cluster # 940

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Apis mellifera
cluster # 940 cluster # 940 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_940#0 length = 796 sequences # 2

consensus_940#1 length = 534 sequences # 1

consensusID : consensus_940#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 796
fasta sequence

                              [TAATTTTATTTTAATTCGTAATATTATGTTCAAGCTAGACTATTGTGTAATTGTTTCGTTTCATATATTAATATTTTTCAGGTCTTCCGCGTCTTCCGTGTCTTCCGCGTCTTCGGTATATTTCGTTTCTTGTTGCAGATTGATTTCATTGTAATCCCGAACGATCGTAAGTCCCCTTTTCCTTATTTTCTTTCCTTCTATCTGTATGTCTGTAAGGTGAGAATTATATATTTCATGAAAGTAAGTTTAAATGGAAATAGTTGCCATTTTCTTGTTCTTTTGACATAGTCAATTCGAACAAGATTTTTACATCTTTTTCTGAAATTTTACAATCAAGAAAATATAATTTGTGCTACGTTCGGGAATAATTTGATCTTTTTGGATTGAAATATGCCCATATTGTGCACCTCTATTACAAGACCCGTTTTATACGNTGATTTGATGGGTTTATATTCTGTCATTCCTTAAGTACTTTTTCTAGTTAAAGGAGATCACACGTGTAAAATTGGTAATCCATTAAGGTTCTTTTGCGATTGTTGACGTGAACGGAAGCAAAAGAAACATAGTTTTTTTGCATCGCAAAGAAATGCAGTTTCCTAGCTTTGTTTTGTCCACAGTATTCGCAATGTATAAATGGAATAGTAACGCATTTAATGTTTATATTCTATTTTATTTACCTTCCTCTATAATCGTGACGACGGGAGTAGAGGAATTTCAACTATCCTCGTGACGACGTATCGGACGAGACGAGCAATGTAATCAAATCAGCGTAATTTCTAATGTAATTTAAATAATA]

[+] EMBL BI515815             [TAATTTTATTTTAATTCGTAATATTATGTTCAAGCTAGACTATTGTGTAATTGTTTCGTTTCATATATTAATATTTTTCAGGTCTTCCGCGTCTTCCGTGTCTTCCGCGTCTTCGGTATATTTCGTTTCTTGTTGCAGATTGATTTCATTGTAATCCCGAACGATCGTAAGTCCCCTTTTCCTTATTTTCTTTCCTTCTATCTGTATGTCTGTAAGGTGAGAATTATATATTTCATGAAAGTAAGTTTAAATGGAAATAGTTGCCATTTTCTTGTTCTTTTGATATAGTCAATTCGAACAAGATTTTTACATCTTTTTCTGAAATTTTACAATCAAGAAAATATAATTTGTGCTACGTTCGGGAATAATTTGATCTTTTTGGATTGAAATATGCCCATATTGTGCACCTCTATTACAAGACCCGTTTTATACGNTGATTTGATGGGTTTATATTCTGTCATTCCTTAAGTACTTTTTCTAATTAAAGGAGATCACACGTGTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL BI516477             [                                                                                                                                                                                                                                                              AAATAGTTGCCATTTTCTTGTTCTTTTGACATAATCAATTCGAACAAGATTTTTACATCTTTTTCTGAAATTTTACAATCAAGAAAATATAATTTGTGCTACGTTCGGGAATAATTTGATCTTTTTGGATTGAAATATGCCCATATTGTGCACCTCTATTACAAGACCCGTTTTATACGGTGATTTGATGGGTTTATATTCTGTCATTCCTTAAGTACTTTTTCTAGTTAAAGGAGATCACACGTGTAAAATTGGTAATCCATTAAGGTTCTTTTGCGATTGTTGACGTGAACGGAAGCAAAAGAAACATAGTTTTTTTGCATCGCAAAGAAATGCAGTTTCCTAGCTTTGTTTTGTCCACAGTATTCGCAATGTATAAATGGAATAGTAACGCATTTAATGTTTATATTCTATTTTATTTACCTTCCTCTATAATCGTGACGACGGGAGTAGAGGAATTTCAACTATCCTCGTGACGACGTATCGGACGAGACGAGCAATGTAATCAAATCAGCGTAATTTCTAATGTAATTTAAATAATA]




>consensus_940#0
TAATTTTATTTTAATTCGTAATATTATGTTCAAGCTAGACTATTGTGTAATTGTTTCGTT
TCATATATTAATATTTTTCAGGTCTTCCGCGTCTTCCGTGTCTTCCGCGTCTTCGGTATA
TTTCGTTTCTTGTTGCAGATTGATTTCATTGTAATCCCGAACGATCGTAAGTCCCCTTTT
CCTTATTTTCTTTCCTTCTATCTGTATGTCTGTAAGGTGAGAATTATATATTTCATGAAA
GTAAGTTTAAATGGAAATAGTTGCCATTTTCTTGTTCTTTTGACATAGTCAATTCGAACA
AGATTTTTACATCTTTTTCTGAAATTTTACAATCAAGAAAATATAATTTGTGCTACGTTC
GGGAATAATTTGATCTTTTTGGATTGAAATATGCCCATATTGTGCACCTCTATTACAAGA
CCCGTTTTATACGNTGATTTGATGGGTTTATATTCTGTCATTCCTTAAGTACTTTTTCTA
GTTAAAGGAGATCACACGTGTAAAATTGGTAATCCATTAAGGTTCTTTTGCGATTGTTGA
CGTGAACGGAAGCAAAAGAAACATAGTTTTTTTGCATCGCAAAGAAATGCAGTTTCCTAG
CTTTGTTTTGTCCACAGTATTCGCAATGTATAAATGGAATAGTAACGCATTTAATGTTTA
TATTCTATTTTATTTACCTTCCTCTATAATCGTGACGACGGGAGTAGAGGAATTTCAACT
ATCCTCGTGACGACGTATCGGACGAGACGAGCAATGTAATCAAATCAGCGTAATTTCTAA
TGTAATTTAAATAATA

consensusID : consensus_940#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 534
fasta sequence

                              [CCTCGTGACGACGTATCGGACGAGACGAGCAATGTAATCAAATCAGCGTAATTTCTAATGTAATTTAAATAATATCGTTTCGTCATTCGTAGGCTCTTCTTTTATTAAGGAGTACGCCATTAAGTAATATATAAATTAAACAATTGCACAGTTTAAAAATCTATCTATCAAAAATCTTTATTTTTCTTTAGCGAGGGCTTAGCTTAGTTGTAAGTTTAGCTAGGTAATTTTAGATTAAAAAGAGGATAGGCGATGATTAGCACGTCTACCTCTTTTTCGGGTAGGTCTATTTTTTTTTTTATATATATACCGTCTATTCTAATTGGAATAAACGGTTAATATACTGCGATGATATCGCAATTTAGAGTTTCCAAAGGAAGGGTGGATGGGCCCGGAGTTAGGGCAAGTCATTATTTGCAGCAACCTCNTCGCGNTGTGACTTGGATAATTTGTATTACTAATATATGTAAGTAAAACAAATTTGCTAATGGTTGCAATTACGATTAAAATTTTATATAAATAAAATAATAATAT]

[+] EMBL BI504713             [CCTCGTGACGACGTATCGGACGAGACGAGCAATGTAATCAAATCAGCGTAATTTCTAATGTAATTTAAATAATATCGTTTCGTCATTCGTAGGCTCTTCTTTTATTAAGGAGTACGCCATTAAGTAATATATAAATTAAACAATTGCACAGTTTAAAAATCTATCTATCAAAAATCTTTATTTTTCTTTAGCGAGGGCTTAGCTTAGTTGTAAGTTTAGCTAGGTAATTTTAGATTAAAAAGAGGATAGGCGATGATTAGCACGTCTACCTCTTTTTCGGGTAGGTCTATTTTTTTTTTTATATATATACCGTCTATTCTAATTGGAATAAACGGTTAATATACTGCGATGATATCGCAATTTAGAGTTTCCAAAGGAAGGGTGGATGGGCCCGGAGTTAGGGCAAGTCATTATTTGCAGCAACCTCNTCGCGNTGTGACTTGGATAATTTGTATTACTAATATATGTAAGTAAAACAAATTTGCTAATGGTTGCAATTACGATTAAAATTTTATATAAATAAAATAATAATAT]




>consensus_940#1
CCTCGTGACGACGTATCGGACGAGACGAGCAATGTAATCAAATCAGCGTAATTTCTAATG
TAATTTAAATAATATCGTTTCGTCATTCGTAGGCTCTTCTTTTATTAAGGAGTACGCCAT
TAAGTAATATATAAATTAAACAATTGCACAGTTTAAAAATCTATCTATCAAAAATCTTTA
TTTTTCTTTAGCGAGGGCTTAGCTTAGTTGTAAGTTTAGCTAGGTAATTTTAGATTAAAA
AGAGGATAGGCGATGATTAGCACGTCTACCTCTTTTTCGGGTAGGTCTATTTTTTTTTTT
ATATATATACCGTCTATTCTAATTGGAATAAACGGTTAATATACTGCGATGATATCGCAA
TTTAGAGTTTCCAAAGGAAGGGTGGATGGGCCCGGAGTTAGGGCAAGTCATTATTTGCAG
CAACCTCNTCGCGNTGTGACTTGGATAATTTGTATTACTAATATATGTAAGTAAAACAAA
TTTGCTAATGGTTGCAATTACGATTAAAATTTTATATAAATAAAATAATAATAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_940#0      TAATTTTATTTTAATTCGTAATATTATGTTCAAGCTAGACTATTGTGTAATTGTTTCGTT 60
consensus_940#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_940#0      TCATATATTAATATTTTTCAGGTCTTCCGCGTCTTCCGTGTCTTCCGCGTCTT-CGGTAT 119
consensus_940#1      ------------------------CCTCGTGACGAC-GTATCGGACGAGACGAGCAATGT 35
                                                ** * *  * ** **   ** * *   *  * *

consensus_940#0      ATTTCGTTTCTTGTTGCAGATTGATTTC-ATTGTAATCCCGAACGATCGTAAGTCCCCTT 178
consensus_940#1      AATCAAAT--------CAGCGTAATTTCTAATGTAATTT-AAATAATATCGTTTCGTCAT 86
                     * *    *        ***  * ***** * ******    **  **      **  * *

consensus_940#0      TTCCTTATTTTCTTTCCTTCTATCTGTATGTCTGTAAGGTGAGAATTATATATTTCATGA 238
consensus_940#1      TCGTAGGCTCTTCTTTTATTAAGGAGTACGCCATTAAG-TAATA--TATAAATTAAACAA 143
                     *       * *  **   *  *   *** * *  **** * * *  **** ***  *  *

consensus_940#0      AAGTA-AGTTTAAATGGAAATAGTTGCCATTTTCTTGTTCTTTTGACATAGTCAATTCGA 297
consensus_940#1      TTGCACAGTTTAAAAATCTATCTATCAAAAATCTTTATTTTTCTT---TAGCGAGGGCTT 200
                       * * ********     **   *   *  *  ** ** ** *    ***  *   *  

consensus_940#0      ACAAGATTTTTACATCTTTTTCTGAAATTTTACAATCAAGAAAATATAATTTGTGCTACG 357
consensus_940#1      AGCTTAGTTGTAAGTTTAGCTAGGTAATTTTAGATTAAAAAGAGGATAG-----GCGATG 255
                     *    * ** **  * *   *  * ******* * * ** * *  ***      ** * *

consensus_940#0      TTCGGGAATAATTTGATCTTTTTGGATTGAAATATGCCCATATTGTGCACCTCTATTACA 417
consensus_940#1      ATTAGCACGTCTACCTCTTTTTCGGGTAGGTCTATTTTTTTTTT-TATATATATACCGTC 314
                      *  * *    *      **** ** * *   ***     * ** *  *  * **     

consensus_940#0      AGACCCGTTTTATACGNTGATTTGATGGGTTTATATTCTGTCATTCCTTAAGTACTTTTT 477
consensus_940#1      TATTCTAATTGGAATAAACGGTTAATATACTGCGATGATATCGCAATTTAGA---GTTTC 371
                         *   **   *       ** **    *   **  * **     ***      *** 

consensus_940#0      CTAGTTAAAGGAGATCACACGTGTAAAATTGGTAATCCATTAAGGTTCTTTTGCGATTGT 537
consensus_940#1      CAAAGGAAGGGTGGATGGGCCCGGAGTTAGGGCAAGTCATTA----TTTGCAGCAACC-T 426
                     * *   ** ** *      *  * *     ** **  *****    * *   ** *   *

consensus_940#0      TGACGTGAACGGAAGCAAAAGAAACATAGTTTTTTTGCATCGCAAAGAAATGCAGTTTCC 597
consensus_940#1      CNTCGCGNTGTGACTTGGATAATTTGTATTACTAATATAT-GTAAGTAAAACAAATTTGC 485
                        ** *    **     *  *    ** *  *  *  ** * **  ***   * *** *

consensus_940#0      TAGCTTTGTTTTGTCCACAGTATTCGCAATGTATAAATGGAATAGTAACGCATTTAATGT 657
consensus_940#1      TAA--TGGTTGCAATTACGATTAAAATTTTATATAAATAAAATAATAATAT--------- 534
                     **   * ***      **  *        * *******  **** ***            

consensus_940#0      TTATATTCTATTTTATTTACCTTCCTCTATAATCGTGACGACGGGAGTAGAGGAATTTCA 717
consensus_940#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_940#0      ACTATCCTCGTGACGACGTATCGGACGAGACGAGCAATGTAATCAAATCAGCGTAATTTC 777
consensus_940#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_940#0      TAATGTAATTTAAATAATA 796
consensus_940#1      -------------------

Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr)