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Apis mellifera
cluster # 480 cluster # 480       Sequences # 4       consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_480#0 length = 550 sequences # 1  
 consensus_480#1 length = 485 sequences # 3  
consensusID : consensus_480#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 550
fasta sequence 
                              [ATCCAGGTGATTGTTTATCAAGTACTAAGTAATTGGAATGAACACAGATTATTCGAATTATAATTTGCTTCAAAATTTATTTTAATTCAATTACTCATAATATAGGAATGCAAGTAGTCTCAAAATGAATAGTATAAATTATAACATAAAATCGTAAAAAAAAATATTTTAATATCTCACATCATATAATTGGTCATTGATGATTTCTGAGATTTTTACCTTTAATTTATAATTTATATAATTATGCAAAATGAATTAAAGTCTTAATTTTTTTTTTCTTTTGTTTTTACGAGCAATTAAATTAATATGCGAGACATATACTCTCGTGCAATTTATTTAACATAATATAATTCGAAGCATTTAATTATCTGTGATTCCGATGTGTGCGGTCAATTTGATACACTTGAAAAACACTTCAAGGCTCCACCTTCAATAATTCCACATCAAAGATGAGAACAGCATTTGGAGGAATAGTGTATCTATGTCAAGGATAATACTATAATAAATAAATTTTTTTTATATAATTAATAATACAATTAAATATTATATT]

[+] EMBL BI515556             [ATCCAGGTGATTGTTTATCAAGTACTAAGTAATTGGAATGAACACAGATTATTCGAATTATAATTTGCTTCAAAATTTATTTTAATTCAATTACTCATAATATAGGAATGCAAGTAGTCTCAAAATGAATAGTATAAATTATAACATAAAATCGTAAAAAAAAATATTTTAATATCTCACATCATATAATTGGTCATTGATGATTTCTGAGATTTTTACCTTTAATTTATAATTTATATAATTATGCAAAATGAATTAAAGTCTTAATTTTTTTTTTCTTTTGTTTTTACGAGCAATTAAATTAATATGCGAGACATATACTCTCGTGCAATTTATTTAACATAATATAATTCGAAGCATTTAATTATCTGTGATTCCGATGTGTGCGGTCAATTTGATACACTTGAAAAACACTTCAAGGCTCCACCTTCAATAATTCCACATCAAAGATGAGAACAGCATTTGGAGGAATAGTGTATCTATGTCAAGGATAATACTATAATAAATAAATTTTTTTTATATAATTAATAATACAATTAAATATTATATT]




>consensus_480#0
ATCCAGGTGATTGTTTATCAAGTACTAAGTAATTGGAATGAACACAGATTATTCGAATTA
TAATTTGCTTCAAAATTTATTTTAATTCAATTACTCATAATATAGGAATGCAAGTAGTCT
CAAAATGAATAGTATAAATTATAACATAAAATCGTAAAAAAAAATATTTTAATATCTCAC
ATCATATAATTGGTCATTGATGATTTCTGAGATTTTTACCTTTAATTTATAATTTATATA
ATTATGCAAAATGAATTAAAGTCTTAATTTTTTTTTTCTTTTGTTTTTACGAGCAATTAA
ATTAATATGCGAGACATATACTCTCGTGCAATTTATTTAACATAATATAATTCGAAGCAT
TTAATTATCTGTGATTCCGATGTGTGCGGTCAATTTGATACACTTGAAAAACACTTCAAG
GCTCCACCTTCAATAATTCCACATCAAAGATGAGAACAGCATTTGGAGGAATAGTGTATC
TATGTCAAGGATAATACTATAATAAATAAATTTTTTTTATATAATTAATAATACAATTAA
ATATTATATT

consensusID : consensus_480#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 485
fasta sequence 
                              [ATAATATAATTCGAAGCATTTAATTATCTGTGATTCCGATGTGTGCGGTCAATTTGATACACTTGAAAAACACTTCAAGGCTCCACCTTCAATAATTCCACATCAAAGATGAGAACAGCATTTGGAGGAATAACTCCAGGATGTCCTCGGCTACCATAGGCAAAAGTTGGCGAACAAGTTAACCTAGCACGTTCTCCAACACACATTTTAGCAACTCCTTGGTCCCAACCTTTAATAACTTCTCCTTTACCTATTTTAAATTTAAATGGTACTCCACGGTCCCTACTTGAATCAAA-TTTTTTCCATTGTCAAGAGTACCTGTATAATGAACAACTACAGTCTGTCCAGTTTTTGGATATGTCTGGCCGTCTCCAGGAGAAAGAACTTCCACATCCACGCCCATGACTATATATTTTACGTCACAGAAATCAAAATCCTAACAAAGAAATAAGTAATTTTTGTTATACAAAGTCAATCAGTTTTTA]

[-] EMBL BI512541             [ATAATATAATTCGAAGCATTTAATTATCTGTGATTCCGATGTGTGCGGTCAATTTGATACACTTGAAAAACACTTCAAGGCTCCACCTTCAATAATTCCACATCAAAGATGAGAACAGCATTTGGAGGAATAACTCCAGGATGTCCTCGGCTACCATAGGCAAAATCTGGCGAACAAGTTAACCTAGCACGTTCTCCAACACACATTTTAGCAACTCCTTGGTCCCAACCTTTAATAACTTCTCCTTTACCTATTTTAAATTTAAATGGTACTCCACGGTCCCTACTTGAATCAAATTTTTTTCCATTGTCAAGAGTACCTGTATAATGAACAACTACAGTCTGTCCAGTTTTTGGATATGTCTGGCCGTCTCCAGGAGAAAGAACTTCCACATCCACGCCCATGACTATATATTTTACGTCACAGAAATCAAAATCCTAACAAAGAAATAAGTAATTTTTGTTATACAAAGTCAATCAGTTTTTA]
[-] EMBL BI512995             [                                                                                                                                                                     GTTGGCGAACAAGTTAACCTAGCACGTTCTCCAACACACATTTTAGCAACTCCTTGGTCCCAACCTTTAATAACTTCTCCTTTACCTATTTTAAATTTAAATGGTACTCCACGGTCCCTACTTGAATCAAA TTTTTTCCATTGTCAAGAGTACCTGTATAATGAACAACTACAGTCTGTCCAGTTTTTGGATATGTCTGGCCGTCTCCAGGAGAAAGAACTTCCACATCCACGCCCATGACTATATATTTTACGTCACAGAAATCAAAATCCTAACAAAGAAATAAGTAATTTTTGTTATACAAAGTCAATCAGTTTTTA]
[-] EMBL BI515320             [                                                                                                                                                                     GTTGGCGAACAAGTTAACCTAGCACGTTCTCCAACACACATTTTAGCAACTCCTTGGTCCCAACCTTTAATAACTTCTCCTTTACCTATTTTAAATTTAAATGGTACTCCACGGTCCCTACTTGAATCAAA TTTTTTCCATTGTCAAGAGTACCTGTATAATGAACAACTACAGTCTGTCCAGTTTTTGGATATGTCTGGCCGTCTCCAGGAGAAAGAACTTCCACATCCACGCCCATGACTATATATTTTACGTCACAGAAATCAAAATCCTAACAAAGAAATAAGTAATTTTTGTTATACAAAGTCAATCAGTTTTTA]




>consensus_480#1
ATAATATAATTCGAAGCATTTAATTATCTGTGATTCCGATGTGTGCGGTCAATTTGATAC
ACTTGAAAAACACTTCAAGGCTCCACCTTCAATAATTCCACATCAAAGATGAGAACAGCA
TTTGGAGGAATAACTCCAGGATGTCCTCGGCTACCATAGGCAAAAGTTGGCGAACAAGTT
AACCTAGCACGTTCTCCAACACACATTTTAGCAACTCCTTGGTCCCAACCTTTAATAACT
TCTCCTTTACCTATTTTAAATTTAAATGGTACTCCACGGTCCCTACTTGAATCAAATTTT
TTCCATTGTCAAGAGTACCTGTATAATGAACAACTACAGTCTGTCCAGTTTTTGGATATG
TCTGGCCGTCTCCAGGAGAAAGAACTTCCACATCCACGCCCATGACTATATATTTTACGT
CACAGAAATCAAAATCCTAACAAAGAAATAAGTAATTTTTGTTATACAAAGTCAATCAGT
TTTTA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_480#0      ATCCAGGTGATTGTTTATCAAGTACTAAGTAATTGGAATGAACACAGATTATTCG-AATT 59
consensus_480#1      -----------------------ATAATATAATTCGAA-GCATTTA-ATTATCTGTGATT 35
                                            *  *  ***** *** * *   * *****  *  ***

consensus_480#0      ATAATTTGCTTCAAAATTTATTTTAATTCAATT-ACTCATAATATAGGAATGCAAGTAGT 118
consensus_480#1      CCGATGTGTGCGG----TCAATTTGATACACTTGAAAAACACTTCAAGGCTCCACCT--T 89
                        ** **         * * *** ** ** ** *   * * *  * *  * **  *  *

consensus_480#0      CTCAAAATGAATAGTATAAATTATAACATAAAATCGTAAAAAAAAATATTTTAATATCTC 178
consensus_480#1      CAATAATTCCACATCAAAGATGAGAACA-GCATTTGGAGGAATAA---CTCCAGGATGTC 145
                     *   ** *  * *  * * ** * ****   * * * *  ** **    *  *  ** **

consensus_480#0      ACATCATATAATTGGTCATTGATGATTTCTGAGATTTTTACCTTTAATTTATAATTTATA 238
consensus_480#1      CTCGGCTACCATAGGCAAAAGTTGGCGAACAAGTTAACCTAGCACGTTCTCCAACACACA 205
                           **  ** **  *  * **       ** *            * *  **   * *

consensus_480#0      TAATTATGCAAAATGAATTAAAGTCTTAATTTTTTTTTTCTTTTGTTTTTACGAGCAATT 298
consensus_480#1      TTTTAGCAACTCCTTGGTCCCAACCTTTAATAACTTCTCCTTTACCTATTTTAA--ATTT 263
                     *  *         *   *   *  *** * *   ** * ****   * **   *  * **

consensus_480#0      AAATTAATATGCGAGACATATACTCTCGTGCAATTTATTTAACATAATATAATTCGAAGC 358
consensus_480#1      AAATGGTACTCCACGGTCCCTACTTGAATCAAATTTTTTC-------CATTGTCAAGAGT 316
                     ****     * *  *     ****    *  ***** **         **  *    ** 

consensus_480#0      ATTTA-ATTATCTGTGATTCCGATGTGTGCGGTCAATTTGATACACTTGAAAAACACTTC 417
consensus_480#1      ACCTGTATAATGAACAACTACAGTCTGTCCAGTTT-TTGGATATGTCTGGCCGTCTCCAG 375
                     *  *  ** **     * * *  * *** * **   ** ****    **     * *   

consensus_480#0      AAGGCTCCACCTTCAATAATTCCACATCAAAGATGAGAACAGCATTTGGAGGAATAGTGT 477
consensus_480#1      GAGAAAGAACTTCCACA---TCCACGCCCATGACTATA----TATTTTACGTCACAGAA- 427
                      **     ** * **     *****  * * **  * *     ****   *  * **   

consensus_480#0      ATCTATGTCAAGGATAATACTATAATAAATAAATTTTTTTTATATAATTAATAATACAAT 537
consensus_480#1      ATCAAAATCC----TAACAAAGAAATAAGTAA-TTTTTGTTATACAA------AGTCAAT 476
                     *** *  **     *** *    ***** *** ***** ***** **      *  ****

consensus_480#0      TAAATATTATATT 550
consensus_480#1      CAGTTTTTA---- 485
                      *  * ***


Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)