These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_1462#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 467 fasta sequence [TTNCCCCCCTTGGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAACCCAACCCCCCCCTTTTTGGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGCCCAACCCTTGGNTTAAAAACCCGAAAACCTTTTTTTTAAAGGGGGTTTGGAAATTTTAAAAAAAATTTTTAATTCCCAACGGTTTTAAAGGGGGTTTTTTTAAATTTTTTTGGAAAAATTTTTGGGTTAAANNTTGGGGGAAACCTTAAAATTTTTTTTTCCCTTTTGGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAAATTTTGGCCTTAAATGGGGGTTCCCTAAANNCCTTTTTTTCCTTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGGTTTGGTTTTTAAGGGGAAACAAAACCGCCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAATAAAAAGCCCTGGAAATTCCTTGGAAAAANCCCCCGTTCCCATTTTAAACTT] [+] EMBL AA752844 [TTNCCCCCCTTGGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAACCCAACCCCCCCCTTTTTGGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGCCCAACCCTTGGNTTAAAAACCCGAAAACCTTTTTTTTAAAGGGGGTTTGGAAATTTTAAAAAAAATTTTTAATTCCCAACGGTTTTAAAGGGGGTTTTTTTAAATTTTTTTGGAAAAATTTTTGGGTTAAANNTTGGGGGAAACCTTAAAATTTTTTTTTCCCTTTTGGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAAATTTTGGCCTTAAATGGGGGTTCCCTAAANNCCTTTTTTTCCTTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGGTTTGGTTTTTAAGGGGAAACAAAACCGCCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAATAAAAAGCCCTGGAAATTCCTTGGAAAAANCCCCCGTTCCCATTTTAAACTT] consensusID : consensus_1462#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 463 fasta sequence [TTCCCCCCTTTGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAAACCAAACCCCCCCCTTTTTGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGGCCCAACCTTGGGTTTAAAACCCGAAAACCTTTTTTTAAAGGGGGTTTGGAAATNTTAAAAAAAATTTTTAATTTCCCAANGTTTTTAAANGGGGTTTTTTTAATTTTTTTGGNAAAAATTTTGGGTTTAANNTTGGGGGAAACNTAAAAATTTTTTTTTNCCCTTTTGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAATTTTGGGCCTTAAATGGGGGTTCCCTTAAANCCTTTTTTTCCCTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGGTTTGNTTTTAAAGGGAAACAAAACCGNCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAATTAAAAAGCCCTTGGAATTCTTTGGAAAAANCCCCCGTTCCATTTTTAACT] [+] EMBL AA752845 [TTCCCCCCTTTGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAAACCAAACCCCCCCCTTTTTGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGGCCCAACCTTGGGTTTAAAACCCGAAAACCTTTTTTTAAAGGGGGTTTGGAAATNTTAAAAAAAATTTTTAATTTCCCAANGTTTTTAAANGGGGTTTTTTTAATTTTTTTGGNAAAAATTTTGGGTTTAANNTTGGGGGAAACNTAAAAATTTTTTTTTNCCCTTTTGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAATTTTGGGCCTTAAATGGGGGTTCCCTTAAANCCTTTTTTTCCCTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGGTTTGNTTTTAAAGGGAAACAAAACCGNCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAATTAAAAAGCCCTTGGAATTCTTTGGAAAAANCCCCCGTTCCATTTTTAACT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_1462#0 TTNCCCCCCTTGGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAACCCAACCCCCCCCT 60 consensus_1462#1 -TTCCCCCCTTTGGGGGGCCCCCCCCCCCCGNAAAAAGGGGAAAAAACCAAACCCCCCCC 59 * ******** ********************************** **** ******* consensus_1462#0 TTTTGGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGCCCAACCCTTGGNTTAAAAACCCGAAAACCT 120 consensus_1462#1 TTTTTGGGGGGTTGGGGGGAAAAAAAAAGGCCCAACCTTGGGTTTAAAACCCGAAAACCT 119 **** ************************ ** * ****** ** *************** consensus_1462#0 TTTTTTTAAAGGGGGTTTGGAAATTTTAAAAAAAATTTTTAATT-CCCAACGGTTTTAAA 179 consensus_1462#1 TTTTTT-AAAGGGGGTTTGGAAATNTTAAAAAAAATTTTTAATTTCCCAANGTTTTTAAA 178 ****** ***************** ******************* ***** * ******* consensus_1462#0 GGGGGTTTTTTTAAATTTTTTTGGAAAAATTTTTGGGTTAAANNTTGGGGGAAACCTTAA 239 consensus_1462#1 NGGGGTTTTTTTAA-TTTTTTTGGNAAAAATTTTGGGTTTAANNTTGGGGGAAACNTAAA 237 ************* ********* **** ********* *************** * ** consensus_1462#0 AATTTTTTTTTCCCTTTTGGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAAATTTTGGCCTTAAATGGG 299 consensus_1462#1 AATTTTTTTTTNCCCTTTTGGGGGGGTTTGGAAAGTTTAAAATTTTGGGCCTTAAATGGG 297 *********** ** *** *********************** *** ************* consensus_1462#0 GGTTCCCTAAANNCCTTTTTTTCCTTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGG 359 consensus_1462#1 GGTTCCCTTAAANCCTTTTTTTCCCTTTTAAAATTTTCCCCCCCTCCCTTGGCCCCTTGG 357 ******** ** ************ *********************************** consensus_1462#0 TTTGGTTTTTAAGGGGAAACAAAACCGCCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAAT-AA 418 consensus_1462#1 TTTGNTTTT-AAAGGGAAACAAAACCGNCCCCCGTTGGNTTTTTTAATTTTGGAAATTAA 416 **** **** ** ************** ***************************** ** consensus_1462#0 AAAGCCCTGGAAATTCCTTGGAAAAANCCCCCGTTCCCATTTTAAACTT 467 consensus_1462#1 AAAGCCCTTGGAATTCTTTGGAAAAANCCCCCGTTCC-ATTTTTAACT- 463 ******** * ***** ******************** ***** **** |
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||