These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_11211#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 8 consensus length = 1271 fasta sequence [CTGGTCCAGGCAGAGAGACCAATGGCGTCTTGCTGGGAGCAGCTGCAGGGCCTCTGCGCCGCCGGCCACTTGCGTCGCCGCTGCCGCGGTAGAAGCTTGGTCCTGCTGCAGCAGCTGCAGCTGCTGGGGGTTTTGGTGGTGGTGGTGGCCGGGGTTGCACCAGGCATCAGTGAGGCACAGGTGAGGAGCCGGTTCAAGGCGATCTTCATGTTCGGCGACTCGATCGTGGATCCAGGGAACAACAACGGGCAACTAACGGAGGCGAGAGCCGACTTCCCGCCGTACGGGCAGGATTTCCCCGGCGGGGTCGCCACCGGCAGATTCTCCAACGGCAAGGTCCCCGGTGACTTGATAGCTTCTAAGTTGGGCATTAAAGAGCTATTGCCAGCTTACAAAGATCAGGACCTTGAACTAAATGACCTACTTACTGGTGTGGCCTTTGCCTCAGGAGGCAGTGGATATGATCCCCTCACTTCTATATCGACTGCCATATCGAGTTCAGGACAACTCAATTTATTCAGTGACTACAAGCAGAAGCTTACATCTTTGATCGGAGAGGAGGCAATGACACGTATTCTCTCAGAAGCAGTTTTCTTTACTGTCATGGGAGCAAATGACTTGCTCAACAATTATTTTACGCTTCCTGTGAGGCGGCATCAATATGACATTCCTGGCTACGTGGACTTTGTTGTCTCTAACGCAGTTAACTTTACTCTGACAATGAATGAGATGGGTGCTAAGATGATTGGGTTCGTTGGTGTTCCACCACTTGGTTGTTGTCCCTCACAGAGAACTGGTCCATCAAGAGAATGCGAACCATTACGAAATCAAGCATCAGAATTATTTAATACTAGAATGAAGCAGGAAATCGATCGACTAAATGTCGAACATAATATTGATGGTTTAAGGGTTGTTTATTTTGACATATACTACAATTTGCTCGACCTGATCCACAATCCTGGTTATTATGGTTTCAAGGATACATCTGATGGATGCTGCGGCAACACAGTGCTAAATGCTGCTATATTCATTAAATATCACAGTGCATGTCCAAATGTTTATGATTATATTTTCTGGGATAGCTTCCATCCTACCGAAAAGGCATACGACATAGTGGTTGATAAGCTTATCCAGGAAAATAAGCAGTATCTGATGTAAATG--AAATA-TAT-------TATCTTATATATTACATGTGCTTAAACGGAATATACAACGACTA-TAAATGTATTCTATAAGTGATTTCAAATTAATCATAACTCTTATTTAGGAAAAAAAAA] [+] EMBL CF276697 [CTGGTCCAGGCAGAGAGA CAATGGCGTCTTGCTGGGAGCAGCTGCAGGGCCTCTGCGCCGCCGGCCACTTGCGTCGCCGCTGCCGCGGTAGAAGCTTGGTCCTGCTGCAGCAGTTGCAGCTGCTGGGGGTTTTGGTGGTGGTGGTGGCCGGGGTTGCACCAGGCATCAGTGAGGCACAGGTGAGGAGCCGGTTCAAGGCGATCTTCATGTTCGGCGACTCGATCGTGGATCCAGGGAACAACAACGGGCAACTAACGGAGGCGAGAGCCGACTTCCCGCCGTACGGGCAGGATTTCCCCGGCGGGGTCGCCACCGGCAGATTCTCCAACGGCAAGGTCCCCGGTGACTTGATAGCTTCTAAGTTGGGCATTAAAGAGCTATTGCCAGCTTACAAAGATCAGGACCTTGAACTAAATGACCTACTTACTGGTGTGGCCTTTGCCTCAGGAGGCAGTGGATATGATCCCCTCACTTCTATATCGACTGCCATATCGAGTTCAGGACAACTCAATTTATTCAGTGACTACAAGCAGAAGCTTACATCTTTGATCGGAGAGGAGGCAATGACACGTATTCTCTCAGAAGCAGTTTTCTTTACTGTCATGGG ] [+] EMBL AK061188 [ TGGTCCAGGCAGAGAGACCAATGGCGTCTTGCTGGGAGCAGCTGCAGGGCCTCTGCGCCGCCGGCCACTTGCGTCGCCGCTGCCGCGGTAGAAGCTTGGTCCTGCTGCAGCAGCTGCAGCTGCTGGGGGTTTTGGTGGTGGTGGTGGCCGGGGTTGCACCAGGCATCAGTGAGGCACAGGTGAGGAGCCGGTTCAAGGCGATCTTCATGTTCGGCGACTCGATCGTGGATCCAGGGAACAACAACGGGCAACTAACGGAGGCGAGAGCCGACTTCCCGCCGTACGGGCAGGATTTCCCCGGCGGGGTCGCCACCGGCAGATTCTCCAACGGCAAGGTCCCCGGTGACTTGATAGCTTCTAAGTTGGGCATTAAAGAGCTATTGCCAGCTTACAAAGATCAGGACCTTGAACTAAATGACCTACTTACTGGTGTGGCCTTTGCCTCAGGAGGCAGTGGATATGATCCCCTCACTTCTATATCGACTGCCATATCGAGTTCAGGACAACTCAATTTATTCAGTGACTACAAGCAGAAGCTTACATCTTTGATCGGAGAGGAGGCAATGACACGTATTCTCTCAGAAGCAGTTTTCTTTACTGTCATGGGAGCAAATGACTTGCTCAACAATTATTTTACGCTTCCTGTGAGGCGGCATCAATATGACATTCCTGGCTACGTGGACTTTGTTGTCTCTAACGCAGTTAACTTTACTCTGACAATGAATGAGATGGGTGCTAAGATGATTGGGTTCGTTGGTGTTCCACCACTTGGTTGTTGTCCCTCACAGAGAACTGGTCCATCAAGAGAATGCGAACCATTACGAAATCAAGCATCAGAATTATTTAATACTAGAATGAAGCAGGAAATCGATCGACTAAATGTCGAACATAATATTGATGGTTTAAGGGTTGTTTATTTTGACATATACTACAATTTGCTCGACCTGATCCACAATCCTGGTTATTATGGTTTCAAGGATACATCTGATGGATGCTGCGGCAACACAGTGCTAAATGCTGCTATATTCATTAAATATCACAGTGCATGTCCAAATGTTTATGATTATATTTTCTGGGATAGCTTCCATCCTACCGAAAAGGCATACGACATAGTGGTTGATAAGCTTATCCAGGAAAATAAGCAGTATCTGATGTAAATG AAATA TAT TATCTTATATATTACATGT ] [+] EMBL AK099072 [ TCCAGGCAGAGAGACCAATGGCGTCTTGCTGGGAGCAGCTGCAGGGCCTCTGCGCCGCCGGCCACTTGCGTCGCCGCTGCCGCGGTAGAAGCTTGGTCCTGCTGCAGCAGCTGCAGCTGCTGGGGGTTTTGGTGGTGGTGGTGGCCGGGGTTGCACCAGGCATCAGTGAGGCACAGGTGAGGAGCCGGTTCAAGGCGATCTTCATGTTCGGCGACTCGATCGTGGATCCAGGGAACAACAACGGGCAACTAACGGAGGCGAGAGCCGACTTCCCGCCGTACGGGCAGGATTTCCCCGGCGGGGTCGCCACCGGCAGATTCTCCAACGGCAAGGTCCCCGGTGACTTGATAGCTTCTAAGTTGGGCATTAAAGAGCTATTGCCAGCTTACAAAGATCAGGACCTTGAACTAAATGACCTACTTACTGGTGTGGCCTTTGCCTCAGGAGGCAGTGGATATGATCCCCTCACTTCTATATCGACTGCCATATCGAGTTCAGGACAACTCAATTTATTCAGTGACTACAAGCAGAAGCTTACATCTTTGATCGGAGAGGAGGCAATGACACGTATTCTCTCAGAAGCAGTTTTCTTTACTGTCATGGGAGCAAATGACTTGCTCAACAATTATTTTACGCTTCCTGTGAGGCGGCATCAATATGACATTCCTGGCTACGTGGACTTTGTTGTCTCTAACGCAGTTAACTTTACTCTGACAATGAATGAGATGGGTGCTAAGATGATTGGGTTCGTTGGTGTTCCACCACTTGGTTGTTGTCCCTCACAGAGAACTGGTCCATCAAGAGAATGCGAACCATTACGAAATCAAGCATCAGAATTATTTAATACTAGAATGAAGCAGGAAATCGATCGACTAAATGTCGAACATAATATTGATGGTTTAAGGGTTGTTTATTTTGACATATACTACAATTTGCTCGACCTGATCCACAATCCTGGTTATTATGGTTTCAAGGATACATCTGATGGATGCTGCGGCAACACAGTGCTAAATGCTGCTATATTCATTAAATATCACAGTGCATGTCCAAATGTTTATGATTATATTTTCTGGGATAGCTTCCATCCTACCGAAAAGGCATACGACATAGTGGTTGATAAGCTTATCCAGGAAAATAAGCAGTATCTGATGTAAATG AAATA TAT TATCTTATATATTACATG ] [+] EMBL AK067876 [ CCAGGCAGAGAGACCAATGGCGTCTTGCTGGGAGCAGCTGCAGGGCCTCTGCGCCGCCGGCCACTTGCGTCGCCGCTGCCGCGGTAGAAGCTTGGTCCTGCTGCAGCAGCTGCAGCTGCTGGGGGTTTTGGTGGTGGTGGTGGCCGGGGTTGCACCAGGCATCAGTGAGGCACAGGTGAGGAGCCGGTTCAAGGCGATCTTCATGTTCGGCGACTCGATCGTGGATCCAGGGAACAACAACGGGCAACTAACGGAGGCGAGAGCCGACTTCCCGCCGTACGGGCAGGATTTCCCCGGCGGGGTCGCCACCGGCAGATTCTCCAACGGCAAGGTCCCCGGTGACTTGATAGCTTCTAAGTTGGGCATTAAAGAGCTATTGCCAGCTTACAAAGATCAGGACCTTGAACTAAATGACCTACTTACTGGTGTGGCCTTTGCCTCAGGAGGCAGTGGATATGATCCCCTCACTTCTATATCGACTGCCATATCGAGTTCAGGACAACTCAATTTATTCAGTGACTACAAGCAGAAGCTTACATCTTTGATCGGAGAGGAGGCAATGACACGTATTCTCTCAGAAGCAGTTTTCTTTACTGTCATGGGAGCAAATGACTTGCTCAACAATTATTTTACGCTTCCTGTGAGGCGGCATCAATATGACATTCCTGGCTACGTGGACTTTGTTGTCTCTAACGCAGTTAACTTTACTCTGACAATGAATGAGATGGGTGCTAAGATGATTGGGTTCGTTGGTGTTCCACCACTTGGTTGTTGTCCCTCACAGAGAACTGGTCCATCAAGAGAATGCGAACCATTACGAAATCAAGCATCAGAATTATTTAATACTAGAATGAAGCAGGAAATCGATCGACTAAATGTCGAACATAATATTGATGGTTTAAGGGTTGTTTATTTTGACATATACTACAATTTGCTCGACCTGATCCACAATCCTGGTTATTATGGTTTCAAGGATACATCTGATGGATGCTGCGGCAACACAGTGCTAAATGCTGCTATATTCATTAAATATCACAGTGCATGTCCAAATGTTTATGATTATATTTTCTGGGATAGCTTCCATCCTACCGAAAAGGCATACGACATAGTGGTTGATAAGCTTATCCAGGAAAATAAGCAGTATCTGATGTAAATG AAATA TAT TATCTTATATATTACATGTGCTTAAACGGAATATACAACGACTA TAAATGTATTCTATAAGTGATTTCAAATTAATCATAACT ] [+] EMBL CA765871 [ CATATCGAGTTCAGGACAACTCAATTTATTCAGTGACTACAAGCAGAAGCTTACATCTTTGATCGGAGAGGAGGCAATGACAAGTATTCCCTCAGAAGCAGTTTTCTTTACTGTCATGGGAGCAAATGACTTGCTCAACAATTATTTTACGCTTCCTGTGAGGCGGCATCAATATGACATTCCTGGCTACGTGGACTTTGTTGTCTCTAACGCAGTTAACTTTACTCTGACAATGAATGAGATGGGTGCTAAGATGATTGGATTCGTTGGTGTTCCACCACTTGGTTGTTGTCCCTCACAGAGAACTGGTCCATCAAGAGAATGCGAACCATTACGAAATCAAGCATCAGGATTATTTAATACTAGAATGAA CAGGAAATCGATCGACTAAATGTCGAACATAATATTGATGGTTTAAGGGTTGTTTATTTTGACATATACTACAATTTGCTCGACCTGATCCACAATCCTGGTTATTATGGTTTCAAGGATACATCTGATGGATGCTGCGGCAACACAGTGCTAAATGCTGCTATATTCATTAAATATCACAGTGCATGTCCAAATGTTTATGATTATATTTTCTGGGATAGCTTCCATCCTACCGAAAAGGCATACGACATAGTGGTTGATAAGCTTATCCAGGAAAATAAGCAGTATCTGATGGNAATGAAAAATATTATCTTA TATCTTATATATTACATGGGCTTTAACGGAGTATACAACGACTATTAAANGTNTTCTATAAGGGATTTCAAANTAATCATAACTCTT ] [+] EMBL AU225501 [ gccgcTCGGAGAGGAGGCAATGACACGTATTCTCTCAGAAGCAGTTTTCTTTACTGTCATGGGAGCAAATGACTTGCTCAACAATTATTTTACGCTTCCTGTGAGGCGGCATCAATATGACATTCCTGGCTACGTGGACTTTGTTGTCTCTAACGCAGTTAACTTTACTCTGACAATGAATGAGATGGGTGCTAAGATGATTGGGTTCGTTGGTGTTCCACCACTTGGTTGTTGTCCCTCACAGAGAACTGGTCCATCAAGAGAATGCGAACCATTACGAAATCAAGCATCAGAATTATTTAATACTAGAATGAAGCAGGAAATCGATCGACTAAATGTCGAACATAATATTGATGGTTTAAGGGTTGTTTATTTTGACATATACTACAATTTGCTCGACCTGATCCACAA ] [-] EMBL CA759269 [ ATGGGAGCAAATAACTTGCTCAACAATTATTTTACGCCTCCTGTGAGGCGGCATCAATATGACATTCCCGGCTACGTGGACTTTGTTGTCTCTAACGCAGTTAACTTTACTCTGACAATGAATGAGATGGGTGCTAAGATGATTGGATTCGTTGGTGTTCCACCACTTGGTTGTTGTCCCTCACAGAGAACTGGTCCATCAAGAGAATGCGAACCATTACGAAATCAAGCATCAGAATTATTTAATACTAGAATGAAGCAGGAAATCGATCGACTAAATGTCGAACATAATATTGATGGTTTAAGGGTTGTTTATTTTGACATATACTACAATTTGCTCGACCTGATCCACAATCCTGGTTATTATGGTTTCAAGGATACATTTGATGGATGCTGCGGCAACACAGTGCTAAATGCTGCTATATTCATTAAATATCACAGTGCATGTCCAAATGTTTATGATTATATTTTCTGGGATAGCTTCCATCTTACCGAAAAGGCATACGACATAGTGGTTGATAAGCTTATCCAGGAAAATAAGCAGTATCTGATGTAAATG AAATA TATTATCTTATATCTTATATATTACATGTGCTTAAACGGAATATACAACGACTA TAAATGTATTCTATAAGTGATTTCAAATTAATCATAACTCTTATTTAGGAAAA ] [-] EMBL CF276698 [ GAATGCGAACCATTACGAAATCAAGCATCAGAATTATTTAATACTAGAATGAAGCAGGAAATCGATCGACTAAATGTCGAACATAATATTGATGGTTTAAGGGTTGTTTATTTTGACATATACTACAATTTGCTCGACCTGATCCACAATCCTGGTTATTATGGTTTCAAGGATACATTTGATGGATGCTGCGGCAACACAGTGCTAAATGCTGCTATATTCATTAAATATCACAGTGCATGTCCAAATGTTTATGATTATATTTTCTGGGATAGCTTCCATCCTACCGAAAAGGCATACGACATAGTGGTTGATAAGCTTATCCAGGAAAATAAGCAGTATTTGATGTAAATG AAATA TAT TATCTTATATATTACATGTGCTTAAACGGAATATACAACGACTA TAAATGTATTCTATAAGTGATTTCAAATTAATCATAAATCTTATTTAGGAAAAAAAAA] clustalw multiple alignements is not computed in this case |
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||