cluster # 327

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Apis mellifera
cluster # 327 cluster # 327 Sequences # 5 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_327#0 length = 607 sequences # 3

consensus_327#1 length = 552 sequences # 1
consensus_327#2 length = 442 sequences # 1

consensusID : consensus_327#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 607
fasta sequence

                              [TGTTTCGCCGTGTGTGAGCATAAATGTGCAACAAGTAAGTTTATTTAAAGCTATTGATATGGCCATGTCTAGCATTTTATTAATGCGTAAAGGTCTTTCAGTAAATGGTTTTAGAAGTTTATGGACTTGTAGAGTTTTATTCAATGATCAAATTAAAAATGATACACAAAAATCAAATCAGAAATATAAAAATAATGAAAGTGAAGAAGAATACGAGAAAAATATCAAATCAAAAATTCTTGATGCATCTTTAAAATATGTTCATGATCTAGGATGGAGTCATAAAGCCATCAGTGCTGGTGCTGAGTCTATTGGGTATCCTGGGATAATTCATGGATTATTCCCTAATCGAGGAGCAGATTTGGTTCAATATTTCTACTTAACATGCAACAAAAAGTTGAATAACATCCTTAAAGAACAAACTCTTGCAAATCAAGAAAATCCTAAAGAAACAAAAACACTACTATTAGAAGCACGTAATGCTGTTGAGACAAGGCTTAGAATGGTGATTCCTTATAAAAAAACATGGCCACAGGCTTTAGCTCTCATGTCTCTTCCACCTAATGTACCAATGTCATTAGCTAATTTACTTACTTTAGTAGATGAT]

[+] EMBL BI512377             [TGTTTCGCCGTGTGTGAGCATAAATGTGCAACAAGTAAGTTTATTTAAAGCTATTGATATGGCCATGTCTAGCATTTTATTAATGCGTAAAGGTCTTTCAGTAAATGGTTTTAGAAGTTTATGGACTTGTAGAGTTTTATTCAATGATCAAATTAAAAATGATACACAAAAATCAAATCAGAAATATAAAAATAATGAAAGTGAAGAAGAATACGAGAAAAATATCAAATCAAAAATTCTTGATGCATCTTTAAAATATGTTCATGATCTAGGATGGAGTCATAAAGCCATCAGTGCTGGTGCTGAGTCTATTGGGTATCCTGGGATAATTCATGGATTATTCCCTAATCGAGGAGCAGATTTGGTTCAATATTTCTACTTAACATGCAACAAAAAGTTGAATAACATCCTTAAAGAACAAACTCTTGCAAATCAAGAAAATCCTAAAGAAACAAAAACACTACTATTAGAAG                                                                                                                                      ]
[+] EMBL BI513102             [                    TAAATGTGCAACAAGTAAGTTTATTTAAAGCTATTGATATGGCCATGTCTAGCATTTTATTAATGCGTAAAGGTCTTTCAGTAAATGGTTTTAGAAGTTTATGGACTTGTAGAGTTTTATTCAATGATCAAATTAAAAATGATACACAAAAATCAAATCAGAAATATAAAAATAATGAAAGTGAAGAAGAATACGAGAAAAATATCAAATCAAAAATTCTTGATGCATCTTTAAAATATGTTCATGATCTAGGATGGAGTCATAAAGCCATCAGTGCTGGTGCTGAGTCTATTGGGTATCCTGGGATAATTCATGGATTATTCCCTAATCGAGGAGCAGATTTGGTTCAATATTTCTACTTAACATGCAACAAAAAGTTGAATAACATCCTTAAAGAACAAACTCTTGCAAATCAAGAAAATCCTAAAGAAACAAAAACACTACTATTAGAAG                                                                                                                                      ]
[+] EMBL BI515120             [                                                    ATTGATATGGCCATGTCTAGCATTTTATTAATGCGTAAAGGTCTTTCAGTAAATGGTTTTAGAAGTTTATGGACTTGTAGAGTTTTATTCAATGATCAAATTAAAAATGATACACAAAAATCAAATCAGAAATATAAAAATAATGAAAGTGAAGAAGAATACGAGAAAAATATCAAATCAAAAATTCTTGATGCATCTTTAAAATATGTTCATGATCTAGGATGGAGTCATAAAGCCATCAGTGCTGGTGCTGAGTCTATTGGGTATCCTGGGATAATTCATGGATTATTCCCTAATCGAGGAGCAGATTTGGTTCAATATTTCTACTTAACATGCAACAAAAAGTTGAATAACATCCTTAAAGAACAAACTCTTGCAAATCAAGAAAATCCTAAAGAAACAAAAACACTACTATTAGAAGCACGTAATGCTGTTGAGACAAGGCTTAGAATGGTGATTCCTTATAAAAAAACATGGCCACAGGCTTTAGCTCTCATGTCTCTTCCACCTAATGTACCAATGTCATTAGCTAATTTACTTACTTTAGTAGATGAT]




>consensus_327#0
TGTTTCGCCGTGTGTGAGCATAAATGTGCAACAAGTAAGTTTATTTAAAGCTATTGATAT
GGCCATGTCTAGCATTTTATTAATGCGTAAAGGTCTTTCAGTAAATGGTTTTAGAAGTTT
ATGGACTTGTAGAGTTTTATTCAATGATCAAATTAAAAATGATACACAAAAATCAAATCA
GAAATATAAAAATAATGAAAGTGAAGAAGAATACGAGAAAAATATCAAATCAAAAATTCT
TGATGCATCTTTAAAATATGTTCATGATCTAGGATGGAGTCATAAAGCCATCAGTGCTGG
TGCTGAGTCTATTGGGTATCCTGGGATAATTCATGGATTATTCCCTAATCGAGGAGCAGA
TTTGGTTCAATATTTCTACTTAACATGCAACAAAAAGTTGAATAACATCCTTAAAGAACA
AACTCTTGCAAATCAAGAAAATCCTAAAGAAACAAAAACACTACTATTAGAAGCACGTAA
TGCTGTTGAGACAAGGCTTAGAATGGTGATTCCTTATAAAAAAACATGGCCACAGGCTTT
AGCTCTCATGTCTCTTCCACCTAATGTACCAATGTCATTAGCTAATTTACTTACTTTAGT
AGATGAT

consensusID : consensus_327#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 552
fasta sequence

                              [TAAAAAAACATGGCCACAGGCTTTAGCTCTCATGTCTCTTCCACCTAATGTACCAATGTCATTAGCTAATTTACTTACTTTAGTAGATGATATTTGCTATTATGCTGGTGATAGATCAGTTGATATAAACTGGTATACTAGAAGAATAGTACTAGCAGGTATTTATAAAACTACGGAATTATACATGATACAAGATAATAGTGAAGATCATCAAAAAACTTGGCATTTTTTGGATAGACGAATTAAAGATGCCACACAAATTCAAATGATTCTAACAACAACTTCTGATATGGCTTTACCAGATCAAGCCTTAAATCGTGCTACTGAAGCTGCAACTGCTGCTTTTGTTACAGCACGCAATATACTTGGATTGAATTGGAATAGGTAGAAAACAAATAATTAATATTATATAATACTTTATGGTATTAATTATTACTAGATTACTAAAATAAAAACATGGAATATAAATTCATTTGTTACAAATGAAAATTTATCAAAAGAATTTATGTACAGAGTTTATTTAGTAATGGTATTAAAAAAAAACATTAAAAA]

[+] EMBL BI507211             [TAAAAAAACATGGCCACAGGCTTTAGCTCTCATGTCTCTTCCACCTAATGTACCAATGTCATTAGCTAATTTACTTACTTTAGTAGATGATATTTGCTATTATGCTGGTGATAGATCAGTTGATATAAACTGGTATACTAGAAGAATAGTACTAGCAGGTATTTATAAAACTACGGAATTATACATGATACAAGATAATAGTGAAGATCATCAAAAAACTTGGCATTTTTTGGATAGACGAATTAAAGATGCCACACAAATTCAAATGATTCTAACAACAACTTCTGATATGGCTTTACCAGATCAAGCCTTAAATCGTGCTACTGAAGCTGCAACTGCTGCTTTTGTTACAGCACGCAATATACTTGGATTGAATTGGAATAGGTAGAAAACAAATAATTAATATTATATAATACTTTATGGTATTAATTATTACTAGATTACTAAAATAAAAACATGGAATATAAATTCATTTGTTACAAATGAAAATTTATCAAAAGAATTTATGTACAGAGTTTATTTAGTAATGGTATTAAAAAAAAACATTAAAAA]




>consensus_327#1
TAAAAAAACATGGCCACAGGCTTTAGCTCTCATGTCTCTTCCACCTAATGTACCAATGTC
ATTAGCTAATTTACTTACTTTAGTAGATGATATTTGCTATTATGCTGGTGATAGATCAGT
TGATATAAACTGGTATACTAGAAGAATAGTACTAGCAGGTATTTATAAAACTACGGAATT
ATACATGATACAAGATAATAGTGAAGATCATCAAAAAACTTGGCATTTTTTGGATAGACG
AATTAAAGATGCCACACAAATTCAAATGATTCTAACAACAACTTCTGATATGGCTTTACC
AGATCAAGCCTTAAATCGTGCTACTGAAGCTGCAACTGCTGCTTTTGTTACAGCACGCAA
TATACTTGGATTGAATTGGAATAGGTAGAAAACAAATAATTAATATTATATAATACTTTA
TGGTATTAATTATTACTAGATTACTAAAATAAAAACATGGAATATAAATTCATTTGTTAC
AAATGAAAATTTATCAAAAGAATTTATGTACAGAGTTTATTTAGTAATGGTATTAAAAAA
AAACATTAAAAA

consensusID : consensus_327#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 442
fasta sequence

                              [CATGTCTAGCATTTTATTAATGCGTAAAGGTCTTTCAGTAAATGGTTTTAGAAGTTTATGGACTTGTAGAGTTTTATTCAATGATCAAATTAAAAATGATACACAAAAATCAAATCAGAAATATAAAAATAATGAAAGTGAAGAAGAATATGAGAAAAATATCAAATCAAAAATTCTTGATGCATCTTTAAAATATGTTCATGATCTAGGATGGAGTCATAAAGCCATCAGTGCTGGTAATTTGTAATAATTTTTCAGTGCTGAGTCTATTGGGTATCCTGGGATAATTCATGGATTATTCCCTAATCGAGGAGCAGATTTGGTTCAATATTTCTACTTAACATGCAACAAAAAGTTGAATAACATCCTTAAAGAACAAACTCTTGCAAATCAAGAAAATCCTAAAGAAACAAAAACACTACTATTAGAAGCACGTAATGCT]

[+] EMBL BI515967             [CATGTCTAGCATTTTATTAATGCGTAAAGGTCTTTCAGTAAATGGTTTTAGAAGTTTATGGACTTGTAGAGTTTTATTCAATGATCAAATTAAAAATGATACACAAAAATCAAATCAGAAATATAAAAATAATGAAAGTGAAGAAGAATATGAGAAAAATATCAAATCAAAAATTCTTGATGCATCTTTAAAATATGTTCATGATCTAGGATGGAGTCATAAAGCCATCAGTGCTGGTAATTTGTAATAATTTTTCAGTGCTGAGTCTATTGGGTATCCTGGGATAATTCATGGATTATTCCCTAATCGAGGAGCAGATTTGGTTCAATATTTCTACTTAACATGCAACAAAAAGTTGAATAACATCCTTAAAGAACAAACTCTTGCAAATCAAGAAAATCCTAAAGAAACAAAAACACTACTATTAGAAGCACGTAATGCT]




>consensus_327#2
CATGTCTAGCATTTTATTAATGCGTAAAGGTCTTTCAGTAAATGGTTTTAGAAGTTTATG
GACTTGTAGAGTTTTATTCAATGATCAAATTAAAAATGATACACAAAAATCAAATCAGAA
ATATAAAAATAATGAAAGTGAAGAAGAATATGAGAAAAATATCAAATCAAAAATTCTTGA
TGCATCTTTAAAATATGTTCATGATCTAGGATGGAGTCATAAAGCCATCAGTGCTGGTAA
TTTGTAATAATTTTTCAGTGCTGAGTCTATTGGGTATCCTGGGATAATTCATGGATTATT
CCCTAATCGAGGAGCAGATTTGGTTCAATATTTCTACTTAACATGCAACAAAAAGTTGAA
TAACATCCTTAAAGAACAAACTCTTGCAAATCAAGAAAATCCTAAAGAAACAAAAACACT
ACTATTAGAAGCACGTAATGCT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_327#0      -------------------------TGTTTCGCCGTGTGTGAGCATAAATGTGCAACAAG 35
consensus_327#2      ------------------------------------------------------------
consensus_327#1      TAAAAAAACATGGCCACAGGCTTTAGCTCTCATGTCTCTTCCACCTAATGTACCAATGTC 60
                                                                                 

consensus_327#0      TAAGTTTATTTAAAGCTATTGATATGGCCATGTCTAGCATTTTATTAATGCGTAAAGGTC 95
consensus_327#2      ----------------------------CATGTCTAGCATTTTATTAATGCGTAAAGGTC 32
consensus_327#1      ATTAGCTAATTTACTTACTTTAGTAGATGATATTTGCTATTATGCTGGTGATAGATCAGT 120
                                                  ** * *   *** *  *  **    *     

consensus_327#0      TTTCAGTAAATGGTTT--TAGAAGTTTATGGACTTGTAGAGTTTTATTCAATGATCAAAT 153
consensus_327#2      TTTCAGTAAATGGTTT--TAGAAGTTTATGGACTTGTAGAGTTTTATTCAATGATCAAAT 90
consensus_327#1      TGATATAAACTGGTATACTAGAAGAATA-GTACTAGCAGGTATTTATAAAACTACGGAAT 179
                     *   *  ** **** *  ******  ** * *** * **   *****  **  *   ***

consensus_327#0      TAAAAATGATACACAAAAATCAAATCAGAAATATAAAAATAATGAAAGTGAAGAAGA-AT 212
consensus_327#2      TAAAAATGATACACAAAAATCAAATCAGAAATATAAAAATAATGAAAGTGAAGAAGA-AT 149
consensus_327#1      TATACATGATACAAGATAAT--AGTGAAGATCATCAAAAAACTTGGCATTTTTTGGATAG 237
                     ** * ********  * ***  * * *  *  ** **** * *     *      ** * 

consensus_327#0      ACGAGAAAAATATCAAATCAAAAATTCTTGATGCATCTTTAAAATATGTTCATGATCTAG 272
consensus_327#2      ATGAGAAAAATATCAAATCAAAAATTCTTGATGCATCTTTAAAATATGTTCATGATCTAG 209
consensus_327#1      ACGAATTAAAGATGCCA-CACAAATTCA-AATG-ATTCTAACAACAACTTC-TGATATGG 293
                     * **   *** **   * ** ******   *** **  * * ** *  *** **** * *

consensus_327#0      GATGGAGTCATAAAGCCATCAGTGCTGGT---------------------GCTGAGTCTA 311
consensus_327#2      GATGGAGTCATAAAGCCATCAGTGCTGGTAATTTGTAATAATTTTTCAGTGCTGAGTCTA 269
consensus_327#1      CTTTACCAGATCAAGCCTTAAATCGTGCT---------------------ACTGAAGCTG 332
                       *      ** ***** * * *  ** *                      ****  ** 

consensus_327#0      TTGG-GTATCCTGGGATAATTCATGGATTATTCCCTAATCGAGGAGCAGATTTGGTTCAA 370
consensus_327#2      TTGG-GTATCCTGGGATAATTCATGGATTATTCCCTAATCGAGGAGCAGATTTGGTTCAA 328
consensus_327#1      CAACTGCTGCTTTTGTTACAGCACGCAATATACTTGGATTGA--ATTGGAATAGGTAGAA 390
                          *   * *  * **   ** * * *** *    ** **  *   ** * ***  **

consensus_327#0      TATTTCTACTTAACATGCAACAAAAAGTTGAATAACATCCTTAAAGAACAAACTCTTGCA 430
consensus_327#2      TATTTCTACTTAACATGCAACAAAAAGTTGAATAACATCCTTAAAGAACAAACTCTTGCA 388
consensus_327#1      AACAAATAATTAATAT--TATATAATACTTTATGGTATTAATTATTACTAGATTACT--A 446
                      *    ** **** **   * * **   *  **   **   * *  *  * * *  *  *

consensus_327#0      AATCAAGAAAATCCTAAAGAAACAAAAACACTACTATTAGAAGCACGT---AATGCTGTT 487
consensus_327#2      AATCAAGAAAATCCTAAAGAAACAAAAACACTACTATTAGAAGCACGT---AATGCT--- 442
consensus_327#1      AAATAAAAACATGGAATATAAATTCATTTGTTACAAATGAAAATTTATCAAAAGAATTTA 506
                     **  ** ** **   * * ***   *     *** * *  **     *   **   *   

consensus_327#0      GAGACAAGGCTTAGAATGGTGATTCCTTATAAAAAAACATGGCCACAGGCTTTAGCTCTC 547
consensus_327#2      ------------------------------------------------------------
consensus_327#1      TGTACAGAGTTTATTTAGTAATGGTATTAAAAAAAAACATTAAAAA-------------- 552
                                                                                 

consensus_327#0      ATGTCTCTTCCACCTAATGTACCAATGTCATTAGCTAATTTACTTACTTTAGTAGATGAT 607
consensus_327#2      ------------------------------------------------------------
consensus_327#1      ------------------------------------------------------------

Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr)