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Apis mellifera
cluster # 2547 cluster # 2547       Sequences # 2       consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_2547#0 length = 605 sequences # 1  
 consensus_2547#1 length = 537 sequences # 1  
consensusID : consensus_2547#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 605
fasta sequence 
                              [AGAAGCACTTGAAACGTCTTAATGCGCCTAAAGCATGGATGTTAGACAAGCTTGGAGGTGTATATGCTCCACGTCCATCTACGGGACCTCATAAATTAAGGGAATCTCTTCCTCTTGTTATTTTTCTTCGTAATAGATTGAAATATGCATTAACTAATTCTGAAGTAACAAAAATTGTAATGCAACGTTTGATTAAAGTTGATGGTAAGGTTAGAACTGATGCGAACTATCCAGCAGGTTTTATGGATGTCATTACTATTAATAAGACTGGTGAATATTTTCGATTGATTTATGATGTTAAAGGCAGATTTACCACTCATAGAATTACTGCAGAAGAAGCAAAGTATAAATTGTGTAAAGTTAAACGCGTTCAAACTGGTCCAAAAGGAATTCCATTTTTGGTAACACATGATGGAAGAACTATTCGTTATCCAGATCCTGTAATTAAAGTTAATGATACTATCCATTTAGATATAGCAACAGGAAAAATTTTAGATTCTATTCGATTTGATTCAGGTATATTTTTTTGATTATTTTATTTTTATTTTTATTATTATTATTTAGCATTTTTTTAAAAATAATGCTAAATATAAATATAAAAAAAA]

[+] EMBL BI508448             [AGAAGCACTTGAAACGTCTTAATGCGCCTAAAGCATGGATGTTAGACAAGCTTGGAGGTGTATATGCTCCACGTCCATCTACGGGACCTCATAAATTAAGGGAATCTCTTCCTCTTGTTATTTTTCTTCGTAATAGATTGAAATATGCATTAACTAATTCTGAAGTAACAAAAATTGTAATGCAACGTTTGATTAAAGTTGATGGTAAGGTTAGAACTGATGCGAACTATCCAGCAGGTTTTATGGATGTCATTACTATTAATAAGACTGGTGAATATTTTCGATTGATTTATGATGTTAAAGGCAGATTTACCACTCATAGAATTACTGCAGAAGAAGCAAAGTATAAATTGTGTAAAGTTAAACGCGTTCAAACTGGTCCAAAAGGAATTCCATTTTTGGTAACACATGATGGAAGAACTATTCGTTATCCAGATCCTGTAATTAAAGTTAATGATACTATCCATTTAGATATAGCAACAGGAAAAATTTTAGATTCTATTCGATTTGATTCAGGTATATTTTTTTGATTATTTTATTTTTATTTTTATTATTATTATTTAGCATTTTTTTAAAAATAATGCTAAATATAAATATAAAAAAAA]




>consensus_2547#0
AGAAGCACTTGAAACGTCTTAATGCGCCTAAAGCATGGATGTTAGACAAGCTTGGAGGTG
TATATGCTCCACGTCCATCTACGGGACCTCATAAATTAAGGGAATCTCTTCCTCTTGTTA
TTTTTCTTCGTAATAGATTGAAATATGCATTAACTAATTCTGAAGTAACAAAAATTGTAA
TGCAACGTTTGATTAAAGTTGATGGTAAGGTTAGAACTGATGCGAACTATCCAGCAGGTT
TTATGGATGTCATTACTATTAATAAGACTGGTGAATATTTTCGATTGATTTATGATGTTA
AAGGCAGATTTACCACTCATAGAATTACTGCAGAAGAAGCAAAGTATAAATTGTGTAAAG
TTAAACGCGTTCAAACTGGTCCAAAAGGAATTCCATTTTTGGTAACACATGATGGAAGAA
CTATTCGTTATCCAGATCCTGTAATTAAAGTTAATGATACTATCCATTTAGATATAGCAA
CAGGAAAAATTTTAGATTCTATTCGATTTGATTCAGGTATATTTTTTTGATTATTTTATT
TTTATTTTTATTATTATTATTTAGCATTTTTTTAAAAATAATGCTAAATATAAATATAAA
AAAAA

consensusID : consensus_2547#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 537
fasta sequence 
                              [GCAACGTTTGATTAAAGTTGATGGTAAGGTTAGAACTGATGCGAACTATCCAGCAGGTTTTATGGATGTCATTACTATTAATAAGACTGGTGAATATTTTCGATTGATTTATGATGTTAAAGGCAGATTTACCACTCATAGAATTACTGCAGAAGAAGCAAAGTATAAATTGTGTAAAGTTAAACGCGTTCAAACTGGTCCAAAAGGAATTCCATTTTTGGTAACACATGATGGAAGAACTATTCGTTATCCAGATCCTGTAATTAAAGTTAATGATACTATCCATTTAGATATAGCAACAGGAAAAATTTTAGATTCTATTCGATTTGATTCAGGTAATCTCTGTATGATTACTGGTGGAAGAAATTTAGGACGTGTAGGTACAGTCGTTAGTCGCGAACGTCATCCAGGATCTTTCGATATTTGTCATATTAAAGATTCACAAGGGCATACTTTTGCTACAAGATTGAACAACGTATTTATCATTGGCAAAGGTACAAAGCCATACATTAGCTNACCAAGAGACAAAGGTGTTAA]

[+] EMBL BI503109             [GCAACGTTTGATTAAAGTTGATGGTAAGGTTAGAACTGATGCGAACTATCCAGCAGGTTTTATGGATGTCATTACTATTAATAAGACTGGTGAATATTTTCGATTGATTTATGATGTTAAAGGCAGATTTACCACTCATAGAATTACTGCAGAAGAAGCAAAGTATAAATTGTGTAAAGTTAAACGCGTTCAAACTGGTCCAAAAGGAATTCCATTTTTGGTAACACATGATGGAAGAACTATTCGTTATCCAGATCCTGTAATTAAAGTTAATGATACTATCCATTTAGATATAGCAACAGGAAAAATTTTAGATTCTATTCGATTTGATTCAGGTAATCTCTGTATGATTACTGGTGGAAGAAATTTAGGACGTGTAGGTACAGTCGTTAGTCGCGAACGTCATCCAGGATCTTTCGATATTTGTCATATTAAAGATTCACAAGGGCATACTTTTGCTACAAGATTGAACAACGTATTTATCATTGGCAAAGGTACAAAGCCATACATTAGCTNACCAAGAGACAAAGGTGTTAA]




>consensus_2547#1
GCAACGTTTGATTAAAGTTGATGGTAAGGTTAGAACTGATGCGAACTATCCAGCAGGTTT
TATGGATGTCATTACTATTAATAAGACTGGTGAATATTTTCGATTGATTTATGATGTTAA
AGGCAGATTTACCACTCATAGAATTACTGCAGAAGAAGCAAAGTATAAATTGTGTAAAGT
TAAACGCGTTCAAACTGGTCCAAAAGGAATTCCATTTTTGGTAACACATGATGGAAGAAC
TATTCGTTATCCAGATCCTGTAATTAAAGTTAATGATACTATCCATTTAGATATAGCAAC
AGGAAAAATTTTAGATTCTATTCGATTTGATTCAGGTAATCTCTGTATGATTACTGGTGG
AAGAAATTTAGGACGTGTAGGTACAGTCGTTAGTCGCGAACGTCATCCAGGATCTTTCGA
TATTTGTCATATTAAAGATTCACAAGGGCATACTTTTGCTACAAGATTGAACAACGTATT
TATCATTGGCAAAGGTACAAAGCCATACATTAGCTNACCAAGAGACAAAGGTGTTAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2547#0      AGAAGCACTTGAAACGTCTTAATGCGCCTAAAGCATGGATGTTAGACAAGCTTGGAGGTG 60
consensus_2547#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2547#0      TATATGCTCCACGTCCATCTACGGGACCTCATAAATTAAGGGAATCTCTTCCTCTTGTTA 120
consensus_2547#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2547#0      TTTTTCTTCGTAATAGATTGAAATATGCATTAACTAATTCTGAAGTAACAAAAATTGTAA 180
consensus_2547#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2547#0      TGCAACGTTTGATTAAAGTTGATGGTAAGGTTAGAACTGATGCGAACTATCCAGCAGGTT 240
consensus_2547#1      -GCAACGTTTGATTAAAGTTGATGGTAAGGTTAGAACTGATGCGAACTATCCAGCAGGTT 59
                       ***********************************************************

consensus_2547#0      TTATGGATGTCATTACTATTAATAAGACTGGTGAATATTTTCGATTGATTTATGATGTTA 300
consensus_2547#1      TTATGGATGTCATTACTATTAATAAGACTGGTGAATATTTTCGATTGATTTATGATGTTA 119
                      ************************************************************

consensus_2547#0      AAGGCAGATTTACCACTCATAGAATTACTGCAGAAGAAGCAAAGTATAAATTGTGTAAAG 360
consensus_2547#1      AAGGCAGATTTACCACTCATAGAATTACTGCAGAAGAAGCAAAGTATAAATTGTGTAAAG 179
                      ************************************************************

consensus_2547#0      TTAAACGCGTTCAAACTGGTCCAAAAGGAATTCCATTTTTGGTAACACATGATGGAAGAA 420
consensus_2547#1      TTAAACGCGTTCAAACTGGTCCAAAAGGAATTCCATTTTTGGTAACACATGATGGAAGAA 239
                      ************************************************************

consensus_2547#0      CTATTCGTTATCCAGATCCTGTAATTAAAGTTAATGATACTATCCATTTAGATATAGCAA 480
consensus_2547#1      CTATTCGTTATCCAGATCCTGTAATTAAAGTTAATGATACTATCCATTTAGATATAGCAA 299
                      ************************************************************

consensus_2547#0      CAGGAAAAATTTTAGATTCTATTCGATTTGATTCAGGTA-TATTTTTTTGATTA------ 533
consensus_2547#1      CAGGAAAAATTTTAGATTCTATTCGATTTGATTCAGGTAATCTCTGTATGATTACTGGTG 359
                      *************************************** * * * * ******      

consensus_2547#0      -------TTTTATTTTTATTTTTATTATTATTATTTA-GCATTTTTTTAAAAATAATGCT 585
consensus_2547#1      GAAGAAATTTAGGACGTGTAGGTACAGTCGTTAGTCGCGAACGTCATCCAGGATCTTTCG 419
                             ***      * *   **   *  *** *   * *  *  *  *  **  * * 

consensus_2547#0      AAATATAA-ATATAAAAAAAA--------------------------------------- 605
consensus_2547#1      ATATTTGTCATATTAAAGATTCACAAGGGCATACTTTTGCTACAAGATTGAACAACGTAT 479
                      * ** *   **** *** *                                         

consensus_2547#0      ----------------------------------------------------------
consensus_2547#1      TTATCATTGGCAAAGGTACAAAGCCATACATTAGCTNACCAAGAGACAAAGGTGTTAA 537


Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)