cluster # 12000

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Oryza sativa
cluster # 12000 cluster # 12000 Sequences # 9 consensus # 2

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consensus_12000#0 length = 850 sequences # 7

consensus_12000#1 length = 736 sequences # 2

consensusID : consensus_12000#0
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Sequences nbr = 7
consensus length = 850
fasta sequence

                              [TCTTTTTTTTTTTTTTAATTATCATTATTGGCATATTTAACTAATATCCCAATACATAATAATTAAAGTAGTTCACACTTCTACGTGCGGTACCTAAAGGGGAATAGGTTTGACAAAATGGCTCTCCATCGTCCTTTTGAAATCCTTACTGTATGTGTATGCATCTCTTTTGTCAAGAAACAAAATAGCCATGCTCCTTGATAGGTTGGTGACCCGATGTACAAATGGCAACAGTTCACGGCGATCAATATGAGCTTGGTTTATGGTTTTCCATGCATCTTCGACCAAAGAACCTATCTTGGCTAGGGCAACCTCACTGGTAACATTGTACTCCTTGATGTAGCACTCCACGGAGCTGGCTACATCCAATTTGTTCCTTCCATTCTTAAATGCAGCCATGTCATCCATGAAACGTGCCACCTCACCGCCAGCCCTAACGGCATCATTGTTGCCAATGGCCCACTCAAGTGTCTCCTCGGTTACTATATTTCCCATGCCGACAAGTATACATACACTTAGTGCTTGAATACCTGCAGACATCACCGACACTTCTATTTGCTCTTTGAAACTTGGTACGTAGTTATGATGGAACCATTCTGCCTCCTGGAGATAATACCCAGATAACAATTGAAACACTTTCCTATTGTAAGCATTGCGGTGCCTAATATGTGGTTCCAATTCATTCTCGAACTCCACGAAATTGCTCATCACCTTGAGAAAGAATTTCTTCAGATAATCTGGTAGAACAGAAATATCACTCTCATCCCAGCTTTGTATGGCCACATTGAGATTTCGACATTCCTCCAAAGTAGCATGCGTATCATAAGTGTCATCTAACCATGATGTTAAC]

[+] EMBL CB621144             [TCTTTTTTTTTTTTTTAATTATCATTATTGTCATATTTAACTAATATCCCAATACATAATAATTAAAGTAGTTCACACTTCTACGTGCGGTACCTAAAGGGGAATAGGTTTGACAAAATGGCTCTCCATCGTCCTTTTGAAATCCTTACTGTATGTGTATGCATCTCTTTTGTCAAGAAACAAAATAGCCATGCTCCTTGATAGGTTGGTGACCCGATGTACAAATGGCAACAGTTCACGGCGATCAATATGAGCTTGGTTTATGGTTTTCCATGCATCTTCGACCAAAGAACCTATCTTGGCTAGGGCAACCTCACTGGTAACATTGTACTCCTTGATGTAGCACTCCACGGAGCTGGCTACATCCAATTTGTTCCTTCCATTCTTAAATGCAGCCATGTCATCCATGAAACGTGCCACCTCACCGCCAGCCCTAACGGCATCATTGTTGCCAATGGCCCACTCAAGTGTCTCCTCGGTTACTATATTTCCCATGCCGACAAGTATACATACACTTAGTGCTTGAATACCTGCAGACATCACCGACACTTCTATTTGCTCTTTGAAACTTGGTACGTAGTTATGATGGAACCATTCTGCCTCCTGGAGATAATACCCAGATAACAATTGAAACACTTTCCTATTGTAAGCATTGCGGTGCCTAATATGTGGTTCCAATTCATTCTCGAACTCCACGAAATTGCTCATCACCTTGAGAAAGAATTTCTTCAGATAATCTGGTAGAACAGAAATATCACTCTCATCCCAGCTTTGTATGGCCACATTGAGATTTCGACATTCCTCCAAAGTAGCATGCGTATCATAAGTGTCATCTAACCATGATGTTAAC]
[+] EMBL CB625001             [         tccTTTTA   AGCATTATTGGCTTTTTTAACTAATATCCCAATACATAATAATTAAAGTAGTTCACACTTCTACGTGCGGGACCTAAAGGGGAATAGGTTTGACAAAATGGCTCTCCATCGTCCTTTTGAAATCCTTACTGGATGTGTATGCATCTCTTTTGTCAAAAAACAAAATAACCATGCTCCTTGATAGGGTGGGGACCCCATGTACAAATGGCAACAGTTCACGGCGATCAATATGAGCTTGGTTTATGGTTTTCCATGCATCTTCCACCAAAAAACCTATCTTGGCTAGGGCAACCTCACTGGTAACATTGTACTCCTTGATGTAGCACTCCACGGAGCTGGCTACATCCAATTTGTTCCTTCCATTCTTAAATGCAGCCATGTCATCCATGAAACGTGCCACCTCACCGCCAGCCCTAACGGCATCATTGTTGCCAATGGCCCACTCAAGTGTCTCCTCGGTTACTATATTTCCCATGCCGACAAGTATACATACACTTAGTGCTTGAATACCTGCAGACATCACCGACACTTCTATTTGCTCTTTGAAACTTGGTACGTAGTTATGATGGAACCATTCTGCCTCCTGGAGATAATACCCAGATAACAATTGAAACACTTTCCTATTGTAAGCATTGCGGTGCCTAATATGTG                                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL CB625864             [                         TATTGGCATATTTCCCTTAAATCCCAATACATAATAATTAAAGTAGTTCACACTTCTACGTGCGGTACCTAAAGGGGAATAGGTTTGACAAAATGGCTCTCCATCGTCCTTTTGAAATCCTTACTGTATGTGTATGCATCTCTTTTGTCAAGAAACAAAATAGCCATGCTCCTTGATAGGTTGGTGACCCGATGTACAAATGGCAACAGTTCACGGCGATCAATATGAGCTTGGTTTATGGTTTTCCATGCATCTTCAACCAAAGAACCTATCTTGGCTAGGGCAACCTCACTGGTAACATTGTACTCCTTGATGTAGCACTCCACGGAGCTGGCTACATCCAATTTGTTCCTTCCATTCTTAAATGCAGCCATGTCATCCATGAAACGTGCCACCTCACCGCCAGCCCTAACGGCATCATTGTTGCCAATGGCCCACTCAAGTGTCTCCTCGGTTACTATATTTCCCATGCCGACAAGTATACATACACTTAGTGCTTGAATACCTGCAGACATCACCGACACTTCTATTTGCTCTTTGAAACTTGGTACGTAGTTATGATGGAACCATTCTGCCTCCTGGAGATAATACCCAGATAACAATTGAAACACTTTCCTATTGTAAGCATTGCGGTGCCTAATATGTGGTTCCAATTCATTCTCGAACTCCACGAAATTGCT                                                                                                                                                 ]
[+] EMBL CB621356             [                         TATTGGCATATTTAACTAATATCCCAATACATAATAATTAAAGTAGTTCACACTTCTACGTGCGGTACCTAAAGGGGAATAGGTTTGACAAAATGGCTCCCCATCGTCCTTTTGAAATCCTTACTGGATGTGTATGCATCTCTTTTGTCAAAAAACAAAATACCCATGCTCCTTGATAGGTTGGGGACCCCATGTACAAATGGCAACAGTTCACGGCGATCAATATGAGCTTGGTTTATGGTTTTCCATGCATCTTCGACCAAAAAACCTATCTTGGCTAGGGCAACCTCACTGGAAACATTGTACTCCTTGATGTAGCACTCCCCGGAGCTGGCTACATCCAATTTGTTCCTTCCATTCTTAAATGCAGCCATGTCATCCATGAAACGTGCCACCTCACCGCCAGCCCTAACGGCATCATTGTTGCCAATGGCCCACTCAAGTGTCTCCTCGGTTACTATATTTCCCATGCCGACAAGTATACATACACTTAGTGCTTGAATACCTGCAAACATCACCGACACTTCTATTTGCTCTTTGAAACTTGGTACGTAGTTATGATGGAACCATTCTGCCTCCTGGAGATAATACCCAAATAACAATTGAAACACTTTCCTATTGTAAGCATTGCGGGGCCTAATATGGGGTT                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL CB621394             [                         TATTGGCATATTTAACTAATATCCCAATACATAATAATTAAAGTAGTTCACACTTCTACGTGCGGTACCTAAAGGGGAATAGGTTTGACAAAATGGCTCTCCATCGTCCTTTTGAAATCCTTACTGTATGTGTATGCATCTCTTTTGTCAAAAAACAAAATACCCATGCTCCTTGATAGGTTGGTGACCCGATGTACAAATGGCAACAGTTCACGGCGATCAATATGAGCTTGGTTTATGGTTTTCCATGCATCTTCAACCAAAAAACCTATCTTGGCTAGGGCAACCTCACTGGTAACATTGTACTCCTTGATGTAGCACTCCACGGAGCTGGCTACATCCAATTTGTTCCTTCCATTCTTAAATGCAGCCATGTCATCCATGAAACGTGCCACCTCACCGCCAGCCCTAACGGCATCATTGTTGCCAATGGCCCACTCAAGTGTCTCCTCGGTTACTATATTTCCCATGCCGACAAGTATACATACACTTAGTGCTTGAATACCTGCAAACATCACCGACACTTCTATTTGCTCTTTGAAACTTGGTACGTAGTTATGATGGAACCATTCTGCCTCCTGGAAATAATACCCAAATAACAATTGAAACACTTTCCTATTGTAAGCATTGCGGGGCCTAATATGT                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL CB621180             [                          ATTGTCATATTTAACCACTATAAGAATACATAATAATTAAAGTAGTTCACACTTCTACGTGCGGTACCTAAAGGGGAATAGGTTTGACCAAATGGCTCTCCATCGTCCTTTTGAAATCCTTACTGTATGTGTATGCATCTCTTTTGTCAAGAAACAAAATAGCCATGCTCCTTGATAGGTTGGTGACCCGATGTACAAATGGCAACAGTTCACGGCGATCAATATGAGCTTGGTTTATGGTTTTCCATGCATCTTCGACCAAAGAACCTATCTTGGCTAGGGCAACCTCACTGGTAACATTGTACTCCTTGATGTAGCACTCCACGGAGCTGGCTACATCCAATTTGTTCCTTCCATTCTTAAATGCAGCCATGTCATCCATGAAACGTGCCACCTCACCGCCAGCCCTAACGGCATCATTGTTGCCAATGGCCCACTCAAGTGTCTCCTCGGTTACTATATTTCCCATGCCGACAAGTATACATACACTTAGTGCTTGAATACCTGCAGACATCACCGACACTTCTATTTGCTCTTTGAAACTTGGTACGTAGTTATGATGGAACCATTCTGCCTCCTGGAGATAATACCCAGATAACAATTGAAACACTTTCCTATTGTAAGCATTGCGGTGCC                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL CB625887             [                                                              TTAAAGTAGTTCACACTTCTACGTGCGGTACCTAAAGGGGAATAGGTTTGCCAAAATGGCTCTCCATCGTCCTTTTGAAATCCTTACTGTATGGGTATGCATCTCTTTTGTCAAGAAACAAAATAGCCATGCTCCTTGATAGGTTGGTGACCCGATGTACAAATGGCAACAGTTCACGGCGATCAATATGAGCTTGGTTTATGGTTTTCCATGCATCTTCGACCAAAGAACCTATCTTGGCTAGGGCAACCTCACTGGTAACATTGTACTCCTTGATGTAGCACTCCACGGAGCTGGCTACATCCAATTTGTTCCTTCCATTCTTAAATGCAGCCATGTCATCCATGAAACGTGCCACCTCACCGCCAGCCCTAACGGCATCATTGTTGCCAATGGCCCACTCAAGTGTCTCCTCGGTTACTATATTTCCCATGCCGACAAGTATACATACACTTAGTGCTTGAATACCTGCAGACATCACCGACACTTCTATTTGCTCTTTGAAACTTGGTACGTAGTTATGATGGAACCATTCTGCCTCCTGGAGATAATACCCAAATAACAATTGAAACACTTTCCTATTGTAAGCATTGCGGTGCCTAATATGTGGTTCCAATTCATTCTCGAACTCCACGAAATTGCTCATCACCTTG                                                                                                                                       ]




>consensus_12000#0
TCTTTTTTTTTTTTTTAATTATCATTATTGGCATATTTAACTAATATCCCAATACATAAT
AATTAAAGTAGTTCACACTTCTACGTGCGGTACCTAAAGGGGAATAGGTTTGACAAAATG
GCTCTCCATCGTCCTTTTGAAATCCTTACTGTATGTGTATGCATCTCTTTTGTCAAGAAA
CAAAATAGCCATGCTCCTTGATAGGTTGGTGACCCGATGTACAAATGGCAACAGTTCACG
GCGATCAATATGAGCTTGGTTTATGGTTTTCCATGCATCTTCGACCAAAGAACCTATCTT
GGCTAGGGCAACCTCACTGGTAACATTGTACTCCTTGATGTAGCACTCCACGGAGCTGGC
TACATCCAATTTGTTCCTTCCATTCTTAAATGCAGCCATGTCATCCATGAAACGTGCCAC
CTCACCGCCAGCCCTAACGGCATCATTGTTGCCAATGGCCCACTCAAGTGTCTCCTCGGT
TACTATATTTCCCATGCCGACAAGTATACATACACTTAGTGCTTGAATACCTGCAGACAT
CACCGACACTTCTATTTGCTCTTTGAAACTTGGTACGTAGTTATGATGGAACCATTCTGC
CTCCTGGAGATAATACCCAGATAACAATTGAAACACTTTCCTATTGTAAGCATTGCGGTG
CCTAATATGTGGTTCCAATTCATTCTCGAACTCCACGAAATTGCTCATCACCTTGAGAAA
GAATTTCTTCAGATAATCTGGTAGAACAGAAATATCACTCTCATCCCAGCTTTGTATGGC
CACATTGAGATTTCGACATTCCTCCAAAGTAGCATGCGTATCATAAGTGTCATCTAACCA
TGATGTTAAC

consensusID : consensus_12000#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 736
fasta sequence

                              [TCCTTTTTTTTTTTTTTGATCAAAACAGGCATCTTAATTATCACTCTTGTCATATTTAACTAATATCCCAATACATAATAATTAAAGTAGTTCACACTTCTACGTGCGGTACCTAAAGGGGAATAGGTTTGACAAAATGGCTCTCCATCGTCCTTTTGAAATCCTTACTGTATGTGTATGCATCTCTTTTGTCAAAAAACAAAATAGCCATGCTCCTTGATAGGTTGGTGACCCGATGTACAAATGGCAACAGTTCACGGCGATCAATATGAGCTTGGTTTATGGTTTTCCATGCATCTTCGACCAAAGAACCTATCTTGGCTAGGGCAACCTCACTGGTAACATTGTACTCCTTGATGTAGCACTCCACGGAGCTGGCTACATCCAATTTGTTCCTTCCATTCTTAAATGCAGCCATGTCATCCATGAAACGTGCCACCTCACCGCCAGCCCTAACGGCATCATTGTTGCCAATGGCCCACTCAAGTGTCTCCTCGGTTACTATATTTCCCATGCCGACAAGTATACATACACTTAGTGCTTGAATACCTGCAGACATCACCGACACTTCTATTTGCTCTTTGAAACTTGGTACGTAGTTATGATGGAACCATTCTGCCTCCTGGAGATAATACCCAGATAACAATTGAAACACTTTCCTATTGTAAGCATTGCGGTGCCTAATATGTGGTTCCAATTCATTCTCGAACTCCACGAAATTGCTCATCACCTTGAG]

[+] EMBL CB624240             [TCCTTTTTTTTTTTTTTGATCAAAACAGGCATCTTAATTATCACTCTTGTCATATTTAACTAATATCCCAATACATAATAATTAAAGTAGTTCACACTTCTACGTGCGGTACCTAAAGGGGAATAGGTTTGACAAAATGGCTCTCCATCGTCCTTTTGAAATCCTTACTGTATGTGTATGCATCTCTTTTGTCAAAAAACAAAATAGCCATGCTCCTTGATAGGTTGGTGACCCGATGTACAAATGGCAACAGTTCACGGCGATCAATATGAGCTTGGTTTATGGTTTTCCATGCATCTTCGACCAAAGAACCTATCTTGGCTAGGGCAACCTCACTGGTAACATTGTACTCCTTGATGTAGCACTCCACGGAGCTGGCTACATCCAATTTGTTCCTTCCATTCTTAAATGCAGCCATGTCATCCATGAAACGTGCCACCTCACCGCCAGCCCTAACGGCATCATTGTTGCCAATGGCCCACTCAAGTGTCTCCTCGGTTACTATATTTCCCATGCCGACAAGTATACATACACTTAGTGCTTGAATACCTGCAGACATCACCGACACTTCTATTTGCTCTTTGAAACTTGGTACGTAGTTATGATGGAACCATTCTGCCTCCTGGAGATAATACCCAGATAACAATTGAAACACTTTCCTATTGTAAGCATTGCGGTGCCTAATATGTGGTTCCAATTCATTCTCGAACTCCACGAAATTGCTCATCACCTTGAG]
[+] EMBL CB624301             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ACTCCTTGATGTAACACTCCAGGGAGCTGGCAACATCCAATTTGTTCCTTCCATTCTTAAATGCAGCCATGGCATCCATGAAACGTGCCACCTCACCGCCAGCCCTAACGGGATCATTGTTGCCAATGGCCCACTCAAGTGTCTCCTCGGTTACTATATTTCCCATGCCGACAAGTATACATACACTTAATGCTTGAATACCTGCAAACATCACCGACACTTCTATTTGCTCTTTGAAACTTGGGACGTAGTTATGATGGAACCATTCTGCCTCCTGGAAATAATACCCAGATAACAATTGAAACACTTTCCTAT                                                                         ]




>consensus_12000#1
TCCTTTTTTTTTTTTTTGATCAAAACAGGCATCTTAATTATCACTCTTGTCATATTTAAC
TAATATCCCAATACATAATAATTAAAGTAGTTCACACTTCTACGTGCGGTACCTAAAGGG
GAATAGGTTTGACAAAATGGCTCTCCATCGTCCTTTTGAAATCCTTACTGTATGTGTATG
CATCTCTTTTGTCAAAAAACAAAATAGCCATGCTCCTTGATAGGTTGGTGACCCGATGTA
CAAATGGCAACAGTTCACGGCGATCAATATGAGCTTGGTTTATGGTTTTCCATGCATCTT
CGACCAAAGAACCTATCTTGGCTAGGGCAACCTCACTGGTAACATTGTACTCCTTGATGT
AGCACTCCACGGAGCTGGCTACATCCAATTTGTTCCTTCCATTCTTAAATGCAGCCATGT
CATCCATGAAACGTGCCACCTCACCGCCAGCCCTAACGGCATCATTGTTGCCAATGGCCC
ACTCAAGTGTCTCCTCGGTTACTATATTTCCCATGCCGACAAGTATACATACACTTAGTG
CTTGAATACCTGCAGACATCACCGACACTTCTATTTGCTCTTTGAAACTTGGTACGTAGT
TATGATGGAACCATTCTGCCTCCTGGAGATAATACCCAGATAACAATTGAAACACTTTCC
TATTGTAAGCATTGCGGTGCCTAATATGTGGTTCCAATTCATTCTCGAACTCCACGAAAT
TGCTCATCACCTTGAG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_12000#0      -----TCTTTTTTTTTT--------------TTTTAATTATCATTATTGGCATATTTAAC 41
consensus_12000#1      TCCTTTTTTTTTTTTTTGATCAAAACAGGCATCTTAATTATCACTCTTGTCATATTTAAC 60
                            * **********              * ********** * *** **********

consensus_12000#0      TAATATCCCAATACATAATAATTAAAGTAGTTCACACTTCTACGTGCGGTACCTAAAGGG 101
consensus_12000#1      TAATATCCCAATACATAATAATTAAAGTAGTTCACACTTCTACGTGCGGTACCTAAAGGG 120
                       ************************************************************

consensus_12000#0      GAATAGGTTTGACAAAATGGCTCTCCATCGTCCTTTTGAAATCCTTACTGTATGTGTATG 161
consensus_12000#1      GAATAGGTTTGACAAAATGGCTCTCCATCGTCCTTTTGAAATCCTTACTGTATGTGTATG 180
                       ************************************************************

consensus_12000#0      CATCTCTTTTGTCAAGAAACAAAATAGCCATGCTCCTTGATAGGTTGGTGACCCGATGTA 221
consensus_12000#1      CATCTCTTTTGTCAAAAAACAAAATAGCCATGCTCCTTGATAGGTTGGTGACCCGATGTA 240
                       *************** ********************************************

consensus_12000#0      CAAATGGCAACAGTTCACGGCGATCAATATGAGCTTGGTTTATGGTTTTCCATGCATCTT 281
consensus_12000#1      CAAATGGCAACAGTTCACGGCGATCAATATGAGCTTGGTTTATGGTTTTCCATGCATCTT 300
                       ************************************************************

consensus_12000#0      CGACCAAAGAACCTATCTTGGCTAGGGCAACCTCACTGGTAACATTGTACTCCTTGATGT 341
consensus_12000#1      CGACCAAAGAACCTATCTTGGCTAGGGCAACCTCACTGGTAACATTGTACTCCTTGATGT 360
                       ************************************************************

consensus_12000#0      AGCACTCCACGGAGCTGGCTACATCCAATTTGTTCCTTCCATTCTTAAATGCAGCCATGT 401
consensus_12000#1      AGCACTCCACGGAGCTGGCTACATCCAATTTGTTCCTTCCATTCTTAAATGCAGCCATGT 420
                       ************************************************************

consensus_12000#0      CATCCATGAAACGTGCCACCTCACCGCCAGCCCTAACGGCATCATTGTTGCCAATGGCCC 461
consensus_12000#1      CATCCATGAAACGTGCCACCTCACCGCCAGCCCTAACGGCATCATTGTTGCCAATGGCCC 480
                       ************************************************************

consensus_12000#0      ACTCAAGTGTCTCCTCGGTTACTATATTTCCCATGCCGACAAGTATACATACACTTAGTG 521
consensus_12000#1      ACTCAAGTGTCTCCTCGGTTACTATATTTCCCATGCCGACAAGTATACATACACTTAGTG 540
                       ************************************************************

consensus_12000#0      CTTGAATACCTGCAGACATCACCGACACTTCTATTTGCTCTTTGAAACTTGGTACGTAGT 581
consensus_12000#1      CTTGAATACCTGCAGACATCACCGACACTTCTATTTGCTCTTTGAAACTTGGTACGTAGT 600
                       ************************************************************

consensus_12000#0      TATGATGGAACCATTCTGCCTCCTGGAGATAATACCCAGATAACAATTGAAACACTTTCC 641
consensus_12000#1      TATGATGGAACCATTCTGCCTCCTGGAGATAATACCCAGATAACAATTGAAACACTTTCC 660
                       ************************************************************

consensus_12000#0      TATTGTAAGCATTGCGGTGCCTAATATGTGGTTCCAATTCATTCTCGAACTCCACGAAAT 701
consensus_12000#1      TATTGTAAGCATTGCGGTGCCTAATATGTGGTTCCAATTCATTCTCGAACTCCACGAAAT 720
                       ************************************************************

consensus_12000#0      TGCTCATCACCTTGAGAAAGAATTTCTTCAGATAATCTGGTAGAACAGAAATATCACTCT 761
consensus_12000#1      TGCTCATCACCTTGAG-------------------------------------------- 736
                       ****************                                            

consensus_12000#0      CATCCCAGCTTTGTATGGCCACATTGAGATTTCGACATTCCTCCAAAGTAGCATGCGTAT 821
consensus_12000#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_12000#0      CATAAGTGTCATCTAACCATGATGTTAAC 850
consensus_12000#1      -----------------------------