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Oryza sativa
cluster # 16185 cluster # 16185       Sequences # 29       consensus # 5


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
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consensus_16185#4 length = 455 sequences # 3  

consensusID : consensus_16185#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 15
consensus length = 813
fasta sequence
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[-] EMBL CF291761             [                                                                           ACAGAATTAATGTACATGAACACGAAGTAAAAGCGACGACGTATGACGACGAACAAGAAGAAGCAAATTAAGCCATCAACCAC ATGCATACATGTAATTATGGGGG AG AAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTC TTGC GTTC ATTCG ATCGGGATCG ATCTAGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCTTGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGGCGAA CCCCGCGGCGCC CAGCG CGGCCACC GCCG CCA  CC  TCC TCCTTCACCTTGTGCCCGTGCGCGTTCTCCGTGTCCTTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGTAGGCGCCGGCGGCGATGGCGCCGAGGCCGCCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACA GGTGGTGGTGCTTCTTCTCCTCAGCCATGGCTAGCTACTCACTGATTAATAATCTTAGCTTCCTTCAGACAGAGTTAGTCGGTTGCCGG                                                                                                                                                                                                     ]
[-] EMBL CF277843             [                                                                                                                                                                       ATGTAATTAT GGGG AG AAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTC TTGC GTTC ATTCG ATCGGGATCG ATCTAGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCTTGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGGCGAA CCCCGCGGCGCC CAGCG CGGCCACC GCCG CCA  CCNNTCC TCNTTCACCTTGTG CCGTGCGCGTTCTCCGTGTCCTTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGTAGGCGCCGGCGGCGATGGCGCCGAGGCCGCCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACA GGTGGTGGTGCTTCTTCTCCTCAGCCATGGCTAGCTACTCACTGATTAATAATCTTAGCTTCCTTCAGACAGAGTTAGTCGGTTGCCGGTGTTGATCTGTGCAAAAGCTAACTAGCAAAGCACATGTATTTATAGCAAGGAGCGGCTAGCATCAGCTACTTGCTAATAACATTAGTTTGGGCCTCAAATCTCAGTTTAGAGGGGGAGGGCGTACTTGGGCGTGTGGTATGTGTTACGCGCAGTTGTTGTTGCAGGTATGAACTATTTTCTACTCTTTCAGTCCATG]
[-] EMBL CF291292             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CCCGTGCGCGTTCTCCGTGTCCTTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGTAGGCGCCGGCGGCGATGGCGCCGAGGCCGCCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACA GGTGGTGGTGCTTCTTCTCCTCAGCCATGGCTAGCTACTCACTGATTAATAATCTTAGCTTCCTTCAGACAGAGTTAGTCGGTTGCCGGTGTTGATCTGTGCAAAAGCTAACTAGCAAAGCACATGTATTTATAGCAAGGAGCGGCTAGCATCAGCTACTTGCTAATAACATTAGTTTGGGCCTCAAATCTCAGTTTAGAGGGGGAGGGCGTACTTGGGCGTGTGGTATGTGTTACGCGCAGTTGTTGTTGCAG                                ]


>consensus_16185#0 TTTTTGTTTTTTTTAAACGGAAACCAAAATTTCTGTGTGCAGCACAAACGCACTTATTTA ATACTCAGTGCGGATACAGAATTAATGTACATGAACACGAAGTAAAAGCGACGACGTATG ACGACGAACAAGAAGAAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGCATACATGTAATTATGGGG AGAAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTCTTGCGTTCATTCGATCGGGATCGATCTA GTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCTTGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGGCGAA CCCCGCGGCGCCCAGCGCGGCCACCGCCGCCACCTCCTCCTTCACCTTGTGCCCGTGCGC GTTCTCCGTGTCCTTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGTAGGCGCCGGCGGCGAT GGCGCCGAGGCCGCCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTAGTC CACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTGCTT CTTCTCCTCAGCCATGGCTAGCTACTCACTGATTAATAATCTTAGCTTCCTTCAGACAGA GTTAGTCGGTTGCCGGTGTTGATCTGTGCAAAAGCTAACTAGCAAAGCACATGTATTTAT AGCAAGGAGCGGCTAGCATCAGCTACTTGCTAATAACATTAGTTTGGGCCTCAAATCTCA GTTTAGAGGGGGAGGGCGTACTTGGGCGTGTGGTATGTGTTACGCGCAGTTGTTGTTGCA GGTATGAACTATTTTCTACTCTTTCAGTCCATG



consensusID : consensus_16185#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
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fasta sequence
                              [TTTTTGTTTTTTTTTTTTTTCTGTGTGCAGCACAAACGCACTTATTTAATACTCAGTGCGGATACAGAATTAATGTACATGAACACGAA-TAAAAGCGACGACGTATGACGACGAACAAGAAGAAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGCATACATGTAATTANGGGGAGAAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTCTTGCGTTCATTCGATCGGGATCGATCTAGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCTTGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGGCGAACCCCGCGGCGCCCAGCGCGGCCACCGCCGCCACCTCCTCCTTCACCTTGTGCCCGTGCGCGTTCTCCGTGT-CCTTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGT-AGGCGCCGGCGGCGATGGCGCCGAGGCCGCCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTGCTTCTTCTCCTCAGCCATGGCTAGCTACTCACTGATTAATAATCTTAGCTTCCTTCAGACAGAGTTAGTCGGTTGCCGGTGTTGATATGTTTTCTACTCCTTCAGTCCA]

[-] EMBL AU161878             [TTTTTGTTTTTTTTTTTTTTCTGTGTGCAGCACAAACGCACTTATTTAATACTCAGTGCGGATACAGAATTAATGTACATGAACACGAA TAAAAGCGACGACGTATGACGACGAACAAGAAGAAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGCATACATGTAATTANGGGGAGAAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTCTTGCGTTCATTCGATCGGGATCGATCTAGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCTTGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGGCGAACCCCGCGGCGCCCAGCGCGGCCACCGCCGCCACCTCCTCCTTCACCTTGTGCCCGTGCGCGTTCTCCGTGT CCTTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGT AGGCGCCGGCGGCGATGGCGCCGAGGCCGCCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTGCTTCTTCTCCTCAGCCATGGCTAGCTACTCACTGATTAATAATCTTAGCTTCCTTCAGACAGAGTTAGTCGGTTGCCGGTG                            ]
[-] EMBL AU096184             [            TTTTTTTTCTGTGTGCAGCACAAACGCACTTATTTAATACTCAGTGCGGATACAGAATTAATGTACATGAACACGAA TAAAAGCGACGACGTATGACGACGAACAAGAAGAAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGCATACATGTAATTAANGGGAGAAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTCTTGCGTTCATTCGATCGGGATCGATCTAGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCTTGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGGCGAACCCCGCGGCGCCCAGCGCGGCCACCGCCGCCACCTCCTCCTTCACCTTGTGCCCGTGCGCGTTCTCCGTGT CCTTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGT AGGCGCCGGCGGCGATGGCGCCGAGGCCGCCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTGCTTCTTCTCCTCAGCCATGGCTAGCTACTCACTGATTAATAATCTTAGCTTCCTTCAGANAGAGTTAGTCGGT                                    ]
[-] EMBL AU096296             [            TTTTTTTTCTGTGTGCAGCACAAACGCACTTATTTAATACTCAGTGCGGATACAGAATTAATGTACATGAACACGAA TAAAAGCGACGACGTATGACGACGAACAAGAAGAAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGCATACATGTAATTANGGGGAGAAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTCTTGCGTTCATTCGATCGGGATCGATCTAGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCTTGGCGTCCTTCTTCTCGNGGTGCTCGTGGAAGGCGAACCCCGCGGCGCCCAGCGCGGCCACCGNCGCCACCTCCTCCTTCANCTTGTGCCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[-] EMBL CF292010             [               TTTTTCTGTGTGCAGCACAAACGCACTTATTTAATACTCAGTGCGGATACAGAATTAATGTACATGAACACGAAGTAAAAGCGACGACGTATGACGACGAACAAGAAGAAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGCATACATGTAATTATGGGGCGAAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTCTTGCGTTCATTCGATCGGGATCGATCTAGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCTTGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGGCGAACCCCGCGGCGCCCAGCGCGGCCACCGCCGCCACCTCCTCCTTCACCTTGTGCCCGTGCGCGTTCTCCGTGT CCTTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGT AGGCGCCGGCGGCGATGGCGCCGAGGCCGCCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTGCTTCTTCTCCTCAGCCATGGCTAGCTACTCACTGATTAATAATCTTAGCTTCCTTCAGACAGAGTTAGTCGGTTGCCGGTGTTGATATGTTTTCTACTCCTTCAGTCCA]
[-] EMBL AU161877             [                                                                                                                                                                                                                      TCGGGATCGATCTAGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCTTGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGGCGAACCCCGCGGCGCCCAGCGCGGCCACCGCCGCCACCTCCTCCTTCACCTTGTGCCCGTGCGCGTTCTCCGTGT CCTTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGT AGGCGCCGGCGGCGATGGCGCCGAGGCCGCCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTGCTTCTTCTCCTCAGCCATGGCTAGCTACTCACTGATTAATAATCTTAGCTTCCTTCAGACAGAGTTAGTCGG                                     ]
[-] EMBL OSS13378A            [                                                                                                                                                                                                                                           TCGNCGGCGTGCTTCTTGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGT GAAAGCGAACCCCGCGGCGCCCAGCGCGGCCACCGCCGCCACCTCCTCCTTCACCTTGTGCCCGTGCGCGTTCTCCGTGT CCTTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGT AGGC CCGGCGGCGATGGCGCCGAGGCCGCCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTGCTTCTTCTCCTCAGCCATGGCTAGCTACTCACTGATTAATAATCTTAGCTTCCTTCAGACAGAGTTAGTCGGT                                    ]
[-] EMBL OSS12821A            [                                                                                                                                                                                                                                              nCGCCGTGCTTCTTGCCGTCCTCCTTCTCGTGGTGCTCGT GAAAGCGAACCCCGCGGCGCCCAGCG GGCCACCGCCGCCACCTCCTCCTTCACCTTGTGCCCGTGCGCGTTCTCCGTGT CCTTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGT AGGC CCGGCGGCGATGGCGCCGAGGCCGCCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCNTCTTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTGCTTCTTCTCCTCAGCCATGGCTAGCTACTCACTGATTAATAATCTTAGCTTCCTTCAGACAGAG                                             ]
[-] EMBL OSS12415A            [                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTGGAAGNCGAACCCCGCGGCGCCCAGCGCGGCCACCGCCGCNACCTCCTCCTTCACCTTGTGCCCGTGCGCGTTCTCCGTGT CCTTCTTCGCCTGGTGCNTCTCGTGGAGAGCGT AGGCGCCGGCGGCGATGGCGCCGAGGCCGCCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCNTCTTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTGCTTCTTCTCCTCAGCCATGGCTAGCTACTCACTGATTAATAATCTTAGCTTCCTTCAGACAGAGTTAGTCGGT                                    ]
[-] EMBL OSS12370A            [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tcCTACGTGTCCCTTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGTAAGGC NCGGC GCGATGGCGNCGAGGCCGCCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTGCTTCTTCTCCTCAGCCATGGCTAGCTACTCACTGATTAATAATCTTAGCTTCCTTCAGACAGAGTTAGTCGGT                                    ]


>consensus_16185#1 TTTTTGTTTTTTTTTTTTTTCTGTGTGCAGCACAAACGCACTTATTTAATACTCAGTGCG GATACAGAATTAATGTACATGAACACGAATAAAAGCGACGACGTATGACGACGAACAAGA AGAAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGCATACATGTAATTANGGGGAGAAAGTAATTAA GCATATAAACCGTTCGTTCTTGCGTTCATTCGATCGGGATCGATCTAGTATTGGTCGGCG GCGTGCTTCTTGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGGCGAACCCCGCGGCGCCC AGCGCGGCCACCGCCGCCACCTCCTCCTTCACCTTGTGCCCGTGCGCGTTCTCCGTGTCC TTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGTAGGCGCCGGCGGCGATGGCGCCGAGGCCG CCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAG CTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTGCTTCTTCTCCTCAGCC ATGGCTAGCTACTCACTGATTAATAATCTTAGCTTCCTTCAGACAGAGTTAGTCGGTTGC CGGTGTTGATATGTTTTCTACTCCTTCAGTCCA



consensusID : consensus_16185#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 623
fasta sequence
                              [TTTTTTTTTTCTGTGTGCAGCACAAACGCACTTATTTAATACTCAGGTGCGGATACAGAATTAATGTACATGAACACGAAGTACAAGCGACGACGTATGACGACGAACAAGAAGAAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGCATACATGTAATTATGGGGAGAAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTCTTGCGTTCATTCGATCGGGATCGATCTAGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCTGTGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGGGAACCCCGGGGCCCAGCGCGGCACCGCCGCACTCCTCCTTCACCTTGTGCCCGTGCGCGTTCTCCGGTGTCCTTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGTAGGCGCCGGCGGGATGGCGCCGAGGCCGCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTGCTTTCTTCTCCTCAGATGGGTAGCTAGCTACTCACTGGATTAATAATCTTAGTCCTTCAGACAGAGTTGTTGGTGCGACGCGTGGGGTCGACCCGGAATCCGGACGGTACTGC]

[-] EMBL BI808607             [TTTTTTTTTTCTGTGTGCAGCACAAACGCACTTATTTAATACTCAGGTGCGGATACAGAATTAATGTACATGAACACGAAGTACAAGCGACGACGTATGACGACGAACAAGAAGAAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGCATACATGTAATTATGGGGAGAAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTCTTGCGTTCATTCGATCGGGATCGATCTAGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCTGTGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGGGAACCCCGGGGCCCAGCGCGGCACCGCCGCACTCCTCCTTCACCTTGTGCCCGTGCGCGTTCTCCGGTGTCCTTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGTAGGCGCCGGCGGGATGGCGCCGAGGCCGCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTGCTTTCTTCTCCTCAGATGGGTAGCTAGCTACTCACTGGATTAATAATCTTAGTCCTTCAGACAGAGTTGTTGGTGCGACGCGTGGGGTCGACCCGGAATCCGGACGGTACTGC]


>consensus_16185#2 TTTTTTTTTTCTGTGTGCAGCACAAACGCACTTATTTAATACTCAGGTGCGGATACAGAA TTAATGTACATGAACACGAAGTACAAGCGACGACGTATGACGACGAACAAGAAGAAGCAA ATTAAGCCATCAACCACATGCATACATGTAATTATGGGGAGAAAGTAATTAAGCATATAA ACCGTTCGTTCTTGCGTTCATTCGATCGGGATCGATCTAGTATTGGTCGGCGGCGTGCTT CTGTGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGGGAACCCCGGGGCCCAGCGCGGCAC CGCCGCACTCCTCCTTCACCTTGTGCCCGTGCGCGTTCTCCGGTGTCCTTCTTCGCCTGG TGCTTCTCGTGGAGAGCGTAGGCGCCGGCGGGATGGCGCCGAGGCCGCGAGCTGCTCGAG GTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCC GTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTGCTTTCTTCTCCTCAGATGGGTAGCTAGCTA CTCACTGGATTAATAATCTTAGTCCTTCAGACAGAGTTGTTGGTGCGACGCGTGGGGTCG ACCCGGAATCCGGACGGTACTGC



consensusID : consensus_16185#3
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 509
fasta sequence
                              [CGCACTTATTTAATACTCAGTGCGGATACAGAATTAATGTACATGAACACGAAGTAAAAGCGACGACGTATGACGACGAACAAGAAGAAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGCATACATGTAATTATGGGGAGAAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTCTTGCGTTCATTCGATCGGGATCGATCTAGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCTTGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGGCGCGTTCTCCGTGTCCTTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGTAGGCGCCGGCGGCGATGGCGCCGAGGCCGCCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTGCTTCTTCTCCTCAGCCATGGCTAGTTACTCACTGATTAATAATCTTAGCTTCCTTCAGACAGAGTTAGTCGGTTGCCGGTG]

[-] EMBL AK062319             [CGCACTTATTTAATACTCAGTGCGGATACAGAATTAATGTACATGAACACGAAGTAAAAGCGACGACGTATGACGACGAACAAGAAGAAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGCATACATGTAATTATGGGGAGAAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTCTTGCGTTCATTCGATCGGGATCGATCTAGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCTTGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGGCGCGTTCTCCGTGTCCTTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGTAGGCGCCGGCGGCGATGGCGCCGAGGCCGCCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTGCTTCTTCTCCTCAGCCATGGCTAGTTACTCACTGATTAATAATCTTAGCTTCCTTCAGACAGAGTTAGTCGGTTGCCGGTG]


>consensus_16185#3 CGCACTTATTTAATACTCAGTGCGGATACAGAATTAATGTACATGAACACGAAGTAAAAG CGACGACGTATGACGACGAACAAGAAGAAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGCATACAT GTAATTATGGGGAGAAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTCTTGCGTTCATTCGATC GGGATCGATCTAGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCTTGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTC GTGGAAGGCGCGTTCTCCGTGTCCTTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGTAGGCG CCGGCGGCGATGGCGCCGAGGCCGCCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCC TTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGG TGGTGGTGCTTCTTCTCCTCAGCCATGGCTAGTTACTCACTGATTAATAATCTTAGCTTC CTTCAGACAGAGTTAGTCGGTTGCCGGTG



consensusID : consensus_16185#4
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 455
fasta sequence
                              [CACAAACGCACTTATTTAATACTCAGTGCGGATACAGAATTAATGTACATGAACACGAAGTAAAAGCGACGACGTATGACGACGAACAAGAAGAAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGCATACATGTAATTATGGGGAGAAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTCTTGCGTTCATTCGATCGGGATCGATCTAGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCTTGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGGCGAACCCCGCGGCGCCCAGCGCGGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTGCTTCTTCTCCTCAGCCATGGCTAGCTACTCACTGATTAATAATCTTAGCTTCCTTCAGACAGAGTTAGTCGGTTGCCGGTG]

[-] EMBL AK060261             [CACAAACGCACTTATTTAATACTCAGTGCGGATACAGAATTAATGTACATGAACACGAAGTAAAAGCGACGACGTATGACGACGAACAAGAAGAAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGCATACATGTAATTATGGGGAGAAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTCTTGCGTTCATTCGATCGGGATCGATCTAGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCTTGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGGCGAACCCCGCGGCGCCCAGCGCGGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTGCTTCTTCTCCTCAGCCATGGCTAGCTACTCACTGATTAATAATCTTAGCTTCCTTCAGACAGAGTTAGTCGGTTGCCGGTG]
[-] EMBL AK063217             [      CGCACTTATTTAATACTCAGTGCGGATACAGAATTAATGTACATGAACACGAAGTAAAAGCGACGACGTATGACGACGAACAAGAAGAAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGCATACATGTAATTATGGGGAGAAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTCTTGCGTTCATTCGATCGGGATCGATCTAGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCTTGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGGCGAACCCCGCGGCGCCCAGCGC  CT   GGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTGCTTCTTCTCCTCAGCCATGGCTAGCTACTCACTGATTAATAATCTTAGCTTCCTTCAGACAGAGTTAGTCGGTTGCCGGTG]
[-] EMBL CB238400             [                                                  GAACACGAAGTAAAAGCGACGACGTATGACGACGAACAAGAAGGAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGCATACATGTAATTATGGGGAGAAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTCTTGC                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]


>consensus_16185#4 CACAAACGCACTTATTTAATACTCAGTGCGGATACAGAATTAATGTACATGAACACGAAG TAAAAGCGACGACGTATGACGACGAACAAGAAGAAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGC ATACATGTAATTATGGGGAGAAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTCTTGCGTTCAT TCGATCGGGATCGATCTAGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCTTGGCGTCCTTCTTCTCGTG GTGCTCGTGGAAGGCGAACCCCGCGGCGCCCAGCGCGGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTC TTCTCCTTGTCGTAGTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGG AACAGGTGGTGGTGCTTCTTCTCCTCAGCCATGGCTAGCTACTCACTGATTAATAATCTT AGCTTCCTTCAGACAGAGTTAGTCGGTTGCCGGTG



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_16185#0      TTTTTGTTTTTTTTAAACGGAAACCAAAATTTCTGTGTGCAGCACAAACGCACTTATTTA 60
consensus_16185#4      ------------------------------------------CACAAACGCACTTATTTA 18
consensus_16185#1      TTTTTGTTTTTTTTTTT------------TTTCTGTGTGCAGCACAAACGCACTTATTTA 48
consensus_16185#3      ------------------------------------------------CGCACTTATTTA 12
consensus_16185#2      -------TTTTTTT---------------TTTCTGTGTGCAGCACAAACGCACTTATTTA 38
                                                                       ************

consensus_16185#0      ATACTCAG-TGCGGATACAGAATTAATGTACATGAACACGAAGTAAAAGCGACGACGTAT 119
consensus_16185#4      ATACTCAG-TGCGGATACAGAATTAATGTACATGAACACGAAGTAAAAGCGACGACGTAT 77
consensus_16185#1      ATACTCAG-TGCGGATACAGAATTAATGTACATGAACACGAA-TAAAAGCGACGACGTAT 106
consensus_16185#3      ATACTCAG-TGCGGATACAGAATTAATGTACATGAACACGAAGTAAAAGCGACGACGTAT 71
consensus_16185#2      ATACTCAGGTGCGGATACAGAATTAATGTACATGAACACGAAGTACAAGCGACGACGTAT 98
                       ******** ********************************* ** **************

consensus_16185#0      GACGACGAACAAGAAGAAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGCATACATGTAATTATGGG 179
consensus_16185#4      GACGACGAACAAGAAGAAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGCATACATGTAATTATGGG 137
consensus_16185#1      GACGACGAACAAGAAGAAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGCATACATGTAATTANGGG 166
consensus_16185#3      GACGACGAACAAGAAGAAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGCATACATGTAATTATGGG 131
consensus_16185#2      GACGACGAACAAGAAGAAGCAAATTAAGCCATCAACCACATGCATACATGTAATTATGGG 158
                       ******************************************************** ***

consensus_16185#0      GAGAAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTCTTGCGTTCATTCGATCGGGATCGATCT 239
consensus_16185#4      GAGAAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTCTTGCGTTCATTCGATCGGGATCGATCT 197
consensus_16185#1      GAGAAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTCTTGCGTTCATTCGATCGGGATCGATCT 226
consensus_16185#3      GAGAAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTCTTGCGTTCATTCGATCGGGATCGATCT 191
consensus_16185#2      GAGAAAGTAATTAAGCATATAAACCGTTCGTTCTTGCGTTCATTCGATCGGGATCGATCT 218
                       ************************************************************

consensus_16185#0      AGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCT-TGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGGCG 298
consensus_16185#4      AGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCT-TGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGGCG 256
consensus_16185#1      AGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCT-TGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGGCG 285
consensus_16185#3      AGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCT-TGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGGCG 250
consensus_16185#2      AGTATTGGTCGGCGGCGTGCTTCTGTGGCGTCCTTCTTCTCGTGGTGCTCGTGGAAGG-G 277
                       ************************ ********************************* *

consensus_16185#0      AACCCCGCGGCGCCCAGCGCGGCCACCGCCGCCACCTCCTCCTTCACCTTGTGCCCGTGC 358
consensus_16185#4      AACCCCGCGGCGCCCAGCGCGGC------------------------------------- 279
consensus_16185#1      AACCCCGCGGCGCCCAGCGCGGCCACCGCCGCCACCTCCTCCTTCACCTTGTGCCCGTGC 345
consensus_16185#3      ----------CGTTCTCCGTGTCC------------------------------------ 264
consensus_16185#2      AACCCCG--GGGCCCAGCGCGGC-ACCGCCGC--ACTCCTCCTTCACCTTGTGCCCGTGC 332
                                  *  *  ** * *                                     

consensus_16185#0      GCGTTCTCCG-TGTCCTTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGTAGGCGCCGGCGGC 417
consensus_16185#4      ------------------------------------------------------------
consensus_16185#1      GCGTTCTCCG-TGTCCTTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGTAGGCGCCGGCGGC 404
consensus_16185#3      ----------------TTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGTAGGCGCCGGCGGC 308
consensus_16185#2      GCGTTCTCCGGTGTCCTTCTTCGCCTGGTGCTTCTCGTGGAGAGCGTAGGCGCCGGCGG- 391
                                                                                   

consensus_16185#0      GATGGCGCCGAGGCCGCCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTA 477
consensus_16185#4      -------------------------TCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTA 314
consensus_16185#1      GATGGCGCCGAGGCCGCCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTA 464
consensus_16185#3      GATGGCGCCGAGGCCGCCGAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTA 368
consensus_16185#2      GATGGCGCCGAGGCCGC-GAGCTGCTCGAGGTGCTTGTGGTGCTTCTTCTCCTTGTCGTA 450
                                                ***********************************

consensus_16185#0      GTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTG 537
consensus_16185#4      GTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTG 374
consensus_16185#1      GTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTG 524
consensus_16185#3      GTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTG 428
consensus_16185#2      GTCCACCACGCCGGAGCTCTCCTCCTCCCCGTCCTTCTTGTGGTGGAACAGGTGGTGGTG 510
                       ************************************************************

consensus_16185#0      CTT-CTTCTCCTCAGCCA--TGGCTAGCTACTCACTG-ATTAATAATCTTAGCTTCCTTC 593
consensus_16185#4      CTT-CTTCTCCTCAGCCA--TGGCTAGCTACTCACTG-ATTAATAATCTTAGCTTCCTTC 430
consensus_16185#1      CTT-CTTCTCCTCAGCCA--TGGCTAGCTACTCACTG-ATTAATAATCTTAGCTTCCTTC 580
consensus_16185#3      CTT-CTTCTCCTCAGCCA--TGGCTAGTTACTCACTG-ATTAATAATCTTAGCTTCCTTC 484
consensus_16185#2      CTTTCTTCTCCTCAGATGGGTAGCTAGCTACTCACTGGATTAATAATCTTAG--TCCTTC 568
                       *** ***********     * ***** ********* **************  ******

consensus_16185#0      AGACAGAGTTAGTCGGTTGCCGGTGTTGATCTGTGCAAAAGCTAACTAGCAAAGCACATG 653
consensus_16185#4      AGACAGAGTTAGTCGGTTGCCGGTG----------------------------------- 455
consensus_16185#1      AGACAGAGTTAGTCGGTTGCCGGTGTTGATATGTTTTCTACTCCTTCAGTCCA------- 633
consensus_16185#3      AGACAGAGTTAGTCGGTTGCCGGTG----------------------------------- 509
consensus_16185#2      AGACAGAGTTGTTGGTGCGACGCGTGGGGTCGACCCGGAATCCGGACGGTACTGC----- 623
                       **********  * *   * **                                      

consensus_16185#0      TATTTATAGCAAGGAGCGGCTAGCATCAGCTACTTGCTAATAACATTAGTTTGGGCCTCA 713
consensus_16185#4      ------------------------------------------------------------
consensus_16185#1      ------------------------------------------------------------
consensus_16185#3      ------------------------------------------------------------
consensus_16185#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_16185#0      AATCTCAGTTTAGAGGGGGAGGGCGTACTTGGGCGTGTGGTATGTGTTACGCGCAGTTGT 773
consensus_16185#4      ------------------------------------------------------------
consensus_16185#1      ------------------------------------------------------------
consensus_16185#3      ------------------------------------------------------------
consensus_16185#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_16185#0      TGTTGCAGGTATGAACTATTTTCTACTCTTTCAGTCCATG 813
consensus_16185#4      ----------------------------------------
consensus_16185#1      ----------------------------------------
consensus_16185#3      ----------------------------------------
consensus_16185#2      ----------------------------------------
                                                               




Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)