These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_12851#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 11 consensus length = 1528 fasta sequence [GGCGTGCGACTAGAGACACACGAAACGCGAGTACGCCGACGCCGCGACGCGTCCTTTCGTTTCGCTCCCCTCCTCCCCCCGATCTCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTTCCGATCTCCGCCTCCCTCCCCTCCGGATCCCCGCGCTCGCCGTCGACGCGCTCCCTCTCCTCCGCCCCTGCGTCTCGGCCCAC-----GGTTACCTGAGGTGAATACATTGGAGTTGGCTGGGATACTTCTGATTTGAGGAGATTATAAATTGGAACAATGCCTCCCCATAAGATAGAGACAGGCCACCAGGATGTTGTGCATGACATTGCCATGGATTACTATGGGAAGCGCATCGCTACAGCCTCTTCTGATAACACAATAAAGATCATTGGTGTAAGTGGCAACTCTCACCAGCAGCTTGCTACTCTGAGTGGACATCAGGGCCCTGTCTGGCAAGTTGCATGGGCTCATCCTAAGTATGGTTCCTTGCTGGCATCCTGCAGCTATGATGGGA-GGGTTATCATAT-GGAAGGAAGGGAGCAAGCCTGATGAA-TGGGCGCAGGCGCAC-ACTTTCATTGAGCACAAGTCCTCTGTCAATTCCATTGCTTGGGCACCTCATGAGCTTGGGCTGTGCTTGGCTTGTGGCTCATCTGATGGCAACATTTCAGTCTTCACTGCTCGTTCTGATGGTGGGTGGGACACAACACGCATCGATCAGGCTCACCCAGTGGGTGTCACCTCTGTTTCTTGGGCTCCTGCAATGGCGCCGGGTGCTCTAATCAATACAGGGCCTTCCGGTCAGTTTGAATATG-TTCAGAAACTTG-CCTCTGGTGGTTGTGACAATACAGTCAAGGTATGGAAACTGTACAACGGGAGTTGGAGGATGGATTGCTTTCCGGCTCTTCAGATGCACAGGGACT-GGGTGAGAGATGTTGCCTGGGCTCCAAATCTAGGCCTCCCAAAGTCAACAATTGCAAGTGCCTCCCAGGATGGAACGGTTGTAATCTGGACAGCACCGAAAGAAGGCGAGCAGTGGGAAGGCAGGGTTCTCTATGATTTC-CAGACACCTGTGTGGAGGTTATCCTGGTCATTGACTGGGAATATTCTGGCAGTGTCTGATGGTAATGATAATGTGACCCTATGGAAAGAAGCCGTCGATGGCGAATGGCAGCAAGTGACCACTGTTGAGGCTTAGGTG-TTTTGAGTTGTTCTTCCCCTGGCT-GCCAATTATAACATATGTGTA-GCCTTCAGGCTGGCCAATGGCTCTCTGCTTACAATGTGGCTCTAGTAATTTTG-CTTCTGCTC-AGCAATTAGCAAGGCGCAAGTAATTTGCTTGGATAGAGTAGAAAACCCTTTGTGTCGCAACTCTTTCATGTATTATGTGTTCCCTTGTGTGCCTTCTGTTTACCATTATTTATGGCACTTCTGAGTGCAGATTTTTCGCTAAAAAACGACTGTTTAATGCTGCCCGTAAGCGATTATGATATGTCATCATTCTTAGCAACGAAAGCAAGAATCTTTAGATCTTGATTGAGAAGTTGG] [+] EMBL AK112028 [GGCGTGCGACTAGAGACACACGAAACGCGAGTACGCCGACGCCGCGACGCGTCCTTTCGTTTCGCTCCCCTCCTCCCCCCGATCTCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTTCCGATCTCCGCCTCCCTCCCCTCCGGATCCCCGCGCTCGCCGTCGACGCGCTCCCTCTCCTCCGCCCCTGCGTCTCGGCCCACGGTGAGGTTACCTGAGGTGAATACATTGGAGTTGGCTGGGATACTTCTGATTTGAGGAGATTATAAATTGGAACAATGCCTCCCCATAAGATAGAGACAGGCCACCAGGATGTTGTGCATGACATTGCCATGGATTACTATGGGAAGCGCATCGCTACAGCCTCTTCTGATAACACAATAAAGATCATTGGTGTAAGTGGCAACTCTCACCAGCAGCTTGCTACTCTGAGTGGACATCAGGGCCCTGTCTGGCAAGTTGCATGGGCTCATCCTAAGTATGGTTCCTTGCTGGCATCCTGCAGCTATGATGGGA GGGTTATCATAT GGAAGGAAGGGAGCAAGCCTGATGAA TGGGCGCAGGCGCAC ACTTTCATTGAGCACAAGTCCTCTGTCAATTCCATTGCTTGGGCACCTCATGAGCTTGGGCTGTGCTTGGCTTGTGGCTCATCTGATGGCAACATTTCAGTCTTCACTGCTCGTTCTGATGGTGGGTGGGACACAACACGCATCGATCAGGCTCACCCAGTGGGTGTCACCTCTGTTTCTTGGGCTCCTGCAATGGCGCCGGGTGCTCTAATCAATACAGGGCCTTCCGGTCAGTTTGAATATG TTCAGAAACTTG CCTCTGGTGGTTGTGACAATACAGTCAAGGTATGGAAACTGTACAACGGGAGTTGGAGGATGGATTGCTTTCCGGCTCTTCAGATGCACAGGGACT GGGTGAGAGATGTTGCCTGGGCTCCAAATCTAGGCCTCCCAAAGTCAACAATTGCAAGTGCCTCCCAGGATGGAACGGTTGTAATCTGGACAGCACCGAAAGAAGGCGAGCAGTGGGAAGGCAGGGTTCTCTATGATTTC CAGACACCTGTGTGGAGGTTATCCTGGTCATTGACTGGGAATATTCTGGCAGTGTCTGATGGTAATGATAATGTGACCCTATGGAAAGAAGCCGTCGATGGCGAATGGCAGCAAGTGACCACTGTTGAGGCTTAGGTG TTTTGAGTTGTTCTTCCCCTGGCT GCCAATTATAACATATGTGTA GCCTTCAGGCTGGCCAATGGCTCTCTGCTTACAATGTGGCTCTAGTAATTTTG CTTCTGCTC AGCAATTAGCAAGGCGCAAGTAATTTGCTTGGATAGAGTAGAAAACCCTTTGTGTCGCAACTCTTTCATGTATTATGTGTT ] [+] EMBL AK111732 [ GAGACACACGAAACGCGAGTACGCCGACGCCGCGACGCGTCCTTTCGTTTCGCTCCCCTCCTCCCCCCGATCTCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTTCCGATCTCCGCCTCCCTCCCCTCCGGATCCCCGCGCTCGCCGTCGACGCGCTCCCTCTCCTCCGCCCCTGCGTCTCGGCCCAC GGTTACCTGAGGTGAATACATTGGAGTTGGCTGGGATACTTCTGATTTGAGGAGATTATAAATTGGAACAATGCCTCCCCATAAGATAGAGACAGGCCACCAGGATGTTGTGCATGACATTGCCATGGATTACTATGGGAAGCGCATCGCTACAGCCTCTTCTGATAACACAATAAAGATCATTGGTGTAAGTGGCAACTCTCACCAGCAGCTTGCTACTCTGAGTGGACATCAGGGCCCTGTCTGGCAAGTTGCATGGGCTCATCCTAAGTATGGTTCCTTGCTGGCATCCTGCAGCTATGATGGGA GGGTTATCATAT GGAAGGAAGGGAGCAAGCCTGATGAA TGGGCGCAGGCGCAC ACTTTCATTGAGCACAAGTCCTCTGTCAATTCCATTGCTTGGGCACCTCATGAGCTTGGGCTGTGCTTGGCTTGTGGCTCATCTGATGGCAACATTTCAGTCTTCACTGCTCGTTCTGATGGTGGGTGGGACACAACACGCATCGATCAGGCTCACCCAGTGGGTGTCACCTCTGTTTCTTGGGCTCCTGCAATGGCGCCGGGTGCTCTAATCAATACAGGGCCTTCCGGTCAGTTTGAATATG TTCAGAAACTTG CCTCTGGTGGTTGTGACAATACAGTCAAGGTATGGAAACTGTACAACGGGAGTTGGAGGATGGATTGCTTTCCGGCTCTTCAGATGCACAGGGACT GGGTGAGAGATGTTGCCTGGGCTCCAAATCTAGGCCTCCCAAAGTCAACAATTGCAAGTGCCTCCCAGGATGGAACGGTTGTAATCTGGACAGCACCGAAAGAAGGCGAGCAGTGGGAAGGCAGGGTTCTCTATGATTTC CAGACACCTGTGTGGAGGTTATCCTGGTCATTGACTGGGAATATTCTGGCAGTGTCTGATGGTAATGATAATGTGACCCTATGGAAAGAAGCCGTCGATGGCGAATGGCAGCAAGTGACCACTGTTGAGGCTTAGGTG TTTTGAGTTGTTCTTCCCCTGGCT GCCAATTATAACATATGTGCA GCCTTCAGGCTGGCCAATGGCTCTCTGCTTACAATGTGGCTCTAGTAATTTTG CTTCTGCTC AGCAATTAGCAAGGCGCAAGTAATTTGCTTGGATAGAGTAGAAAACCCTTTGTGTCGCAACTCTTTCATGTATTATGTGTTCCCTTGTGTGCCTTCTGTTTACCATTATTTATGGCACTTCTGAGTGCAGATTTTTCGCTATCCTGCGACTGTTTAATGCTGCCCGTAAGCGATTATGATATGTCATCATTCTTAGCAACGAAAGCAAGAATCTTTAG ] [+] EMBL CB627432 [ CGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTTCCGATCTCCGCCTCCCTCCCCTCCGGATCCCCGCGCTCGCCGTCGACGCGCTCCCTCTCCTCCGCCCCTGCGTCTCGGCCCAC GGTTACCTGAGGTGAATACATTGGAGTTGGCTGGGATACTTCTGATTTGAGGAGATTATAAATTGGAACAATGCCTCCCCATAAGATAGAGACAGGCCACCAGGATGTTGTGCATGACATTGCCATGGATTACTATGGGAAGCGCATCGCTACAGCCTCTTCTGATAACACAATAAAGATCATTGGTGTAAGTGGCAACTCTCACCAGCAGCTTGCTACTCTGAGTGGACATCAGGGCCCTGTCTGGCAAGTTGCATGGGCTCATCCTAAGTATGGTTCCTTGCTGGCATCCTGCAGCTATGATGGGA GGGTTATCATAT GGAAGGAAGGGAGCAAGCCTGATGAA TGGGCGCAGGCGCAC ACTTTCATTGAGCACAAGTCCTCTGTCAATTCCATTGCTTGGGCACCTCATGAGCTTGGGCTGTGCTTGGCTTGTGGCTCATCTGATGGCAACATTTCAGTCTTCACTGCTCGTTCTGATGGTGGGTGGGACACAACACGCATCGATCAGGCTCACCCAGTGGGTGTCACCTCTGTTTCTTGGGCTCCTGCAATGGCGCCGGGTGCTCTAATCAATACAGGGCCTTCCGGTCAGTTTGAATATG TTCAGAAACTTG CCTCTGGTGGTTGTGACAATACAGTCAAGGTATGGAAACTGTACAACGGGAGTTGGAGG ] [+] EMBL AU062817 [ CGCGCTCGCCGTCGACGCGCTCCCTCTCCTCCGCCCCTGCGTCTCGGCCCAC GGTTACCTGAGGTGAATACATTGGAGTTGGCTGGGATACTTCTNATTTGAGGAGATTATAAATTGGAACAATGCCTCCCCATAAGATAGAGACAGGCCACCAGGATGTTGTGCATGACATTGCCATGGATTACTATGGGAAGCGCATCGCTACAGCCTCTTCTGATAACACAATAAAGATCATTGGTGTAAGTGGCAACTCTCACCAGCAGCTTGCTACTCTGAGTGGACATCAGGGCCCTGTCTGGCAAGTTGCATGGGCTCATCCTAAGTATGGTTCCTTGCTGGCATCCTGCAGCTATGATGGGAGGGGTTATCATATGGGAAGGAAGGGAGCAAGCCTTATGAATTGGGCGCAGGCGCACAATTTTCATTGGGCACAAGTCCTCT ] [+] EMBL AK111559 [ GTTCCTTGCTGGCATCCTGCAGCTATGATGGGA GGGTTATCATAT GGAAGGAAGGGAGCAAGCCTGATGAA TGGGCGCAGGCGCAC ACTTTCATTGAGCACAAGTCCTCTGTCAATTCCATTGCTTGGGCACCTCATGAGCTTGGGCTGTGCTTGGCTTGTGGCTCATCTGATGGCAACATTTCAGTCTTCACTGCTCGTTCTGATGGTGGGTGGGACACAACACGCATCGATCAGGCTCACCCAGTGGGTGTCACCTCTGTTTCTTGGGCTCCTGCAATGGCGCCGGGTGCTCTAATCAATACAGGGCCTTCCGGTCAGTTTGAATATG TTCAGAAACTTG CCTCTGGTGGTTGTGACAATACAGTCAAGGTATGGAAACTGTACAACGGGAGTTGGAGGATGGATTGCTTTCCGGCTCTTCAGATGCACAGGGACT GGGTGAGAGATGTTGCCTGGGCTCCAAATCTAGGCCTCCCAAAGTCATCAATTGCAAGTGCCTCCCAGGATGGAACGGTTGTAATCTGGACAGCACCGAAAGAAGGCGAGCAGTGGGAAGGCAGGGTTCTCTATGATTTC CAGACACCTGTGTGGAGGTTATCCTGGTCATTGACTGGGAATATTCTGGCAGTGTCTGATGGTAATGATAATGTGACCCTATGGAAAGAAGCCGTCGATGGCGAATGGCAGCAAGTGACCACTGTTGAGGCTTAGGTG TTTTGAGTTGTTCTTCCCCTGGCT GCCAATTATAACATATGTGTA GCCTTCAGGCTGGCCAATGGCTCTCTGCTTACAATGTGGCTCTAGTAATTTTG CTTCTGCTC AGCAATTAGC AGGCGCAAGTAATTTGCTTGGATAGAGTAGAAAACCCTTTGTGTCGCAACTCTTTCATGTATTATGTGTTCCCTTGTGTGCCTTCTGTTTACCATTATTTATGGCACTTCTGAGTGCAG ] [+] EMBL OSR24601A [ TGGCAACATTTCAGTCTTCACTGCTCGTTCTGATGGTGGGTGGGACACAACACGCATCGATCAGGCTCACCCAGTGGGTGTCACCTCTGTTTCTTGGGCTCCTGCAATGGCGCCGGGTGCTCTAATCAATACAGGGCCTTCCGGTCAGTTTGAATATG TTCAGAAACTTG CCTCTGGTGGTTGTGACAATACAGTCAAGGTATGGAAACTGTACAACGGGAGTTGGAGGATGGATTGCTTTCCGGCTCTTCAGATGCACAGGGACTGGGGTGAGAGATGTTGCCTGGGCTCCAAATCTAGGCCTCCCAAAGTCAACAATT ] [-] EMBL CB627433 [ CGGGTGCTCTAATCAATACAGGGCCTTCCGGTCAGTTTGAATATG TTCAGAAACTTG CCTCTGGTGGTTGTGACAATACAGTCAAGGTATGGAAACTGTACAACGGGAGTTGGAGGATGGATTGCTTTCCGGCTCTTCAGATGCACAGGGACT GGGTGAGAGATGTTGCCTGGGCTCCAAATCTAGGCCTCCCAAAGTCAACAATTGCAAGTGCCTCCCAGGATGGAACGGTTGTAATCTGGACAGCACCGAAAGAAGGCGAGCAGTGGGAAGGCAGGGTTCTCTATGATTTC CAGACACCTGTGTGGAGGTTATCCTGGTCATTGACTGGGAATATTCTGGCAGTGTCTGATGGTAATGATAATGTGACCCTATGGAAAGAAGCCGTCGATGGCGAATGGCAGCAAGTGACCACTGTTGAGGCTTAGGTG TTTTGAGTTGTTCTTCCCCTGGCT GCCAATTATAACATATGTGTA GCCTTCAGGCTGGCCAATGGCTCTCTGCTTACAATGTGGCTCTAGTAATTTTG CTTCTGCTC AGCAATTAGCAAGGCGCAAGTAATTTGCTTGGATAGAGTAGAAAACCCTTTGTGTCGCAACTCTTTCATGTATTATGTGTTCCCTTGTGTGCCTTCTGTTTACCATTATTTATGGCACTTCTGAGTGCAGATTTTTCGCTATCCTGCGACTGTTTAATGCTGCCCGTAAGCGATTATGATATGTCATCATTCTTAGCAACGAAAGCAAGAATCTTTAGATCTTGATTGAGAAGTTGG] [+] EMBL BI797817 [ GTCA TTTGAATATG TTCAGAACCTGC CCTCTGGTGTTTGTGACAATACAGTCAA GTAT GAAACTGTACAAC GGA TTGGAGGATGGTTTGCTTTCCGGCTCTTCAGATGCACA GGACT GGTGAGAGAT TTGCCTGGGCTCCAAATCTA GCCTCCCAAAGTCAACAATTGCAAGTGCCTCCCAGGATGGAAC GTTGTAATCTGGACAGCACCGAAAGAAGGCGA CAGTGGGAAGCCAGGGTTCTCTATGATTTC CAGACACCTGTGTGGAGGTTATCCTGGTCATTGACTGGGAATATTCTGGCAGTGTCTGATGGTAATGATAATGTGACCCTATGGAAAGAA CCGTCGATGGCGAATGGCAGCAAGTGACCACTGTTGAGGCTTAGGTG TTTTGAGTTGTTCTTCCCCTGGCT GCC ATTATAACATATGTGTA GCCTTCAGGCTGGCCAATGGCTCTCTGCTTACAATGTGGCTCTAGTAATTTTG CTTCTGCTCAAGCAATTAGCAAGGCGCAAGTAATTTGCTTGGATAGAGTAGAAAACCCTTTGT TC CAACTCTTTCATGTATTATGTGTTCCCTTGTGT CCTTCTGTTTACCATTATTTATGGCACTTCTGAGT CAGATTTTTCGCTAAAAAA ] [+] EMBL AU092436 [ tcCAGTTTGAATATGNTCCAGAAACTTGCCCTCTGGTGGTTGTGACAATACAGTCAAGGTATGGAAACTGTACAACGGGAGTTGGAGGATGGATTGCTTTCCGGCTCTTCAGATGCACAGGGACT GGGTGAGAGATGTTGCCTGGGCTCCAAATCTAGGCCTCCCAAAGTCAACAATTGCAAGTGCCTCCCAGGATGGAACGGTTGTAATCTGGACAGCACCGAAAGAAGGCGAGCAGTGGGAAGGCAGGGTTCTCTATGATTTC CAGACACCTGTGTGGAGGTTATCCTGGTCATTGACTGGGAATATTCTGGCAGTGTCTGATGGTAATGATAATGTGACCCTATGGAAAGAAGCCGTCGATGGCGAATGGCAGCAAGTGACCACTGTTGAGGCTTAGGTG TTTTGAGTTGTTCTTCCCCTGGCT GCCAATTATAACATATGTGTA GCCTTCAGGCTGGCCAATGGCTCTCTGCTTACAATGTGGCTCTAGTAATTTTG CTTCTGCTC AGCAATTAGCAAGGCGCAAGTAATTTGCTTGGATAGAGTAGAAAACCCTTTGTGTCGCAACTCTTTCATGTATTATGTGTTCCCTTGTGTGCCTTCTGTTTACCATTATTTATGGCACTTCTGAGTGCAGATTTTTCGCTAAAAAA ] [+] EMBL D42852 [ GACT GGGTGAGAGATGTTGCCTGGGCTCCAAATCTAGGCCTCCCAAAGTCAACAATTGCAAGTGCCTCCCAGGATGGAACGGTTGTAATCTGGACAGCACCGAAAGAAGGCGAGCAGTGGGAAGGCAGGGTTCTCTATGATTTC CAGACACCTGTGTGGAGGTTATCCTGGTCATTGACTGGGAATATTCTGGCAGTGTCTGATGGTAATGATAATGTGACCCTATGGAAAGAAGCCGTCGATGGCGAATGGCAGCAAGTGACCACTGTTGAGGCTTAGGTGTTTTTGAGTTGTTCTTCCCCTGGCTGGCCAATTATAACATATGTGTAGGCNTTCANGCTNGCCAATGGCTTTCTNCTTACAATTTGGCTCTAGGTATTTTGACTTCTGCTC AGCATTTAGCAAGGCGC AGTAATTTnc ] [+] EMBL AU031899 [ GGCCAGCACCGAAAGAAGGCGAGCAGTGGGAAGGCAGGGTTCTCTATGATTTCNCAGACACCTGTGTGGAGGTTATCCTGGTCATTGACTGGGAATATTCTGGCAGTGTCTGATGGTAATGATAATGTGACCCTATGGAAAGAAGCCGTCGATGGCGAATGGCAGCAAGTGACCACTGTTGAGGCTTAGGTG TTTTGAGTTGTTCTTCCCCTGGCT GCCAATTATAACATATGTGTA GCCTTCAGGCTGGCCAATGGCTCTCTGCTTACAATGTGGCTCTAGTAATTTTG CTTCTGCTC AGCAATTAGCAAGGCGCAAGTAATTTGCTTGGATAGAGTAGAAAACCCTTTGTGTCGCAACTCTTTCATGTATTATGTGTTCCCTTGTGTGCCTTCTGTTTACCATTATTTATGGCACTTCTGAGTGCAGATTTTTCGCTAAAAAAaaaa ] clustalw multiple alignements is not computed in this case |
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||