cluster # 439

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Apis mellifera
cluster # 439 cluster # 439 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_439#0 length = 773 sequences # 3

consensus_439#1 length = 453 sequences # 1

consensusID : consensus_439#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 773
fasta sequence

                              [AATGATTTAGTTTGTCTTTTAGACACAATAATATTAATTTATAAACAAGCTGCTTGCAATATTGTAAAACCACAATTAATGGAAAGTACTTTAAAGAATACTTTTAAAACAGATGATGATAAATGTTTAATATTTTTAAATGCATGGTTTACCTATGGTAAAGGAATAATTGATCATTTTAGACAAATGTCTATATTTCCTGTTCAGGTTAAAGATATCGATTGGAGTTTAAATATTCAAGCTGCATCTTCAAGTATTAAAAAGGATGTGCGACCAATGGCATTATTGCAATTAAATTTAACAGGAGAAGACGAATCTAAATTAACATTGGAATTTGATAAAAAAGAACTCATAGATTTATATCATAATTTAGAGAGAATACAATCACAATTGGATGCTTTTAAATAATAGAAATTTGAGTATTCGGTGTACGTGTGTTTGCATCAAAGACAATCATGGGGATCAGAAACAAGCTGCAATGATGTTTTCGTATTATTATTTATTTAAAGAAATGGTTTACAATGCCGGAGAGACTGACACTCAAACGCGCACGTACGATCCACCGATCACATCTCGGTGCAGATTCTTGAATTGTTGGAAACTTAACAATAACTCAATGGCACACGAAGGTGATGGTCGATCGAGTGACAGCAATGAAAACGCAATATTATCCGAAACGAAGATAAATATCTCAAATGGGGACGCTTAACAATTAAGAATTGTCTTAGCGTTAATTTTAACATGTGGCTCATTATATATAATGAGCATCAGCA]

[+] EMBL BI510476             [AATGATTTAGTTTGTCTTTTAGACACAATAATATTAATTTATAAACAAGCTGCTTGCAATATTGTAAAACCACAATTAATGGAAAGTACTTTAAAGAATACTTTTAAAACAGATGATGATAAATGTTTAATATTTTTAAATGCATGGTTTACCTATGGTAAAGGAATAATTGATCATTTTAGACAAATGTCTATATTTCCTGTTCAGGTTAAAGATATCGATTGGAGTTTAAATATTCAAGCTGCATCTTCAAGTATTAAAAAGGATGTGCGACCAATGGCATTATTGCAATTAAATTTAACAGGAGAAGACGAATCTAAATTAACATTGGAATTTGATAAAAAAGAACTCATAGATTTATATCATAATTTAGAGAGAATACAATCACAATTGGATGCTTTTAAATAATAGAAATTTGAGTATTCGGTGTACGTGTGTTTGCATCAAAGACAATCATGGGGATCAGAAACAAGCTGCAATGATGTTTTCGTATTATTATTTATTTAAAGAAATGGTTTACAATGCCGGAGAGACTGACACTCAAACGCGCACGTACGATCCACCGATCACATCTCGGTGCAGATTCTTGAATTGTTGGAAACTTAACAAT                                                                                                                                                                   ]
[-] EMBL BI506999             [                                                                                                                                                                        ATTGATCATTTTAGACAAATGTCTATATTTCCTGTTCAGGTTAAAGATATCGATTGGAGTTTAAATATTCAAGCTGCATCTTCAAGTATTAAAAAGGATGTGCGACCAATGGCATTATTGCAATTAAATTTAACAGGAGAAGACGAATCTAAATTAACATTGGAATTTGATAAAAAAGAACTCATAGATTTATATCATAATTTAGAGAGAATACAATCACAATTGGATGCTTTTAAATAATAGAAATTTGAGTATTCGGTGTACGTGTGTTTGCATCAAAGACAATCATGGGGATCAGAAACAAGCTGCAATGATGTTTTCGTATTATTATTTATTTAAAGAAATGGTTTACAATGCCGGAGAGACTGACACTCAAACGCGCACGTACGATCCACCGATCACATCTCGGTGCAGATTCTTGAATTGTTGGAAACTTAACAATAACTCAATGGCACACGAAGGTGATGGTCGATCGAGTGACAGCAATGAAAACGCAATATTATCCGAAACGAAGATAAATATCTCAAATGGGGACGCTTAACAATTAAGAATTGTCTTAGCGTTAATTTTAACATGTGGCTCATTATATAT              ]
[-] EMBL BI510089             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAAGAAATGGTTTACAATGCCGGAGAGACTGACACTCAAACGCGCACGTACGATCCACCGATCACATCTCGGTGCAGATTCTTGAATTGTTGGAAACTTAACAATAACTCAATGGCACACGAAGGTGATGGTCGATCGAGTGACAGCAATGAAAACGCAATATTATCCGAAACGAAGATAAATATCTCAAATGGGGACGCTTAACAATTAAGAATTGTCTTAGCGTTAATTTTAACATGTGGCTCATTATATATAATGAGCATCAGCA]




>consensus_439#0
AATGATTTAGTTTGTCTTTTAGACACAATAATATTAATTTATAAACAAGCTGCTTGCAAT
ATTGTAAAACCACAATTAATGGAAAGTACTTTAAAGAATACTTTTAAAACAGATGATGAT
AAATGTTTAATATTTTTAAATGCATGGTTTACCTATGGTAAAGGAATAATTGATCATTTT
AGACAAATGTCTATATTTCCTGTTCAGGTTAAAGATATCGATTGGAGTTTAAATATTCAA
GCTGCATCTTCAAGTATTAAAAAGGATGTGCGACCAATGGCATTATTGCAATTAAATTTA
ACAGGAGAAGACGAATCTAAATTAACATTGGAATTTGATAAAAAAGAACTCATAGATTTA
TATCATAATTTAGAGAGAATACAATCACAATTGGATGCTTTTAAATAATAGAAATTTGAG
TATTCGGTGTACGTGTGTTTGCATCAAAGACAATCATGGGGATCAGAAACAAGCTGCAAT
GATGTTTTCGTATTATTATTTATTTAAAGAAATGGTTTACAATGCCGGAGAGACTGACAC
TCAAACGCGCACGTACGATCCACCGATCACATCTCGGTGCAGATTCTTGAATTGTTGGAA
ACTTAACAATAACTCAATGGCACACGAAGGTGATGGTCGATCGAGTGACAGCAATGAAAA
CGCAATATTATCCGAAACGAAGATAAATATCTCAAATGGGGACGCTTAACAATTAAGAAT
TGTCTTAGCGTTAATTTTAACATGTGGCTCATTATATATAATGAGCATCAGCA

consensusID : consensus_439#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 453
fasta sequence

                              [GCAGATTCTTGAATTGTTGGAAACTTAACAATAACTCAATGGCACACGAAGGTAGGTAATTAATTAGGTTCGAACGAAAGCGTTCTACGTTTGATTATTGCACACGATCTGTACCGAGTTTCCTATGAATTTTGAGACTTTTCTTCTTAATATCGTTAAATATTACTTTTGTACCTTTAATAATTATAGAATGATTCAAACAAATGATTCAAAGTAATTATTACTTATTAATTATTACTTTGCAGGTGATGGTCGATCGAGTGACAGCAATGAAAACGCAATATTATCCGAAACGAAGATAAATATCTCAAATGGGGACGCTTAACAATTAAGAATTGTCTTAGCGTTAATTTTAACATGTGGCTCATTATATATAATGAGCATCAGCAGTATAAAGTGGATATCGTAGTATTCTAATAAAAAAAAAAAAAAAAGCAACGCGGCCGCTCCAAC]

[-] EMBL BI507363             [GCAGATTCTTGAATTGTTGGAAACTTAACAATAACTCAATGGCACACGAAGGTAGGTAATTAATTAGGTTCGAACGAAAGCGTTCTACGTTTGATTATTGCACACGATCTGTACCGAGTTTCCTATGAATTTTGAGACTTTTCTTCTTAATATCGTTAAATATTACTTTTGTACCTTTAATAATTATAGAATGATTCAAACAAATGATTCAAAGTAATTATTACTTATTAATTATTACTTTGCAGGTGATGGTCGATCGAGTGACAGCAATGAAAACGCAATATTATCCGAAACGAAGATAAATATCTCAAATGGGGACGCTTAACAATTAAGAATTGTCTTAGCGTTAATTTTAACATGTGGCTCATTATATATAATGAGCATCAGCAGTATAAAGTGGATATCGTAGTATTCTAATAAAAAAAAAAAAAAAAGCAACGCGGCCGCTCCAAC]




>consensus_439#1
GCAGATTCTTGAATTGTTGGAAACTTAACAATAACTCAATGGCACACGAAGGTAGGTAAT
TAATTAGGTTCGAACGAAAGCGTTCTACGTTTGATTATTGCACACGATCTGTACCGAGTT
TCCTATGAATTTTGAGACTTTTCTTCTTAATATCGTTAAATATTACTTTTGTACCTTTAA
TAATTATAGAATGATTCAAACAAATGATTCAAAGTAATTATTACTTATTAATTATTACTT
TGCAGGTGATGGTCGATCGAGTGACAGCAATGAAAACGCAATATTATCCGAAACGAAGAT
AAATATCTCAAATGGGGACGCTTAACAATTAAGAATTGTCTTAGCGTTAATTTTAACATG
TGGCTCATTATATATAATGAGCATCAGCAGTATAAAGTGGATATCGTAGTATTCTAATAA
AAAAAAAAAAAAAAGCAACGCGGCCGCTCCAAC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_439#0      AATGATTTAGTTTGTCTTTTAGACACAATAATATTAATTTATAAACAAGCTGCTTGCAAT 60
consensus_439#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_439#0      ATTGTAAAACCACAATTAATGGAAAGTACTTTAAAGAATACTTTTAAAACAGATGATGAT 120
consensus_439#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_439#0      AAATGTTTAATATTTTTAAATGCATGGTTTACCTATGGTAAAGGAATAATTGATCATTTT 180
consensus_439#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_439#0      AGACAAATGTCTATATTTCCTGTTCAGGTTAAAGATATCGATTGGAGTTTAAATATTCAA 240
consensus_439#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_439#0      GCTGCATCTTCAAGTATTAAAAAGGATGTGCGACCAATGGCATTATTGCAATTAAATTTA 300
consensus_439#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_439#0      ACAGGAGAAGACGAATCTAAATTAACATTGGAATTTGATAAAAAAGAACTCATAGATTTA 360
consensus_439#1      ---------------------------------------------------GCAGATT-- 7
                                                                          *****  

consensus_439#0      TATCATAATTTAGAGAGAATACAATCACAATTGGATGCTTTTAAATAATAGAAATTTGAG 420
consensus_439#1      ---CTTGAATTGTTGGAAACTTAACAATAACTCAATGGCACACGAAGGTAGGTAATTAAT 64
                        * * * **   *  **   **  * ** *  ***       *   ***  * ** * 

consensus_439#0      TATTCGGTGTACGTGTGTTTGCATCAAAGACAATCATGGGGATCAGAAACAAGCTGCAAT 480
consensus_439#1      TAG-----GTTCGAACGAAAGCGTTCTACGTT----TGATTATTGCACACGATCTGTACC 115
                     **      ** **   *   ** *   *        **   **   * ** * *** *  

consensus_439#0      GATGTTTTCGTATTATTATTTATTTAAAGAAATGGTTTACAATGCCGGAGAGACTGACAC 540
consensus_439#1      GAG--TTTCCTATGAAT-----TTTGAGACTTTTCTTCTTAATATCGTTAAATATTACTT 168
                     **   **** *** * *     *** *     *  **   ***  **   *   * **  

consensus_439#0      TCAAACGCGCACGTACGATCCACCGATCACATCTCGGTGCAGATTCTTGAATTGTTGGAA 600
consensus_439#1      TTGTACCTTTAATAATTATAGAATGATT-CAAACAAATG---ATTC--AAAGTAATTATT 222
                     *   **    *   *  **  *  ***  **      **   ****   ** *  *    

consensus_439#0      ACTTAACAATAACTCAATGGCACACGAAGGTGATGGTCGATCGAGTGACAGCAATGAAAA 660
consensus_439#1      ACTTATTAATTATTACTTTGC------AGGTGATGGTCGATCGAGTGACAGCAATGAAAA 276
                     *****  *** * *   * **      *********************************

consensus_439#0      CGCAATATTATCCGAAACGAAGATAAATATCTCAAATGGGGACGCTTAACAATTAAGAAT 720
consensus_439#1      CGCAATATTATCCGAAACGAAGATAAATATCTCAAATGGGGACGCTTAACAATTAAGAAT 336
                     ************************************************************

consensus_439#0      TGTCTTAGCGTTAATTTTAACATGTGGCTCATTATATATAATGAGCATCAGCA------- 773
consensus_439#1      TGTCTTAGCGTTAATTTTAACATGTGGCTCATTATATATAATGAGCATCAGCAGTATAAA 396
                     *****************************************************       

consensus_439#0      ---------------------------------------------------------
consensus_439#1      GTGGATATCGTAGTATTCTAATAAAAAAAAAAAAAAAAGCAACGCGGCCGCTCCAAC 453

Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr)