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Oryza sativa
cluster # 11354 cluster # 11354       Sequences # 8       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_11354#0 length = 1985 sequences # 8  

consensusID : consensus_11354#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 8
consensus length = 1985
fasta sequence
                              [TTGGAGTTGTTTGTAACAAAACGGGTGGATTTGGTGTAGACGACTTTGTCATCGAGTTCTTTGGGGAGGTATACCCTTCTTGGAGATGGTATGAAAAACAAGATGGCATTAAGCATATACAAAACAATAGCGACGATCAAGCTCCTGAGTTTTACAACATTATGCTAGAACGGCCAAAGGGAGACCGTGATGGGTATGACTTGGTTTTCGTTGATGCAATGCATAAGGCTAACTATGCGAGCAGAATTTGTCACTCCTGCAACCCTAACTGTGAAGCAAAAGTAACGGCTGTGGATGGTCATTATCAGATTGGAATTTACACTGTTCGACCAATTGCAGAAGGCGAGGAAATCACTTTTGATTACAACTCTGTTACTGAGAGTAAAGAAGAGCACGAAGCGTCAGTTTGTCTCTGTGGAAGTCAAATATGCAGGGGCAGCTATTTAAATTTTTCTGGGGAAGGAGCTTTTGAAAAGGTCTTGATGGAATTCCATGGTGTGCTCGATCGACATAGTCTTCTGTTACAGGCTTGTGAAGCAAACTCTGTTTCTCAACAAGACTTAATTGACTTGGGGAGAGCTGGTCTTGGTACCTGTTTGCTTGCTGGTTTGCCTGGATGGCTTGTTGCTTACACTGCTCACCTGGTGCGGTTTATATTCTTTGAGAGACAGAAACTTCCTCATGAGATCTTTAAACACAATGTGGACGAGAAGCGCCAGTTTTTCACAGATATAAACATGGATTCCGAGAAGAATGATGCCGAGGTTCAGGCCGAGGGAGTTCTGAATTCAAGATTACAGAATTTGACTCATACACTTGACAAGGTAAGATATGTCATGAGATGCATATTTGGGGATCCCAAGAATGCTCCTCCTCCACTGGTGAGGCTAACTGGGAGAAGTCTAGTTTCTGCCATCTGGAAAGGGGAAGGCTCGTTAGTTGATGAACTTCTTGAGTCAATGGAACCTCATGTTGAGGAAGATGTACTTACTGACCTCAAAGCCAAAATTCGTGCTCATGATCCATCTGGTTCCGAGGACATTGAGGGAGAAATCCGAAGTTCTCTTTTATGGTTGCGTGATGAGCTGAGAACTCTTTCATGCACATACAAGTGTCGGCATGATGCTGCTGCTGATTTGATTCACATGTATGCTTACACAAAGTGTTTTTTCAGAGTCCGAGATTACAAGACGGTAAAATCTCCACCGGTTCTTATCAGTCCTCTTGATTTAGGTCCCAAATATGCAGATAAACTGGGACCAGGCTTCCAGGAGTACTGTAAGACATACCCAGAAAATTATTGCTTAGGTCAACTCATTTATTGGTATAGCCAGAATGCGGAGCCTGAATCTAGATTGACAAGAGCTAGAAAGGGTTGTATGTCATTGCCAGATGTATCCTCCTTCTATGTGAAGTCAGTAAAACCAACACAAGAGCGAGTCTATGGCAGCAGAACTGTGAGATTCATGTTAGCGCGCATGGAGAACCAGGCACAAAGGCCATGGCCCAAGGACCGGATATGGGTTTTCAAGAGTGACCCAAGATTCTTTGGTACTCCAATGATGGATGCCGTATTGAATAATTCCCCCCTTGACAAGGAGATGGTGCATTGGCTCAAGACAAGATCCAACGTCTTCCTAGGCTAGCCAAGGAATTGTAGGCAGAGGGTATTGGTTTTTTTCCTTTGGAGATTTTAGTCAGACACCATTCTTTTTTCTTCCTACTCACACCTTTCCTACCTAATCATGGGGATTTAGCTTTTAGATGGCAGGGTAACAACAGTCTCTCTCACCTTCCCCATTTGTACAGCCCCCTCCTCCCCTTACCTTGTAGAGATGTGTTCCATTATTAACTGATAGATCCATCATTGATTTAATGTAGCGCCTTTTCCCGTTGCGTAGAATTGTCACCTCCCAATGTGCAATGTGGATATTCATGTGTAAATGCAAAACAGTAGCAATCTTAAATGCCAGTGATATGTTACA]

[+] EMBL AK121489             [TTGGAGTTGTTTGTAACAAAACGGGTGGATTTGGTGTAGACGACTTTGTCATCGAGTTCTTTGGGGAGGTATACCCTTCTTGGAGATGGTATGAAAAACAAGATGGCATTAAGCATATACAAAACAATAGCGACGATCAAGCTCCTGAGTTTTACAACATTATGCTAGAACGGCCAAAGGGAGACCGTGATGGGTATGACTTGGTTTTCGTTGATGCAATGCATAAGGCTAACTATGCGAGCAGAATTTGTCACTCCTGCAACCCTAACTGTGAAGCAAAAGTAACGGCTGTGGATGGTCATTATCAGATTGGAATTTACACTGTTCGACCAATTGCAGAAGGCGAGGAAATCACTTTTGATTACAACTCTGTTACTGAGAGTAAAGAAGAGCACGAAGCGTCAGTTTGTCTCTGTGGAAGTCAAATATGCAGGGGCAGCTATTTAAATTTTTCTGGGGAAGGAGCTTTTGAAAAGGTCTTGATGGAATTCCATGGTGTGCTCGATCGACATAGTCTTCTGTTACAGGCTTGTGAAGCAAACTCTGTTTCTCAACAAGACTTAATTGACTTGGGGAGAGCTGGTCTTGGTACCTGTTTGCTTGCTGGTTTGCCTGGATGGCTTGTTGCTTACACTGCTCACCTGGTGCGGTTTATATTCTTTGAGAGACAGAAACTTCCTCATGAGATCTTTAAACACAATGTGGACGAGAAGCGCCAGTTTTTCACAGATATAAACATGGATTCCGAGAAGAATGATGCCGAGGTTCAGGCCGAGGGAGTTCTGAATTCAAGATTACAGAATTTGACTCATACACTTGACAAGGTAAGATATGTCATGAGATGCATATTTGGGGATCCCAAGAATGCTCCTCCTCCACTGGTGAGGCTAACTGGGAGAAGTCTAGTTTCTGCCATCTGGAAAGGGGAAGGCTCGTTAGTTGATGAACTTCTTGAGTCAATGGAACCTCATGTTGAGGAAGATGTACTTACTGACCTCAAAGCCAAAATTCGTGCTCATGATCCATCTGGTTCCGAGGACATTGAGGGAGAAATCCGAAGTTCTCTTTTATGGTTGCGTGATGAGCTGAGAACTCTTTCATGCACATACAAGTGTCGGCATGATGCTGCTGCTGATTTGATTCACATGTATGCTTACACAAAGTGTTTTTTCAGAGTCCGAGATTACAAGACGGTAAAATCTCCACCGGTTCTTATCAGTCCTCTTGATTTAGGTCCCAAATATGCAGATAAACTGGGACCAGGCTTCCAGGAGTACTGTAAGACATACCCAGAAAATTATTGCTTAGGTCAACTCATTTATTGGTATAGCCAGAATGCGGAGCCTGAATCTAGATTGACAAGAGCTAGAAAGGGTTGTATGTCATTGCCAGATGTATCCTCCTTCTATGTGAAGTCAGTAAAACCAACACAAGAGCGAGTCTATGGCAGCAGAACTGTGAGATTCATGTTAGCGCGCATGGAGAACCAGGCACAAAGGCCATGGCCCAAGGACCGGATATGGGTTTTCAAGAGTGACCCAAGATTCTTTGGTACTCCAATGATGGATGCCGTATTGAATAATTCCCCCCTTGACAAGGAGATGGTGCATTGGCTCAAGACAAGATCCAACGTCTTCCTAGGCTAGCCAAGGAATTGTAGGCAGAGGGTATTGGTTTTTTTCCTTTGGAGATTTTAGTCAGACACCATTCTTTTTTCTTCCTACTCACACCTTTCCTACCTAATCATGGGGATTTAGCTTTTAGATGGCAGGGTAACAACAGTCTCTCTCACCTTCCCCATTTGTACAGCCCCCTCCTCCCCTTACCTTGTAGAGATGTGTTCCATTATTAACTGATAGATCCATCATTGATTTAATGTAGCGCCTTTTCCCGTTGCGTAGAATTGTCACCTCCCAATGTGCAATGTGGATATTCATGTGTAAATGCAAAACAGTAGCAAT                        ]
[+] EMBL AU225362             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gccgcTGGAATTTACACTGTTCGACCAATTGCAGAAGGCGAGGAAATCACTTTTGATTACAACTCTGTTACTGAGAGTAAAGAAGAGCACGAAGCGTCAGTTTGTCTCTGTGGAAGTCAAATATGCAGGGGCAGCTATTTAAATTTTTCTGGGGAAGGAGCTTTTGAAAAGGTCTTGATGGAATTCCATGGTGTGCTCGATCGACATAGTCTTCTGTTACAGGCTTGTGAAGCAAACTCTGTTTCTCAACAAGACTTAATTGACTTGGGGAGAGCTGGTCTTGGTACCTGTTTGCTTGCTGGTTTGCCTGGATGGCTTGTTGCTTACACTGCTCACCTGGTGCGGTTTATATTCTTTGAGAGACAGAAACTTCCTCATGAGATCTTTAAACACAATGTGGA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL AK058948             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ATACACTTGACAAGGTAAGATATGTCATGAGATGCATATTTGGGGATCCCAAGAATGCTCCTCCTCCACTGGTGAGGCTAACTGGGAGAAGTCTAGTTTCTGCCATCTGGAAAGGGGAAGGCTCGTTAGTTGATGAACTTCTTGAGTCAATGGAACCTCATGTTGAGGAAGATGTACTTACTGACCTCAAAGCCAAAATTCGTGCTCATGATCCATCTGGTTCCGAGGACATTGAGGGAGAAATCCGAAGTTCTCTTTTATGGTTGCGTGATGAGCTGAGAACTCTTTCATGCACATACAAGTGTCGGCATGATGCTGCTGCTGATTTGATTCACATGTATGCTTACACAAAGTGTTTTTTCAGAGTCCGAGATTACAAGACGGTAAAATCTCCACCGGTTCTTATCAGTCCTCTTGATTTAGGTCCCAAATATGCAGATAAACTGGGACCAGGCTTCCAGGAGTACTGTAAGACATACCCAGAAAATTATTGCTTAGGTCAACTCATTTATTGGTATAGCCAGAATGCGGAGCCTGAATCTAGATTGACAAGAGCTAGAAAGGGTTGTATGTCATTGCCAGATGTATCCTCCTTCTATGTGAAGTCAGTAAAACCAACACAAGAGCGAGTCTATGGCAGCAGAACTGTGAGATTCATGTTAGCGCGCATGGAGAACCAGGCACAAAGGCCATGGCCCAAGGACCGGATATGGGTTTTCAAGAGTGACCCAAGATTCTTTGGTACTCCAATGATGGATGCCGTATTGAATAATTCCCCCCTTGACAAGGAGATGGTGCATTGGCTCAAGACAAGATCCAACGTCTTCCTAGGCTAGCCAAGGAATTGTAGGCAGAGGGTATTGGTTTTTTTCCTTTGGAGATTTTAGTCAGACACCATTCTTTTTTCTTCCTACTCACACCTTTCCTACCTAATCATGGGGATTTAGCTTTTAGATGGCAGGGTAACAACAGTCTCTCTCACCTTCCCCATTTGTACAGCCCCCTCCTCCCCTTACCTTGTAGAGATGTGTTCCATTATTAACTGATAGATCCATCATTGATTTAATGTAGCGCCTTATCC                                                                                              ]
[+] EMBL AA750505             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CTCCACCGGTTCTTATCAGTCCTCTTGATTTAGGTCCCAAATATGCAGATAAACTGGGACCAGGCTTCCAGGAGTACTGTAAGACATACCCAGAAAATTATTGCTTAGGTCAACTCATTTATTGGTATAGCCAGAATGCGGAG CTGAATCTAGATTGACAAGAGCTAGAAAGGGTTGTATGTCATGGCCAGATGTATCCTCCTTCTATGTGAAGTCAGTAAAAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AU029852             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATCAGTCCTCTTGATTTAGGTCCCAAATATGCAGATAAACTGGGACCAGGCTTCCAGGAGTACTGTAAGACATACCCAGAAAATTATTGCTTAGGTCAACTCATTTATTGGTATAGCCAGAATGCGGA NCTGAATCTAGATTGACAAGAGCTAGAAAGGGTTGTATGTCATTGCCAGATGTATCCTCCTTCTATGTGAAGTCAGTAAAACCAACACAAGAGCGAGTCTATGGCAGCAGAACTGTGAGATTCATGTTAGCGCGCATGGAGAACCAGGCACAAAGGCCATGGCCCAAGGACCGGATATGGGGTTTCAAGAGTGA CCAAGA TCTTTTGTACTCCAATGATGGATG CGTATTG ATAATNCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[-] EMBL CB684483             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGATTTAGGTCCCAAATATGCAGATAAACTGGGACCAGGCTTCCAGGAGTACTGTAAGACATACCCAGAAAATTATTGCTTAGGTCAACTCATTTATTGGTATAGCCAGAATGCGGAGCCTGAATCTAGATTGACAAGAGCTAGAAAGGGTTGTATGTCATTGCCAGATGTATCCTCCTTCTATGTGAAGTCAGTAAAACCAACACAAGAGCGAGTCTATGGCAGCAGAACTGTGAGATTCATGTTAGCGCGCATGGAGAACCAGGCACAAAGGCCATGGCCCAAGGACCGGATATGGGTTTTCAAGAGTGACCCAAGATTCTTTGGTACTCCAATGATGGATGCCGTATTGAATAATTCCCCCCTTGACAAGGAGATGGTGCATTGGCTCAAGACAAGATCCAACGTCTTCCTAGGCTAGCCAAGGAATTGTAGGCAGAGGGTATTGGTTTTTTTCCTTTGGAGATTTTAGTCAGACACCATTTTTTTTTTTTCCTACTCACACCTTTCCTACCTAATCATGGGGATTTAGCTTTTAGATGGCAGGGTAACAACAGTCTTTCTCACCTTCCCCATTTGTACAGCCCCCTCCTCCCCTTACCTTGTAGAGATGTGTTCCATTATTAACTGATAGATCCATCATTGATTTAATGTAGCGCCTTTTCCCGTTGGGTAGAATTGTCACCTCCCAATGTGCAATGTGGATATTCATGTGTAAATGCAAAACAGTAGCAATCTTAAATGCCAGTGATATGTTACA]
[-] EMBL CB964739             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GAACCAGGCACAAAGGCCATGGCCCAAGGACCGGATATGGGTTTTCAAGAGTGACCCAAGATTCTTTGGTACTCCAATGATGGATGCCGTATTGAATAATTCCCCCCTTGACAAGGAGATGATGCATTGGCTCAAGACAAGATCCAACGTCTTCCTAGGCTAGCCAAGGAATTGTAGGCAGAGGGTATTGGTTTTTTTCCTTTGGAGATTTTAGTCAGACACCATTCTTTTTTCTTCCTACTCACACCTTTCCTACCTAATCATGGGGATTTAGCTTTTAGATGGCAGGGTAACAACAGTCTCTCTCACCTTCCCCATTTGTACAGCCCCCTCCTCCCCTTACCTTGTAGAGATGTGTTCCATTATTAACTGATAGATCCATCATTGATTTAATGTAGCGCCTTTTCCC                                                                                             ]
[+] EMBL AU029853             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TGCCGTATTGAATAATTCCCCCCTTGACAAGGAGATGNTGCATTGGCTCAAGACAAGATCCAACGTCTTCCTAGGNTAGCCAAGGAATTGTAGGCAGAGGGTATTGGTTTTTTTCCTTTGGAGATTTTAGTCAGACACCATTCTTTTTTCTTCCTACTCACACNTTTCCTACCTAATCATGGGGATTTAGCTTTTAGATGGCAGGGTAACAACAGTCTCTCTCACCTTCCCCATTTGTACAGCCCCCTCTTNACCTTACCTTGTAGAGATGTGTTCCATTATTAACTGATAGATCCATCATTGATTTAATGTAGCGCCTTTTCCCGTTGCGTAAAAaaaaa                                                                             ]


>consensus_11354#0 TTGGAGTTGTTTGTAACAAAACGGGTGGATTTGGTGTAGACGACTTTGTCATCGAGTTCT TTGGGGAGGTATACCCTTCTTGGAGATGGTATGAAAAACAAGATGGCATTAAGCATATAC AAAACAATAGCGACGATCAAGCTCCTGAGTTTTACAACATTATGCTAGAACGGCCAAAGG GAGACCGTGATGGGTATGACTTGGTTTTCGTTGATGCAATGCATAAGGCTAACTATGCGA GCAGAATTTGTCACTCCTGCAACCCTAACTGTGAAGCAAAAGTAACGGCTGTGGATGGTC ATTATCAGATTGGAATTTACACTGTTCGACCAATTGCAGAAGGCGAGGAAATCACTTTTG ATTACAACTCTGTTACTGAGAGTAAAGAAGAGCACGAAGCGTCAGTTTGTCTCTGTGGAA GTCAAATATGCAGGGGCAGCTATTTAAATTTTTCTGGGGAAGGAGCTTTTGAAAAGGTCT TGATGGAATTCCATGGTGTGCTCGATCGACATAGTCTTCTGTTACAGGCTTGTGAAGCAA ACTCTGTTTCTCAACAAGACTTAATTGACTTGGGGAGAGCTGGTCTTGGTACCTGTTTGC TTGCTGGTTTGCCTGGATGGCTTGTTGCTTACACTGCTCACCTGGTGCGGTTTATATTCT TTGAGAGACAGAAACTTCCTCATGAGATCTTTAAACACAATGTGGACGAGAAGCGCCAGT TTTTCACAGATATAAACATGGATTCCGAGAAGAATGATGCCGAGGTTCAGGCCGAGGGAG TTCTGAATTCAAGATTACAGAATTTGACTCATACACTTGACAAGGTAAGATATGTCATGA GATGCATATTTGGGGATCCCAAGAATGCTCCTCCTCCACTGGTGAGGCTAACTGGGAGAA GTCTAGTTTCTGCCATCTGGAAAGGGGAAGGCTCGTTAGTTGATGAACTTCTTGAGTCAA TGGAACCTCATGTTGAGGAAGATGTACTTACTGACCTCAAAGCCAAAATTCGTGCTCATG ATCCATCTGGTTCCGAGGACATTGAGGGAGAAATCCGAAGTTCTCTTTTATGGTTGCGTG ATGAGCTGAGAACTCTTTCATGCACATACAAGTGTCGGCATGATGCTGCTGCTGATTTGA TTCACATGTATGCTTACACAAAGTGTTTTTTCAGAGTCCGAGATTACAAGACGGTAAAAT CTCCACCGGTTCTTATCAGTCCTCTTGATTTAGGTCCCAAATATGCAGATAAACTGGGAC CAGGCTTCCAGGAGTACTGTAAGACATACCCAGAAAATTATTGCTTAGGTCAACTCATTT ATTGGTATAGCCAGAATGCGGAGCCTGAATCTAGATTGACAAGAGCTAGAAAGGGTTGTA TGTCATTGCCAGATGTATCCTCCTTCTATGTGAAGTCAGTAAAACCAACACAAGAGCGAG TCTATGGCAGCAGAACTGTGAGATTCATGTTAGCGCGCATGGAGAACCAGGCACAAAGGC CATGGCCCAAGGACCGGATATGGGTTTTCAAGAGTGACCCAAGATTCTTTGGTACTCCAA TGATGGATGCCGTATTGAATAATTCCCCCCTTGACAAGGAGATGGTGCATTGGCTCAAGA CAAGATCCAACGTCTTCCTAGGCTAGCCAAGGAATTGTAGGCAGAGGGTATTGGTTTTTT TCCTTTGGAGATTTTAGTCAGACACCATTCTTTTTTCTTCCTACTCACACCTTTCCTACC TAATCATGGGGATTTAGCTTTTAGATGGCAGGGTAACAACAGTCTCTCTCACCTTCCCCA TTTGTACAGCCCCCTCCTCCCCTTACCTTGTAGAGATGTGTTCCATTATTAACTGATAGA TCCATCATTGATTTAATGTAGCGCCTTTTCCCGTTGCGTAGAATTGTCACCTCCCAATGT GCAATGTGGATATTCATGTGTAAATGCAAAACAGTAGCAATCTTAAATGCCAGTGATATG TTACA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)