These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_16058#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 12 consensus length = 593 fasta sequence [CTACGGGCAACACCCGCGGCCGCCCTA-AGCCCACG-TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA-TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA--TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT---GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT-GGTGGTGTT-A-GGGATT-GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG-TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT--TTT-TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAATTAAAAAAAAA] [+] EMBL CB966714 [CTACGGGCAACACCCGCGGCCGCCCCACACACTCCGCAATGCTCAAGGGCAGGCCACACTCCACATTATCCATGCATATGCACTCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGT ATGCGATAACTACCATCATCCTGCTCTTAACCTTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTCGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT GGTGGTGTT G GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGATGTTCTTAGTGTTTGGTTAATTTCTTTTGGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTGGATATTAGTAATTAAGAAAAAA] [+] EMBL CF338724 [ TA AGCCCACG TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGGTGGTGTT AGGGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT TTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAATT ] [+] EMBL CF340176 [ TA AGCCCACG TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGGTGGTGTT ANNGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGT ] [+] EMBL CF321734 [ A AGCCCACG TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT GGTGGTGTT A GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGGTGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGCTCTTAGTGTTTTGTT TCT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAAT ] [+] EMBL AK121746 [ GCCCACG TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT GGTGGTGTT A GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT TTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGAT ] [+] EMBL AK063904 [ CCCACG TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT GGTGGTGTT A GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT TTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGAT ] [+] EMBL CF321380 [ CCCACG TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT GGTGGTGTT A GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT TTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAATTAAAAAAA ] [+] EMBL CF318609 [ CCCACG TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGGTGGTGTTNN GGGATTGGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGT ] [-] EMBL CF318610 [ TGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT GGTGGTGTT A GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGACAGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGAAAAAAAAATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT TTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGGATTT ] [-] EMBL CF321381 [ GCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT GGTGGTGTT A GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT TTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAATTAAAAAAAA ] [+] EMBL CF314567 [ TATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTG ] [+] EMBL D42651 [ GTTGGT NGTGGTGTT A GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT TTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATNGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATAT ] consensusID : consensus_16058#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 5 consensus length = 588 fasta sequence [GGAATACGCTGCGGTGCTCCACATCAGATGCTCAAGGGCA-GGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCCTCTTTG-TTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAA-TTAAAAAAAA] [+] EMBL BU673628 [GGAATACGCTGCGGTGCTCCACATCAGATGCTCAAGGGCA GGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTCGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCCTCTTTG TTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAA TTAAAAAAca] [-] EMBL BI305793 [ TCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTG TTTTTTTTTTTGCCCTCTTTG TTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATA ] [-] EMBL BI305678 [ GGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATTTTTTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATTTTGTTTTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGGGTGGGTTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGTTAAGCTACTTTTTTTTTTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTTGACGACTTTTACCTTTATTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTTTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATTTTGAGTTTGATTTTGGCTGTATGATGTTAAACGTAAAAAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTTTAATAATCAGTTGTTTTTAGTGTTTTG TTTTTTTTTTTTGCCCTTTTTG TTAAATTGTAACCCCCCTACATATATGTACTAGTATCCCCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAA TTAAgat ] [+] EMBL CB966461 [ A GGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTNGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTGGTTTTTTTTTTTTTGCCCTCTTTGTTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATACAGTGATGAATTTGATATTAGTAACTTACAAAAA ] [+] EMBL CB965415 [ A GGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCCTCTTTG TTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAA TTAAAAAAAA] consensusID : consensus_16058#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 10 consensus length = 585 fasta sequence [GGGAATA-GCTGCGGCGCTCAA-GGCA-GG-CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC-TACTAAGGTAGGG-CAACTTGTATCCTTTGGCAA-TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCC-TCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGAG] [+] EMBL CB966806 [GGGAATA GCTGCGGCGCTCAA GGCAGGG CACACTCCACATTATCCA GCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCC TCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGAG] [+] EMBL CB964625 [ GGAATAGGCTGCGGCGCTCAAGGGCA GGACACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCC TCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGAG] [+] EMBL BU673033 [ GAATA GCTTGGGCGCTCAA GGCA GG CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTATTCCACAAGATGTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAACTAACCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGGCTCCATAGTCGAGGACGTTTACCTCGTACTAAGGTAGGGACAAGATGTATCCTTTGGGAAGTTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTCGTGTGTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTCAG TTCTTAGCTGTTGCCCGTCTTGGTTAAGTTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGGTCAAAAGAGTGAACTAAAACAGAG] [-] EMBL BI306088 [ GCAGGG CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTTTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTG TTTTTTTTTTTTGCCC TCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATA ] [+] EMBL CB964607 [ A GG CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTAGCCC TCTTTGTTAAATCGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTCGA ] [+] EMBL BU673244 [ cag GG CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCC TCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGAG] [+] EMBL CB966066 [ ag GG CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTAAGTGTTACGGTCCTTGCTCT ] [+] EMBL CB965249 [ GG CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGtc ] [+] EMBL BI306186 [ G CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGG ] [-] EMBL BI305904 [ TGTTTTAAATTTGGGAGGGTGTCCGTGCAATGGGTGCCCGTGTTTCACACGCATATAGAGGGTGGGTTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGTTAAGTTATTTCTTCTTTTTGGGAAGGAATGGATATGCATGGCCTCAATAGTGGAGGATTTTCACCTT TAATAAGGTAGGG CAATTTGTATCTTTTGGCAA TTATTGGGTGAATGTTTTTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATTTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTG TTTTTTTTTTTGCCC TCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATA ] consensusID : consensus_16058#3 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 154 fasta sequence [NGAAATGGTATATGGATGTNCGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTANCCTCNTTGTTAACTTGTAACCCCCCTACATATATGTACTAGTNTCACNACTNAAGTGATGAATTTGAT] [-] EMBL D42658 [NGAAATGGTATATGGATGTNCGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTANCCTCNTTGTTAACTTGTAACCCCCCTACATATATGTACTAGTNTCACNACTNAAGTGATGAATTTGAT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_16058#1 ------GGAATAC--GCTGCGGTGCTCCACAT-CAGATGCTCAAGGGCAGG-CACACTCC 50 consensus_16058#2 -----GGGAATA---GCTGCGGCGCTC----------------AAGGCAGG-CACACTCC 35 consensus_16058#0 CTACGGGCAACACCCGCGGCCGCCCTAAGCCCACGTATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCC 60 consensus_16058#3 ------------------------------------------------------------ consensus_16058#1 ACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGA 110 consensus_16058#2 ACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGA 95 consensus_16058#0 ACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGA 120 consensus_16058#3 ------------------------------------------------------------ consensus_16058#1 TAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTT 170 consensus_16058#2 TAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTT 155 consensus_16058#0 TAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTT 180 consensus_16058#3 ------------------------------------------------------------ consensus_16058#1 CACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCT 230 consensus_16058#2 CACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCT 215 consensus_16058#0 CACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCT 240 consensus_16058#3 ------------------------------------------------------------ consensus_16058#1 TCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGG 290 consensus_16058#2 TCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGG 275 consensus_16058#0 ---TGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGG 297 consensus_16058#3 ------------------------------------------------------------ consensus_16058#1 TAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGG 350 consensus_16058#2 TAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGG 335 consensus_16058#0 TAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTAGG 357 consensus_16058#3 ------------------------------------------------------------ consensus_16058#1 GATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGG 410 consensus_16058#2 GATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGG 395 consensus_16058#0 GATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGG 417 consensus_16058#3 ------------------------------------------------------------ consensus_16058#1 ATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAG 470 consensus_16058#2 ATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAG 455 consensus_16058#0 ATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAG 477 consensus_16058#3 ----NGAAATGGTATATGGATGTNCGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAG 56 ****************** ************************************ consensus_16058#1 TTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTAC 530 consensus_16058#2 TTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTAC 515 consensus_16058#0 TTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTT---GCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTAC 534 consensus_16058#3 TTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTT--TANCCTCNTTGTTAACTTGTAACCCCCCTAC 114 *************************** **** ******* ******** ****** consensus_16058#1 ATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAATTAAAAAAAA-- 588 consensus_16058#2 ATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAAAAAAAAAAAAAA 575 consensus_16058#0 ATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAATTAAAAAAAAA- 593 consensus_16058#3 ATATATGTACTAGTNTCACNACTNAAGTGATGAATTTGAT-------------------- 154 ************** **** * * **************** consensus_16058#1 ---------- consensus_16058#2 AAAAACAGAG 585 consensus_16058#0 ---------- consensus_16058#3 ---------- |
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||