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Apis mellifera
cluster # 2594 cluster # 2594       Sequences # 2       consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_2594#0 length = 556 sequences # 1  
 consensus_2594#1 length = 463 sequences # 1  
consensusID : consensus_2594#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 556
fasta sequence 
                              [CGACGAAATATTTACGAAGACAACTTACGCTTATATTCCCATAAAAAGCGATTTTTACTACATGGCAATATAATTCATTCAGATAGATATATCGAGGATATAAATTAATAAATATATCAGCTGTAATCAAAATCATAATCATGATTATTGAAAAATATCAATATAGAAAAATCTGTCAATCAACTTTTAATTGTATTATCACTAATTACGATTTAATTTTTTATTTTAAATATTTTAAATATTTAAAAGAATCTAATTATTTTTAACCATTTCAAATTCACGTCATATTTCCAATTCTTTATCTCTCCTGAATATTTGAATTTCTGTTTTAAACATTTGCAATTTTCTGTTAATTCTAATTAATTTTATAACCTCGTTATATCTTCTAAGTCGATCAATATCTTGATTTCAATCCAAACGAAAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATATTAATAATAATAATAATAATAATACGTGGAAGAATGGGTCGAGAATCACTAATAACGAACAGTTACGAATAATACTAATCATATTTATCATAGGCTATTATT]

[+] EMBL BI515505             [CGACGAAATATTTACGAAGACAACTTACGCTTATATTCCCATAAAAAGCGATTTTTACTACATGGCAATATAATTCATTCAGATAGATATATCGAGGATATAAATTAATAAATATATCAGCTGTAATCAAAATCATAATCATGATTATTGAAAAATATCAATATAGAAAAATCTGTCAATCAACTTTTAATTGTATTATCACTAATTACGATTTAATTTTTTATTTTAAATATTTTAAATATTTAAAAGAATCTAATTATTTTTAACCATTTCAAATTCACGTCATATTTCCAATTCTTTATCTCTCCTGAATATTTGAATTTCTGTTTTAAACATTTGCAATTTTCTGTTAATTCTAATTAATTTTATAACCTCGTTATATCTTCTAAGTCGATCAATATCTTGATTTCAATCCAAACGAAAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATATTAATAATAATAATAATAATAATACGTGGAAGAATGGGTCGAGAATCACTAATAACGAACAGTTACGAATAATACTAATCATATTTATCATAGGCTATTATT]




>consensus_2594#0
CGACGAAATATTTACGAAGACAACTTACGCTTATATTCCCATAAAAAGCGATTTTTACTA
CATGGCAATATAATTCATTCAGATAGATATATCGAGGATATAAATTAATAAATATATCAG
CTGTAATCAAAATCATAATCATGATTATTGAAAAATATCAATATAGAAAAATCTGTCAAT
CAACTTTTAATTGTATTATCACTAATTACGATTTAATTTTTTATTTTAAATATTTTAAAT
ATTTAAAAGAATCTAATTATTTTTAACCATTTCAAATTCACGTCATATTTCCAATTCTTT
ATCTCTCCTGAATATTTGAATTTCTGTTTTAAACATTTGCAATTTTCTGTTAATTCTAAT
TAATTTTATAACCTCGTTATATCTTCTAAGTCGATCAATATCTTGATTTCAATCCAAACG
AAAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATATTAATAATAATAATAATAATAATACG
TGGAAGAATGGGTCGAGAATCACTAATAACGAACAGTTACGAATAATACTAATCATATTT
ATCATAGGCTATTATT

consensusID : consensus_2594#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 463
fasta sequence 
                              [CAATATAATTCATTCAGATAGATATATCGAGGATATAAATTAATAAATATATCAGCTGTAATCAAAATCATAATCATGATTATTGAAAAATATCAATATAGAAAAATCTGTCAATCAACTTTTAATTGTATTATCACTAATTACGATTTAATTTTTTATTTTAAATATTTTAAATATTTAAAAGAATCTAATTATTTTTAACCATTTCAAATTGACATCATATTTCCAACTCTTCATCTCTTTTGAATATTTGAAGTTCTGTTTTAGAAAGTATTTTAAACATTTGCAATTTTCTGTCCAATTAATTTTATAACCTCGTTATATCTTCTAAGTCGATCAATATCTTGATTTCAATCCAAACGAAAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATACGTGGAAGAATGGGTCGAAAATCACTAATAACGAACAGTTACGAATAATACT]

[+] EMBL BI513679             [CAATATAATTCATTCAGATAGATATATCGAGGATATAAATTAATAAATATATCAGCTGTAATCAAAATCATAATCATGATTATTGAAAAATATCAATATAGAAAAATCTGTCAATCAACTTTTAATTGTATTATCACTAATTACGATTTAATTTTTTATTTTAAATATTTTAAATATTTAAAAGAATCTAATTATTTTTAACCATTTCAAATTGACATCATATTTCCAACTCTTCATCTCTTTTGAATATTTGAAGTTCTGTTTTAGAAAGTATTTTAAACATTTGCAATTTTCTGTCCAATTAATTTTATAACCTCGTTATATCTTCTAAGTCGATCAATATCTTGATTTCAATCCAAACGAAAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATACGTGGAAGAATGGGTCGAAAATCACTAATAACGAACAGTTACGAATAATACT]




>consensus_2594#1
CAATATAATTCATTCAGATAGATATATCGAGGATATAAATTAATAAATATATCAGCTGTA
ATCAAAATCATAATCATGATTATTGAAAAATATCAATATAGAAAAATCTGTCAATCAACT
TTTAATTGTATTATCACTAATTACGATTTAATTTTTTATTTTAAATATTTTAAATATTTA
AAAGAATCTAATTATTTTTAACCATTTCAAATTGACATCATATTTCCAACTCTTCATCTC
TTTTGAATATTTGAAGTTCTGTTTTAGAAAGTATTTTAAACATTTGCAATTTTCTGTCCA
ATTAATTTTATAACCTCGTTATATCTTCTAAGTCGATCAATATCTTGATTTCAATCCAAA
CGAAAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATACGTGGAAGA
ATGGGTCGAAAATCACTAATAACGAACAGTTACGAATAATACT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2594#0      CGACGAAATATTTACGAAGACAACTTACGCTTATATTCCCATAAAAAGCGATTTTTACTA 60
consensus_2594#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2594#0      CATGGCAATATAATTCATTCAGATAGATATATCGAGGATATAAATTAATAAATATATCAG 120
consensus_2594#1      -----CAATATAATTCATTCAGATAGATATATCGAGGATATAAATTAATAAATATATCAG 55
                           *******************************************************

consensus_2594#0      CTGTAATCAAAATCATAATCATGATTATTGAAAAATATCAATATAGAAAAATCTGTCAAT 180
consensus_2594#1      CTGTAATCAAAATCATAATCATGATTATTGAAAAATATCAATATAGAAAAATCTGTCAAT 115
                      ************************************************************

consensus_2594#0      CAACTTTTAATTGTATTATCACTAATTACGATTTAATTTTTTATTTTAAATATTTTAAAT 240
consensus_2594#1      CAACTTTTAATTGTATTATCACTAATTACGATTTAATTTTTTATTTTAAATATTTTAAAT 175
                      ************************************************************

consensus_2594#0      ATTTAAAAGAATCTAATTATTTTTAACCATTTCAAATTCACGTCATATTTCCAATTCTTT 300
consensus_2594#1      ATTTAAAAGAATCTAATTATTTTTAACCATTTCAAATTGACATCATATTTCCAACTCTTC 235
                      ************************************** ** ************ **** 

consensus_2594#0      ATCTCTCCTGAATATTTGAATTTCTGTTTTA------------AACATTTGCAATTTTCT 348
consensus_2594#1      ATCTCTTTTGAATATTTGAAGTTCTGTTTTAGAAAGTATTTTAAACATTTGCAATTTTCT 295
                      ******  ************ **********            *****************

consensus_2594#0      GTTAATTCTAATTAATTTTATAACCTCGTTATATCTTCTAAGTCGATCAATATCTTGATT 408
consensus_2594#1      GT-----CCAATTAATTTTATAACCTCGTTATATCTTCTAAGTCGATCAATATCTTGATT 350
                      **     * ***************************************************

consensus_2594#0      TCAATCCAAACGAAAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATATTAATAATAATAAT 468
consensus_2594#1      TCAATCCAAACGAAAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATA---------ATAAT 401
                      **********************************************         *****

consensus_2594#0      AATAATAATACGTGGAAGAATGGGTCGAGAATCACTAATAACGAACAGTTACGAATAATA 528
consensus_2594#1      AATAATAATACGTGGAAGAATGGGTCGAAAATCACTAATAACGAACAGTTACGAATAATA 461
                      **************************** *******************************

consensus_2594#0      CTAATCATATTTATCATAGGCTATTATT 556
consensus_2594#1      CT-------------------------- 463
                      **


Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)