGGCTGCACAGAAAGCTTTAGTTCATGTGTGCATAGTTTGTAAGGCACAAATGCCAGATCCAAAGACGTATAAACAACATTTTGAGAATAAACATCCTAAGAATGATTTACCAGAAGATTTAAAAAATATATGAGAGTAACATGTTGCACAAGCATGCAGGTTGGGATGGAGAGAGCAACAAAAAAATTATTACAAATGACAAAGTGATATAGTTCAACATTCAACTATTAAATAGTCACAAACAAGAAAAATAAATTAAATCTTGTTAGTGTTTAAAATGAACTATCGCACAGTTAACAATTGAATTTTTGTGCACAGCTCCAAATTGTAATATTATTGATAATTCA                                      ]
[+] EMBL BI514106             [TTTGTTTCTGTTGTGAATAATTAAGCCCCGGATCATCGAAATAGCAAGAGAATCTTGCTTTTAAATACGTTTATCTTGGGACAGAATGGCACGTGGACAACAGAAAATTCAATCACAAGCCAAAGCAGCTGAGAAAGCTGCAAAAGTAAAAAAACAACAAGGACATAGTGCTAATGAGCAAAAAAAGGCTGCACAGAAAGCTTTAGTTCATGTGTGCATAGTTTGTAAGGCACAAATGCCAGATCCAAAGACGTATAAACAACATTTTGAGAATAAACATCCTAAGAATGATTTACCAGAAGATTTAAAAAATATATGAGAGTAACATGTTGCACAAGCATGCAGGTTGGGATGGAGAGAGCAACAAAAAAATTATTACAAATGACAAAGTGATATAGTTCAACATTCAACTATTAAATAGTCACAAACAAGAAA                                                                                                                                        ]
[+] EMBL BI514464             [                           CCGGATCATCGAAATAGCAAGAGAATCTTGCTTTTAAATACGTTTATCTTGGGACAGAATGGCACGTGGACAACAGAAAATTCAATCACAAGCCAAAGCAGCTGAGAAAGCTGCAAAAGTAAAAAAACAACAAGGACATAGTGCTAATGAGCAAAAAAAGGCTGCACAGAAAGCTTTAGTTCATGTGTGCATAGTTTGTAAGGCACAAATGCCAGATCCAAAGACGTATAAACAACATTTTGAGAATAAACATCCTAAGAATGATTTACCAGAAGATTTAAAAAATATATGAGAGTAACATGTTGCACAAGCATGCAGGTTGGGATGGAGAGAGCAACAAAAAAATTATTACAAATGACAAAGTGATATAGTTCAACATTCAACTATTAAATAGTCACAAACAAGAAAAATAAATTAAATCTTGTTAGTGTTTAAAATGAACTATCGCACAGTTAACAATTGAATTTTTGTGCACAGCTCCAAATTGTAATATTATTGATAATTCATTTGTAAAACAAAATTGTTCATTTTTTTCCAAAGATAC]
[+] EMBL BI511671             [                                           GCAAGAGAATCTTGCTTTTAAATACGTTTATCTTGGGACAGAATGGCACGTGGACAACAGAAAATTCAATCACAAGCCAAAGCAGCTGAGAAAGCTGCAAAAGTAAAAAAACAACAAGGACATAGTGCTAATGAGCAAAAAAAGGCTGCACAGAAAGCTTTAGTTCATGTGTGCATAGTTTGTAAGGCACAAATGCCAGATCCAAAGACGTATAAACAACATTTTGAGAATAAACATCCTAAGAATGATTTACCAGAAGATTTAAAAAATATATGAGAGTAACATGTTGCACAAGCATGCAGGTTGGGATGGAGAGAGCAACAAAAAAATTATTACAAATGACAAAGTGATATAGTTCAACATTCAACTATTAAATAGTCACAAACAAGAAAAATAAATTAAATCTTGTTAGTGTTTAAAATGAACTATCGCACAGTTAACAATTGAATTTTTGTGCACAGCTCCAAATTGTAATATTATTGATAATTCATTTGTAAAACAA                          ]


>consensus_187#0 TTTGTTTCTGTTGTGAATAATTAAGCCCCGGATCATCGAAATAGCAAGAGAATCTTGCTT TTAAATACGTTTATCTTGGGACAGAATGGCACGTGGACAACAGAAAATTCAATCACAAGC CAAAGCAGCTGAGAAAGCTGCAAAAGTAAAAAAACAACAAGGACATAGTGCTAATGAGCA AAAAAAGGCTGCACAGAAAGCTTTAGTTCATGTGTGCATAGTTTGTAAGGCACAAATGCC AGATCCAAAGACGTATAAACAACATTTTGAGAATAAACATCCTAAGAATGATTTACCAGA AGATTTAAAAAATATATGAGAGTAACATGTTGCACAAGCATGCAGGTTGGGATGGAGAGA GCAACAAAAAAATTATTACAAATGACAAAGTGATATAGTTCAACATTCAACTATTAAATA GTCACAAACAAGAAAAATAAATTAAATCTTGTTAGTGTTTAAAATGAACTATCGCACAGT TAACAATTGAATTTTTGTGCACAGCTCCAAATTGTAATATTATTGATAATTCATTTGTAA AACAAAATTGTTCATTTTTTTCCAAAGATAC



consensusID : consensus_187#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 551
fasta sequence
                              [TTATTTGAAAGGCAGTACTTCACGTACGGATGCTCGAAGATTGCTCGTTCTAATAGATGTGCTGTGAGCACTGCTTTCGATTACTCCGTTTTCTTTGCAAATCATTTTCTTAATTAATTTCAACTATACAACAAAATACAGGAACAAAATTTTTTTGTTTCTGTTGTGAATAATTAAGCCCCGGATCATCGAAATAGCAAGAGAATCTTGCTTTTAAATACGTTTATCTTGGGACAGGTGAGCGACCTATTTTTTGCAAACTACTTTGTCTAAAAAAATAATTTTTTGCTCTCGCTTATTGTAAATTTCTTCGAAAATTTAATTTGACTATTTTGTATTGCTGTTTTTTGCTTACACACGCTTGATAATATAAATTAAACCAATAATATCGCGGGCAATCTTTGGCACCTCAGTCACCTATTTTATAGGTTGGGTTTATAATCTCGGCGAAGTGAAAGTACGTAATAATAGTCTATTAAAGAGAAAGGATTGAAGATTATACAGTCGAATGAAGATGCACGTTGTCAACGTGCATCTTCATTCAAAAAAAA]

[+] EMBL BI513146             [TTATTTGAAAGGCAGTACTTCACGTACGGATGCTCGAAGATTGCTCGTTCTAATAGATGTGCTGTGAGCACTGCTTTCGATTACTCCGTTTTCTTTGCAAATCATTTTCTTAATTAATTTCAACTATACAACAAAATACAGGAACAAAATTTTTTTGTTTCTGTTGTGAATAATTAAGCCCCGGATCATCGAAATAGCAAGAGAATCTTGCTTTTAAATACGTTTATCTTGGGACAGGTGAGCGACCTATTTTTTGCAAACTACTTTGTCTAAAAAAATAATTTTTTGCTCTCGCTTATTGTAAATTTCTTCGAAAATTTAATTTGACTATTTTGTATTGCTGTTTTTTGCTTACACACGCTTGATAATATAAATTAAACCAATAATATCGCGGGCAATCTTTGGCACCTCAGTCACCTATTTTATAGGTTGGGTTTATAATCTCGGCGAAGTGAAAGTACGTAATAATAGTCTATTAAAGAGAAAGGATTGAAGATTATACAGTCGAATGAAGATGCACGTTGTCAACGTGCATCTTCATTCAAAAAAAA]
[+] EMBL BI513187             [TTATTTGAAAGGCAGTACTTCACGTACGGATGCTCGAAGATTGCTCGTTCTAATAGATGTGCTGTGAGCACTGCTTTCGATTACTCCGTTTTCTTTGCAAATCATTTTCTTAATTAATTTCAACTATACAACAAAATACAGGAACAAAATTTTTTTGTTTCTGTTGTGAATAATTAAGCCCCGGATCATCGAAATAGCAAGAGAATCTTGCTTTTAAATACGTTTATCTTGGGACAGGTGAGCGACCTATTTTTTGCAAACTACTTTGTCTAAAAAAATAATTTTTTGCTCTCGCTTATTGTAAATTTCTTCGAAAATTTAATTTGACTATTTTGTATTGCTGTTTTTTGCTTACACACGCTTGATAATATAAATTAAACCAATAATATCGCGGGCAATCTTTGGCACCTCAGTCACCTATTTTATAGGTTGGGTTTATAATCTCGGCGAAGTGAAAGTACGTAATAATAGTCTATTAAAGAGAA                                                                  ]


>consensus_187#1 TTATTTGAAAGGCAGTACTTCACGTACGGATGCTCGAAGATTGCTCGTTCTAATAGATGT GCTGTGAGCACTGCTTTCGATTACTCCGTTTTCTTTGCAAATCATTTTCTTAATTAATTT CAACTATACAACAAAATACAGGAACAAAATTTTTTTGTTTCTGTTGTGAATAATTAAGCC CCGGATCATCGAAATAGCAAGAGAATCTTGCTTTTAAATACGTTTATCTTGGGACAGGTG AGCGACCTATTTTTTGCAAACTACTTTGTCTAAAAAAATAATTTTTTGCTCTCGCTTATT GTAAATTTCTTCGAAAATTTAATTTGACTATTTTGTATTGCTGTTTTTTGCTTACACACG CTTGATAATATAAATTAAACCAATAATATCGCGGGCAATCTTTGGCACCTCAGTCACCTA TTTTATAGGTTGGGTTTATAATCTCGGCGAAGTGAAAGTACGTAATAATAGTCTATTAAA GAGAAAGGATTGAAGATTATACAGTCGAATGAAGATGCACGTTGTCAACGTGCATCTTCA TTCAAAAAAAA



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_187#0      -------------TTTGTTTCTGTTGTGAATAATTAAGCCCCGGATCATCGAAATAGCAA 47
consensus_187#1      TTATTTGAAAGGCAGTACTTCACGTACGGATGCTCGAAGATTGC-TCGTTCTAATAGATG 59
                                    *  ***   *  * **  *  *     *  ** *   *****   

consensus_187#0      ----GAGAATCTTGCTTTTAAATACGTTTATCTTGGGACAGAATGGCACGTGGACAACAG 103
consensus_187#1      TGCTGTGAGCACTGCTTTCGATTACTCCGTTTTCTTTGCAAATCATTTTCTTAATTAATT 119
                         * **    ******  * ***     * *     ** *        *  *  *   

consensus_187#0      AAAATTCAATCACAAGCCAAAGCAGCTGAGAAA----GCTGCAAAAGTAAAAAAACAACA 159
consensus_187#1      TCAACTATACAACAAAATACAGGAACAAAATTTTTTTGTTTCTGTTGTGAATAATTAAGC 179
                       ** *  *  ****   * ** * *  *        * * *    ** ** **  **  

consensus_187#0      AGGACATAGTGCTAATGAGCAAAAAAAGGCTGCAC--AGAAAGCTTTAGTTC---ATGTG 214
consensus_187#1      CCCGGATCAT-CGAAATAGCAAGAGAATCTTGCTTTTAAATACGTTTATCTTGGGACAGG 238
                          **  * * **  ***** * **   ***    * * *  ****  *    *   *

consensus_187#0      TGCATAGTTTGTAAGGCACAAA-TGCCAGATCCAAAGACGTATAAACAACATTTTGAGAA 273
consensus_187#1      TGAGCGACCTATTTTTTGCAAACTACTTTGTCTAAAAA------AATAATTTTTTGCTCT 292
                     **       * *      **** * *    ** *** *      ** **  *****    

consensus_187#0      TAAACATCCTAAGAATGATTTACCAGAAGATTTAAAAAATATATGAGAGTAACATGTTGC 333
consensus_187#1      CGCTTATTGTAAATTTCTTCGAAAATTTAATTTGACTATTTTGT-ATTGCTGTTTTTTGC 351
                          **  ***   *  *  *  *    **** *  * * * * *  *     * ****

consensus_187#0      ACAAGCATGCAGGTTGGGATGGAG-AGAGCAACAAAA----AAATTATTACAAATGACAA 388
consensus_187#1      TTACACACGCTTGATAATATAAATTAAACCAATAATATCGCGGGCAATCTTTGGCACCTC 411
                       *  ** **  * *   **  *  * * *** ** *         **         *  

consensus_187#0      AGTGATATAGTTCAACATTCAACTATTAAATAGTCACAAACAAGAAAAATAAATTAAATC 448
consensus_187#1      AGTCACCTATTTTATAGGTTGGGTTT---ATAATCTCGGCGAAGTGAAAGTACGTAATAA 468
                     *** *  ** ** *    *    * *   *** ** *    ***  ***  *  ***   

consensus_187#0      TTGTTAGTGTTTAAAATGAACTATCGCACAGTTAACAATTGAATTTTTGTGCACAGCTCC 508
consensus_187#1      TAGTC--TATTAAAGAGAAAGGATTGAAGATTATACAGTCGAATGAAGATGCACGTTGTC 526
                     * **   * ** ** *  **  ** * * * *  *** * ****     *****     *

consensus_187#0      AAATTGTAATATTATTGATAATTCATTTGTAAAACAAAATTGTTCATTTTTTTCCAAAGA 568
consensus_187#1      AACGTGCATCTTCATTCAAAAAAAA----------------------------------- 551
                     **  ** *   * *** * **   *                                   

consensus_187#0      TAC 571
consensus_187#1      ---
                        




Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)