cluster # 60

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Apis mellifera
cluster # 60 cluster # 60 Sequences # 9 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_60#0 length = 671 sequences # 7

consensus_60#1 length = 525 sequences # 2

consensusID : consensus_60#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 7
consensus length = 671
fasta sequence

                              [TATATTCTCTTTTTAAAGAAAGGTTTCCAAAAAGCAAAAAAATGGTTAGCTCGGTTGTGCGGTCTTCTTTGCTATATCCTACGGTTAGACATTATGCAGTTGCAGCAACTGTATCAAAATGTGCTGCACTAGCTCCTGAAATTAAAGTTTTAAACAATAAAGTTACTGTTGCTGCTTATGATAATCATGCTCCAATTGCACAAGTTTCTATTGTATTCAGAGCTGGATCACGAAATGAAACACATGATACACAAGGCACAGCACATTATTTGCGAATAGCTGCAGGATTAAGTACATCTTGTGCAACCAGTTTTGCCATAACAAGAAATATTCAACAACGTGGTGGAAATTTAATAACTACTGTTGATCGTGAAAGTATAGCATATACTTTGCAAATTACTAAAAACAATTTAGTAGATGCTCTTCAATATCTGGAATTTGCTGCTACTAAACAAATTTTTAAACCATGGGAAATAGCTGATGAGTTGCCCAGNTTAAAATACGAACTCTTTTCTTTATCTGATGCANTTCTAATATTAGAACTTTTACATAAAGCAGCTTATCGTAGTGGACTTGGATATTCTCTTTTTTGTCCAGAATATCAATTAGGTAAAATTGGTACAGAAAGTTTACAACATTTTGTCAATACTTGGTGTACTGCACCTAGATGT]

[+] EMBL BI517022             [TATATTCTCTTTTTAAAGAAAGGTTTCCAAAAAGCAAAAAAATGGTTAGCTCGGTTGTGCGGTCTTCTTTGCTATATCCTACGGTTAGACATTATGCAGTTGCAGCAACTGTATCAAAATGTGCTGCACTAGCTCCTGAAATTAAAGTTTTAAACAATAAAGTTACTGTTGCTGCTTATGATAATCATGCTCCAATTGCACAAGTTTCTATTGTATTCAGAGCTGGATCACGAAATGAAACACATGATACACAAGGCACAGCACATTATTTGCGAATAGCTGCAGGATTAAGTACATCTTGTGCAACCAGTTTTGCCATAACAAGAAATATTCAACAACGTGGTGGAAATTTAATAACTACTGTTGATCGTGAAAGTATAGCATATACTTTGCAAATTACTAAAAACAATTTAGTAGATGCTCTTCAATATCTGGAATTTGCTGCTACTAAACAAATTTTTAAACCAT                                                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL BI512617             [   ATTCTCTTTTTAAAGAAAGGTTTCCAAAAAGCAAAAAAATGGTTAGCTCGGTTGTGCGGTCTTCTTTGCTATATCCTACGGTTAGACATTATGCAGTTGCAGCAACTGTATCAAAATGTGCTGCACTAGCTCCTGAAATTAAAGTTTTAAACAATAAAGTTACTGTTGCTGCTTATGATAATCATGCTCCAATTGCACAAGTTTCTATTGTATTCAGAGCTGGATCACGAAATGAAACACATGATACACAAGGCACAGCACATTATTTGCGAATAGCTGCAGGATTAAGTACATCTTGTGCAACCAGTTTTGCCATAACAAGAAATATTCAACAACGTGGTGGAAATTTAATAACTACTGTTGATCGTGAAAGTATAGCATATACTTTGCAAATTACTAAAAACAATTTAGTAGATGCTCTTCAATATCTGGAATTTGCTGCTACTAAACAAATTTTTAAACCATGGGAAATAGCTGATGAGTTGCCCAGATTAAAATACGAACTCTTTTCTTTATCTGATGCANTTCTAATATTAGAACTTTTACATAAA                                                                                                                     ]
[+] EMBL BI512020             [                                          TGGTTAGCTCGGTTGTGCGGTCTTCTTTGCTATATCCTACGGTTAGACATTATGCAGTTGCAGCAACTGTATCAAAATGTGCTGCACTAGCTCCTGAAATTAAAGTTTTAAACAATAAAGTTACTGTTGCTGCTTATGATAATCATGCTCCAATTGCACAAGTTTCTATTGTATTCAGAGCTGGATCACGAAATGAAACACATGATACACAAGGCACAGCACATTATTTGCGAATAGCTGCAGGATTAAGTACATCTTGTGCAACCAGTTTTGCCATAACAAGAAATATTCAACAACGTGGTGGAAATTTAATAACTACTGTTGATCGTGAAAGTATAGCATATACTTTGCAAATTACTAAAAACAATTTAGTAGATGCTCTTCAATATCTGGAATTTGCTGCTACTAAACAAATTTTTAAACCATGGGAAATAGCTGATGAGTTGCCCAGNTTAAAATACGAACTCTTTTCTTTATCTGATGCANTTCTAATATTAGAACTTTTACAT                                                                                                                        ]
[+] EMBL BI516486             [                                                                              CTACGGTTAGACATTATGCAGTTGCAGCAACTGTATCAAAATGTGCTGCACTAGCTCCTGAAATTAAAGTTTTAAACAATAAAGTTACTGTTGCTGCTTATGATAATCATGCTCCAATTGCACAAGTTTCTATTGTATTCAGAGCTGGATCACGAAATGAAACACATGATACACAAGGCACAGCACATTATTTGCGAATAGCTGCAGGATTAAGTACATCTTGTGCAACCAGTTTTGCCATAACAAGAAATATTCAACAACGTGNNNGAAATTTAATAACTACTGTTGATCGTGAAAGTATAGCATATACTTTGCAAATTACTAAAAACAATTTAGTAGATGCTCTTCAATATCTGGAATTTGCTGCTACTAAACAAATT                                                                                                                                                                                                                     ]
[+] EMBL BI515628             [                                                                                             ATGCAGTTGCAGCAACTGTATCAAAATGTGCTGCACTAGCTCCTGAAATTAAAGTTTTAAACAATAAAGTTACTGTTGCTGCTTATGATAATCATGCTCCAATTGCACAAGTTTCTATTGTATTCAGAGCTGGATCACGAAATGAAACACATGATACACAAGGCACAGCACATTATTTGCGAATAGCTGCAGGATTAAGTACATCTTGTGCAACCAGTTTTGCCATAACAAGAAATATTCAACAACGTGGTGGAAATTTAATAACTACTGTTGATCGTGAAAGTATAGCATATACTTTGCAAATTACTAAAAACAATTTAGTAGATGCTCTTCAATATCTGGAATTTGCTGCTACTAAACAAATTTTTAAACCATGGGAAATAGCTGATGAGTTGCCCAGNTTAAAATACGAACTCTTTTCTTTATCTGATGCAGTTCTAATATTAGAACTTTTACAT                                                                                                                        ]
[+] EMBL BI512097             [                                                                                                        GCAACTGTATCAAAATGTGCTGCACTAGCTCCTGAAATTAAAGTTTTAAACAATAAAGTTACTGTTGCTGCTTATGATAATCATGCTCCAATTGCACAAGTTTCTATTGTATTCAGAGCTGGATCACGAAATGAAACACATGATACACAAGGCACAGCACATTATTTGCGAATAGCTGCAGGATTAAGTACATCTTGTGCAACCAGTTTTGCCATAACAAGAAATATTCAACAACGTGGTGGAAATTTAATAACTACTGTTGATCGTGAAAGTATAGCATATACTTTGCAAATTACTAAAAACAATTTAGTAGATGCTCTTCAATATCTGGAATTTGCTGCTACTAAACAAATTTTTAAACCATGGGAAATAGCTGATGAGTTGCCCAGATTAAAATACGAACTCTTTTCTTTATCTGATGCAGTTCTAATATTAGAACTTTTACATAAAGCAGCTTATCGTAGTGGACTTGGATATTCTCTTTTTTGTCCAGAATATCAATTAGGTAAAATTGGTACAGAAAGTTTACAACATTTTGTCAATACTTGGTGTACTGCACCTAGATGT]
[+] EMBL BI515981             [                                                                                                                                                                                                                                                                                      GCTGCAGGATTAAGTACATCTTGTGCAACCAGTTTTGCCATAACAAGAAATATTCAACAACGTGGGGGAAATTTAATAACTACTGTTGATCGTGAAAGTATAGCATATACTTTGCAAATTACTAAAAACAATTTAGNAGATGCTCTTCAATATCTGGAATTTGCTGCTACTA                                                                                                                                                                                                                             ]




>consensus_60#0
TATATTCTCTTTTTAAAGAAAGGTTTCCAAAAAGCAAAAAAATGGTTAGCTCGGTTGTGC
GGTCTTCTTTGCTATATCCTACGGTTAGACATTATGCAGTTGCAGCAACTGTATCAAAAT
GTGCTGCACTAGCTCCTGAAATTAAAGTTTTAAACAATAAAGTTACTGTTGCTGCTTATG
ATAATCATGCTCCAATTGCACAAGTTTCTATTGTATTCAGAGCTGGATCACGAAATGAAA
CACATGATACACAAGGCACAGCACATTATTTGCGAATAGCTGCAGGATTAAGTACATCTT
GTGCAACCAGTTTTGCCATAACAAGAAATATTCAACAACGTGGTGGAAATTTAATAACTA
CTGTTGATCGTGAAAGTATAGCATATACTTTGCAAATTACTAAAAACAATTTAGTAGATG
CTCTTCAATATCTGGAATTTGCTGCTACTAAACAAATTTTTAAACCATGGGAAATAGCTG
ATGAGTTGCCCAGNTTAAAATACGAACTCTTTTCTTTATCTGATGCANTTCTAATATTAG
AACTTTTACATAAAGCAGCTTATCGTAGTGGACTTGGATATTCTCTTTTTTGTCCAGAAT
ATCAATTAGGTAAAATTGGTACAGAAAGTTTACAACATTTTGTCAATACTTGGTGTACTG
CACCTAGATGT

consensusID : consensus_60#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 525
fasta sequence

                              [TTTTTTTTTGTCCAGAATATCAATTAGGTAAAATTGGTACAGAAAGTTTACAACATTTTGTCAATACTTGGTGTACTGCACCTNNNTGTGCAGTTGTTGGTACTGGTGTTTCTCTATCAGNGCTTACTGCTTTAGGATCAAATTTAAGTATTGAATCAACAGATAATACAAACGAAGCATCAAAATATTATGGTGGAGAAATTCGTAAAGAAACTGGAACAGATTTGACTACTGTGGCAATAGCAGTAGAAGGTGTAAGCTTGAAAAATGAGAAAGATGCATTAGCGTGTGCAATACTTCAAAGAGCATCTGGTAGTGGACCAAGAGTTAAATGGGGATCTAGTCCTAGTTCTTTGCATAAACAAATTTCAACTGCTGCAGGCAGNNNACCATTTTGTTTATCAACTTTTAATGCTAGCTATACAGATTCAGGACTTTTTGGGGTTGTTTTATGCTCAACATCTAATGTNGCAGGATTTTTGACAAAAGCAGCCTACGAATGGTTGAAATGTTTTAAGTTATCTG]

[+] EMBL BI516578             [TTTTTTTTTGTCCAGAATATCAATTAGGTAAAATTGGTACAGAAAGTTTACAACATTTTGTCAATACTTGGTGTACTGCACCTAAATGTGCAGTTGTTGGTACTGGTGTTTCTCTATCAGNGCTTACTGCTTTAGGATCAAATTTAAGTATTGAATCAACAGATAATACAAACGAAGCATCAAAATATTATGGTGGAGAAATTCGTAAAGAAACTGGAACAGATTTGACTACTGTGGCAATAGCAGTAGAAGGTGTAAGCTTGAAAAATGAGAAAGATGCATTATCGTGTGCAATACTTCAAAGAGCATCTGGTAGTGGACCAAGAGTTAAATGGGGATCTAGTCCTAGTTCTTTGCATAAACAAATTTCAACTGCTGCAGGCAGNNNACCATTTTGTTTATCAACTTTTAATGCTAGCTATACAGATTCAGGACTTTTTGGGGTTGTTTTATGCTCAACATCTAATGTAGCAGGATTTTTGACAAAAGCAGCCTACGAATGGTTGAAATGTTTTAAGTTATCTG]
[+] EMBL BI513379             [      TTTGTCCAGAATATCAATTAGGTAAAATTGGTACAGAAAGTTTACAACATTTTGTCAATACTTGGTGTACTGCACCTNNNTGTGCAGTTGTTGGTACTGGTGTTTCTCTATCAGAGCTTACTGCTTTAGGATCAAATTTAAGTATTGAATCAACAGATAATACAAACGAAGCATCAAAATATTATGGTGGAGAAATTCGTAAAGAAACTGGAACAGATTTGACTACTGTGGCAATAGCAGTAGAAGGTGTAAGCTTGAAAAATGAGAAAGATGCATTAGCGTGTGCAATACTTCAAAGAGCATCTGGTAGTGGACCAAGAGTTAAATGGGGATCTAGTCCTAGTTCTTTGCATAAACAAATTTCAACTGCTGCAGGCAGNNNACCATTTTGTTTATCAACTTTTAATGCTAGCTATACAGATTCAGGACTTTTTGGGGTTGTTTTATGCTCAACATCTAATGTNGCAGGATTTTTGACAAAAGCAGCCTACGAATGGTTGAAATGTTTTAAGTTATC  ]




>consensus_60#1
TTTTTTTTTGTCCAGAATATCAATTAGGTAAAATTGGTACAGAAAGTTTACAACATTTTG
TCAATACTTGGTGTACTGCACCTNNNTGTGCAGTTGTTGGTACTGGTGTTTCTCTATCAG
NGCTTACTGCTTTAGGATCAAATTTAAGTATTGAATCAACAGATAATACAAACGAAGCAT
CAAAATATTATGGTGGAGAAATTCGTAAAGAAACTGGAACAGATTTGACTACTGTGGCAA
TAGCAGTAGAAGGTGTAAGCTTGAAAAATGAGAAAGATGCATTAGCGTGTGCAATACTTC
AAAGAGCATCTGGTAGTGGACCAAGAGTTAAATGGGGATCTAGTCCTAGTTCTTTGCATA
AACAAATTTCAACTGCTGCAGGCAGNNNACCATTTTGTTTATCAACTTTTAATGCTAGCT
ATACAGATTCAGGACTTTTTGGGGTTGTTTTATGCTCAACATCTAATGTNGCAGGATTTT
TGACAAAAGCAGCCTACGAATGGTTGAAATGTTTTAAGTTATCTG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_60#0      TATATTCTCTTTTTAAAGAAAGGTTTCCAAAAAGCAAAAAAATGGTTAGCTCGGTTGTGC 60
consensus_60#1      ---------------------------------------------------------TTT 3
                                                                             *  

consensus_60#0      GGTCTTCTTTGCTATATCCTACGGTTAGACATTATGCAG-----TTGCAGCAACTGTATC 115
consensus_60#1      TTTTTTGTCCAGAATATCAATTAGGTAAAATTGGTACAGAAAGTTTACAACA-TTTTGTC 62
                      * ** *     *****     * ** *  *  * ***     ** ** **  * * **

consensus_60#0      AAAATGTGCTGCACTAGCTCCTGAAATTAAAGTTTTAAACAATAAAGTTACTGTTGCTGC 175
consensus_60#1      AATACTTGGTGTACT-GCACCTNNNTGTGCAGTTGTTGGTACTGGTGTTTCT----CTAT 117
                    ** *  ** ** *** ** ***     *  **** *    * *   *** **    **  

consensus_60#0      TTATGATAATCATGCTCCAATTGCACAAGTTTCTATTGTATTCAGAGCTGGATCACGAAA 235
consensus_60#1      CAGNGCTTAC--TGCTTTAGGATCAAATTTAAGTATTGAATCAACAGATAATACA---AA 172
                        * * *   ****  *    ** *  *   ***** **  * ** *    **   **

consensus_60#0      TGAAACA-CATGATACACAAGGCACAGCACATTATTTGCGAATAGCTGCAGGATTAAGTA 294
consensus_60#1      CGAAGCATCAAAATAT-TATGGTGGAGAA----ATTCGTAAAGAA--ACTGGAACAGATT 225
                     *** ** **  ***   * **   ** *    *** *  ** *    * ***  *  * 

consensus_60#0      CATCTTGTGCAACCAGTTTTGCCATAACAAGAAATATTCAACAACGTGGTGGAAATTTAA 354
consensus_60#1      TGACTACTGTGGCAA---TAGCAGTAGAAGGTGTAAGCTTGAAAAATGAGAAAGATGCAT 282
                       **  **   * *   * **  **  * *    *      **  **    * **  * 

consensus_60#0      TAACTACTGTTGATCGTGAAAGTATAGCATATACTTTGCAAATTACTAAA-AACAATTTA 413
consensus_60#1      TAGCGTGTGCAATACTTCAAAGAGCATCTGGTAGTGGACCAAGAGTTAAATGGGGATCTA 342
                    ** *   **     * * ****   * *   ** *   * **    ****     ** **

consensus_60#0      GTAGATGCTCTTCAATATCTGGAATTTGCTGCTACTAAACAAATTTTTAAACCATGGGAA 473
consensus_60#1      GTCCTAGTTCTTTG-CATAAACAAATTTCAACTGCTGCAGGCAGNNNACCATTTTGTTTA 401
                    **    * ****    **    ** ** *  ** **  *   *       *   **   *

consensus_60#0      ATAGCTGATGA-GTTGCCCAGNTTAAAATACGAACTCTTTTCTTTATCTGATGC---ANT 529
consensus_60#1      TCAACTTTTAATGCTAGCTATACAGATTCAGGACTTTTTGGGGTTGTTTTATGCTCAACA 461
                      * **  * * * *  * *     *   * **  * **    ** * * ****   *  

consensus_60#0      TCTAATATT--AGAACTTTTACATAAAGCAGCTTATCGTAGTGGACTTGGATATTCTCTT 587
consensus_60#1      TCTAATGTNGCAGGATTTTTGACAAAAGCAGCCTACG--AATGG---TTGAAATGTTTTA 516
                    ****** *   ** * ****    ******** **    * ***   * ** **  * * 

consensus_60#0      TTTTGTCCAGAATATCAATTAGGTAAAATTGGTACAGAAAGTTTACAACATTTTGTCAAT 647
consensus_60#1      AGTTATCTG--------------------------------------------------- 525
                      ** **                                                     

consensus_60#0      ACTTGGTGTACTGCACCTAGATGT 671
consensus_60#1      ------------------------

Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr)