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Apis mellifera
cluster # 2088 cluster # 2088       Sequences # 2       consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_2088#0 length = 554 sequences # 1  
 consensus_2088#1 length = 416 sequences # 1  
consensusID : consensus_2088#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 554
fasta sequence 
                              [CATTATGGTACGAAAATTGTTTTTGGAATGGGAAATTTGTTACCAGCTATTATTGGCTTCATCATCCCGATTGCAACATATCAGCTTTACGTTCTCGTGGTTTTACGAATTCTTCAAGGTTTTTTCGCAGGTGTTGTGTGGCCTTCTATGCACAATATGACTGCCAAATGGATTCCTCCAAACGAGAGAAGTAGATTTGTTAGTTCTTATTTGGGTAAAGTACCTGGAATAATTTTATTATTATATTTATTTAATATACGTACCATCCGTCGATAATTAATAATTAATAATTGATTATTAAAATTTGAAAAATTTTGAGAGAAAGATTTGAAAAATGACCACGACAAAATAATGTAATAATATTTCTAAATATGTCGTGCTTTAGGCGGCTCTGTANNTGCTGCCATCACTTATCCACTTTGCGCAATAATTATTAAAGGACTCAATTGGGGTGCTACTTTTCACATAACATCGTTAATCGGTGTCATTTGGTAATTTTATTTTAAATATGAAATATTTACACGTATGGATAAATATCCAAAATATATTATCCA]

[+] EMBL BI504146             [CATTATGGTACGAAAATTGTTTTTGGAATGGGAAATTTGTTACCAGCTATTATTGGCTTCATCATCCCGATTGCAACATATCAGCTTTACGTTCTCGTGGTTTTACGAATTCTTCAAGGTTTTTTCGCAGGTGTTGTGTGGCCTTCTATGCACAATATGACTGCCAAATGGATTCCTCCAAACGAGAGAAGTAGATTTGTTAGTTCTTATTTGGGTAAAGTACCTGGAATAATTTTATTATTATATTTATTTAATATACGTACCATCCGTCGATAATTAATAATTAATAATTGATTATTAAAATTTGAAAAATTTTGAGAGAAAGATTTGAAAAATGACCACGACAAAATAATGTAATAATATTTCTAAATATGTCGTGCTTTAGGCGGCTCTGTANNTGCTGCCATCACTTATCCACTTTGCGCAATAATTATTAAAGGACTCAATTGGGGTGCTACTTTTCACATAACATCGTTAATCGGTGTCATTTGGTAATTTTATTTTAAATATGAAATATTTACACGTATGGATAAATATCCAAAATATATTATCCA]




>consensus_2088#0
CATTATGGTACGAAAATTGTTTTTGGAATGGGAAATTTGTTACCAGCTATTATTGGCTTC
ATCATCCCGATTGCAACATATCAGCTTTACGTTCTCGTGGTTTTACGAATTCTTCAAGGT
TTTTTCGCAGGTGTTGTGTGGCCTTCTATGCACAATATGACTGCCAAATGGATTCCTCCA
AACGAGAGAAGTAGATTTGTTAGTTCTTATTTGGGTAAAGTACCTGGAATAATTTTATTA
TTATATTTATTTAATATACGTACCATCCGTCGATAATTAATAATTAATAATTGATTATTA
AAATTTGAAAAATTTTGAGAGAAAGATTTGAAAAATGACCACGACAAAATAATGTAATAA
TATTTCTAAATATGTCGTGCTTTAGGCGGCTCTGTANNTGCTGCCATCACTTATCCACTT
TGCGCAATAATTATTAAAGGACTCAATTGGGGTGCTACTTTTCACATAACATCGTTAATC
GGTGTCATTTGGTAATTTTATTTTAAATATGAAATATTTACACGTATGGATAAATATCCA
AAATATATTATCCA

consensusID : consensus_2088#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 416
fasta sequence 
                              [AGTTATAAATAATTATAAATGTAATGAATTATTACATTATATTATATTACATATTATTATATTATACAGTGAAAGTTAATTTTATTTTCAGGATAGATTTGCATGGAATGAAAACGAACAGAATTTAGCTTTGGGATCTTACTTCTGGTTACATTGGACAACGCAAATTCCTGGTGGCTTTCTAGCAAGACATTACGGTACGAAAATTGTTTTTGGAATGGGAAATTTGTTACCAGCTATTATTGGCTTCATCATCCCGATTGCAACATATCAGCTTTACGTTCTCGTGATTTTACGAATTCTTCAAGGTTTTTTCGCAGTGAGTAAATAATAAAATGCATATATTTTGAGAGAATGGAATCATGGATGATTTATTTAGGGTGTTGTGTGGCCTTCCATGCACAATATGACTGCCA]

[-] EMBL BI506624             [AGTTATAAATAATTATAAATGTAATGAATTATTACATTATATTATATTACATATTATTATATTATACAGTGAAAGTTAATTTTATTTTCAGGATAGATTTGCATGGAATGAAAACGAACAGAATTTAGCTTTGGGATCTTACTTCTGGTTACATTGGACAACGCAAATTCCTGGTGGCTTTCTAGCAAGACATTACGGTACGAAAATTGTTTTTGGAATGGGAAATTTGTTACCAGCTATTATTGGCTTCATCATCCCGATTGCAACATATCAGCTTTACGTTCTCGTGATTTTACGAATTCTTCAAGGTTTTTTCGCAGTGAGTAAATAATAAAATGCATATATTTTGAGAGAATGGAATCATGGATGATTTATTTAGGGTGTTGTGTGGCCTTCCATGCACAATATGACTGCCA]




>consensus_2088#1
AGTTATAAATAATTATAAATGTAATGAATTATTACATTATATTATATTACATATTATTAT
ATTATACAGTGAAAGTTAATTTTATTTTCAGGATAGATTTGCATGGAATGAAAACGAACA
GAATTTAGCTTTGGGATCTTACTTCTGGTTACATTGGACAACGCAAATTCCTGGTGGCTT
TCTAGCAAGACATTACGGTACGAAAATTGTTTTTGGAATGGGAAATTTGTTACCAGCTAT
TATTGGCTTCATCATCCCGATTGCAACATATCAGCTTTACGTTCTCGTGATTTTACGAAT
TCTTCAAGGTTTTTTCGCAGTGAGTAAATAATAAAATGCATATATTTTGAGAGAATGGAA
TCATGGATGATTTATTTAGGGTGTTGTGTGGCCTTCCATGCACAATATGACTGCCA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2088#0      CATTATGGTACGAAAATTGTTTTTGGAATGGGAAATTTGTTACCAGCTATTATTGGCTTC 60
consensus_2088#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2088#0      ATCATCCCGATTGCAACATATCAGCTTTACGTTCTCGTGGTTTTACGAATTCTTCAAGGT 120
consensus_2088#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2088#0      TTTTTCGCAGGTGTTGTGTGGCCTTCTATGCACAAT-ATGACTGCCAAATGGATTCCTCC 179
consensus_2088#1      -----------------------AGTTATAAATAATTATAAATGT--AATGAATTATTAC 35
                                                ***  * *** ** * **   **** ***  * *

consensus_2088#0      AAACGAGAGAAGTAGAT-TTGTTAGTTCTTATTTGGGTAAAGTACCTGGAATAATTTTAT 238
consensus_2088#1      ATTATATTATATTACATATTATTA--TATTATACAGTGAAAGT---TAATTTTATTTTCA 90
                      *    *    * ** ** ** ***  * ****   *  *****   *    * *****  

consensus_2088#0      TATTATATTTATTTAATATACGTACCATCCGTCGATAA--TTAATAATTAATAATTGATT 296
consensus_2088#1      GGATAGATTTGCATGGAATGAAAACGAACAGAATTTAGCTTTGGGATCTTACTTCTGGTT 150
                         ** ****   *   **    ** * * *    **   **   *  * *    ** **

consensus_2088#0      AT-TAAAATTTGAAAAATTTTGAGAGAAAGATTTGAAAAATGACCACGACAAAATAAT-G 354
consensus_2088#1      ACATTGGACAACGCAAATTCCTGGTGGCTTTCTAGCAAGAC-ATTACGGTACGAAAATTG 209
                      *  *   *      *****    * *      * * ** *  *  ***  *  * *** *

consensus_2088#0      TAATAATATTTCTAAATATGTCGT--GCTTTAGGCGGCTCTGTANNTGCTGCCATCACTT 412
consensus_2088#1      TTTTTGGAATGGGAAATTTGTTACCAGCTATTATTGGCTTCATCATCCCGATTGCAACAT 269
                      *  *   * *   **** ***     *** *    ****   *     *       ** *

consensus_2088#0      ATCCACTTTGCGCAATAATTATTAAAGGACTCAATTGGGGTGCTACTTTTCACATAACAT 472
consensus_2088#1      ATCAGCTTTACGTTCTCGTGATTTTACGAATTCTTCAAGGTTTTTTCGCAGTGAGTAAAT 329
                      ***  **** **   *  * ***  * ** *   *   ***  *         *  * **

consensus_2088#0      CGTTAATCG-GTGTCATTTGGTAATTTTATTTTAAATATGAAATATTTACA----CGTAT 527
consensus_2088#1      AATAAAATGCATATATTTTGAGAGAATGGAATCATGGATGATTTATTTAGGGTGTTGTGT 389
                        * **  *  * *  ****  *   *    * *   ****  ******       ** *

consensus_2088#0      GGATAAATATCCAAAATATATTATCCA 554
consensus_2088#1      GGCCTTCCATGCACAATATGACTGCCA 416
                      **      ** ** *****     ***


Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)