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Apis mellifera
cluster # 2306 cluster # 2306       Sequences # 2       consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_2306#0 length = 581 sequences # 1  
 consensus_2306#1 length = 512 sequences # 1  
consensusID : consensus_2306#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 581
fasta sequence 
                              [TATATGTATATATATATTTACAATTATTTAAATCTTTCGACATATAATGAATTTTATTATTAATTAATATTTGATTTTAAATATTTATAATTTAAAATATATTTATAATTCTACGATTACTTAACCAATATTTTAATTATTTTAAATTAATTTAATAAATTTATTAAATAATTATTATTATATTAAACTTATTTATTTAATAATTTTCTATTTTTAAAATGAAAAATTCAATAAGAATTATAAAAAAAAAATTGATTACATTGCTCATATTCGCAAATATAATAACATTATGTTCTATAGTTGAAAGTTCTGAAATAGATAATTCAAATGAAGAATCTTGTCATTGTAATAGTCGTACTTTTGACAGACAAACAAATATAAAGAATTATTATAAGAAAGAAATACAAGATTCTTGTTTGGCGAATGATATTCTTCATGTTTATGCAAAGACTGTGAATTCTATAAATCATTTAAAAAACATGATTAAGATAAAGNNNGGTATTTTTGGGATTGGTACAAACGATCCAATTTTTATTGCTGATGGCGAAGGACCAAAACAGCAAATATATTTAAATAGTTTT]

[+] EMBL BI507747             [TATATGTATATATATATTTACAATTATTTAAATCTTTCGACATATAATGAATTTTATTATTAATTAATATTTGATTTTAAATATTTATAATTTAAAATATATTTATAATTCTACGATTACTTAACCAATATTTTAATTATTTTAAATTAATTTAATAAATTTATTAAATAATTATTATTATATTAAACTTATTTATTTAATAATTTTCTATTTTTAAAATGAAAAATTCAATAAGAATTATAAAAAAAAAATTGATTACATTGCTCATATTCGCAAATATAATAACATTATGTTCTATAGTTGAAAGTTCTGAAATAGATAATTCAAATGAAGAATCTTGTCATTGTAATAGTCGTACTTTTGACAGACAAACAAATATAAAGAATTATTATAAGAAAGAAATACAAGATTCTTGTTTGGCGAATGATATTCTTCATGTTTATGCAAAGACTGTGAATTCTATAAATCATTTAAAAAACATGATTAAGATAAAGNNNGGTATTTTTGGGATTGGTACAAACGATCCAATTTTTATTGCTGATGGCGAAGGACCAAAACAGCAAATATATTTAAATAGTTTT]




>consensus_2306#0
TATATGTATATATATATTTACAATTATTTAAATCTTTCGACATATAATGAATTTTATTAT
TAATTAATATTTGATTTTAAATATTTATAATTTAAAATATATTTATAATTCTACGATTAC
TTAACCAATATTTTAATTATTTTAAATTAATTTAATAAATTTATTAAATAATTATTATTA
TATTAAACTTATTTATTTAATAATTTTCTATTTTTAAAATGAAAAATTCAATAAGAATTA
TAAAAAAAAAATTGATTACATTGCTCATATTCGCAAATATAATAACATTATGTTCTATAG
TTGAAAGTTCTGAAATAGATAATTCAAATGAAGAATCTTGTCATTGTAATAGTCGTACTT
TTGACAGACAAACAAATATAAAGAATTATTATAAGAAAGAAATACAAGATTCTTGTTTGG
CGAATGATATTCTTCATGTTTATGCAAAGACTGTGAATTCTATAAATCATTTAAAAAACA
TGATTAAGATAAAGNNNGGTATTTTTGGGATTGGTACAAACGATCCAATTTTTATTGCTG
ATGGCGAAGGACCAAAACAGCAAATATATTTAAATAGTTTT

consensusID : consensus_2306#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 512
fasta sequence 
                              [CTGATGGCGAAGGACCAAAACAGCAAATATATTTAAATAGTTTTTATATAGATAAGACGGAAGTGAGTAATCACGATTTTTCAAAATTCGTTGATGCCACTAATTATAAAACAGAAGCAGAAAGATTTGGAGATTCATTCGTATTTAGAGGTTTATTAAAACAAAAAGATCAAAAAAATATAACACTTGTTGTTGCTCAAGCTCCTTGGTGGCTACAAGTAAAAAATGCAAATTGGCTGCATCCAGAGGGTCCTGAATCAGATATTAAGAGTATGATTCATTTTTTGATTGCTTATTACGTAATTGGAAATAGCAACAATTAAAATTGAATAATCCAGATAGAATGGATCATCCTGTTATTCATGTATCATGGAATGATGCTATTGCCTATTGCAATTGGTTAGGAAAACGATTGCCTACTGAAGCAGAATGGGAAGTTGCATGTCGAGGAGGATTGTCGGATAGATTATATCCATGGGGAAATAAATTAATTCCAAATGGTCAATATAGAG]

[+] EMBL BI503613             [CTGATGGCGAAGGACCAAAACAGCAAATATATTTAAATAGTTTTTATATAGATAAGACGGAAGTGAGTAATCACGATTTTTCAAAATTCGTTGATGCCACTAATTATAAAACAGAAGCAGAAAGATTTGGAGATTCATTCGTATTTAGAGGTTTATTAAAACAAAAAGATCAAAAAAATATAACACTTGTTGTTGCTCAAGCTCCTTGGTGGCTACAAGTAAAAAATGCAAATTGGCTGCATCCAGAGGGTCCTGAATCAGATATTAAGAGTATGATTCATTTTTTGATTGCTTATTACGTAATTGGAAATAGCAACAATTAAAATTGAATAATCCAGATAGAATGGATCATCCTGTTATTCATGTATCATGGAATGATGCTATTGCCTATTGCAATTGGTTAGGAAAACGATTGCCTACTGAAGCAGAATGGGAAGTTGCATGTCGAGGAGGATTGTCGGATAGATTATATCCATGGGGAAATAAATTAATTCCAAATGGTCAATATAGAG]




>consensus_2306#1
CTGATGGCGAAGGACCAAAACAGCAAATATATTTAAATAGTTTTTATATAGATAAGACGG
AAGTGAGTAATCACGATTTTTCAAAATTCGTTGATGCCACTAATTATAAAACAGAAGCAG
AAAGATTTGGAGATTCATTCGTATTTAGAGGTTTATTAAAACAAAAAGATCAAAAAAATA
TAACACTTGTTGTTGCTCAAGCTCCTTGGTGGCTACAAGTAAAAAATGCAAATTGGCTGC
ATCCAGAGGGTCCTGAATCAGATATTAAGAGTATGATTCATTTTTTGATTGCTTATTACG
TAATTGGAAATAGCAACAATTAAAATTGAATAATCCAGATAGAATGGATCATCCTGTTAT
TCATGTATCATGGAATGATGCTATTGCCTATTGCAATTGGTTAGGAAAACGATTGCCTAC
TGAAGCAGAATGGGAAGTTGCATGTCGAGGAGGATTGTCGGATAGATTATATCCATGGGG
AAATAAATTAATTCCAAATGGTCAATATAGAG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2306#0      TATATGTATATATATATTTACAATTATTTAAATCTTTCGACATATAATGAATTTTATTAT 60
consensus_2306#1      ------------------------------------CTGATG-GCGAAGGACCAAAACAG 23
                                                            **      * * *    *  * 

consensus_2306#0      TAATTAATATTTGATTTTAAATATTTATA-ATTTAAAATATATTTATAATTCTACGATTA 119
consensus_2306#1      CAAATA-TATTTAAAT---AGTTTTTATATAGATAAGACGGAAGTGAGTAATCACGATTT 79
                       ** ** ***** * *   * * ****** *  *** *   *  *        ****** 

consensus_2306#0      CTTAACCAATATTTTAATTATTTTAAATTAATTTAATAAATTTATTAAATAATTATTATT 179
consensus_2306#1      TTCAA--AATTCGTTGATGCC-----ACTAATT--ATAAAACAGAAGCAGAAAGATTTGG 130
                       * **  ***   ** **        * *****  *****        * **  ***   

consensus_2306#0      ATATTAAACTTATTTATTTAATAATTTTCTATTTTTAAAATGAAAAATTCAATAAGAATT 239
consensus_2306#1      AGATTCA---TTCGTATTTAGAGGTTTA------TTAAAACAAAAAGATCAA-AAAAATA 180
                      * *** *   *   ******    ***       ******  ****  **** ** *** 

consensus_2306#0      ATAAAAAAAAAATTGATTACATTGCTCA-TATTCGCAAATATAATAACATTATGTTCTAT 298
consensus_2306#1      TAACACTTGTTGTTGCTCAAGCTCCTTGGTGGCTACAAGTAAAAAATGCAAATTGGCTGC 240
                        * *       *** * *   * **   *     *** ** ** *     **   **  

consensus_2306#0      AGTT-GAAAGTTCTGAAATAGATAATTCAAATGAAGAATCTTGTCATTGTAATAGTCGTA 357
consensus_2306#1      ATCCAGAGGGTCCTGAATCAGATATT-------AAGAGTATGATTCATTTTTTGATTGC- 292
                      *    **  ** *****  ***** *       **** * *  *   * *  *  * *  

consensus_2306#0      CTTTTGACAGACAAACAAATATAAAGAATTATTATAAGAAAGAAATACAAGATTCTTGTT 417
consensus_2306#1      ---TTATTACGTAATTGGAAATAGC-AACAATTAAAATTGAATAATCCAGA----TAGAA 344
                         **   *   **    * ***   **  **** **   *  *** **      * *  

consensus_2306#0      TGGCGAATGATATTCTTCATGT-TTATGCAAAGACTGTGAATTCTAT---AAATCATTTA 473
consensus_2306#1      TGGATCATCCTGTTATTCATGTATCATGGAATGATGCTATTGCCTATTGCAATTGGTTAG 404
                      ***   **  * ** ******* * *** ** **   *     ****   ** *  **  

consensus_2306#0      AAAAACA--TGATTAA-GATAAAGNNNGGTATTTTTGGGATTGGTACAAACGATCCAATT 530
consensus_2306#1      GAAAACGATTGCCTACTGAAGCAGAATGGGAAGTTGCATGTCGAGGAGGATTGTCGGATA 464
                       *****   **  **  **   **   ** *  **     * *      *   **  ** 

consensus_2306#0      TTTATTGCTGATGGCGAAGGACCAAAACAGCAAATATATTTAAATAGTTTT 581
consensus_2306#1      GATTATATCCATGGGGAAATAAATTAATTCCAAATG-GTCAATATAGAG-- 512
                        *  *    **** ***  *    **   *****   *  * ****


Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)