These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_10756#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 5 consensus length = 1077 fasta sequence [ACATGGCCTGAAGGAGTAGAAACCCCCTCGCCGCCGCCTTCTCCATCGTAAACCCTCGTCAGTTTGGAACAATGGCGTTGGCTAATAAGATTGGTAATCTGCTCAAGAGAGCCACGAGCTCAAGTCCAGCTCTCTATCAATCAATCAGATGCATGTCATCCTCAAAGCTTTTTGTTGGAGGCCTTTCGTACGGCACAGATGAGCAGAGCCTCAGAGATACTTTTGCCAATTATGGTCAAGTTATTGAAGCTAAGATCATCAATGACCGTGAAACTGGGAGGTCTAGAGGTTTTGGCTTCATAACTTACGCATCAAGTGAAGAGGCTTCAGCTGCAATCACAGCCTTGGATGGAAAGGATCTCGATGGGCGTAACATCAGGGTTAACACTGCCAATGAGAGAACTGGTGGCTTCCGTAGTGGGGGTGGTGGCTATGGAGGCGGTGGCTATGGCGGCGGCGGTGGCGGCTATGGTGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGTGGCGGCGGCGGCTACCAAGGAGGCGGCGGTGGTTATGGTGGCAACAATGGAGGGTATGGCAACAGGGGTGGTGGTGGAGGTGGTTATGGAGTTGCAGAAGGATCTGCAGATGCCTTCTCTGGAATCAACTTAGGTGGTGATGGTAGTTTTGGTGGAAACCCAGCTGGAAGCTTTGGTGATGCTGGAGGTTCCACTGGCGGTGGTGATTTCTCCGGTGCCGGTGGTGACAGCTTTGGAAGCCGCAAGAACGATGAGCTCATGGATGACCTCTTCAAGGATGACGAGCCTGACAACTATGCCAACAAGCAGGGCTAATTAATCTACGTCCTTCGAGCCTCAGTTTGCAGTCTCTTAGTGATGAACCGGCTCACCTGAATGGTCATCACCTGCTCAAGCATCAAATTCCAGAACAATACACAATGACTGGGTTTTCTTTTTCTTCTGTTCTTTTTCATAGATGTGGTGTAATAACGTAAACATCACTCAAGGTACTACTTCTAGTTATGTTATGTTGAGATGACAATGGAGGTGTTTTAAATGTCTG] [+] EMBL CF315919 [ACATGGCCTGAAGGAGTAGAAACCCCCTCGCCGCCGCCTTCTCCATCGTAAACCCTCGTCAGTTTGGAA AATGGCGTTGGCTAATAAGATTGGTAATCTGCTCAAGAGAGCCACGAGCTCAAGTCCAGCTCTCTATCAATCAATCAGATGCATGTCATCCTCAAAGCTTTTTGTTGGAGGCCTTTCGTACGGCACAGATGAGCAGAGCCTCAGAGATACTTTTGCCAATTATGGTCAAGTTATTGAAGCTAAGATCATCAATGACCGTGAAACTGGGAGGTCTAGAGGTTTTGGCTTCATAACTTACGCATCAAGTGAAGAGGCTTCAGCTGCAATCACAGCCTTGGATGGAAAGGATCTCGATGGGCGTAACATCAGGGTTAACACTGCCAATGAGAGAACTGGTGGCT ] [+] EMBL AK064923 [ TCGCCGCCGCCTTCTCCATCGTAAACCCTCGTCAGTTTGGAACAATGGCGTTGGCTAATAAGATTGGTAATCTGCTCAAGAGAGCCACGAGCTCAAGTCCAGCTCTCTATCAATCAATCAGATGCATGTCATCCTCAAAGCTTTTTGTTGGAGGCCTTTCGTACGGCACAGATGAGCAGAGCCTCAGAGATACTTTTGCCAATTATGGTCAAGTTATTGAAGCTAAGATCATCAATGACCGTGAAACTGGGAGGTCTAGAGGTTTTGGCTTCATAACTTACGCATCAAGTGAAGAGGCTTCAGCTGCAATCACAGCCTTGGATGGAAAGGATCTCGATGGGCGTAACATCAGGGTTAACACTGCCAATGAGAGAACTGGTGGCTTCCGTAGTGGGGGTGGTGGCTATGGAGGCGGTGGCTATGGCGGCGGCGGTGGCGGCTATGGTGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGTGGCGGCGGCGGCTACCAAGGAGGCGGCGGTGGTTATGGTGGCAACAATGGAGGGTATGGCAACAGGGGTGGTGGTGGAGGTGGTTATGGAGTTGCAGAAGGATCTGCAGATGCCTTCTCTGGAATCAACTTAGGTGGTGATGGTAGTTTTGGTGGAAACCCAGCTGGAAGCTTTGGTGATGCTGGAGGTTCCACTGGCGGTGGTGATTTCTCCGGTGCCGGTGGTGACAGCTTTGGAAGCCGCAAGAACGATGAGCTCATGGATGACCTCTTCAAGGATGACGAGCCTGACAACTATGCCAACAAGCAGGGCTAATTAATCTACGTCCTTCGAGCCTCAGTTTGCAGTCTCTTAGTGATGAACCGGCTCACCTGAATGGTCATCACCTGCTCAAGCATCAAATTCCAGAACAATACACAATGACTGGGTTTTCTTTTTCTTCTGTTCTTTTTCATAGATGTGGTGTAATAACGTAAACATCACTCAAGGTACTACTTCTAGTTATGTTATGTTGAGATGACAATGGAGGTGTTTTAAATGTCTG] [+] EMBL AK099309 [ CCTTCTCCATCGTAAACCCTCGTCAGTTTGGAACAATGGCGTTGGCTAATAAGATTGGTAATCTGCTCAAGAGAGCCACGAGCTCAAGTCCAGCTCTCTATCAATCAATCAGATGCATGTCATCCTCAAAGCTTTTTGTTGGAGGCCTTTCGTACGGCACAGATGAGCAGAGCCTCAGAGATACTTTTGCCAATTATGGTCAAGTTATTGAAGCTAAGATCATCAATGACCGTGAAACTGGGAGGTCTAGAGGTTTTGGCTTCATAACTTACGCATCAAGTGAAGAGGCTTCAGCTGCAATCACAGCCTTGGATGGAAAGGATCTCGATGGGCGTAACATCAGGGTTAACACTGCCAATGAGAGAACTGGTGGCTTCCGTAGTGGGGGTGGTGGCTATGGAGGCGGTGGCTATGGCGGCGGCGGTGGCGGCTATGGTGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGTGGCGGCGGCGGCTACCAAGGAGGCGGCGGTGGTTATGGTGGCAACAATGGAGGGTATGGCAACAGGGGTGGTGGTGGAGGTGGTTATGGAGTTGCAGAAGGATCTGCAGATGCCTTCTCTGGAATCAACTTAGGTGGTGATGGTAGTTTTGGTGGAAACCCAGCTGGAAGCTTTGGTGATGCTGGAGGTTCCACTGGCGGTGGTGATTTCTCCGGTGCCGGTGGTGACAGCTTTGGAAGCCGCAAGAACGATGAGCTCATGGATGACCTCTTCAAGGATGACGAGCCTGACAACTATGCCAACAAGCAGGGCTAATTAATCTACGTCCTTCGAGCCTCAGTTTGCAGTCTCTTAGTGATGAACCGGCTCACCTGAATGGTCATCACCTGCTCAAGCATCAAATTCCAGAACAATACACAATGACTGGGTTTTCTTTTTCTTCTGTTCTTTTTCATAGATGTGGTGTAATAACGTAAACATCACTCAAGGTACTACTTCTAGTTATGTTATG ] [+] EMBL C27236 [ TCAAGAGAGCCACGAGCTCAAGTCCAGCTCTCTATCAATCAATCAGATGCATGTCATCCTCAAAGCTTTTTGTTGGAGGCCTTTCGTACGGCACAGATGAGCAGA NCTCAGAGATACTTTTGCCAATTATGGTCAAGTTATTGAAGCTAAGATCATCAATGACCGTGAAACTGGGAGGTCTAGAGGTTTTGGCTTCATAACTTACGCATCAAGTGAAGAGGCTTCAGCTGCAATCACAGCCTTGGATGGAAAGGATCTCGATGGGCGTAACATCAGGGTTAACACTGCCAATGAGAGAACTNGTTGCTTCCGTAGTGGGGGTAGTGGCTATGGAGGCGGTTGCTATGGCGGC GCGGTng ] [+] EMBL OSC14801 [ TGGAGGCCTTTCGTACGGCACAGATGAGCAGAGCCTCAGAGATACTTTTGCCAATTATGGTCAAGTTATTGAAGCTAAGATCATCAATGACCGTGAAACTGGGAGGTCTAGAGGTTTTGGCTTCATAACTTACGCATCAAGTGAAGAGGCTTCAGCTGCAATCACAGCCTTGGATGGAAAGGATCTCGATGGGCGTAACATCAGGGTTAACACTGCCAATGAGAGAACTGGTGGCTTCCGTAGTGGGGGTGGTGGCTATGGAGGCGGTGGCTATGGCGGCGGCGGTGGCGGCTATNGTGGTGGTGGCTACAGTNGTNGTGGTGG TATTGCGGTGG ] consensusID : consensus_10756#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 793 fasta sequence [TTTTCAAAAAAAAAAAATCCGAAGCTGGCGCAAGCAATGGAGGACGGCTCCGGCAACGGGCGGCCGCCGGCCACCGCGGCGGCGTGGAACTTCGAGCCGAACGGCGCGCTGCTCGGGCTGACGGCGCTGTCGGTGCGCGGCGTGCTGGGCAGGGTCAAGGCCGGGATCGGCGGCGGTGGCGGCTATGGTGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGTGGCGGCGGCGGCTACCAAGGAGGCGGCGGTGGTTATGGTGGCAACAATGGAGGGTATGGCAACAGGGGTGGTGGTGGAGGTGGTTATGGAGTTGCAGAAGGATCTGCAGATGCCTTCTCTGGAATCAACTTAGGTGGTGATGGTAGTTTTGGTGGAAACCCAGCTGGAAGCTTTGGTGATGCTGGAGGTTCCACTGGCGGTGGTGATTTCTCCGGTGCCGGTGGTGACAGCTTTGGAAGCCGCAAGAACGATGAGCTCATGGATGACCTCTTCAAGGATGACGAGCCTGACAACTATGCCAACAAGCAGGGCTAATTAATCTACGTCCTTCGAGCCTCAGTTTGCAGTCTCTTAGTGATGAACCGGCTCACCTGAATGGTCATCACCTGCTCAAGCATCAAATTCCAGAACAATACACAATGACTGGGTTTTCTTTTTCTTCTGTTCTTTTTCATAGATGTGGTGTAATAACGTAAACATCACTCAAGGTACTACTTCTAGTTATGTTATGTTGAGATGACAATGGAGGTGTTTTAAATGTCTG] [+] EMBL AK119673 [TTTTCAAAAAAAAAAAATCCGAAGCTGGCGCAAGCAATGGAGGACGGCTCCGGCAACGGGCGGCCGCCGGCCACCGCGGCGGCGTGGAACTTCGAGCCGAACGGCGCGCTGCTCGGGCTGACGGCGCTGTCGGTGCGCGGCGTGCTGGGCAGGGTCAAGGCCGGGATCGGCGGCGGTGGCGGCTATGGTGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGTGGCGGCGGCGGCTACCAAGGAGGCGGCGGTGGTTATGGTGGCAACAATGGAGGGTATGGCAACAGGGGTGGTGGTGGAGGTGGTTATGGAGTTGCAGAAGGATCTGCAGATGCCTTCTCTGGAATCAACTTAGGTGGTGATGGTAGTTTTGGTGGAAACCCAGCTGGAAGCTTTGGTGATGCTGGAGGTTCCACTGGCGGTGGTGATTTCTCCGGTGCCGGTGGTGACAGCTTTGGAAGCCGCAAGAACGATGAGCTCATGGATGACCTCTTCAAGGATGACGAGCCTGACAACTATGCCAACAAGCAGGGCTAATTAATCTACGTCCTTCGAGCCTCAGTTTGCAGTCTCTTAGTGATGAACCGGCTCACCTGAATGGTCATCACCTGCTCAAGCATCAAATTCCAGAACAATACACAATGACTGGGTTTTCTTTTTCTTCTGTTCTTTTTCATAGATGTGGTGTAATAACGTAAACATCACTCAAGGTACTACTTCTAGTTATGTTATGTTGAGATGACAATGGAGGTGTTTTAAATGTCTG] [-] EMBL CF315920 [ GTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGTGGCGGCGGCGGCTACCAAGGAGGCGGCGGTGGTTATGGTGGCAACAATGGAGGGTATGGCGACAGGGGTGGTGGTGGAGGTGGTTATGGAGTTGCAGAAGGATCTGCAGATGCCTTCTCTGGAATCAACTTAGGTGGTGATGGTAGTTTTGGTGGAAACCCAGCTGGAAGCTTTGGTGATGCTGGAGGTTCCACTGGCGGTGGTGATTTCTCCGGTGCCGGTGGTGACAGCTTTGGAAGCCGCAAGAACGATGAGCTCATGGATGACCTCTTCAAGGATGACGAGCCTGACAACTATGCCAACAAGCAGGGCTAATTAATCTACGTCCTTCGAGCCTCAGTTTGCAGTCTCTTAGTGATGAACCGGCTCACCTGAATGGTCATCACCTGCTCAAGCATCAAATTCCAGAACAATACACAATGACTGGGTTTTCTTTTTCTTCTGTTCTTTTTCATAGATGTGGTGTAATAACGTAAACATCACTCAAGGTACTACTTCTAGTTATGTTATGTTGAGATGACAATGGAGGTGTTTTAAAaaa ] [+] EMBL CB684087 [ CTTTGGCCTCCGCAAGAACGATGAGCTCATGGATGACCTCTTCAAGGATGACGAGCCTGACAACTATGCCAACAAGCAGGGCTAATTAATCTACGTCCTTCGAGCCTCAGTTTGCAGTCTCTTAGTGATGAACCGGCTCACCTGAATGGTCATCACCTGCTCAAGCATCAAATTCCAGAACAATACACAATGACTGGGTTTTCTTTTTCTTCTGTTCTTTTTCATAGATGTGGTGTAATAACGTAAACATCACTCAAGGTACTACTTCTAGTTATGTTATGTTGAGATGACAATGGAGGTGTTTTAAATGTCTG] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_10756#0 ACATGGCCTGAAGGAGTAGAAACCCCCTCGCCGCCGCCTTCTCCATCGTAAACCCTCGTC 60 consensus_10756#1 ------------------------------------------------------------ consensus_10756#0 AGTTTGGAACAATGGCGTTGGCTAATAAGATTGGTAATCTGCTCAAGAGAGCCACGAGCT 120 consensus_10756#1 ------------------------------------------------------------ consensus_10756#0 CAAGTCCAGCTCTCTATCAATCAATCAGATGCATGTCATCCTCAAAGCTTTTTGTTGGAG 180 consensus_10756#1 ------------------------------------------------------------ consensus_10756#0 GCCTTTCGTACGGCACAGATGAGCAGAGCCTCAGAGATACTTTTGCCAATTATGGTCAAG 240 consensus_10756#1 ------------------------------------------------------------ consensus_10756#0 TTATTGAAGCTAAGATCATCAATGACCGTGAAACTGGGAGGTCTAGAGGTTTTGGCTTCA 300 consensus_10756#1 ---------------------------------------TTTTCAAAAAAAAAAAATCCG 21 * * * * * consensus_10756#0 TAACTTACGCATCAAGTGAAGAGGCTTCAGCTGCAATCACAGCCTTGGATGGAAAGGATC 360 consensus_10756#1 AAGCTGGCGCAAGCAATGGAGGA----CGGCTCCGGCAACGGGC--GGCCGCCGGCCACC 75 * ** **** * ** ** * *** * ** * * ** * * * consensus_10756#0 TCGATGG-GCGTAACATCAGGGTTAACACTGCCAATGAGAGAACTGGTGGCTTCCGTAGT 419 consensus_10756#1 GCGGCGGCGTGGAACTTCGAGCCGAACGGCGC-GCTGCTCGGGCTGACGGCGCTGTCGGT 134 ** ** * * *** ** * *** ** ** * *** *** ** consensus_10756#0 GGGGGTGGTGGCTATGGAGGCGGTGGCTATGG-CGGCGGCGGTGGCGGCTATGGTGGTGG 478 consensus_10756#1 GCGCGGCGTGCTGGGCAGGGTCAAGGCCGGGATCGGCGGCGGTGGCGGCTATGGTGGTGG 194 * * * *** ** *** * *************************** consensus_10756#0 TGGCTACAGTGGTGGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGTGGCGG 538 consensus_10756#1 TGGCTACAGTGGTGGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGTGGCGG 254 ************************************************************ consensus_10756#0 CGGCGGCTACCAAGGAGGCGGCGGTGGTTATGGTGGCAACAATGGAGGGTATGGCAACAG 598 consensus_10756#1 CGGCGGCTACCAAGGAGGCGGCGGTGGTTATGGTGGCAACAATGGAGGGTATGGCAACAG 314 ************************************************************ consensus_10756#0 GGGTGGTGGTGGAGGTGGTTATGGAGTTGCAGAAGGATCTGCAGATGCCTTCTCTGGAAT 658 consensus_10756#1 GGGTGGTGGTGGAGGTGGTTATGGAGTTGCAGAAGGATCTGCAGATGCCTTCTCTGGAAT 374 ************************************************************ consensus_10756#0 CAACTTAGGTGGTGATGGTAGTTTTGGTGGAAACCCAGCTGGAAGCTTTGGTGATGCTGG 718 consensus_10756#1 CAACTTAGGTGGTGATGGTAGTTTTGGTGGAAACCCAGCTGGAAGCTTTGGTGATGCTGG 434 ************************************************************ consensus_10756#0 AGGTTCCACTGGCGGTGGTGATTTCTCCGGTGCCGGTGGTGACAGCTTTGGAAGCCGCAA 778 consensus_10756#1 AGGTTCCACTGGCGGTGGTGATTTCTCCGGTGCCGGTGGTGACAGCTTTGGAAGCCGCAA 494 ************************************************************ consensus_10756#0 GAACGATGAGCTCATGGATGACCTCTTCAAGGATGACGAGCCTGACAACTATGCCAACAA 838 consensus_10756#1 GAACGATGAGCTCATGGATGACCTCTTCAAGGATGACGAGCCTGACAACTATGCCAACAA 554 ************************************************************ consensus_10756#0 GCAGGGCTAATTAATCTACGTCCTTCGAGCCTCAGTTTGCAGTCTCTTAGTGATGAACCG 898 consensus_10756#1 GCAGGGCTAATTAATCTACGTCCTTCGAGCCTCAGTTTGCAGTCTCTTAGTGATGAACCG 614 ************************************************************ consensus_10756#0 GCTCACCTGAATGGTCATCACCTGCTCAAGCATCAAATTCCAGAACAATACACAATGACT 958 consensus_10756#1 GCTCACCTGAATGGTCATCACCTGCTCAAGCATCAAATTCCAGAACAATACACAATGACT 674 ************************************************************ consensus_10756#0 GGGTTTTCTTTTTCTTCTGTTCTTTTTCATAGATGTGGTGTAATAACGTAAACATCACTC 1018 consensus_10756#1 GGGTTTTCTTTTTCTTCTGTTCTTTTTCATAGATGTGGTGTAATAACGTAAACATCACTC 734 ************************************************************ consensus_10756#0 AAGGTACTACTTCTAGTTATGTTATGTTGAGATGACAATGGAGGTGTTTTAAATGTCTG 1077 consensus_10756#1 AAGGTACTACTTCTAGTTATGTTATGTTGAGATGACAATGGAGGTGTTTTAAATGTCTG 793 *********************************************************** |
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||