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Apis mellifera
cluster # 2205 cluster # 2205       Sequences # 2       consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_2205#0 length = 579 sequences # 1  
 consensus_2205#1 length = 463 sequences # 1  
consensusID : consensus_2205#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 579
fasta sequence 
                              [TATATTATTGGCTGAGCAGCCGTCTCTACTGACGGCATGTTTCAAATGTTTACCAATTATAAGTCTTATCGTTTTTGTTCTGCTACATGGAATTAATTTATCGCAGGAATCACATGAAATTCGATCTTATAAGAACGACTTTTATTGGAACACAGAAGAGGATTGATTTATTATGAAGCAGAGCAATACTGTTTCCGTTGATTTTATGAATAATATCACTAATGATATATTCATAACACTATGACTATTTTTATTTTTACATAAAGTACGAAACATCATTACTGCGTTTTCATAATCAGTGAAATATTAAATATTCCTATTCAACGATGTTTCTATAATATTTTAAAAAAATTCATTTTAAAAAATGAAAAAAAAATATAATTAAAAAGTCACCTGAAAATATATACCTTTTCGAGACGAATATTGACAGGATTAATATTCAGTTGTATAGGAGATGCATTATTGGTTTGGCCCAGTTGTTTCACACCTGGAATGTGCATGTTTGCTTTAGCTCAGNTTATGTACATCAGTGCATTCGGTTTTATACCGCTTAATATAATGCTAGGTACAATTTTATAT]

[+] EMBL BI503859             [TATATTATTGGCTGAGCAGCCGTCTCTACTGACGGCATGTTTCAAATGTTTACCAATTATAAGTCTTATCGTTTTTGTTCTGCTACATGGAATTAATTTATCGCAGGAATCACATGAAATTCGATCTTATAAGAACGACTTTTATTGGAACACAGAAGAGGATTGATTTATTATGAAGCAGAGCAATACTGTTTCCGTTGATTTTATGAATAATATCACTAATGATATATTCATAACACTATGACTATTTTTATTTTTACATAAAGTACGAAACATCATTACTGCGTTTTCATAATCAGTGAAATATTAAATATTCCTATTCAACGATGTTTCTATAATATTTTAAAAAAATTCATTTTAAAAAATGAAAAAAAAATATAATTAAAAAGTCACCTGAAAATATATACCTTTTCGAGACGAATATTGACAGGATTAATATTCAGTTGTATAGGAGATGCATTATTGGTTTGGCCCAGTTGTTTCACACCTGGAATGTGCATGTTTGCTTTAGCTCAGNTTATGTACATCAGTGCATTCGGTTTTATACCGCTTAATATAATGCTAGGTACAATTTTATAT]




>consensus_2205#0
TATATTATTGGCTGAGCAGCCGTCTCTACTGACGGCATGTTTCAAATGTTTACCAATTAT
AAGTCTTATCGTTTTTGTTCTGCTACATGGAATTAATTTATCGCAGGAATCACATGAAAT
TCGATCTTATAAGAACGACTTTTATTGGAACACAGAAGAGGATTGATTTATTATGAAGCA
GAGCAATACTGTTTCCGTTGATTTTATGAATAATATCACTAATGATATATTCATAACACT
ATGACTATTTTTATTTTTACATAAAGTACGAAACATCATTACTGCGTTTTCATAATCAGT
GAAATATTAAATATTCCTATTCAACGATGTTTCTATAATATTTTAAAAAAATTCATTTTA
AAAAATGAAAAAAAAATATAATTAAAAAGTCACCTGAAAATATATACCTTTTCGAGACGA
ATATTGACAGGATTAATATTCAGTTGTATAGGAGATGCATTATTGGTTTGGCCCAGTTGT
TTCACACCTGGAATGTGCATGTTTGCTTTAGCTCAGNTTATGTACATCAGTGCATTCGGT
TTTATACCGCTTAATATAATGCTAGGTACAATTTTATAT

consensusID : consensus_2205#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 463
fasta sequence 
                              [TTTACCAATTATAAGTCTTATCGTTTTTGTTCTGCTACATGGAATTAATTTATCGCAGGAATATACCTTTTCGAGACGAATATTGACAGGATTAATATTCAGTTGTATAGGAGATGCATTATTGGTTTGGCCCAGTTGTTTCACACCTGGAATGTGCATGTTTGCTTTAGCTCAGATTATGTACATCAGTGCATTCGGTTTTATACCGCTTAATATAATGCTAGGTACAATTTTATATGCGATGTGTTCGCTAGTCATATATACTTTAATGCCTGGTCTAAATGGAATTCTGGTCGTTGGAGTTCCAGTTTACACAATATTATTAACTACTATGGCATGGAGAGCAATTTCTAGAGTACAATTTTACAAAGAATTATGGACGTGGACTAAATTATGTAGCTGCATCGGCAGTATATGTTTTCTTATATCTGATACTTTACTTGGATTTCACTATTTTCATACA]

[+] EMBL BI511586             [TTTACCAATTATAAGTCTTATCGTTTTTGTTCTGCTACATGGAATTAATTTATCGCAGGAATATACCTTTTCGAGACGAATATTGACAGGATTAATATTCAGTTGTATAGGAGATGCATTATTGGTTTGGCCCAGTTGTTTCACACCTGGAATGTGCATGTTTGCTTTAGCTCAGATTATGTACATCAGTGCATTCGGTTTTATACCGCTTAATATAATGCTAGGTACAATTTTATATGCGATGTGTTCGCTAGTCATATATACTTTAATGCCTGGTCTAAATGGAATTCTGGTCGTTGGAGTTCCAGTTTACACAATATTATTAACTACTATGGCATGGAGAGCAATTTCTAGAGTACAATTTTACAAAGAATTATGGACGTGGACTAAATTATGTAGCTGCATCGGCAGTATATGTTTTCTTATATCTGATACTTTACTTGGATTTCACTATTTTCATACA]




>consensus_2205#1
TTTACCAATTATAAGTCTTATCGTTTTTGTTCTGCTACATGGAATTAATTTATCGCAGGA
ATATACCTTTTCGAGACGAATATTGACAGGATTAATATTCAGTTGTATAGGAGATGCATT
ATTGGTTTGGCCCAGTTGTTTCACACCTGGAATGTGCATGTTTGCTTTAGCTCAGATTAT
GTACATCAGTGCATTCGGTTTTATACCGCTTAATATAATGCTAGGTACAATTTTATATGC
GATGTGTTCGCTAGTCATATATACTTTAATGCCTGGTCTAAATGGAATTCTGGTCGTTGG
AGTTCCAGTTTACACAATATTATTAACTACTATGGCATGGAGAGCAATTTCTAGAGTACA
ATTTTACAAAGAATTATGGACGTGGACTAAATTATGTAGCTGCATCGGCAGTATATGTTT
TCTTATATCTGATACTTTACTTGGATTTCACTATTTTCATACA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2205#0      TATATTATTGGCTGAGCAGCCGTCTCTACTGACGGCATGTTTCAAATGTTTACCAATTAT 60
consensus_2205#1      ------------------------------------------------TTTACCAATTAT 12
                                                                      ************

consensus_2205#0      AAGTCTTATCGTTTTTGTTCTGCTACATGGAATTAATTTATCGCAGGAATCACATGAAAT 120
consensus_2205#1      AAGTCTTATCGTTTTTGTTCTGCTACATGGAATTAATTTATCGCAGGAAT-ATACCTTTT 71
                      ************************************************** * *     *

consensus_2205#0      TCGATCTTATAAGAAC--GACTTTTATTGGAACACAGAAGAGGATTGATTTATTATGAAG 178
consensus_2205#1      CGAGACGAATATTGACAGGATTAATATTCAGTTGTATAGGAG-ATGCATTATTGGTTTGG 130
                           *  ***   **  ** *  ****       * * *** **  ***  *  *   *

consensus_2205#0      CAGAGCAATACTGTTTCCGTTGATTTTATGAATAATATCACTAATGATATATTCATAACA 238
consensus_2205#1      CCCAGTTGTTTCACACCTGGAATGTGCATGTTTGCTTTAGCTCAGATTATGTACATCAGT 190
                      *  **   *       * *     *  ***  *  * *  ** *   *** * *** *  

consensus_2205#0      CTATGACTATTTTTATTTTTACATAAAGTACGAAACATCATTAC---TGCGTTTTCATAA 295
consensus_2205#1      GCATTCGGTTTTATACCGCTTAATATAATGCTAGGTACAATTTTATATGCGATGTGTTCG 250
                        **     *** **    *  *** * * * *   *  ***     **** * *  *  

consensus_2205#0      TCAGTGAAATATTAAATATT-CCTATTCAACGATGTTTCTATAATATTTTAAAAAAATTC 354
consensus_2205#1      CTAGTCATATATACTTTAATGCCTGGTCTA-AATGGAATTCTGGTCGTT---GGAGTTCC 306
                        *** * ****    ** * ***  ** *  ***    * *  *  **     *  * *

consensus_2205#0      ATTTTAAAAAATGAAAAAAA--AATATAATTAAAAAGTCACCTGAAAATATATACCTTTT 412
consensus_2205#1      AGTTTACACAATATTATTAACTACTATGGCATGGAGAGCAATTTCTAGAGTACAATTTTA 366
                      * **** * ***   *  **  * ***       *   **  *   *   ** *  *** 

consensus_2205#0      CGAGACGAATATTGACA-GGATTAA--TATTCAGTTGTATAGGAGATGCATTATTGGTTT 469
consensus_2205#1      CAAAG-AATTATGGACGTGGACTAAATTATGTAGCTGCATCGGCAGTATATGTTTTCTTA 425
                      * *    * *** ***  *** ***  ***  ** ** ** **   *  **  **  ** 

consensus_2205#0      GGCCCAGTTGTTTCACACCTGGAATGTGCATGTTTGCTTTAGCTCAGNTTATGTACATCA 529
consensus_2205#1      TATCTGATACTTT---ACTTGGATTTCACTATTTTCATACA------------------- 463
                         *   *  ***   ** **** *   *   ***  *  *                   

consensus_2205#0      GTGCATTCGGTTTTATACCGCTTAATATAATGCTAGGTACAATTTTATAT 579
consensus_2205#1      --------------------------------------------------


Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)