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Apis mellifera
cluster # 277 cluster # 277       Sequences # 5       consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_277#0 length = 1056 sequences # 4  
 consensus_277#1 length = 605 sequences # 1  
consensusID : consensus_277#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 1056
fasta sequence 
                              [TGAAGGTGTTGGCGAATGTATGGAAATGGAGAAGAGGTCTAGGGATCGTGCCTTATCAATTTGTCAAACTTATGTTTGTAGAACATCACGTTATAATTTCGTTAAACAGCTAAATAATCTCGGTTCTAGAATGGACAAACATTGGTTTATAGTCAGAGATACTTCTTTAAAAACGGATCGATTGATTACGTTAGTTCCATTGACTAAAAACTGTTCATTGAATATAACTCCAATGACGAAGAATGTTTTGAATGATTTATTCTTAGCCCTGCAACATCCATACATATGCCCTATATTTGATATCGATTTTCTTGAATATGATAATAAAAATTATGTAATTGTAGTTCAGCCAATAAGTCAAGGTAGTCTGAAAGATTTGATATATGGAATCGAAAGAACAGGTTGGAATGAAGATTGGAATCAAAAATATAGTTCTCGTGGTAAAGGACTTCCTTTACCTCAAGTTCAACAAATGGGACGTCAAATATTGGAAGCATTAATTTTTTTAAAAGAAAGAGGATTTCCGACTGTAATCCATTTGCATTCGGGAAATGTGCTCATTCAAAATGGAGTCGCACGTCTCGCTGGCCTTGAAAATACGCTTCTTGGTTTTACCAGTCGAATACATCCATTAATTATTTCTCGAATATCACAAACTATTTCAATTGACATGACATGTTTTGGTCATATGTTATTTGAGATGTGCGCTGGTTACGAATTACCATCATTTAAGCCAAATTCTGTTCATCTATCGGATATTGAAATGTATCCTCAAGTCATTGAATTATTCAAATTCATATTTGATGAATTATCTAATCGTCATAAAATTATCGAGGAAATTCTTGTTCATGATTTATTCAGAAATATTGATCTTCGTGAAATGCGAAGTGCTCCCGTTACGTTATTTCGTCCAATCTTAACGCCGCCCATTGTAAACTTTCTCGACAATATTAAACGACAAAATGCTAATAAGNGGCAACGATCGCGTTCTATAAGCGACGTCTATTTGACACGCAGNTTTTGAATTATACATTTCGATAGTATTGACATTGATAT]

[+] EMBL BI508138             [TGAAGGTGTTGGCGAATGTATGGAAATGGAGAAGAGGTCTAGGGATCGTGCCTTATCAATTTGTCAAACTTATGTTTGTAGAACATCACGTTATAATTTCGTTAAACAGCTAAATAATCTCGGTTCTAGAATGGACAAACATTGGTTTATAGTCAGAGATACTTCTTTAAAAACGGATCGATTGATTACGTTAGTTCCATTGACTAAAAACTGTTCATTGAATATAACTCCAATGACGAAGAATGTTTTGAATGATTTATTCTTAGCCCTGCAACATCCATACATATGCCCTATATTTGATATCGATTTTCTTGAATATGATAATAAAAATTATGTAATTGTAGTTCAGCCAATAAGTCAAGGTAGTCTGAAAGATTTGATATATGGAATCGAAAGAACAGGTTGGAATGAAGATTGGAATCAAAAATATAGTTCTCGTGGTAAAGGACTTCCTTTACCTCAAGTTCAACAAATGGGACGTCAAATATTGGAAGCATTAATTTTTTTAAAAGAAAGAGGATTTCCGACTGTAATCCATTTGCATTCGGGAAATGTGCTCATTCAAAATGGAGTCGCACGTCTCGCTGGCCTTGAAAATACGCTTCTTGGTTTTACCAGTCGAATACATCCATTAATTATTTCTCGAATATCACAAACTATTTC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL BI510385             [                             AGAAGAGGTCTAGGGATCGTGCCTTATCAATTTGTCAAACTTATGTTTGTAGAACATCACGTTATAATTTCGTTAAACAGCTAAATAATCTCGGTTCTAGAATGGACAAACATTGGTTTATAGTCAGAGATACTTCTTTAAAAACGGATCGATTGATTACGTTAGTTCCATTGACTAAAAACTGTTCATTGAATATAACTCCAATGACGAAGAATGTTTTGAATGATTTATTCTTAGCCCTGCAACATCCATACATATGCCCTATATTTGATATCGATTTTCTTGAATATGATAATAAAAATTATGTAATTGTAGTTCAGCCAATAAGTCAAGGTAGTCTGAAAGATTTGATATATGGAATCGAAAGAACAGGTTGGAATGAAGATTGGAATCAAAAATATAGTTCTCGTGGTAAAGGACTTCCTTTACCTCAAGTTCAACAAATGGGACGTCAAATATTGGAAGCATTAATTTTTTTAAAAGAAAGAGGATTTCCGACTGTAATCCATTTGCATTCGGGAAATGTGCTCATTCAAAATGGAGTCGCACGTCTCGCTGGCCTTGAAAATACGCTTCTTGGTTTTACCAGTCGAATACATCCATTAATTATTTCTCGAATATCACAAACTATTTCAATTGACATGACATGTTTTG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
[+] EMBL BI514660             [                                                                                                       AAACAGCTAAATAATCTCGGTTCTAGAATGGACAAACATTGGTTTATAGTCAGAGATACTTCTTTAAAAACGGATCGATTGATTACGTTAGTTCCATTGACTAAAAACTGTTCATTGAATATAACTCCAATGACGAAGAATGTTTTGAATGATTTATTCTTAGCCCTGCAACATCCATACATATGCCCTATATTTGATATCGATTTTCTTGAATATGATAATAAAAATTATGTAATTGTAGTTCAGCCAATAAGTCAAGGTAGTCTGAAAGATTTGATATATGGAATCGAAAGAACAGGTTGGAATGAAGATTGGAATCAAAAATATAGTTCTCGTGGTAAAGGACTTCCTTTACCTCAAGTTCAACAAATGGGACGTCAAATATTGGAAGCATTAATTTTTTTAAAAGAAAGAGGATTTCCGACTGTAATCCATTTGCATTCGGGAAATGTGCTCATTCAAAATGGAGTCGCACGTCTCGCTGGCCTTGAAAATACGCTTCTTGGTTTTACCAGTCGAATACATCCATTAATTATTTCTCGAATATCACAAACTAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL BI515471             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GATTTCCGACTGTAATCCATTTGCATTCGGGAAATGTGCTCATTCAAAATGGAGTCGCACGTCTCGCTGGCCTTGAAAATACGCTTCTTGGTTTTACCAGTCGAATACATCCATTAATTATTTCTCGAATATCACAAACTATTTCAATTGACATGACATGTTTTGGTCATATGTTATTTGAGATGTGCGCTGGTTACGAATTACCATCATTTAAGCCAAATTCTGTTCATCTATCGGATATTGAAATGTATCCTCAAGTCATTGAATTATTCAAATTCATATTTGATGAATTATCTAATCGTCATAAAATTATCGAGGAAATTCTTGTTCATGATTTATTCAGAAATATTGATCTTCGTGAAATGCGAAGTGCTCCCGTTACGTTATTTCGTCCAATCTTAACGCCGCCCATTGTAAACTTTCTCGACAATATTAAACGACAAAATGCTAATAAGNGGCAACGATCGCGTTCTATAAGCGACGTCTATTTGACACGCAGNTTTTGAATTATACATTTCGATAGTATTGACATTGATAT]




>consensus_277#0
TGAAGGTGTTGGCGAATGTATGGAAATGGAGAAGAGGTCTAGGGATCGTGCCTTATCAAT
TTGTCAAACTTATGTTTGTAGAACATCACGTTATAATTTCGTTAAACAGCTAAATAATCT
CGGTTCTAGAATGGACAAACATTGGTTTATAGTCAGAGATACTTCTTTAAAAACGGATCG
ATTGATTACGTTAGTTCCATTGACTAAAAACTGTTCATTGAATATAACTCCAATGACGAA
GAATGTTTTGAATGATTTATTCTTAGCCCTGCAACATCCATACATATGCCCTATATTTGA
TATCGATTTTCTTGAATATGATAATAAAAATTATGTAATTGTAGTTCAGCCAATAAGTCA
AGGTAGTCTGAAAGATTTGATATATGGAATCGAAAGAACAGGTTGGAATGAAGATTGGAA
TCAAAAATATAGTTCTCGTGGTAAAGGACTTCCTTTACCTCAAGTTCAACAAATGGGACG
TCAAATATTGGAAGCATTAATTTTTTTAAAAGAAAGAGGATTTCCGACTGTAATCCATTT
GCATTCGGGAAATGTGCTCATTCAAAATGGAGTCGCACGTCTCGCTGGCCTTGAAAATAC
GCTTCTTGGTTTTACCAGTCGAATACATCCATTAATTATTTCTCGAATATCACAAACTAT
TTCAATTGACATGACATGTTTTGGTCATATGTTATTTGAGATGTGCGCTGGTTACGAATT
ACCATCATTTAAGCCAAATTCTGTTCATCTATCGGATATTGAAATGTATCCTCAAGTCAT
TGAATTATTCAAATTCATATTTGATGAATTATCTAATCGTCATAAAATTATCGAGGAAAT
TCTTGTTCATGATTTATTCAGAAATATTGATCTTCGTGAAATGCGAAGTGCTCCCGTTAC
GTTATTTCGTCCAATCTTAACGCCGCCCATTGTAAACTTTCTCGACAATATTAAACGACA
AAATGCTAATAAGNGGCAACGATCGCGTTCTATAAGCGACGTCTATTTGACACGCAGNTT
TTGAATTATACATTTCGATAGTATTGACATTGATAT

consensusID : consensus_277#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 605
fasta sequence 
                              [TAAACTTAAGAAATATTATTAGTGATCAAATATTTACATTAATAATACTTGATTACTAATGTTTTTTATAATAACAATGCATATAAACAATTAAATATCTAATAAAAAGTTAGATTAGATAATCTTGACAAAATACATTAAAATATCAATCTTCGTTTAACCAAAATTATTGATTGAAATGTTTACGTCATTATGCAGGTCATTGAATTATTCAAATTCATATTTGATGAATTATCTAATCGTCATAAAATTATCGAGGAAATTCTTGTTCATGATTTATTCAGAAATATTGATCTTCGTGAAATGCGAAGTGCTCCCGTTACGTTATTTCGTCCAATCTTAACGCCGCCCATTGTAAACTTTCTCGACAATATTAAACGACAAAATGCTAATAAGAGGTAATTTGATATATAATAGAACATTTAAATTATTTTTTCGTGTCTTTTTCCATATTTTGCTAAAAATTCATTTTGCATGCACAAACAGGCAACGATCGCGTTCTATAAGCGACGTCTATTTGACACGCAGATTTTGGTAATGACACGAAGCATCTAACTAATTAATGTAAAATTCTGAAACTAATTTAATTTATTTTTTTCATATTA]

[-] EMBL BI505668             [TAAACTTAAGAAATATTATTAGTGATCAAATATTTACATTAATAATACTTGATTACTAATGTTTTTTATAATAACAATGCATATAAACAATTAAATATCTAATAAAAAGTTAGATTAGATAATCTTGACAAAATACATTAAAATATCAATCTTCGTTTAACCAAAATTATTGATTGAAATGTTTACGTCATTATGCAGGTCATTGAATTATTCAAATTCATATTTGATGAATTATCTAATCGTCATAAAATTATCGAGGAAATTCTTGTTCATGATTTATTCAGAAATATTGATCTTCGTGAAATGCGAAGTGCTCCCGTTACGTTATTTCGTCCAATCTTAACGCCGCCCATTGTAAACTTTCTCGACAATATTAAACGACAAAATGCTAATAAGAGGTAATTTGATATATAATAGAACATTTAAATTATTTTTTCGTGTCTTTTTCCATATTTTGCTAAAAATTCATTTTGCATGCACAAACAGGCAACGATCGCGTTCTATAAGCGACGTCTATTTGACACGCAGATTTTGGTAATGACACGAAGCATCTAACTAATTAATGTAAAATTCTGAAACTAATTTAATTTATTTTTTTCATATTA]




>consensus_277#1
TAAACTTAAGAAATATTATTAGTGATCAAATATTTACATTAATAATACTTGATTACTAAT
GTTTTTTATAATAACAATGCATATAAACAATTAAATATCTAATAAAAAGTTAGATTAGAT
AATCTTGACAAAATACATTAAAATATCAATCTTCGTTTAACCAAAATTATTGATTGAAAT
GTTTACGTCATTATGCAGGTCATTGAATTATTCAAATTCATATTTGATGAATTATCTAAT
CGTCATAAAATTATCGAGGAAATTCTTGTTCATGATTTATTCAGAAATATTGATCTTCGT
GAAATGCGAAGTGCTCCCGTTACGTTATTTCGTCCAATCTTAACGCCGCCCATTGTAAAC
TTTCTCGACAATATTAAACGACAAAATGCTAATAAGAGGTAATTTGATATATAATAGAAC
ATTTAAATTATTTTTTCGTGTCTTTTTCCATATTTTGCTAAAAATTCATTTTGCATGCAC
AAACAGGCAACGATCGCGTTCTATAAGCGACGTCTATTTGACACGCAGATTTTGGTAATG
ACACGAAGCATCTAACTAATTAATGTAAAATTCTGAAACTAATTTAATTTATTTTTTTCA
TATTA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_277#0      TGAAGGTGTTGGCGAATGTATGGAAATGGAGAAGAGGTCTAGGGATCGTGCCTTATCAAT 60
consensus_277#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_277#0      TTGTCAAACTTATGTTTGTAGAACATCACGTTATAATTTCGTTAAACAGCTAAATAATCT 120
consensus_277#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_277#0      CGGTTCTAGAATGGACAAACATTGGTTTATAGTCAGAGATACTTCTTTAAAAACGGATCG 180
consensus_277#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_277#0      ATTGATTACGTTAGTTCCATTGACTAAAAACTGTTCATTGAATATAACTCCAATGACGAA 240
consensus_277#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_277#0      GAATGTTTTGAATGATTTATTCTTAGCCCTGCAACATCCATACATATGCCCTATATTTGA 300
consensus_277#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_277#0      TATCGATTTTCTTGAATATGATAATAAAAATTATGTAATTGTAGTTCAGCCAATAAGTCA 360
consensus_277#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_277#0      AGGTAGTCTGAAAGATTTGATATATGGAATCGAAAGAACAGGTTGGAATGAAGATTGGAA 420
consensus_277#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_277#0      TCAAAAATATAGTTCTCGTGGTAAAGGACTTCCTTTACCTCAAGTTCAACAAATGGGACG 480
consensus_277#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_277#0      TCAAATATTGGAAGCATTAATTTTTTTAAAAGAAAGAGGATTTCCGACTGTAATCCATTT 540
consensus_277#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_277#0      GCATTCGGGAAATGTGCTCATTCAAAATGGAGTCGCACGTCTCGCTGGCCTTGAAAATAC 600
consensus_277#1      ----------------------TAAACTTAAGAAATAT-TATTAGTGATC----AAATAT 33
                                            *** *  **    *  * *   **  *    ***** 

consensus_277#0      GCTTCTTGGTTTTACCAGTCGAATACATCCATTAATTATTTCTCGAATAT-CACAAACTA 659
consensus_277#1      TTACATTAATAATAC---TTGATTACTAATGTTTTTTATAATAACAATGCATATAAACAA 90
                          **  *  ***   * ** ***     **  ****      ***    * **** *

consensus_277#0      TTTCAATTGACATGACATGTTTTGGTCATATGTTATTTGAGATGTGCGCTGGTTACGAAT 719
consensus_277#1      TTAAATATCTAATAAAAAGTTA-GATTAGATAATCTTGACAAAATACATTAA--AATATC 147
                     **  *  *   ** * * ***  * * * **  * **    *  * *  *    *  *  

consensus_277#0      TACCATCATTTAAGCCAAATTCTGTTCATCTATCGGATATTGAAATGTATCCTCAAGTCA 779
consensus_277#1      AATCTTCGTTTAACCAAAATT--ATTGATTGA---AATGTTTACGTCATTATGCAGGTCA 202
                      * * ** ***** * *****   ** **  *    ** ** *  *   *   ** ****

consensus_277#0      TTGAATTATTCAAATTCATATTTGATGAATTATCTAATCGTCATAAAATTATCGAGGAAA 839
consensus_277#1      TTGAATTATTCAAATTCATATTTGATGAATTATCTAATCGTCATAAAATTATCGAGGAAA 262
                     ************************************************************

consensus_277#0      TTCTTGTTCATGATTTATTCAGAAATATTGATCTTCGTGAAATGCGAAGTGCTCCCGTTA 899
consensus_277#1      TTCTTGTTCATGATTTATTCAGAAATATTGATCTTCGTGAAATGCGAAGTGCTCCCGTTA 322
                     ************************************************************

consensus_277#0      CGTTATTTCGTCCAATCTTAACGCCGCCCATTGTAAACTTTCTCGACAATATTAAACGAC 959
consensus_277#1      CGTTATTTCGTCCAATCTTAACGCCGCCCATTGTAAACTTTCTCGACAATATTAAACGAC 382
                     ************************************************************

consensus_277#0      AAAATGCTAATAAGNGGCAACGATCGCGTTCTATAAGCGACGTCTATTTGACACGCAGNT 1019
consensus_277#1      AAAATGCTAATAAGAGGTAAT--TTGATATATAATAG-AACATTTAAATTATTTTTTCGT 439
                     ************** ** **   * *   * **  **  ** * **  * *        *

consensus_277#0      TTTGAATTATACATTTCGATAGTATTGACATTGATAT----------------------- 1056
consensus_277#1      GTCTTTTTCCATATTTTGCTAAAAATTCATTTTGCATGCACAAACAGGCAACGATCGCGT 499
                      *    **  * **** * **  * *    **   **                       

consensus_277#0      ------------------------------------------------------------
consensus_277#1      TCTATAAGCGACGTCTATTTGACACGCAGATTTTGGTAATGACACGAAGCATCTAACTAA 559
                                                                                 

consensus_277#0      ----------------------------------------------
consensus_277#1      TTAATGTAAAATTCTGAAACTAATTTAATTTATTTTTTTCATATTA 605


Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)