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Oryza sativa
cluster # 10653 cluster # 10653       Sequences # 7       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_10653#0 length = 1143 sequences # 7  

consensusID : consensus_10653#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 7
consensus length = 1143
fasta sequence
                              [GAGGCAGGAGTTTGTACCAATGATTCCACCAAAATACATCATCCATCGCTGGTGCAAGGATTGCAAACAAACTTGTTCTTCCATGTCACAGCCTGTATCATTAAGTAATCAGGAAACAGGAGGCTATGATGATCTCTACAAACTCACTCACCAATATTTCACAGAAGTAGTGGAATTTGGTTCTGTGAACTCAGAATCAAAGGGCTATGCTTTATCAATCATGAGGGAGATAAGGGATAAAGTGATTTCTTATGAGAAGTCACTAAGAGATCAGAGGGTTGATAGTCATGTTTCAACCGCAAATTTTGCATACAATCCAGTGAATGAGGATTTTAATGATGACACTTTGCCCATTTCTCTTAGTACAAAAGGATGGGATGTTGTACAAGGTCAGTCAAAACGTTCCCGCAAGAAGAAACTGGCAACCCCGAATGTTCTTGACACCTTGAAGAAGAAAACTAAAAGAGCATATAACAAGAGAAGGAATGCCATGGCAAATACCTTAAACACGGCAGTCACCACAACCGAAAGCATAACTGACGCCACAAAT------CATAAT-CAAGTTAATGAGGGATGGCCATTGACATCTACTGGTGCACACGAAACCTTCCCTTATGGAGTGGAGACTATTT-CATTCGATTTGTCTCAATACAACAGTGCACCTAGCTTCCACTGGCCTGAAAGCAGTAGCAGGTCTCAGCTTCAGTGAGATGAGGTGAAAAATGCAATGGTCCATGCGTTGAGAATATTCTAAGTTTGACAGACTTGCAAGATGGGCAAAGTTATTAATTACCTTGTTTCATGCT-GGAGGGTTCCTGAATCCTGACCATCTGAGGAATGTGAGAAAAGGCTCAACCTGGCGAAAACCAGTAATAACAACCGGCTTTTAACGGATTCGGTCTATATTGGTTGTCCCCTGATATTTTAGATATATGTAATGGCTGAGATGTACATAATCATTTCCCCTTTTTCTCATCCTCAGATAAATTGTAGCTTCCACTAGGTAATGTGTAATGTTAATCCTGATCATTCACGTGGTCACGTCTTAAATAATTAGACTGAATGTTACTCCTGTAAACCCCATAGTCATGGAATGTACATTGCTCAGAACTATGCCCTTCCGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL CA764712             [GAGGCAGGAGTTTGTACCAATGATTCCACCAAAATACATCATCCATCGCTGGTGCAAGGATTGCAAACAAACTTGTTCTTCCATGTCACAGCCTGTATCATTAAGTAATCAGGAAACAGGAGGCTATGATGATCTCTACAAACTCACTCACCAATATTTCACAGAAGTAGTGGAATTTGGTTCTGTGAACTCAGAATCAAAGGGCTATGCTTTATCAATCATGAGGGAGATAAGGGATAAAGTGATTTCTTATGAGAAGTCACTAAGAGATCAGAGGGTTGATAGTCATGTTTCAACCGCAAATTTTGCATACAATCCAGTGAATGAGGATTTTAATGATGACACTTTGCCCATTTCTCTTAGTACAAAAGGATGGGATGTTGTACAAGGTCAGTCAAAACGTTCCCGCAAGAAGAAACTGGCAACCCCGAATGTTCTTGACACCTTGAAGAAGAAAACTAAAAGAGCATATAACAAGAGAAGGAATGCCATGGCAAATACCTTAAACACGGCAGTCACCACAACCGAAAGCATAACTGACGCCACAAATGTGCAGCATAAT CAAGTTAATGAGGGATGGCCATTGACATCTACTGGTGCACACGAAACCTTCCCTTATGGAGTGGAGACTATTT CATTCGATTTGTCTCAATACAACAGTGCACCTAGCTTNCACTGGCCTGAAAGCAGTAGCAGGTCTCAGCTTCAGTGAGATGANGTGAAAAATGCGATGGTCCATGCGTTGAGAATATTCTAAGTTTGACAGACTTGCAAGATGGGCCAAGGTATTAANTACCCTGGTTCATGCTGGGAGGGTTCCTGNATNCTGACCATCTG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL AI978518             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GGCAACCCCGAATGTTCTTGACACCTTGAAGAAGAAAACTAAAAGAGCATATAACAAGAGAAGGAATGCCATGGCAAATACCTTAAACACGGCAGTCACCACAACCGAAAGCATAACTGACGCCACAAAT      CATAAT CAAGTTAATGAGGGATGGCCATTGACATCTACTGGTGCACACGAAACCTTCCCTTATGGAGTGGAGACTATTT CATTCGATTTGTCTCAATACAACAGTGCACCTAGCTTCCACTGGCCTGAAAGCAGTAGCAGGTCTCAGCTTCAGTGAGATGAGGTGAAAAATGCAATGGTCCATGCGTTGAGAATATTCTAAGTTTGACAGACTTGCAAGATGGGCAAAGTTATTAATTACCTTGTTTCATGCT GGAGNNTTCCTGAATCCTGACCANCNGNNNAATGTGAGAAAAGGCTCNNCCTNNCGAAAAnnng                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL OSS11250A            [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AATGCCATGGCAAATACCTTAAACACGGCAGTCACCACAACCGAAAGCATAACTGACGCCACAAAT      CATAAT CAAGTTAATGAGGGATGGCCATTGACATCTACTGGTGCACACGAAACCTTCCCTTATGGAGTNGAGACTATTT CATTCGATTTGTCTCAATACAACAGTTCACCTAGCTTCCACTGGCCTTAAAGCAGTAGCAGGTCTNAGCTTCAGTNAGATGAGGTGAAAAATGCAATNGTCCATGCGTTGAGAATATTCTAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL AU032602             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CCACAACCGAAAGCATAACTGACGCCACAAAT      CATAATCCAAGTNAATGAGGGATGGCCNTTGACATCTACTGGTNCACACG AACTTCCCCTTNTGGAGTGGAGACTATTTCCATTCGATTTGTCTCAATACAACAGTGCACCTAGCTTCCACTGGCCTGAAAGCAGTAGCAGGTCTCAGCTTCANTGAGATGAGGTGAAAAATGCAATGGTCCATGCGTTGAGAATATTCTAAGTTTGACAGACTTGCAAGATGGGCAAAGTTATTAATTACCTTGTTTCATGCT GGAGGGTTCCTGAATCCTGACCATCTGAGGAATGTGAGAAAAGGCTCAACCTGGCGAAAACCAGTAATAACAACCGGCTTTTAACGGATTCGGTCTATATTGGTTGTCCCCTGATATTTTAGATATATGTAATGGCTGAGATGTACATAATCATTTCCCCTTTTTCTCATCCTCAGATAAATTGTAGCTTCCACTAGGTAATGTGTAATGTTAATCCTGATCATTCACGTGGTCACGTCTTAAATAATTAGACTGAATGTTACTCCTGTAAACCCCATAGTCATGGAATGTACATTGCTCAGAACTATGCCCTT   CAAAAAAAAAAAA          ]
[-] EMBL CA762956             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gccaaggggGGAGTGGAGACTATTT CATTCGATTTGTCTCAATACAACAGTGCACCTAGCTTCCACTGGCCTGAAAGCAGTAGCAGGTTTCAGCTTCAGTGAGATGAGGTGAAAAATGCAATGGTCCATGCGTTGAGAATATTCTAAGTTTGACAGACTTGCAAGATGGGCAAAGTTATTAATTACCTTGTTTCATGCT GGAGGGTTCCTGAATCCTGACCATTTGAGGAATGTGAGAAAAGGCTCAACCTGGCGAAAACCAGTAATAACAACCGGCTTTTAACGGATTCGGTCTATATTGGTTGTCCCCTGATATTTTAGATATATGTAATGGCTGAGATGTACATAATCATTTCCCCTTTTTCTCATCCTCAGATAAATTGTAGCTTCCCCTAGGTAATGTGTAATGTTAATCCTGATCATTCACGTGGTCACGTCTTAAATAATTAGACTGAATGTTACTCCTGTAAACCCCATAGTCATGGAACGTACATTGCTCAGAACTATGCCCTTCCGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
[-] EMBL CA762957             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gccaaggggGGAGTGGAGACTATTT CATTCGATTTGTCTCAATACAACAGTGCACCTAGCTTCCACTGGCCTGAAAGCAGTAGCAGGTTTCAGCTTCAGTGAGATGAGGTGAAAAATGCAATGGTCCATGCGTTGAGAATATTCTAAGTTTGACAGACTTGCAAGATGGGCAAAGTTATTAATTACCTTGTTTCATGCT GGAGGGTTCCTGAATCCTGACCATTTGAGGAATGTGAGAAAAGGCTCAACCTGGCGAAAACCAGTAATAACAACCGGCTTTTAACGGATTCGGTCTATATTGGTTGTCCCCTGATATTTTAGATATATGTAATGGCTGAGATGTACATAATCATTTCCCCTTTTTCTCATCCTCAGATAAATTGTAGCTTCCCCTAGGTAATGTGTAATGTTAATCCTGATCATTCACGTGGTCACGTCTTAAATAATTAGACTGAATGTTACTCCTGTAAACCCCATAGTCATGGAACGTACATTGCTCAGAACTATGCCCTTCCGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
[+] EMBL AI978519             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CGTTGAGAATATNNNAAGTTTGACNNNNTTGNAAGATGGGCAAAGTTATTAATTANNNTGTTTCATGCT GGAGGGTTCCTGAATCCTGACCATCTGAGGAATGTGAGAAAAGGCTCAACCTGGCGAAAACCAGTAATAACAACCGGCTTTTAACGGATTCGGTCTATATTGGTTGTCCCCTGATATTTTAGATATATGTAATGGCTGAGATGTACATAATCATTTCCCCTTTTTCTCATCCTCAGATAAATTGTAGCTTCCACTAGGTAATGTGTAATGTTAATCCTGATCATTCACGTGGTCACGTCTTAAATAATTAGACTGAATGTTACTCCTGTAAACCCCATAGTCATGGAATGTACATTGCTCAGAACTATG                               ]


>consensus_10653#0 GAGGCAGGAGTTTGTACCAATGATTCCACCAAAATACATCATCCATCGCTGGTGCAAGGA TTGCAAACAAACTTGTTCTTCCATGTCACAGCCTGTATCATTAAGTAATCAGGAAACAGG AGGCTATGATGATCTCTACAAACTCACTCACCAATATTTCACAGAAGTAGTGGAATTTGG TTCTGTGAACTCAGAATCAAAGGGCTATGCTTTATCAATCATGAGGGAGATAAGGGATAA AGTGATTTCTTATGAGAAGTCACTAAGAGATCAGAGGGTTGATAGTCATGTTTCAACCGC AAATTTTGCATACAATCCAGTGAATGAGGATTTTAATGATGACACTTTGCCCATTTCTCT TAGTACAAAAGGATGGGATGTTGTACAAGGTCAGTCAAAACGTTCCCGCAAGAAGAAACT GGCAACCCCGAATGTTCTTGACACCTTGAAGAAGAAAACTAAAAGAGCATATAACAAGAG AAGGAATGCCATGGCAAATACCTTAAACACGGCAGTCACCACAACCGAAAGCATAACTGA CGCCACAAATCATAATCAAGTTAATGAGGGATGGCCATTGACATCTACTGGTGCACACGA AACCTTCCCTTATGGAGTGGAGACTATTTCATTCGATTTGTCTCAATACAACAGTGCACC TAGCTTCCACTGGCCTGAAAGCAGTAGCAGGTCTCAGCTTCAGTGAGATGAGGTGAAAAA TGCAATGGTCCATGCGTTGAGAATATTCTAAGTTTGACAGACTTGCAAGATGGGCAAAGT TATTAATTACCTTGTTTCATGCTGGAGGGTTCCTGAATCCTGACCATCTGAGGAATGTGA GAAAAGGCTCAACCTGGCGAAAACCAGTAATAACAACCGGCTTTTAACGGATTCGGTCTA TATTGGTTGTCCCCTGATATTTTAGATATATGTAATGGCTGAGATGTACATAATCATTTC CCCTTTTTCTCATCCTCAGATAAATTGTAGCTTCCACTAGGTAATGTGTAATGTTAATCC TGATCATTCACGTGGTCACGTCTTAAATAATTAGACTGAATGTTACTCCTGTAAACCCCA TAGTCATGGAATGTACATTGCTCAGAACTATGCCCTTCCGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)