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Oryza sativa
cluster # 1462 cluster # 1462       Sequences # 2       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_1462#0 length = 467 sequences # 1  
consensus_1462#1 length = 463 sequences # 1  

consensusID : consensus_1462#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 467
fasta sequence
                              [TTNCCCCCCTTGGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAACCCAACCCCCCCCTTTTTGGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGCCCAACCCTTGGNTTAAAAACCCGAAAACCTTTTTTTTAAAGGGGGTTTGGAAATTTTAAAAAAAATTTTTAATTCCCAACGGTTTTAAAGGGGGTTTTTTTAAATTTTTTTGGAAAAATTTTTGGGTTAAANNTTGGGGGAAACCTTAAAATTTTTTTTTCCCTTTTGGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAAATTTTGGCCTTAAATGGGGGTTCCCTAAANNCCTTTTTTTCCTTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGGTTTGGTTTTTAAGGGGAAACAAAACCGCCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAATAAAAAGCCCTGGAAATTCCTTGGAAAAANCCCCCGTTCCCATTTTAAACTT]

[+] EMBL AA752844             [TTNCCCCCCTTGGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAACCCAACCCCCCCCTTTTTGGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGCCCAACCCTTGGNTTAAAAACCCGAAAACCTTTTTTTTAAAGGGGGTTTGGAAATTTTAAAAAAAATTTTTAATTCCCAACGGTTTTAAAGGGGGTTTTTTTAAATTTTTTTGGAAAAATTTTTGGGTTAAANNTTGGGGGAAACCTTAAAATTTTTTTTTCCCTTTTGGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAAATTTTGGCCTTAAATGGGGGTTCCCTAAANNCCTTTTTTTCCTTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGGTTTGGTTTTTAAGGGGAAACAAAACCGCCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAATAAAAAGCCCTGGAAATTCCTTGGAAAAANCCCCCGTTCCCATTTTAAACTT]


>consensus_1462#0 TTNCCCCCCTTGGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAACCCAACCCCCCCCT TTTTGGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGCCCAACCCTTGGNTTAAAAACCCGAAAACCT TTTTTTTAAAGGGGGTTTGGAAATTTTAAAAAAAATTTTTAATTCCCAACGGTTTTAAAG GGGGTTTTTTTAAATTTTTTTGGAAAAATTTTTGGGTTAAANNTTGGGGGAAACCTTAAA ATTTTTTTTTCCCTTTTGGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAAATTTTGGCCTTAAATGGGG GTTCCCTAAANNCCTTTTTTTCCTTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGGT TTGGTTTTTAAGGGGAAACAAAACCGCCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAATAAAA AGCCCTGGAAATTCCTTGGAAAAANCCCCCGTTCCCATTTTAAACTT



consensusID : consensus_1462#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 463
fasta sequence
                              [TTCCCCCCTTTGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAAACCAAACCCCCCCCTTTTTGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGGCCCAACCTTGGGTTTAAAACCCGAAAACCTTTTTTTAAAGGGGGTTTGGAAATNTTAAAAAAAATTTTTAATTTCCCAANGTTTTTAAANGGGGTTTTTTTAATTTTTTTGGNAAAAATTTTGGGTTTAANNTTGGGGGAAACNTAAAAATTTTTTTTTNCCCTTTTGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAATTTTGGGCCTTAAATGGGGGTTCCCTTAAANCCTTTTTTTCCCTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGGTTTGNTTTTAAAGGGAAACAAAACCGNCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAATTAAAAAGCCCTTGGAATTCTTTGGAAAAANCCCCCGTTCCATTTTTAACT]

[+] EMBL AA752845             [TTCCCCCCTTTGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAAACCAAACCCCCCCCTTTTTGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGGCCCAACCTTGGGTTTAAAACCCGAAAACCTTTTTTTAAAGGGGGTTTGGAAATNTTAAAAAAAATTTTTAATTTCCCAANGTTTTTAAANGGGGTTTTTTTAATTTTTTTGGNAAAAATTTTGGGTTTAANNTTGGGGGAAACNTAAAAATTTTTTTTTNCCCTTTTGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAATTTTGGGCCTTAAATGGGGGTTCCCTTAAANCCTTTTTTTCCCTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGGTTTGNTTTTAAAGGGAAACAAAACCGNCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAATTAAAAAGCCCTTGGAATTCTTTGGAAAAANCCCCCGTTCCATTTTTAACT]


>consensus_1462#1 TTCCCCCCTTTGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAAACCAAACCCCCCCCT TTTTGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGGCCCAACCTTGGGTTTAAAACCCGAAAACCTT TTTTTAAAGGGGGTTTGGAAATNTTAAAAAAAATTTTTAATTTCCCAANGTTTTTAAANG GGGTTTTTTTAATTTTTTTGGNAAAAATTTTGGGTTTAANNTTGGGGGAAACNTAAAAAT TTTTTTTTNCCCTTTTGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAATTTTGGGCCTTAAATGGGGGT TCCCTTAAANCCTTTTTTTCCCTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGGTTT GNTTTTAAAGGGAAACAAAACCGNCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAATTAAAAAG CCCTTGGAATTCTTTGGAAAAANCCCCCGTTCCATTTTTAACT



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1462#0      TTNCCCCCCTTGGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAACCCAACCCCCCCCT 60
consensus_1462#1      -TTCCCCCCTTTGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAAACCAAACCCCCCCC 59
                       * ******** ********************************** **** ******* 

consensus_1462#0      TTTTGGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGCCCAACCCTTGGNTTAAAAACCCGAAAACCT 120
consensus_1462#1      TTTTTGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGGCCCAACCTTGGGTTTAAAACCCGAAAACCT 119
                      **** ************************ ** * ****** ** ***************

consensus_1462#0      TTTTTTTAAAGGGGGTTTGGAAATTTTAAAAAAAATTTTTAATT-CCCAACGGTTTTAAA 179
consensus_1462#1      TTTTTT-AAAGGGGGTTTGGAAATNTTAAAAAAAATTTTTAATTTCCCAANGTTTTTAAA 178
                      ****** ***************** ******************* ***** * *******

consensus_1462#0      GGGGGTTTTTTTAAATTTTTTTGGAAAAATTTTTGGGTTAAANNTTGGGGGAAACCTTAA 239
consensus_1462#1      NGGGGTTTTTTTAA-TTTTTTTGGNAAAAATTTTGGGTTTAANNTTGGGGGAAACNTAAA 237
                       ************* ********* **** ********* *************** * **

consensus_1462#0      AATTTTTTTTTCCCTTTTGGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAAATTTTGGCCTTAAATGGG 299
consensus_1462#1      AATTTTTTTTTNCCCTTTTGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAATTTTGGGCCTTAAATGGG 297
                      *********** ** *** *********************** *** *************

consensus_1462#0      GGTTCCCTAAANNCCTTTTTTTCCTTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGG 359
consensus_1462#1      GGTTCCCTTAAANCCTTTTTTTCCCTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGG 357
                      ******** ** ************ ***********************************

consensus_1462#0      TTTGGTTTTTAAGGGGAAACAAAACCGCCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAAT-AA 418
consensus_1462#1      TTTGNTTTT-AAAGGGAAACAAAACCGNCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAATTAA 416
                      **** **** ** ************** ***************************** **

consensus_1462#0      AAAGCCCTGGAAATTCCTTGGAAAAANCCCCCGTTCCCATTTTAAACTT 467
consensus_1462#1      AAAGCCCTTGGAATTCTTTGGAAAAANCCCCCGTTCC-ATTTTTAACT- 463
                      ******** * ***** ******************** ***** **** 




Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)