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Apis mellifera
cluster # 52 cluster # 52       Sequences # 9       consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_52#0 length = 617 sequences # 8  
 consensus_52#1 length = 452 sequences # 1  
consensusID : consensus_52#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 8
consensus length = 617
fasta sequence 
                              [GCGAAGACATGAGTAAAATCGGTATCAACGGTTTTGGCCGTATTGGCCGTCTTGTATTTAGGGCTTCCATTGAGTTCGGTGCTCAGGTTGTTGCCATTAATGATCCCTTCATTGGTTTAGAATATATGGCATATATGTTAAAATATGATTCTACACATGGAAAATTCAAAGGAGATGTCAAAATTGAAAATGATCAATTAGTTGTCAATGGTAATAAAATTGCTGTATTTAGTGAACGAGAGGCAAAAAATATTCCATGGACAAAAGCTGGAGCTGAATATATTGTAGAATCCACTGGTGTTTATACTACTAAGGAAAAAGCTTCTGGTCATTTACAAGCTGGTGCAAAAAAAGTTGTTATTACTGCACCATCAGCTGATGCACCCATGTTTGTTTGTGGTGTTAATTTGGATGCTTATGATCCAAGTTATACTATTGTTTCCAATGCTTCTTGTACTACTAATTGTTTAGCACCTCTTGCTAAAGTTATTCATGATAATTTTGAAATCGTTGAAGGTCTTATGACTACTGTTCATGCTGTTACTGCTACACAAAAAGTTGTTGATGCACCTTCTGCAAAATTATGGCGAGACGGTCGTGGTGCTTGTCAAAATATT]

[+] EMBL BI513412             [GCGAAGACATGAGTAAAATCGGTATCAACGGTTTTGGCCGTATTGGCCGTCTTGTATTTAGGGCTTCCATTGAGTTCGGTGCTCAGGTTGTTGCCATTAATGATCCCTTCATTGGTTTAGAATATATGGCATATATGTTAAAATATGATTCTACACATGGAAAATTTAAAGGAGATGTCAAAATTGAAAATGATCAATTAGTTGTCAATGGTAATAAAATTGCTGTATTTAGTGAACGAGAGGCAAAAAATATTCCATGGACAAAAGCTGGAGCTGAATATATTGTAGAATCCACTGGTGTTTATACTACTAAGGAAAAAGCTTCTGGTCATTTACAAGCTGGTGCAAAAAAAGTTGTTATTACTGCACCATCAGCTGATGCACCCATGTTTGTTTGTGGTGTTAATTTGGATGCTTATGATCCAAGTTATACTATTGTTTCCAATGCTTCTTGTACTACTAATTGTTTAGCACCTCTTGCTAAAGTTATTCATGAT                                                                                                                        ]
[+] EMBL BI515235             [        ATGAGTAAAATCGGTATCAACGGTTTTGGCCGTATTGGCCGTCTTGTATTTAGGGCTTCCATTGAGTTCGGTGCTCAGGTTGTTGCCATTAATGATCCCTTCATTGGTTTAGAATATATGGCATATATGTTAAAATATGATTCTACACATGGAAAATTCAAAGGAGATGTCAAAATTGAAAATGATCAATTAGTTGTCAATGGTAATAAAATTGCTGTATTTAGTGAACGAGAGGCAAAAAATATTCCATGGACAAAAGCTGGAGCTGAATATATTGTAGAATCCACTGGTGTTTATACTACTAAGGAAAAAGCTTCTGGTCATTTACAAGCTGGTGCAAAAAAAGTTGTTATTACTGCACCATCAGCTGATG                                                                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL BI516487             [                                           TGGCCGTCTTGTATTTAGGGCTTCCATTGAGTTCGGTGCTCAGGTTGTTGCCATTAATGATCCCTTCATTGGTTTAGAATATATGGCATATATGTTAAAATATGATTCTACACATGGAAAATTTAAAGGAGATGTCAAAATTGAAAATGATCAATTAGTTGTCAATGGTAATAAAATTGCTGTATTTAGTGAACGAGAGGCAAAAAATATTCCATGGACAAAAGCTGGAGCTGAATATATTGTAGAATCCACTGGTGTTTATACTACTAAGGAAAAAGCTTCTGGTCATTTACAAGCTGGTGCAAAAAAAGTTGTTATTACTGCACCATCAGCTGATGCACCCATGTTTGTTTGTGGTGTTAATTTGGATGCTTATGATCCAAGTTATACTATTGTTTCCAATGCTTCTTGTACTACTAATTGTTTAGCACCTCTTGCTAAAGTTATTCATGATAATTTTGAAATCGTTGAAGGTCTTATGACTACTGTTCATGCTGTTACTGCTACACAAAAAGTTGTTGATG                                                  ]
[+] EMBL BI513521             [                                           TGGCCGTCTTGTATTTAGGGCTTCCATTGAGTTCGGTGCTCAGGTTGTTGCCATTAATGATCCCTTCATTGGTTTAGAATATATGGCATATATGTTAAAATATGATTCTACACATGGAAAATTTAAAGGAGATGTCAAAATTGAAAATGATCAATTAGTTGTCAATGGTAATAAAATTGCTGTATTTAGTGAACGAGAGGCAAAAAATATTCCATGGACAAAAGCTGGAGCTGAATATATTGTAGAATCCACTGGTGTTTATACTACTAAGGAAAAAGCTTCTGGTCATTTACAAGCTGGTGCAAAAAAAGTTGTTATTACTGCACCATCAGCTGATGCACCCATGTTTGTTTGTGNNGTTAATTTGGATGCTTATGATCCAAGTTATACTATTGTTTCCAATGCTTCTTGTACTACTAATTGTTTAGCACCTCTTGCTAAAGTTATTCATGAT                                                                                                                        ]
[+] EMBL BI511595             [                                                                                                    TGATCCCTTCATTGGTTTAGAATATATGGCATATATGTTAAAATATGATTCTACACATGGAAAATTCAAAGGAGATGTCAAAATTGAAAATGATCAATTAGTTGTCAATGGTAATAAAATTGCTGTATTTAGTGAACGAGAGGCAAAAAATATTCCATGGACAAAAGCTGGAGCTGAATATATTGTAGAATCCACTGGTGTTTATACTACTAAGGAAAAAGCTTCTGGTCATTTACAAGCTGGTGCAAAAAAAGTTGTTATTACTGCACCATCAGCTGATGCACCCATGTTTGTTTGTGGTGTTAATTTGGATGCTTATGATCCAAGTTATAC                                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL BI510726             [                                                                                                     GATCCCTTCATTGGTTTAGAATATATGGCATATATGTTAAAATATGATTCTACACATGGAAAATTCAAAGGAGATGTCAAAATTGAAAATGATCAATTAGTTGTCAATGGTAATAAAATTGCTGTATTTAGTGAACGAGAGGCAAAAAATATTCCATGGACAAAAGCTGGAGCTGAATATATTGTAGAATCCACTGGTGTTTATACTACTAAGGAAAAAGCTTCTGGTCATTTACAAGCTGGTGCAAAAAAAGTTGTTATTACTGCACCATCAGCTGATGCACCCATGTTTGTTTGTGGTGTTAATTTGGATGCTTATGATCCAAGTTATACTATTGTTTCCAATGCTTCTTGTACTACTAATTGTTTAGCACCTCTTGCTAAAGTTATTCATGATAATTTTGAAATCGTTGAAGGTCTTATGACTACTGTTCATGCTGTTACTGCTACACAAAAAGTTGTTGATGCACCTTCTGCAAAATTATGGCGAGACGGTCGTGGTGCTTGTCA       ]
[+] EMBL BI510654             [                                                                                                           TTCATTGGTTTAGAATATATGGCATATATGTTAAAATATGATTCTACACATGGAAAATTCAAAGGAGATGTCAAAATTGAAAATGATCAATTAGTTGTCAATGGTAATAAAATTGCTGTATTTAGTGAACGAGAGGCAAAAAATATTCCATGGACAAAAGCTGGAGCTGAATATATTGTAGAATCCACTGGTGTTTATACTACTAAGGAAAAAGCTTCTGGTCATTTACAAGCTGGTGCAAAAAAAGTTGTTATTACTGCACCATCAGCTGATGCACCCATGTTTGTTTGTGNNNTTAATTTGGATGCTTATGATCCAAGTTATACTATTGTTTCCAATGCTTCTTGTACTACTAATTGTTTAGCACCTCTTGCTAAAGTTATTCATGAT                                                                                                                        ]
[+] EMBL BI517231             [                                                                                                                                    ATATGTTAAAATATGATTCTACACATGGAAAATTCAAAGGAGATGTCAAAATTGAAAATGATCAATTAGTTGTCAATGGTAATAAAATTGCTGTATTTAGTGAACGAGAGGCAAAAAATATTCCATGGACAAAAGCTGGAGCTGAATATATTGTAGAATCCACTGGTGTTTATACTACTAAGGAAAAAGCTTCTGGTCATTTACAAGCTGGTGCAAAAAAAGTTGTTATTACTGCACCATCAGCTGATGCACCCATGTTTGTTTGTGGTGTTAATTTGGATGCTTATGATCCAAGTTATACTATTGTTTCCAATGCTTCTTGTACTACTAATTGTTTAGCACCTCTTGCTAAAGTTATTCATGATAATTTTGAAATCGTTGAAGGTCTTATGACTACTGTTCATGCTGTTACTGCTACACAAAAAGTTGTTGATGCACCTTCTGCAAAATTATGGCGAGACGGTCGTGGTGCTTGTCAAAATATT]




>consensus_52#0
GCGAAGACATGAGTAAAATCGGTATCAACGGTTTTGGCCGTATTGGCCGTCTTGTATTTA
GGGCTTCCATTGAGTTCGGTGCTCAGGTTGTTGCCATTAATGATCCCTTCATTGGTTTAG
AATATATGGCATATATGTTAAAATATGATTCTACACATGGAAAATTCAAAGGAGATGTCA
AAATTGAAAATGATCAATTAGTTGTCAATGGTAATAAAATTGCTGTATTTAGTGAACGAG
AGGCAAAAAATATTCCATGGACAAAAGCTGGAGCTGAATATATTGTAGAATCCACTGGTG
TTTATACTACTAAGGAAAAAGCTTCTGGTCATTTACAAGCTGGTGCAAAAAAAGTTGTTA
TTACTGCACCATCAGCTGATGCACCCATGTTTGTTTGTGGTGTTAATTTGGATGCTTATG
ATCCAAGTTATACTATTGTTTCCAATGCTTCTTGTACTACTAATTGTTTAGCACCTCTTG
CTAAAGTTATTCATGATAATTTTGAAATCGTTGAAGGTCTTATGACTACTGTTCATGCTG
TTACTGCTACACAAAAAGTTGTTGATGCACCTTCTGCAAAATTATGGCGAGACGGTCGTG
GTGCTTGTCAAAATATT

consensusID : consensus_52#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 452
fasta sequence 
                              [ATNTGCNAATACACTGAGTNCCATCNCGCACTCCCCGGTTNTNCCCGTACTGNCCGTCTTGTANTNAGGGCCNNCCATNGAGTTCCGGTGCNCAGGTTGTNCCCATTAANGATCCCNTCATTGGTTTAGAATATATGGCATATATGTTAANATATGATTCTACACACGGAAAATTCAAAGGAGATGTCAAAATNGAAAATGATCAANTAGTTGTCAATGGTAATAAAATTGCNGTATTTAGTGNACCAGANGCAAAAAATATTCTATAGCCGTGGTCGCGGCCNAGGTACAGCTTTTGTAAGTTCTATCACATTGTCAATAGGTATGATATTTAAGAAATATTGGAATTCTTCGGCCAGTGCACCTGAGCCAAGATTTGGCACTACGTAGGCATTAAGATGACCGATTGTGAAGATTAAAGTCACAATTACCGAAAACGAATTTCATTCTTT]

[+] EMBL BG101635             [ATNTGCNAATACACTGAGTNCCATCNCGCACTCCCCGGTTNTNCCCGTACTGNCCGTCTTGTANTNAGGGCCNNCCATNGAGTTCCGGTGCNCAGGTTGTNCCCATTAANGATCCCNTCATTGGTTTAGAATATATGGCATATATGTTAANATATGATTCTACACACGGAAAATTCAAAGGAGATGTCAAAATNGAAAATGATCAANTAGTTGTCAATGGTAATAAAATTGCNGTATTTAGTGNACCAGANGCAAAAAATATTCTATAGCCGTGGTCGCGGCCNAGGTACAGCTTTTGTAAGTTCTATCACATTGTCAATAGGTATGATATTTAAGAAATATTGGAATTCTTCGGCCAGTGCACCTGAGCCAAGATTTGGCACTACGTAGGCATTAAGATGACCGATTGTGAAGATTAAAGTCACAATTACCGAAAACGAATTTCATTCTTT]




>consensus_52#1
ATNTGCNAATACACTGAGTNCCATCNCGCACTCCCCGGTTNTNCCCGTACTGNCCGTCTT
GTANTNAGGGCCNNCCATNGAGTTCCGGTGCNCAGGTTGTNCCCATTAANGATCCCNTCA
TTGGTTTAGAATATATGGCATATATGTTAANATATGATTCTACACACGGAAAATTCAAAG
GAGATGTCAAAATNGAAAATGATCAANTAGTTGTCAATGGTAATAAAATTGCNGTATTTA
GTGNACCAGANGCAAAAAATATTCTATAGCCGTGGTCGCGGCCNAGGTACAGCTTTTGTA
AGTTCTATCACATTGTCAATAGGTATGATATTTAAGAAATATTGGAATTCTTCGGCCAGT
GCACCTGAGCCAAGATTTGGCACTACGTAGGCATTAAGATGACCGATTGTGAAGATTAAA
GTCACAATTACCGAAAACGAATTTCATTCTTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_52#0      ----GCGAAGACA-TGAGTAAAATCG-GTA-TCAACGGTTTTGGCCGTATTGGCCGTCTT 53
consensus_52#1      ATNTGCNAATACACTGAGTNCCATCNCGCACTCCCCGGTTNTNCCCGTACTGNCCGTCTT 60
                        ** ** *** *****   ***  * * **  ***** *  ***** ** *******

consensus_52#0      GTATTTAGGGC-TTCCATTGAGTTC-GGTGCTCAGGTTGTTGCCATTAATGATCCCTTCA 111
consensus_52#1      GTANTNAGGGCCNNCCATNGAGTTCCGGTGCNCAGGTTGTNCCCATTAANGATCCCNTCA 120
                    *** * *****   **** ****** ***** ********  ******* ****** ***

consensus_52#0      TTGGTTTAGAATATATGGCATATATGTTAAAATATGATTCTACACATGGAAAATTCAAAG 171
consensus_52#1      TTGGTTTAGAATATATGGCATATATGTTAANATATGATTCTACACACGGAAAATTCAAAG 180
                    ****************************** *************** *************

consensus_52#0      GAGATGTCAAAATTGAAAATGATCAATTAGTTGTCAATGGTAATAAAATTGCTGTATTTA 231
consensus_52#1      GAGATGTCAAAATNGAAAATGATCAANTAGTTGTCAATGGTAATAAAATTGCNGTATTTA 240
                    ************* ************ ************************* *******

consensus_52#0      GTGAACGAGAGGCAAAAAATATTCCATGGACAAAAGCTGGAGCTGAATATATTGTAGAAT 291
consensus_52#1      GTGNACCAGANGCAAAAAATATTCTATAGCCGTGGTCGCGGCCNAGGTACAGCTT----- 295
                    *** ** *** ************* ** * *     *  *  *    ** *   *     

consensus_52#0      CCACTGGTGTTTATACTACTAAGGAAAAAGCTTCTGGTCATTTACAAGCTGGTGCAAAAA 351
consensus_52#1      ---TTGTAAGTTCTATCACATTGTCAATAGGTAT--GATATTTAAGAAATATTG----GA 346
                        **    ** **  **   *  ** ** *    *  *****  *  *  **     *

consensus_52#0      AAGTTGTTATTACTGCACCATCAGCTGATGCACCCATGTTTGTTTGTGGTGTTAATTTGG 411
consensus_52#1      ATTCTTCGGCCAGTGCACC-TGAGCCAAGATTTGGCACTACGTAGGCATTAAGATGACCG 405
                    *   *      * ****** * ***  *          *  **  *   *   *     *

consensus_52#0      ATGCTTATGATCCAAGTTATACTATTGTTTCCAATGCTTCTTGTACTACTAATTGTTTAG 471
consensus_52#1      ATTGTGAAGATTAAAGTCACA--ATTACCGAAAACGAATTTCATTCTTT----------- 452
                    **  * * ***  **** * *  ***      ** *  * *  * **             

consensus_52#0      CACCTCTTGCTAAAGTTATTCATGATAATTTTGAAATCGTTGAAGGTCTTATGACTACTG 531
consensus_52#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                

consensus_52#0      TTCATGCTGTTACTGCTACACAAAAAGTTGTTGATGCACCTTCTGCAAAATTATGGCGAG 591
consensus_52#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                

consensus_52#0      ACGGTCGTGGTGCTTGTCAAAATATT 617
consensus_52#1      --------------------------


Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)