These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Apis mellifera see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_308#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 548 fasta sequence [TCAGTTACTGATAATTTAGTTCAAGATTGGGTTTCTTCTGAACAAAGTACAGGAACATCAATTATGGCTTGTGAATTTGATGGAGGAGTAGTAATTGGAGCAGATTCTAGAGCTACCACTGGGGCTTATATCTCAAATCGTTTTGCTGATAAATTAACTAAAATCACAGATTATATTTATTGTTGCCGTTCTGGCTCTGCAGCAGACACTCAAGCTATTTCTGATATTGTTGCTTATCATTTAAGCCTTCACAAAATGGAATTAGGCATAGAACCTTTGGTAGAAACAGCAGCAAATGTATTCCGTGAATTATGTTACAATTATAGAGATTCCTTAATGGCAGGAATTTTAGTGGCAGGATGGGATAGTCGTAAAGGAGGTCAAGTTTATAGTGTACCTATAGGTGGCATGTGTGTAAGGCAACCAATTTCCATTGGAGGATCTGGTTCAACCTATGTATATGNNNATATGGATTCGCAGTATAAACCTAATATGTCAAAAAATGAATGTGTTAAACTTGTTGAAAATACATTGGCATTGGCAATGTC] [+] EMBL BI512225 [TCAGTTACTGATAATTTAGTTCAAGATTGGGTTTCTTCTGAACAAAGTACAGGAACATCAATTATGGCTTGTGAATTTGATGGAGGAGTAGTAATTGGAGCAGATTCTAGAGCTACCACTGGGGCTTATATCTCAAATCGTTTTGCTGATAAATTAACTAAAATCACAGATTATATTTATTGTTGCCGTTCTGGCTCTGCAGCAGACACTCAAGCTATTTCTGATATTGTTGCTTATCATTTAAGCCTTCACAAAATGGAATTAGGCATAGAACCTTTGGTAGAAACAGCAGCAAATGTATTCCGTGAATTATGTTACAATTATAGAGATTCCTTAATGGCAGGAATTTTAGTGGCAGGATGGGATAGTCGTAAAGGAGGTCAAGTTTATAGTGTACCTATAGGTGGCATGTGTG ] [+] EMBL BI512345 [TCAGTTACTGATAATTTAGTTCAAGATTGGGTTTCTTCTGAACAAAGTACAGGAACATCAATTATGGCTTGTGAATTTGATGGAGGAGTAGTAATTGGAGCAGATTCTAGAGCTACCACTGGGGCTTATATCTCAAATCGTTTTGCTGATAAATTAACTAAAATCACAGATTATATTTATTGTTGCCGTTCTGGCTCTGCAGCAGACACTCAAGCTATTTCTGATATTGTTGCTTATCATTTAAGCCTTCACAAAATGGAATTAGGCATAGAACCTTTGGTAGAAACAGCAGCAAATGTATTCCGTGAATTATGTTACAATTATAGAGATTCCTTAATGGCAGGAATTTTNGTGGCAGGATGGG ] [+] EMBL BI509716 [ GGGTTTCTTCTGAACAAAGTACAGGAACATCAATTATGGCTTGTGAATTTGATGGAGGAGTAGTAATTGGAGCAGATTCTAGAGCTACCACTGGGGCTTATATCTCAAATCGTTTTGCTGATAAATTAACTAAAATCACAGATTATATTTATTGTTGCCGTTCTGGCTCTGCAGCAGACACTCAAGCTATTTCTGATATTGTTGCTTATCATTTAAGCCTTCACAAAATGGAATTAGGCATAGAACCTTTGGTAGAAACAGCAGCAAATGTATTCCGTGAATTATGTTACAATTATAGAGATTCCTTAATGGCAGGAATTTTAGTGGCAGGATGGGATAGTCGTAAAGGAGGTCAAGTTTATAGTGTACCTATAGGTGGCATGTGTGTAAGGCAACCAATTTCCATTGGAGGATCTGGTTCAACCTATGTATATGGTTATATGGATTCACAGTATAAACCTAATATGTCAAAAAATGAATGTGTTAAACTTGTTGAAAATACATTGGCATTGGCAATGTC] [+] EMBL BI515338 [ ATTGTTGCCGTTCTGGCTCTGCAGCAGACACTCAAGCTATTTCTGATATTGTTGCTTATCATTTAAGCCTTCACAAAATGGAATTAGGCATAGAACCTTTGGTAGAAACAGCAGCAAATGTATTCCGTGAATTATGTTACAATTATAGAGATTCCTTAATGGCAGGAATTTTAGTGGCAGGATGGGATAGTCGTAAAGGAGGTCAAGTTTATAGTGTACCTATAGGTGGCATGTGTGTAAGGCAACCAATTTCCATTGGAGGATCTGGTTCAACCTATGTATATGNNNATATGGATTCGCAGTATAAACCTAATATGTCAAAAAATGAATGTGTTAAACTTGTTGAAAATACATTGGCATTGGCAATGTC] consensusID : consensus_308#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 472 fasta sequence [TGAGTTTAATACATTTACACATTAATATGTTTTAAGACATCAATTATGGCTTGTGAATTTGATGGAGGAGTAGTAATTGGAGCAGATTCTAGAGCTACCACTGGGGCTTATATCTCAAATCGTTTTGCTGATAAATTAACTAAAATCACAGATTATATTTATTGTTGCCGTTCTGGCTCTGCAGCAGACACTCAAGCTATTTCTGATATTGTTGCTTATCATTTAAGCCTTCACAAAATGGAATTAGGCATAGAACCTTTGGTAGAAACAGCAGCAAATGTATTCCGTGAATTATGTTACAATTATAGAGATTCCTTAATGGCAGGAATTTTAGTGGCAGGATGGGATAGTCGTAAAGGAGGTCAAGTTTATAGTGTACCTATAGGTGGCATGTGTGTAAGGCAACCAATTTCCATTGGAGGATCTGGTTCAACCTATGTATATGGTTATATGGATTCACAGTATAAACCTA] [+] EMBL BI511472 [TGAGTTTAATACATTTACACATTAATATGTTTTAAGACATCAATTATGGCTTGTGAATTTGATGGAGGAGTAGTAATTGGAGCAGATTCTAGAGCTACCACTGGGGCTTATATCTCAAATCGTTTTGCTGATAAATTAACTAAAATCACAGATTATATTTATTGTTGCCGTTCTGGCTCTGCAGCAGACACTCAAGCTATTTCTGATATTGTTGCTTATCATTTAAGCCTTCACAAAATGGAATTAGGCATAGAACCTTTGGTAGAAACAGCAGCAAATGTATTCCGTGAATTATGTTACAATTATAGAGATTCCTTAATGGCAGGAATTTTAGTGGCAGGATGGGATAGTCGTAAAGGAGGTCAAGTTTATAGTGTACCTATAGGTGGCATGTGTGTAAGGCAACCAATTTCCATTGGAGGATCTGGTTCAACCTATGTATATGGTTATATGGATTCACAGTATAAACCTA] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_308#0 TCAGTTACTGATAATTTAGTTCAAGATTGGGTTTCTTCTGAACAAAGTACAGGAACATCA 60 consensus_308#1 ---------------TGAGTTTAATAC--ATTTACACATTAATATGTTTTAAGA-CATCA 42 * **** ** * ** * * ** * * * ** ***** consensus_308#0 ATTATGGCTTGTGAATTTGATGGAGGAGTAGTAATTGGAGCAGATTCTAGAGCTACCACT 120 consensus_308#1 ATTATGGCTTGTGAATTTGATGGAGGAGTAGTAATTGGAGCAGATTCTAGAGCTACCACT 102 ************************************************************ consensus_308#0 GGGGCTTATATCTCAAATCGTTTTGCTGATAAATTAACTAAAATCACAGATTATATTTAT 180 consensus_308#1 GGGGCTTATATCTCAAATCGTTTTGCTGATAAATTAACTAAAATCACAGATTATATTTAT 162 ************************************************************ consensus_308#0 TGTTGCCGTTCTGGCTCTGCAGCAGACACTCAAGCTATTTCTGATATTGTTGCTTATCAT 240 consensus_308#1 TGTTGCCGTTCTGGCTCTGCAGCAGACACTCAAGCTATTTCTGATATTGTTGCTTATCAT 222 ************************************************************ consensus_308#0 TTAAGCCTTCACAAAATGGAATTAGGCATAGAACCTTTGGTAGAAACAGCAGCAAATGTA 300 consensus_308#1 TTAAGCCTTCACAAAATGGAATTAGGCATAGAACCTTTGGTAGAAACAGCAGCAAATGTA 282 ************************************************************ consensus_308#0 TTCCGTGAATTATGTTACAATTATAGAGATTCCTTAATGGCAGGAATTTTAGTGGCAGGA 360 consensus_308#1 TTCCGTGAATTATGTTACAATTATAGAGATTCCTTAATGGCAGGAATTTTAGTGGCAGGA 342 ************************************************************ consensus_308#0 TGGGATAGTCGTAAAGGAGGTCAAGTTTATAGTGTACCTATAGGTGGCATGTGTGTAAGG 420 consensus_308#1 TGGGATAGTCGTAAAGGAGGTCAAGTTTATAGTGTACCTATAGGTGGCATGTGTGTAAGG 402 ************************************************************ consensus_308#0 CAACCAATTTCCATTGGAGGATCTGGTTCAACCTATGTATATGNNNATATGGATTCGCAG 480 consensus_308#1 CAACCAATTTCCATTGGAGGATCTGGTTCAACCTATGTATATGGTTATATGGATTCACAG 462 ******************************************* ********** *** consensus_308#0 TATAAACCTAATATGTCAAAAAATGAATGTGTTAAACTTGTTGAAAATACATTGGCATTG 540 consensus_308#1 TATAAACCTA-------------------------------------------------- 472 ********** consensus_308#0 GCAATGTC 548 consensus_308#1 -------- |
Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) |