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consensusID : consensus_17072#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 35 consensus length = 1209 fasta sequence
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[+] EMBL CB632971 [ GAGACCCCGAGGAGCAGAGCAGAGCAGAGCAGAGGCGGCGCCAGCTTT GGAGCTC TCGGGTTTTGATCCAGAGCGTTTGGAATTGGGAAGGATTGATCAAGAACTGGGGATCCTGAGTTGAATATGATATCAAATCCGGTGAATTGGTACAGTTTCGGTCCCGGATAGAATTTGTAGTGATGCCAGATTGGAGGGTGGGCGAG TTTGAAGGTAAGCTCAAGGATGGATTTGCTCGGAGCAATAATAGCGAACATGAAAATGGAGCCGGGACTGTGAGTATATCCAGCAAGAAGTCGAAGCAT GGGGTTGCCAGTGAAAAAAAACCCCATGTTGACATCTCTGGACTGATTGATTCAGATTCGCAGAAATGTAATTCAGAGCAAATCCATTCAGCTAATGGGATAGTATCCCGGGATGTCAACCATGATCACATAGAAAACTGCAAAGTTGAATCAAATGATTTTCCCTTGAATACTATCTCTGAAACAAGATATCCAACAGACAATTGGAACAGTTCTCAGTTTGCTCTGAGCAATGATGGTTCACCTGTTCTCAATAATCAGAGTACTCCACAAACTGGTCATGGCTATGGAGATAATGATCTAACCTACATTGATTGGCCTGCTATTGATAATTTTGAGGACGTC GACAACTTATTCAGGAGGTGTGATTCCACGTA ]
[+] EMBL CB631444 [ GAGCACATCAGAGCAGAGCAGAGGCGGCGCCAGCTTT GGAGCTC TCGGGTTTTGATCCAGAGCGTTTGGAATTGGGAAGGATTGATCAAGAACTGGGGATCCTGAGTTGAATATGATATCAAATCCGGTGAATTGGTACAGTTTCGGTCCCGGATAGAATTTGTAGTGATGCCAGATTGGAGGGTGGGCGAG TTTGAAGGTAAGCTCAAGGATGGATTTGCTCGGAGCAATAATAGCGAACATGAAAATGGAGCCGGGACTGTGAGTATATCCAGCAAGAAGTCGAAGCAT GGGGTTGCCAGTGAAAAAAAACCCCATGTTGACATCTCTGGACTGATTGATTCAGATTCGCAGAAATGTAATTCAGAGCAAATCCATTCAGCTAATGGGATAGTATCCCGGGATGTCAACCATGATCACATAGAAAACTGCAAAGTTGAATCAAATGATTTTCCCTTGAATACTATCTCTGAAACAAGATATCCAACAGACAATTGGAACAGTTCTCAGTTTGCTCTGAGCAATGATGGTTCACCTGTTCTCAATAATCAGAGTACTCCACAAACTGGTCATGGCTATGGAGATAATGATCTAACCTACATTGATTGGCCTGCTATTGATAATTTTGAGGACGTC GACAACTTATTCAGGAGGTGTGATTCCACGTACGGTCAGCAGCAACTGCCGAACACGGATGAACTGTCATGGATTCCTTCTTCAGATGCCATGTACTCTTCTGATGTTGCTATGCAACCAGGGTTTGAATCCTCGTATTCTGATTATGGTATCCTGGATGACCTCTCCGCATTCAATTGTACGGA ]
[+] EMBL CB629324 [ AGCACACCTGAGGCGGCGCCAGCTTT GGAGCTCGTCGGGTTTTGATCCAGAGCGTTTGGAATTGGGAAGGATTGATCAAGAACTGGGGATCCTGAGTTGAATATGATATCAAATCCGGTGAATTGGTACAGTTTCGGTCCCGGATAGAATTTGTAGTGATGCCAGATTGGAGGGTGGGCGAG TTTGAAGGTAAGCTCAAGGATGGATTTGCTCGGAGCAATAATAGCGAACATGAAAATGGAGCCGGGACTGTGAGTATATCCAGCAAGAAGTCGAAGCAT GGGGTTGCCAGTGAAAAAAAACCCCATGTTGACATCTCTGGACTGATTGATTCAGATTCGCAGAAATGTAATTCAAAGCAAATCCATTCAGCTAATGGGATAGTATCCCGGGATGTCAACCATGATCACATAGAAAACTGCAAAGTTGAATCAAATGATTTTCCCTTGAATACTATCTCTGAAACAAGATATCCAACAGACAATTGGAACAGTTCTCAGTTTGCTCTGAGCAATGATGGTTCACCTGTTCTCAATAATCAGAGTACTCCACAAACTGGTCATGGCTATGGAGATAATGATCTAACCTACATTGATTGGCCTGCTATTGATAATTTTGAGGACGTC GACAACTTATTC AGGTGTGATTCCACGTACGGTCAGCATCAACTGCCGAACACGGATGAACTGTCATGGATTCCTTCTTCAGATGCCATGTACTCTTCTGATGTTGC ]
[+] EMBL CB685460 [ cggccTTTTGATCCAGAGCGTTTGGAATTGGGAAGGATTGATCAAGAACTGGGGATCCTGAGTTGAATATGATATCAAATCCGGTGAATTGGTACAGTTTCGGTCCCGGATAGAATTTGTAGTGATGCCAGATTGGAGGGTGGGCGAG TTTGAAGGTAAGCTCAAGGATGGATTTGCTCGGAGCAATAATAGCGAACATGAAAATGGAGCCGGGACTGTGAGTATATCCAGCAAGAAGTCGAAGCAT CGGGTTGACAGTGAAAAAAAACCCCATGTTGACATCTCTGGAGTGATTGATTCAGATTCGCAGAAATGTAATTCAGAGCAAATCCATTCAGCTAATGGGATAGTATCCCGGGATGTCAACCATGATCACATAGAAAACTGCAAAGTTGAATCAAATGATTTTCCCTTGAATACTATCTCTGAAACAAGATATCCAACAGACAATTGGAACAGTTCTCAGTTTGCTCTGAGCAATGATGGTTCACCTGTTCTCAATAATCAGAGTACTCCACAAACTGGTCATGGCTATGGAGATAATGATCTAACCTACATTGATTGGCCTGCTATTGATAATTTTGAGGACGTC GACAACTTATTC AGGTGTGATTCCACGTACGGTCAGCAGCAACTTCCGAACACGGATGAACTGTCATGGATTCCTTCTTCAGATGCCATGTACTCTTCTGATGTTGCTATGCAACCAGGGTTTGAATCCTCGTATTCTGATTA ]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_17072#0 AAATTCGCAGGAGAAATCCCTGGAAGCCTCTAGAGACCGCGCGAACAGGAGACCCCGAGG 60
consensus_17072#1 -----CGCAGGAGAAATCCCTGGAAGCCTCTAGAGACCGCGCGAACAGGAGACCCCGAGG 55
*******************************************************
consensus_17072#0 AGCAGAGCAGAGCAGAGCAGAGGCGGCGCCAGCTTTGGGAGCTCTCGG------------ 108
consensus_17072#1 AGCAGAGCAGAGCAGAGCAGAGGCGGCGCCAGCTTTGG-AGCTCTCGGGTTTTGATCCAG 114
************************************** *********
consensus_17072#0 --------------------ATTGATCAAGAACTGGGGATCCTGAGTTGAATATGATATC 148
consensus_17072#1 AGCGTTTGGAATTGGGAAGGATTGATCAAGAACTGGGGATCCTGAGTTGAATATGATATC 174
****************************************
consensus_17072#0 AAATCCGGTGAATTGGTACAGTTTCGGTCCCGGATAGAATTTGTAGTGATGCCAGATTGG 208
consensus_17072#1 AAATCCGGTGAATTGGTACAGTTTCGGTCCCGGATAGAATTTGTAGTGATGCCAGATTGG 234
************************************************************
consensus_17072#0 AGGGTGGGCGAGTTTGAAGGTAAGCTCAAGGATGGATTTGCTCGGAGCAATAATAGCGAA 268
consensus_17072#1 AGGGTGGGCGAGTTTGAAGGTAAGCTCAAGGATGGATTTGCTCGGAGCAATAATAGCGAA 294
************************************************************
consensus_17072#0 CATGAAAATGGAGCCGGGACTGTGAGTATATCCAGCAAGAAGTCGAAGCATCGGGTTGAC 328
consensus_17072#1 CATGAAAATGGAGCCGGGACTGTGAGTATATCCAGCAAGAAGTCGAAGCATGGGGTTGCC 354
*************************************************** ****** *
consensus_17072#0 AGTGAAAAAAAACCCCATGTTGACATCTCTGGAGTGATTGATTCAGATTCGCAGAAATGT 388
consensus_17072#1 AGTGAAAAAAAACCCCATGTTGACATCTCTGGACTGATTGATTCAGATTCGCAGAAATGT 414
********************************* **************************
consensus_17072#0 AATTCAGAGCAAATCCATTCAGCTAATGGGATAGTATCCCGGGATGTCAACCATGATCAC 448
consensus_17072#1 AATTCAGAGCAAATCCATTCAGCTAATGGGATAGTATCCCGGGATGTCAACCATGATCAC 474
************************************************************
consensus_17072#0 ATAGAAAACTGCAAAGTTGAATCAAATGATTTTCCCTTGAATACTATCTCTGAAACAAGA 508
consensus_17072#1 ATAGAAAACTGCAAAGTTGAATCAAATGATTTTCCCTTGAATACTATCTCTGAAACAAGA 534
************************************************************
consensus_17072#0 TATCCAACAGACAATTGGAACAGTTCTCAGTTTGCTCTGAGCAATGATGGTTCACCTGTT 568
consensus_17072#1 TATCCAACAGACAATTGGAACAGTTCTCAGTTTGCTCTGAGCAATGATGGTTCACCTGTT 594
************************************************************
consensus_17072#0 CTCAATAATCAGAGTACTCCACAAACTGGTCATGGCTATGGAGATAATGATCTAACCTAC 628
consensus_17072#1 CTCAATAATCAGAGTACTCCACAAACTGGTCATGGCTATGGAGATAATGATCTAACCTAC 654
************************************************************
consensus_17072#0 ATTGATTGGCCTGCTATTGATAATTTTGAGGACGTCGACAACTTATTCAGGAGGTGTGAT 688
consensus_17072#1 ATTGATTGGCCTGCTATTGATAATTTTGAGGACGTCGACAACTTATTCAGGAGGTGTGAT 714
************************************************************
consensus_17072#0 TCCACGTACGGTCAGCAGCAACTTCCGAACACGGATGAACTGTCATGGATTCCTTCTTCA 748
consensus_17072#1 TCCACGTACGGTCAGCAGCAACTGCCGAACACGGATGAACTGTCATGGATTCCTTCTTCA 774
*********************** ************************************
consensus_17072#0 GATGCCATGTACTCTTCTGATGTTGCTATGCAACCAGGGTTTGAATCCTCGTATTCTGAT 808
consensus_17072#1 GATGCCATGTACTCTTCTGATGTTGCTATGCAACCAGGGTTTGAATCCTCGTATTCTGAT 834
************************************************************
consensus_17072#0 TATGGTATCCTGGATGACCTCTCCGCATTCAATTGTACGGAAGATAAATCCCTGACAACA 868
consensus_17072#1 TATGGTATCCTGGATGACCTCTCCGCATTCA-TTGTACGGAAGATAA-TCCCTGACAA-- 890
******************************* *************** **********
consensus_17072#0 GCTGATCCTTCAAGTGCTGTATGTGACGAGCAATTCGATGACTCTTATCTGTTCAATGAG 928
consensus_17072#1 ------------------------------------------------------------
consensus_17072#0 CAAAAACCTGAAGATGTTTATGGCGAACAGGCTTACCAAAGGGATGCGATGGAATTGTTG 988
consensus_17072#1 ------------------------------------------------------------
consensus_17072#0 TCCAGCGACCAGATATGCACTGGGCAGGAAAACCTAGATATGATTGGAAATCGATATTCA 1048
consensus_17072#1 ------------------------------------------------------------
consensus_17072#0 TCGGAAAATGCCATGGAACAGCCTGAAGATCAGAAGTTTTCTATAGCTTCAGGTTCTCAA 1108
consensus_17072#1 ------------------------------------------------------------
consensus_17072#0 CTAAGCTCTTCTNNNNNTTTATTGANCNNNNNGAACCACTTGGATNCNACTTCNNNNNNT 1168
consensus_17072#1 ------------------------------------------------------------
consensus_17072#0 AACATAACTTCTGNNNNCTANNCNGAAAGAAATTGCNNNNT 1209
consensus_17072#1 -----------------------------------------
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| Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||