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Oryza sativa
cluster # 12417 cluster # 12417       Sequences # 10       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_12417#0 length = 677 sequences # 10  

consensusID : consensus_12417#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 10
consensus length = 677
fasta sequence
                              [CAGAACGCGATGGATTTTGTCGAGATTGATGCGCTCTGTGCTACCGTCGCGCTTTGTCACCAGCAGATTCTGATTCATGTATGTCGTACCTGTTTTTGGAATTCTTTCCGCAATAGTTTCATGCAGACTACCTGTAGTACGGGAAGCTGCTTAGAACACTATATATAGGGGGT-ATGT-TTGGGATTCACTGCAAGATAGTGTGAAAATGACCCTCTTGCAAGTGCATAACTTTGTGGATAACTCAGGAAGGAAAAAGTGGCTTTCGCGCACCTTAGGTCAGACAAGGTGTCCGGGAAAGTCAATGGGAAGAGAAAAATTTGTTAAAAATAACTGTTCGGCGATTTCTTGAACGGCATAATAGGTTAGATAAATTGATATAGATGGCTTATTAATCTTTTTGCTAATGATTGCAAAAATTGATCTAAGCACGAGTCATCACATAA-TCTGATGTATCAGTTGTGGTCAATATATAAGCGAATGTAAGAGATTGTTGATGGCGAAATGGTTGTTTTCTATTCGGTTATTGTTAAATGCTAAGCCATTTTGTTAATTTACCTTATATTATAAGAAAATTATTCATGACTTTAATTTAGTTTAAATATAACTGATATCCCTGAAGGTTATTAACTTGAATTATGACGCACTGATATTATTCATCAAATAATAACAAAATAGCC]

[+] EMBL CF338768             [CAGAACGCGATGGATTTTGTCGAGATTGATGCGCTCTGTGCTACCGTCGCGCTTTGTCACCAGCAGATTCTGATTCATGTATGTCGTACCTGTTTTTGGAATTCTTTCCGCAATAGTTTCATGCAGACTACCTGTAGTACGGGAAGCTGCTTAGAACACTATATATAGGGGGT ATGT TTGGGATTCACTGCAAGATAGTGTGAAAATGACCCTCTTGCAAGTGCATAACTTTGTGGATAACTCAGGAAGGAAAAAGTGGCTTTCGCGCACCTTAGGTCAGACAAGGTGTCCGGGAAAGTCAATGGGAAGAGAAAAATTTGTTAAAAATAACTGTTCGGCGATTTCTTGAACGGCATAATAGGTTAGATAAATTGATATAGATGGCTTATTAATCTTTTTGCTAATGATTGCAAAAATTGATCTAAGCACGAGTCATCACATAA TCTGATGTATCAGTTGTGGTCAATATATAAGCGAATGTAAGAGATTGTTGATGGCGAAATGGTTGT                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL CF338712             [ AGAACGCGATGGATTTTGTCGAGATTGATGCGCTCTGTGCTACCGTCGCGCTTTGTCACCAGCAGATTCTGATTCATGTATGTCGTACCTGTTTTTGGAATTCTTTCCGCAATAGTTTCATGCAGACTACCTGTAGTACGGGAAGCTGCTTAGAACACTATATATAGGGGGT ATGT TTGGGATTCACTGCAAGATAGTGTGAAAATGACCCTCTTGCAAGTGCATAACTTTGTGGATAACTCAGGAAGGAAAAAGTGGCTTTCGCGCACCTTAGGTCAGACAAGGTGTCCGGGAAAGTCAATGGGAAGAGAAAAATTTGTTAAAAATAACTGTTCGGCGATTTCTTGAACGGCATAATAGGTTAGATAAATTGATATAGATGGCTTATTAATCTTTTTGCTAATGATTGCAAAAATTGATCTAAGCACGA                                                                                                                                                                                                                                                       ]
[+] EMBL CF339478             [ AGAACGCGATGGATTTTGTCGAGATTGATGCGCTCTGTGCTACCGTCGCGCTTTGTCACCAGCAGATTCTGATTCATGTATGTCGTACCTGTTTTTGGAATTCTTTCCGCAATAGTTTCATGCAGACTACCTGTAGTACGGGATTTTGCTTAGAACACTATATATAGGGGGT ATGT TTGGGATTCACTGCAAGATAGTGTGAAAATGACCCTCTTGCAAGTGCATAACTTTGTGGATAACTCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ]
[+] EMBL CF339788             [   AACGCGATGGATTTTGTCGAGATTGATGCGCTCTGTGCTACCGTCGCGCTTTGTCACCAGCAGATTCTGATTCATGTATGTCGTACCTGTTTTTGGAATTCTTTCCGCAATAGTTTCATGCAGACTACCTGTAGTACGGGAAGCTGCTTAGAACACTATATATAGGGGGT ATGT TTGGGATTCACTGCAAGATAGTGTGAAAATGACCCTCTTGCAAGTGCATAACTTTGTGGATAACTCAGGAAGGAAAAAGTGGCTTTCGCGCACCTTAGGTCAGACAAGGTGTCCGGGAAAGTCAATGGGAAGAGAAAAATTTGTTAAAAATAACTGTTCGGCGATTTCTTGAACGGCATAATAGGTTAGATAAATTGATATAGATGGCTTATTAATCTTTTTGCTAATGATTGCAAAAATTGATCTAAGCACGAGTCATCACATAA TCTGATGTATCAGTTGTGGTCAATATATAAGCGAATGTAAGAGATTGTTGATGGCGAAATGGTTGTTTTCTATTCGGCTATTGCTAAATGCTAAGCCATTTTGTTAATTTACCTTATATTATAAGAAAATTAT                                                                                                     ]
[+] EMBL CF340592             [   AACGCGATGGATTTTGTCGAGATTGATGCGCTCTGTGCTACCGTCGCGCTTTGTCACCAGCAGATTCTGATTCATGTATGTCGTACCTGTTTTTGGAATTCTTTCCGCAATAGTTTCATGCAGACTACCTGTAGTACGGGAAGCTGCTTAGAACACTATATATAGGGGGT ATGT TTGGGATTCACTGCAAGATAGTGTGAAAATGACCCTCTTGCAAGTGCATAACTTTGTGGATAACTCAGGAAGGAAAAAGTGGCTTTCGCGCACCTTAGGTCAGACAAGGTGTCCGGGAAAGTCAATGGGAAGAGAAAAATTTGTTAAAAATAACTGTTCGGCGATTTCTTGAACGGCATAATAGGTTAGATAAATTGATATAGATGGCTTATTAATCTTTTTGCTAATGATTGCAAAAATTGATCTAAGCACGAGTCATCACATAA TCTGATGTATCAGTTGTGGTCAATATATAAGCGAATGTAAGAGATTGTTGATGGCGAAATGGTTGT                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL CF340183             [   AACGCGATGGATTTTGTCGAGATTGATGCGCTCTGTGCTACCGTCGCGCTTTGTCACCAGCAGATTCTGATTCATGTATGTCGTACCTGTTTTTGGAATTCTTTCCGCAATAGTTTCATGCAGACTACCTGTAGTACGGGAAGCTGCTTAGAACACTATATATAGGGGGT ATGT TTGGGATTCACTGCAAGATAGTGTGAAAATGACCCTCTTGCAAGTGCATAACTTTGTGGATAACTCAGGAAGGAAAAAGTGGCTTTCGCGCACCTTAGGTCAGACAAGGTGTCCGGGAAAGTCAATGGGAAGAGAAAAATTTGTTAAAAATAACTGTTCGGCGATTTCTTGAACGGCATAATAGGTTAGATAAATTGATATAGATGGCTTATTAATCTTTTTGCTAATGATTGCAAAAATTGATCTAAGCACGAGTCATCACATAA TCTGATGTATCAGTTGTGGTCAATATATAAGCGAATGTAAGAGATTGTTGATGGCGAAATGG                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL CF339267             [   AACGCGATGGATTTTGTCGAGATTGATGCGCTCTGTGCTACCGTCGCGCTTTGTCACCAGCAGATTCTGATTCATGTATGTCGTACCTGTTTTTGGAATTCTTTCCGCAATAGTTTCATGCAGACTACCTGTAGTACGGGAAGCTGCTTAGAACACTATATATAGGGGGT ATGTNTTGGGATTCACTGCAAGATAGTGTGAAAATGACCCTCTTGCAAGTGCATAACTTTGTGGATAACTCAGGAAGGAAAAAGTGGCTTTCGCGCACCTTAGGTCAGACAAGGTGTCCGGGAAAGTCAATGGGAAGAGAAAAATTTGTTAAAAATAACTGTTCGGCGATTTCTTGAACGGCATAATAGGTTAGATAAATTGATATAGATGGCTTATTAATCTTTTTGCTAATGATTGCAAAAATTGATCTAAGCACGAGTCATCACATAA TCTGATGTATCAGTTGTGGTCAATATATAAGCGAATGTAAGAGATTGTTGATGGCGAAAT                                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL CF340202             [   AACGCGATGGATTTTGTCGAGATTGATGCGCTCTGTGCTACCGTCGCGCTTTGTCACCAGCAGATTCTGATTCATGTATGTCGTACCTGTTTTTGGAATTCTTTCCGCAATAGTTTCATGCAGACTACCTGTAGTACGGGAAGCTGCTTAGAACACTATATATAGGGGGT ATGT TTGGGATTCACTGCAAGATAGTGTGAAAATGACCCTCTTGCAAGTGCATAACTTTGTGGATAACTCAGGAAGGAAAAAGTGGCTTTCGCGCACCTTAGGTCAGACAAGGTGTCCGGGAAAGTCAATGGGAAGAGAAAAATTTGTTAAAAATAACTGTTCGGCGATTTCTTGAACGGCATAATAGGTTAGATAAATTGATATAGATGGCTTATTAATCTTTTTGCTAATGATTGCAAAAATTGATCTAAGCACGAGTCATCACATAANTCTGATGTATCAGTTGTGGTCAATATATAAGCGAATGTAAGAGATTGT                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL CF339853             [   AACGCGATGGATTTTGTCGAGATTGATGCGCTCTGTGCTACCGTCGCGCTTTGTCACCAGCAGATTCTGATTCATGTATGTCGTACCTGTTTTTGGAATTCTTTCCGCAATAGTTTCATGCAGACTACCTGTAGTACGGGAAGCTGCTTAGAACACTATATATAGGGGGT ATGT TTGGGATTCACTGCAAGATAGTGTGAAAATGACCCTCTTGCAAGTGCATAACTTTGTGGATAACTCAGGAAGGAAAAAGTGGCTTTCGCGCACCTTAGGTCAGACAAGGTGTCCGGGAAAGTCAATGGGAAGAGAAAAATTTGTTAAAAATAACTGTTCGGCGATTTCTTGAACGGCATAATAGGTTAGATAAATTGATATAGATGGCTTATTAATCTTTTTGCTAATGATTGCAAAAATTGATCTAAGCACGAGTCATCACATAA TCTGATGTATCAGTTGTGGTCAATATATAAGCGAATGTAAGAGATTGTTGATGGCGAAATGGTTGTTTTCTATTCGGTTATTGTTAAATGCTAAGCCATTTTGTTAATTTACCTTATATTATAAGAAAATTATTCATGACTTTAATTTAGTTTAAATATAACTGATATCCCTGAAGGTTATTAACTTGAATTATGACGCACTGATATTATTCATCAAATAATAACAAAATAGCC]
[+] EMBL CF340489             [   AACGCGATGGATTTTGTCGAGATTGATGCGCTCTGTGCTACCGTCGCGCTTTGTCACCAGCAGATTCTGATTCATGTATGTCGTACCTGTTTTTGGAATTCTTTCCGCAATAGTTTCATGCAGACTACCTGTAGTACGGGAAGCTGCTTAGAACACTATATATAGGGGGTNATGT TTGGGATTCACTGCAAGATAGTGTGAAAATGACCCTCTTGCAAGTGCATAACTTTGTGGATAACTCAGGAAGGAAAAAGTGGCTTTCGCGCACCTTAGGTCAGACAAGGTGTCCGGGAAAGTCAATGGGAAGAGAAAAATTTGTTAAAAATAACTGTTCGGCGATTTCTTGAACGGCATAATAGGTTAGATAAATTGATATAGATGGCTTATTAATCTTTTTGCTAATGATTGCAAAAATTGATCTAAGCACGAGTCATCACATAA TCTGATGTATCAGTTGTGGTCAATATATAAGCGAATGTAAGAGATTGTTGATGGCGAAATGGTTGTTTTCTATTCGGTTATTGTTAAATGCTAAGCCATTNTGTTAATTTACCTTATATTATAAGAAAATTATTCATGACTTTAATTTAGTTTAAATATAACTGATATCCCTGAAGGTTATTAACTTGAATTATGACGCACTGATATTATTCA                     ]


>consensus_12417#0 CAGAACGCGATGGATTTTGTCGAGATTGATGCGCTCTGTGCTACCGTCGCGCTTTGTCAC CAGCAGATTCTGATTCATGTATGTCGTACCTGTTTTTGGAATTCTTTCCGCAATAGTTTC ATGCAGACTACCTGTAGTACGGGAAGCTGCTTAGAACACTATATATAGGGGGTATGTTTG GGATTCACTGCAAGATAGTGTGAAAATGACCCTCTTGCAAGTGCATAACTTTGTGGATAA CTCAGGAAGGAAAAAGTGGCTTTCGCGCACCTTAGGTCAGACAAGGTGTCCGGGAAAGTC AATGGGAAGAGAAAAATTTGTTAAAAATAACTGTTCGGCGATTTCTTGAACGGCATAATA GGTTAGATAAATTGATATAGATGGCTTATTAATCTTTTTGCTAATGATTGCAAAAATTGA TCTAAGCACGAGTCATCACATAATCTGATGTATCAGTTGTGGTCAATATATAAGCGAATG TAAGAGATTGTTGATGGCGAAATGGTTGTTTTCTATTCGGTTATTGTTAAATGCTAAGCC ATTTTGTTAATTTACCTTATATTATAAGAAAATTATTCATGACTTTAATTTAGTTTAAAT ATAACTGATATCCCTGAAGGTTATTAACTTGAATTATGACGCACTGATATTATTCATCAA ATAATAACAAAATAGCC



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)