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consensusID : consensus_16832#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 31 consensus length = 879 fasta sequence
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[TCCCCTCCAAGTGCGGCGTCAGCGTCCCCTACACCATCAGCGCTTCCATCGACTGCTNTAGGGTGAGGTGATCGAGCTATATCGATCGGATCGATGATCATATATATACAGCAGCGCGCCGGTTGCCACCTGGGTCGATGTGTGTGGAGCCGAATTCTGTATCCAATACTACTAGTAGTATCTGTATTNTGGAATAAAAGATGAGCTAGCTAGGTCCATCGATCACCATGCATGCATGTGTGTATGGTTATTGATCGGCCCGGTCAGTCCAGCTAGCTTCCTGTTATGTGTGTTCGTCTCGTTTAATTTGCTCCTTTTTGAGGTGTACGTACCAGTGAGAGCTAGAGATTGAGTTTATACCCATCTACATGCATGTGCGTGCTACTAGCTCCTTGTACTACGTGCTTGTTTGGATTATTAAAAAAAAAAAA]
[+] EMBL AU174174 [TCCCCTCCAAGTGCGGCGTCAGCGTCCCCTACACCATCAGCGCTTCCATCGACTGCTNTAGGGTGAGGTGATCGAGCTATATCGATCGGATCGATGATCATATATATACAGCAGCGCGCCGGTTGCCACCTGGGTCGATGTGTGTGGAGCCGAATTCTGTATCCAATACTACTAGTAGTATCTGTATTNTGGAATAAAAGATGAGCTAGCTAGGTCCATCGATCACCATGCATGCATGTGTGTATGGTTATTGATCGGCCCGGTCAGTCCAGCTAGCTTCCTGTTATGTGTGTTCGTCTCGTTTAATTTGCTCCTTTTTGAGGTGTACGTACCAGTGAGAGCTAGAGATTGAGTTTATACCCATCTACATGCATGTGCGTGCTACTAGCTCCTTGTACTACGTGCTTGTTTGGATTATTAAAAAAAAAAAA]
[+] EMBL AU222762 [ GTGATCGAGCTATATCGATCGGATCGATGATCATATATATACAGCAGCGCGCCGGTTGCCACCTGGGTCGATGTGTGTGGAGCCGAATTCTGTATCCAATACTACTAGTAGTATCTGTATTCTGGAATAAAAGATGAGCTAGCTAGGTCCATCGATCACCATGCATGCATGTGTGTATGGTTATTGATCGGCCCGGTCAGTCCAGCTAGCTTCCTGTTATGTGTGTTCGTCTCGTTTAATTTGCTCCTTTTTGAGGTGTACGTACCAGTGAGAGCTAGAGATTGAGTTTATACCCATCTACATGCATGTGCGTGCTACTAGCTCCTTGTACTACGTGCTTGTTTGGATTATTAAAAAAAAAAAA]
consensusID : consensus_16832#3 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 431 fasta sequence
[CTTCCATCGACTGCTTTAGGGTGAGGTGATCGAGCTATATCGATCGGATCGATGATCATATATATACAGCAGCGCGCCGGTTGCCACCTGGGTCGATGTGTGTGGAGCCGAATTCTGTATCCAATACTACTAGTAGTATCTGTATTCTGGAATAAAAGATGAGCTAGCTAGGTCCATCGATCACCATGCATGCATGTGTGTATGGTTATTGATCGGCCCGGTCAGTCCAGCTAGCTTCCTGTTATGTGTGTTCGTCTCGTTTAATTTGCTCCTTTTTGAGGTGTACGTACCAGTGAGAGCTAGAGATTGAGTTTATACCCATCTACATGCATGTGCGGTGCTACTAGCTCCTTGTACTACGTGCTTGTTTGGATTATTACACATACATGTAGCTCTTTTTGGTACACATATGCTCCTTGTAGCTCCAAAAA]
[+] EMBL AU223093 [CTTCCATCGACTGCTTTAGGGTGAGGTGATCGAGCTATATCGATCGGATCGATGATCATATATATACAGCAGCGCGCCGGTTGCCACCTGGGTCGATGTGTGTGGAGCCGAATTCTGTATCCAATACTACTAGTAGTATCTGTATTCTGGAATAAAAGATGAGCTAGCTAGGTCCATCGATCACCATGCATGCATGTGTGTATGGTTATTGATCGGCCCGGTCAGTCCAGCTAGCTTCCTGTTATGTGTGTTCGTCTCGTTTAATTTGCTCCTTTTTGAGGTGTACGTACCAGTGAGAGCTAGAGATTGAGTTTATACCCATCTACATGCATGTGCGGTGCTACTAGCTCCTTGTACTACGTGCTTGTTTGGATTATTACACATACATGTAGCTCTTTTTGGTACACATATGCTCCTTGTAGCTCCAAAAA]
[+] EMBL AU223230 [CTTCCATCGNCTGCTNTAGGGTGAGGTGATCGAGCTATATCGATCGGATCGATGATCATATATATACAGCAGCGCGCCGGTTGCCACCTGGGTCGATGTGTGTGGAGCCGAATTCTGTATCCAATACTACTAGTAGTATCTGTATTCTGGAATAAAAGATGAGCTAGCTAGGTCCATCGATCACCATGCATGCATGTGTGTATGGTTATTGATCGGCCCGGTCAGTCCAGCTAGCTTCCTGTTATGTGTGTTCGTCTCGTTTAATTTGCTCCTTTTTGAGGTGTACGTACCAGTGAGAGCTAGAGATTGAGTTTATACCCATCTACATGCATGTGCGGTGCTACTAGCTCCTTGTACTACGTGCTTGTTTGGATTATTACACATACATGTAaaaaaaa ]
consensusID : consensus_16832#4 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 364 fasta sequence
[TCGCAGCAGCAACCAGCAAGGTAATTAACCAACACCGAGCATCAAGCGCAGTAGCCAAGTCAGCTGAGCTCAGCTAGCTAGCATCCTCTGGATCGATCGAGATGGCCCGTGCACAGTTGGTGTTGGTCGCCGTGGTGGCAGCTCTGCTCCTCGCCGCCCCGCACGCCGCCGTGGCCATCACCTGCGGCCAGGTGAACTCAGCCGTTGGCCCCTGCCTCACCTACGCCCGGGGGGGCGGCGCGGGCCCTTTCCGCGGGCTTCTTGCAACGGCGTTAGGAGCCTTAAGTNCGTTGNCAGAACCANCGTTGACCGGCGNAACGCTTNAACTTGCTTAAGAACGGCGGCCGTGGNATTAAGGGGTTAA]
[+] EMBL OSS1894A [TCGCAGCAGCAACCAGCAAGGTAATTAACCAACACCGAGCATCAAGCGCAGTAGCCAAGTCAGCTGAGCTCAGCTAGCTAGCATCCTCTGGATCGATCGAGATGGCCCGTGCACAGTTGGTGTTGGTCGCCGTGGTGGCAGCTCTGCTCCTCGCCGCCCCGCACGCCGCCGTGGCCATCACCTGCGGCCAGGTGAACTCAGCCGTTGGCCCCTGCCTCACCTACGCCCGGGGGGGCGGCGCGGGCCCTTTCCGCGGGCTTCTTGCAACGGCGTTAGGAGCCTTAAGTNCGTTGNCAGAACCANCGTTGACCGGCGNAACGCTTNAACTTGCTTAAGAACGGCGGCCGTGGNATTAAGGGGTTAA]
[+] EMBL OS1321926 [ CAACCAGCAAGGTAATTAACCAACACCGAGCATCAAGCGCAGTAGCCAAGTCAGCTGAGCTCAGCTAGCTAGCATCCTCTGGATCGATCGAGATGGCCCGTGCACAGTTGGTGTTGGTCGCCGTGGTGGCAGCTCTGCTCCTCGCCGCCCCGCACGCCGCCGTGGCCATCACCTGCGGCCAGGTGAACTCAGCCGTTGGCCNCTGCCTCACCTACG ]
[+] EMBL AU070602 [ CCAGCAAGGTAATTAACCAACACCGAGCATCAAGCGCAGTAGCCAAGTCAGCTGAGCTCAGCTAGCTAGCATCCTCTGGATCGATCGAGATGGCCCGTGCACAGTTGGTGTTGGTCGCCGTGGTGGCAGCTCTGCTCCTCGTCGCCCCGCACGACGACGTGGNCATCACCTGCGGCCAGGTGAACTCAGNCGTTGGNCCCTGtc ]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
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consensus_16832#2 ------------------------------------------------------------
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consensus_16832#1 ------------------------------------------------------------
consensus_16832#0 GAGCATCAAGCGCAGTAGCCAAGTCAGCTGAGCTCAGCTAGCTAGCATCCTCTGGATCGA 120
consensus_16832#4 ------------------------------------------------------------
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consensus_16832#1 ------------------------------------------------------------
consensus_16832#0 TCGAGATGGCCCGTGCACAGTTGGTGTTGGTCGCCGTGGTGGCAGCTCTGCTCCTCGCCG 180
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consensus_16832#2 ------------------------------------------------------------
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consensus_16832#1 ------------------------------------------------------------
consensus_16832#0 CCCCGCACGCCGCCGTGGCCATCACCTGCGGCCAGGTGAACTCAGCCGTTGGCCCCTGCC 240
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consensus_16832#2 ------------------------------------------------------------
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consensus_16832#0 TCACCTACGCCCGCGGCGGCGGCGCCGGCCCTTCCGCGGCCTGCTGCAACGGCGTGAGGA 300
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consensus_16832#2 ------------------------------------------------------------
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consensus_16832#1 GCCTCAAGTCCGNTGCCAGAACCACCGTTGACCGGCGNACCGCCTGCAACTGCCTCAAGA 62
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consensus_16832#3 ------------------------------------------------------------
consensus_16832#1 ACGCCGCCCGTGGCATCAAGGGGCTCAACGCCGGCAACGCCGCCAGCATCCCCTCCAAGT 122
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consensus_16832#4 ------------------------------------------------------------
consensus_16832#2 GCGGCGTCAGCGTCCCCTACACCATCAGCGCTTCCATCGACTGCTNTAGGGTGAGGTGAT 72
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consensus_16832#1 GCGGCGTCAGCGTCCCCTACACCATCAGCGCTTCCATCGACTGCTCTAGGGTGAGGTGAT 182
consensus_16832#0 GCGGCGTCAGCGTCCCCTACACCATCAGCGCTTCCATCGACTGCTCTAGGGTGAGGTGAT 480
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* ** * * * * **** **
consensus_16832#2 CGAGCTATATCGATCGGATCGATGATCATATATATA-CAGCAGCGCGCCGGTTGCCACCT 131
consensus_16832#3 CGAGCTATATCGATCGGATCGATGATCATATATATA-CAGCAGCGCGCCGGTTGCCACCT 89
consensus_16832#1 CGAGCTATATCGATCGGATCGATGATCATATATATA-CAGCAGCGCGCCGGTTGCCACCT 241
consensus_16832#0 CGAGCTATATCGATCGGATCGATGATCATATATATA-CAGCAGCGCGCCGGTTGCCACCT 539
consensus_16832#4 TAACCAACACCGAGC--ATCAAGCGCAGTAGCCAAGTCAGCTGAGCTCAGCTAGCTAGCA 83
* * * * *** * *** * ** * **** * ** * * * ** * *
consensus_16832#2 GGGTCGATGTGTGTGGAGCCGAATTCTGTATCCAATACTACTAGTAGTATCTGTATTNTG 191
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consensus_16832#1 GGGTCGATGTGTGTGGAGCCGAATTCTGTATCCAATACTACTAGTAGTATCTGTATTCTG 301
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** * * *** * * ** ** * * * * ** * ** *
consensus_16832#2 GAATAAAAGATGAGCTAGCTAGGTCCATCGATCACCATGCATGCATGTGTGTATGGTTAT 251
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* **** * * *** * ** *** ** ***
consensus_16832#2 TGATCGGCCCGGTCAGTCCAGCTA--GCTTCCTG--TTATGTGTGTTCGTCTCGTTTAAT 307
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** ***** *** * **** * **** * * * * ** *
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* ***** * ** * * * * * * * ** *** * **
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** ** ** * ** **** * * *
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consensus_16832#3 ACATGTAGCTCTTTTTGGTACACATATGCTCCTTGTAGCTCCAAAAA 431
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| Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||