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Oryza sativa
cluster # 1473 cluster # 1473       Sequences # 2       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_1473#0 length = 1636 sequences # 2  

consensusID : consensus_1473#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 1636
fasta sequence
                              [CAAAACCGCTTCGGCTTCCTCTCTCCCCTCACGGCGGCCGTCGCTTCGTTCGCCGATTAGCCGGCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGGTAGAGAACCCACCCCCTCCCCGCATGGCCGCCGCGGGCGGGGCCGCGCAGCCGCCGCGGCAGTACAAGCTGGCGCCGCAGAGCGAGCTGCGGGTGGAGGTGCCCCCCGACGCGCCCGTCCGCGTCCGCCTCGTCGCCGGCACGGCGGAGGTCTTCGGCACCGAGCTCCCCCCCGAGGGCTGGGTCCCCGTCCCGCCCCGCTCCAAGATCGCCATTTTCACCTGGCACGGCGCGACGGTGGAGCTGGACGGGGTCAGCGAGAGCGAGTACACGTCCGACGAGACACCGATGGTGGTTTATGTGAACACCCACGCGATCCTTGACGCGAGGAGGGCGAGGGCGAGGGCCGCCGCGGCTTAGGGTGCCCTGCCGGAGTCCTCGCAGGGACCCAGAGTGATCATTGTGGGGCCAAGTGATTCTGGAAAAAGTACTTTGTGCAAAATGCTCCTTAGCTGGGCTGCCAAGCAGGGCTGGAAGCCTACATATGTGGATTTAGATATTGGCCAAGGTTCGATAACCATACCTGGATGTATTTCGGCAACACCCATTGAGAAGCCTATAGATATAGTTGATGGGATTCCCTTGGAGATGCCGCTTGCATACTTTTACGGCCATCCAAGCCCAAGTGTTAGTCCAGATGTTTACAGAGCTCTTATGAAGGAGCTAGCTCAGACATTGGATAAACAATTCTCTGGAAATTCTGAATCTAGGGCAGCAGGAATGATTATCAATACTATGGGGTGGGTTGAAAACCTTGGTTTAGAGTTACTTCACAATTCAATTGAGATTTTCAAGGCTAATGTAATATTGGTATTGGGACAGGAGAAACTATGGAAGATGCTAAAAGATGCAGCAAAAAATAAGCCCAACATTGATGTTGTAAAACTTCATAAATCAGAAGGTGTTGTTCCGAGAAATCCAAAGTACCGTCAAAAGACTAGAAGCTTCCGCATCAAGGAGTACTTTTATGGCATTGCGAATGATCTAGCACCACACTCAAATGTTGTTAACTTCAGTGATGTATCTGTTTACAAGATTGGCACTCATCAAGCTCCTAAGTCTGCACTACCGATTGGTGCAGAGCCTGTGGCAGACCCTACTCGACTTGTTGCTGTTAACATCAGCACAGATATGGTCCACACCGTGCTTGCTGTTTCATATGCTAAGGAACCTGATGAAATAGTTTCCAGCAATGTTGCCGGATTCATCCACGTGACAGATGTTGACATCCAAAGGAAGAAGCTCACATACATTGCACCATGCCCAGGGGACCTGCCAAGTAAGCTGTTAATTGCGAGCTCGTTAACGTGGTACGAGGCTTGATCAGCTCATGGCAGAACGATCAACGATGTAGCTAGGTGGTCAGTTAAATTAATCAGATGGATGTAACACAGATGTATCCCTTGTCCTATCTCCGGGTGTACGTTGTAAACTTGCAAGCTTTTTAGTAAACTCAATGCACTGCTAACTAAAACTTATAACAGCAAATTTCACTCATTTCTCTGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL AK058267             [CAAAACCGCTTCGGCTTCCTCTCTCCCCTCACGGCGGCCGTCGCTTCGTTCGCCGATTAGCCGGCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGGTAGAGAACCCACCCCCTCCCCGCATGGCCGCCGCGGGCGGGGCCGCGCAGCCGCCGCGGCAGTACAAGCTGGCGCCGCAGAGCGAGCTGCGGGTGGAGGTGCCCCCCGACGCGCCCGTCCGCGTCCGCCTCGTCGCCGGCACGGCGGAGGTCTTCGGCACCGAGCTCCCCCCCGAGGGCTGGGTCCCCGTCCCGCCCCGCTCCAAGATCGCCATTTTCACCTGGCACGGCGCGACGGTGGAGCTGGACGGGGTCAGCGAGAGCGAGTACACGTCCGACGAGACACCGATGGTGGTTTATGTGAACACCCACGCGATCCTTGACGCGAGGAGGGCGAGGGCGAGGGCCGCCGCGGCTTAGGGTGCCCTGCCGGAGTCCTCGCAGGGACCCAGAGTGATCATTGTGGGGCCAAGTGATTCTGGAAAAAGTACTTTGTGCAAAATGCTCCTTAGCTGGGCTGCCAAGCAGGGCTGGAAGCCTACATATGTGGATTTAGATATTGGCCAAGGTTCGATAACCATACCTGGATGTATTTCGGCAACACCCATTGAGAAGCCTATAGATATAGTTGATGGGATTCCCTTGGAGATGCCGCTTGCATACTTTTACGGCCATCCAAGCCCAAGTGTTAGTCCAGATGTTTACAGAGCTCTTATGAAGGAGCTAGCTCAGACATTGGATAAACAATTCTCTGGAAATTCTGAATCTAGGGCAGCAGGAATGATTATCAATACTATGGGGTGGGTTGAAAACCTTGGTTTAGAGTTACTTCACAATTCAATTGAGATTTTCAAGGCTAATGTAATATTGGTATTGGGACAGGAGAAACTATGGAAGATGCTAAAAGATGCAGCAAAAAATAAGCCCAACATTGATGTTGTAAAACTTCATAAATCAGAAGGTGTTGTTCCGAGAAATCCAAAGTACCGTCAAAAGACTAGAAGCTTCCGCATCAAGGAGTACTTTTATGGCATTGCGAATGATCTAGCACCACACTCAAATGTTGTTAACTTCAGTGATGTATCTGTTTACAAGATTGGCACTCATCAAGCTCCTAAGTCTGCACTACCGATTGGTGCAGAGCCTGTGGCAGACCCTACTCGACTTGTTGCTGTTAACATCAGCACAGATATGGTCCACACCGTGCTTGCTGTTTCATATGCTAAGGAACCTGATGAAATAGTTTCCAGCAATGTTGCCGGATTCATCCACGTGACAGATGTTGACATCCAAAGGAAGAAGCTCACATACATTGCACCATGCCCAGGGGACCTGCCAAGTAAGCTGTTAATTGCGAGCTCGTTAACGTGGTACGAGGCTTGATCAGCTCATGGCAGAACGATCAACGATGTAGCTAGGTGGTCAGTTAAATTAATCAGATGGATGTAACACAGATGTATCCCTTGTCCTATCTCCGGGTGTACGTTGTAAACTTGCAAGCTTTTTAGTAAACTCAATGCACTGCTAACTAAAACTTATAACAGCAAATTTCAC                                                          ]
[+] EMBL CF307924             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GCACCATGCCCAGGGGACCTGCCAAGTAAGCTGTTAATTGCGAGCTCGTTAACGTGGTACGAGGCTTGATCAGCTCATGGCAGAACGATCAACGATGTAGCTAGGTGGTCAGTTAAATTAATCAGATGGATGTAACACAGATGTATCCCTTGTCCTATCTCCGGGTGTAGGTTGTAAACTTGCAAGCTTTTTAGTAAACTCAATGCACTGCTAACTACAACTTATAACAGCAAATTTCACTCATTTCTCTGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAAAAAAAAAAAAA]


>consensus_1473#0 CAAAACCGCTTCGGCTTCCTCTCTCCCCTCACGGCGGCCGTCGCTTCGTTCGCCGATTAG CCGGCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGGTAGAGAACCCACCCCCTCCCCGCATGGCCGCCGCG GGCGGGGCCGCGCAGCCGCCGCGGCAGTACAAGCTGGCGCCGCAGAGCGAGCTGCGGGTG GAGGTGCCCCCCGACGCGCCCGTCCGCGTCCGCCTCGTCGCCGGCACGGCGGAGGTCTTC GGCACCGAGCTCCCCCCCGAGGGCTGGGTCCCCGTCCCGCCCCGCTCCAAGATCGCCATT TTCACCTGGCACGGCGCGACGGTGGAGCTGGACGGGGTCAGCGAGAGCGAGTACACGTCC GACGAGACACCGATGGTGGTTTATGTGAACACCCACGCGATCCTTGACGCGAGGAGGGCG AGGGCGAGGGCCGCCGCGGCTTAGGGTGCCCTGCCGGAGTCCTCGCAGGGACCCAGAGTG ATCATTGTGGGGCCAAGTGATTCTGGAAAAAGTACTTTGTGCAAAATGCTCCTTAGCTGG GCTGCCAAGCAGGGCTGGAAGCCTACATATGTGGATTTAGATATTGGCCAAGGTTCGATA ACCATACCTGGATGTATTTCGGCAACACCCATTGAGAAGCCTATAGATATAGTTGATGGG ATTCCCTTGGAGATGCCGCTTGCATACTTTTACGGCCATCCAAGCCCAAGTGTTAGTCCA GATGTTTACAGAGCTCTTATGAAGGAGCTAGCTCAGACATTGGATAAACAATTCTCTGGA AATTCTGAATCTAGGGCAGCAGGAATGATTATCAATACTATGGGGTGGGTTGAAAACCTT GGTTTAGAGTTACTTCACAATTCAATTGAGATTTTCAAGGCTAATGTAATATTGGTATTG GGACAGGAGAAACTATGGAAGATGCTAAAAGATGCAGCAAAAAATAAGCCCAACATTGAT GTTGTAAAACTTCATAAATCAGAAGGTGTTGTTCCGAGAAATCCAAAGTACCGTCAAAAG ACTAGAAGCTTCCGCATCAAGGAGTACTTTTATGGCATTGCGAATGATCTAGCACCACAC TCAAATGTTGTTAACTTCAGTGATGTATCTGTTTACAAGATTGGCACTCATCAAGCTCCT AAGTCTGCACTACCGATTGGTGCAGAGCCTGTGGCAGACCCTACTCGACTTGTTGCTGTT AACATCAGCACAGATATGGTCCACACCGTGCTTGCTGTTTCATATGCTAAGGAACCTGAT GAAATAGTTTCCAGCAATGTTGCCGGATTCATCCACGTGACAGATGTTGACATCCAAAGG AAGAAGCTCACATACATTGCACCATGCCCAGGGGACCTGCCAAGTAAGCTGTTAATTGCG AGCTCGTTAACGTGGTACGAGGCTTGATCAGCTCATGGCAGAACGATCAACGATGTAGCT AGGTGGTCAGTTAAATTAATCAGATGGATGTAACACAGATGTATCCCTTGTCCTATCTCC GGGTGTACGTTGTAAACTTGCAAGCTTTTTAGTAAACTCAATGCACTGCTAACTAAAACT TATAACAGCAAATTTCACTCATTTCTCTGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGG AAAAAAAAAAAAAAAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)