cluster # 1960

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 1960 cluster # 1960 Sequences # 2 consensus # 1
see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_1960#0 length = 1749 sequences # 2
consensusID : consensus_1960#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 1749
fasta sequence
                              [TGTTGCACTAGCTTGATGGACTTGAGGTTTGGTTGTCAAGTTCATGCATGTGTTCTTAAAAGTGGGTTTCAAGGAGATTATGATGTTTCAAAAATGCTTCTTGACATGTATGTGCAAGCTGGGTGCTTTACAAATGCACGCTTGGTATTTGACCGACTGAAAGAAAGAGATGTGTTCTCATGGACAGTTGTTATGTCAACATATGCTAAAACTGTTGAAGGTGAGAAGGCAATAGAATGCTTCCGCTCAATGTTGCGAGAAAACAAAAGGCCTAATGATGCCACATTAGCTACCTCGCTAAGTGTTTGTTCTGATTTGGCGTGCTTGGGCAGTGGCCTCCAGCTGCATTCATATACCATCAAATCAGGATGGAACAGTTCAGTTGTTTCCAGTGCTTTAGTTGACATGTATGTGAAGTGCGGGAACTTAGCAGATGCTGAGATGCTATTTGACGAGTCAGACACACATGACTTAGTTGAATGGAATACAATCATCTGTGGTTATGCTCAACATGGTCATGGGTATAAGGCATTGGAAGCCTTCCAAGAGATGATAGATGAGGGGAATGTACCTGATGAGATAACATTTGTGGGTGTCCTCTCAGCTTGTAGCCATGCAGGATTACTTGATGAGGGAAGGAGGTACTTCAAATTGCTGAGTAGTGTGTATGGAATTACTCCTACACTGGAACACTATGCTTGCATGGTTGATATTCTGGCCAAGGCTGGAAAACTAGCTGAGGCTGAATCTCTTATTAATGAGATGCCATTGACCCCAGATGCATCCTTATGGAAGACCATTCTTGGAGCATGTAGGATGCATGGAAACATTGAGATTGCTGAGCGAGCAGCAGAAAAATTGTTTGAGTCACAACCAGATGATATATCTTCTTGCATATTGTTGTCTAACATTTATGCGGATTTAAAAAGGTGGAATGATGTTGCTAAACTTAGGAGTATGCTAGTAGATCGTGGAGTAAAGAAGGAACCAGGGTGCAGCTGGATTGAAATCAATGGGAAGTTACATGTTTTCCTGTCACAAGATGGGTGCGCTAAATACTAAAATTTGAGTGGTGTATTTCACCCATCTTGGTCCTGCAATCTGAAATGTCAATGCAGTCACAGGCCAGAAAACCGGTTCCAGGCTAATCTTAGGGTAAACTATACTGCTGGAAACGTAGATTTGTCTGAAGACTTATATAGTTGCCCACTTAACTGGCAGTAACTCACACATATCAGGATAAATGCAGACTGAGGAGAGTTCCTTAGTCGAGGCATATGGAAATGGTAAGGCAATATTGCCTGCCATTGTGAGTAAAGAATTGGTTACAGATTAATGTGGCACACGAAGAGCCTGTCCTACTTCAGTGGATACTGGATTGCTCATATCACATTTATATTCAAATTGGGATGGTTGTGCAGGTGGGGTGATCAACTTGTTGACCAACTTAAGTAAGGTCTGTTCGAGTTCCTCGCCATTATTCCATGGATGAACCTCGGCCTTGAGAAGCTGTTTGTTGCTGCTGATGAGATTCCAGAGGGGGTATTTCTCCTTTGGCATGACATAGTCCCCTTCCCCTAGCTTAAGGGAGGGGCAATAATCTCCTCTGCCATCACCAATGTAGATGAAATGCCTTTTACCATTGGCCGTCTCCAGGCTGACTTGCCTGCCTCCCTCCTCCTTACACATGTTTGCTCTCTGATTCTGTATCCCATGGTACCATTAATTAGTAGATCGATCGTGGTCATC]

[+] EMBL AK064442             [TGTTGCACTAGCTTGATGGACTTGAGGTTTGGTTGTCAAGTTCATGCATGTGTTCTTAAAAGTGGGTTTCAAGGAGATTATGATGTTTCAAAAATGCTTCTTGACATGTATGTGCAAGCTGGGTGCTTTACAAATGCACGCTTGGTATTTGACCGACTGAAAGAAAGAGATGTGTTCTCATGGACAGTTGTTATGTCAACATATGCTAAAACTGTTGAAGGTGAGAAGGCAATAGAATGCTTCCGCTCAATGTTGCGAGAAAACAAAAGGCCTAATGATGCCACATTAGCTACCTCGCTAAGTGTTTGTTCTGATTTGGCGTGCTTGGGCAGTGGCCTCCAGCTGCATTCATATACCATCAAATCAGGATGGAACAGTTCAGTTGTTTCCAGTGCTTTAGTTGACATGTATGTGAAGTGCGGGAACTTAGCAGATGCTGAGATGCTATTTGACGAGTCAGACACACATGACTTAGTTGAATGGAATACAATCATCTGTGGTTATGCTCAACATGGTCATGGGTATAAGGCATTGGAAGCCTTCCAAGAGATGATAGATGAGGGGAATGTACCTGATGAGATAACATTTGTGGGTGTCCTCTCAGCTTGTAGCCATGCAGGATTACTTGATGAGGGAAGGAGGTACTTCAAATTGCTGAGTAGTGTGTATGGAATTACTCCTACACTGGAACACTATGCTTGCATGGTTGATATTCTGGCCAAGGCTGGAAAACTAGCTGAGGCTGAATCTCTTATTAATGAGATGCCATTGACCCCAGATGCATCCTTATGGAAGACCATTCTTGGAGCATGTAGGATGCATGGAAACATTGAGATTGCTGAGCGAGCAGCAGAAAAATTGTTTGAGTCACAACCAGATGATATATCTTCTTGCATATTGTTGTCTAACATTTATGCGGATTTAAAAAGGTGGAATGATGTTGCTAAACTTAGGAGTATGCTAGTAGATCGTGGAGTAAAGAAGGAACCAGGGTGCAGCTGGATTGAAATCAATGGGAAGTTACATGTTTTCCTGTCACAAGATGGGTGCGCTAAATACTAAAATTTGAGTGGTGTATTTCACCCATCTTGGTCCTGCAATCTGAAATGTCAATGCAGTCACAGGCCAGAAAACCGGTTCCAGGCTAATCTTAGGGTAAACTATACTGCTGGAAACGTAGATTTGTCTGAAGACTTATATAGTTGCCCACTTAACTGGCAGTAACTCACACATATCAGGATAAATGCAGACTGAGGAGAGTTCCTTAGTCGAGGCATATGGAAATGGTAAGGCAATATTGCCTGCCATTGTGAGTAAAGAATTGGTTACAGATTAATGTGGCACACGAAGAGCCTGTCCTACTTCAGTGGATACTGGATTGCTCATATCACATTTATATTCAAATTGGGATGGTTGTGCAGGTGGGGTGATCAACTTGTTGACCAACTTAAGTAAGGTCTGTTCGAGTTCCTCGCCATTATTCCATGGATGAACCTCGGCCTTGAGAAGCTGTTTGTTGCTGCTGATGAGATTCCAGAGGGGGTATTTCTCCTTTGGCATGACATAGTCCCCTTCCCCTAGCTTAAGGGAGGGGCAATAATCTCCTCTGCCATCACCAATGTAGATGAAATGCCTTTTACCATTGGCCGTCTCCAGGCTGACTTGCCTGCCTCCCTCCTCCTTACACATGTTTGCTCTCTGATTCTGTATCCCATGGTACCATTAATTAGTAGATCGATCGTGGTCATC]
[+] EMBL CB638470             [                                                                                                                                                                                                                         AAGGTGAGAAGGCAATAGAATGCTTCCGCTCAATGTTGCGAGAAAACAAAAGGCCTAATGATGCCACATTAGCTACCTCGCTAAGTGTTTGTTCTGATTTGGCGTGCTTGGGCAGTGGCCTCCAGCTGCATTCATATACCATCAAATCAGGATGGAACAGTTCAGTTGTTTCCAGTGCTTTAGTTGACATGTATGTGAAGTGCGGGAACTTAGCAGATGCTGAGATGCTATTTGACGAGTCAGACACACATGACTTAGTTGAATGGAATACAATCATCTGTGGTTATGCTCAACATGGTCATGGGTATAAGGCATTGGAAGCCTTCCAAGAGATGATAGATGAGGGGAATGTACCTGATGAGATAACATTTGTGGGTGTCCTCTCAGCTTGTAGCCATGCAGGATTACTTGATGAGGGAAGGAGGTACTTCAAATTGCTGAGTAGTGTGTATGGAATTACTCCTACACTGGAACACTATGCTTGCATGGTTGATATTCTGGCCAAGGCTGGAAAACTAGCTGAGGCTGAATCTCTTATTAATGAGATGCCATTGACCCCAGATGCATCCTTATGGAAGACCATTCTTGGAGCATGTAGGATGCAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]




>consensus_1960#0
TGTTGCACTAGCTTGATGGACTTGAGGTTTGGTTGTCAAGTTCATGCATGTGTTCTTAAA
AGTGGGTTTCAAGGAGATTATGATGTTTCAAAAATGCTTCTTGACATGTATGTGCAAGCT
GGGTGCTTTACAAATGCACGCTTGGTATTTGACCGACTGAAAGAAAGAGATGTGTTCTCA
TGGACAGTTGTTATGTCAACATATGCTAAAACTGTTGAAGGTGAGAAGGCAATAGAATGC
TTCCGCTCAATGTTGCGAGAAAACAAAAGGCCTAATGATGCCACATTAGCTACCTCGCTA
AGTGTTTGTTCTGATTTGGCGTGCTTGGGCAGTGGCCTCCAGCTGCATTCATATACCATC
AAATCAGGATGGAACAGTTCAGTTGTTTCCAGTGCTTTAGTTGACATGTATGTGAAGTGC
GGGAACTTAGCAGATGCTGAGATGCTATTTGACGAGTCAGACACACATGACTTAGTTGAA
TGGAATACAATCATCTGTGGTTATGCTCAACATGGTCATGGGTATAAGGCATTGGAAGCC
TTCCAAGAGATGATAGATGAGGGGAATGTACCTGATGAGATAACATTTGTGGGTGTCCTC
TCAGCTTGTAGCCATGCAGGATTACTTGATGAGGGAAGGAGGTACTTCAAATTGCTGAGT
AGTGTGTATGGAATTACTCCTACACTGGAACACTATGCTTGCATGGTTGATATTCTGGCC
AAGGCTGGAAAACTAGCTGAGGCTGAATCTCTTATTAATGAGATGCCATTGACCCCAGAT
GCATCCTTATGGAAGACCATTCTTGGAGCATGTAGGATGCATGGAAACATTGAGATTGCT
GAGCGAGCAGCAGAAAAATTGTTTGAGTCACAACCAGATGATATATCTTCTTGCATATTG
TTGTCTAACATTTATGCGGATTTAAAAAGGTGGAATGATGTTGCTAAACTTAGGAGTATG
CTAGTAGATCGTGGAGTAAAGAAGGAACCAGGGTGCAGCTGGATTGAAATCAATGGGAAG
TTACATGTTTTCCTGTCACAAGATGGGTGCGCTAAATACTAAAATTTGAGTGGTGTATTT
CACCCATCTTGGTCCTGCAATCTGAAATGTCAATGCAGTCACAGGCCAGAAAACCGGTTC
CAGGCTAATCTTAGGGTAAACTATACTGCTGGAAACGTAGATTTGTCTGAAGACTTATAT
AGTTGCCCACTTAACTGGCAGTAACTCACACATATCAGGATAAATGCAGACTGAGGAGAG
TTCCTTAGTCGAGGCATATGGAAATGGTAAGGCAATATTGCCTGCCATTGTGAGTAAAGA
ATTGGTTACAGATTAATGTGGCACACGAAGAGCCTGTCCTACTTCAGTGGATACTGGATT
GCTCATATCACATTTATATTCAAATTGGGATGGTTGTGCAGGTGGGGTGATCAACTTGTT
GACCAACTTAAGTAAGGTCTGTTCGAGTTCCTCGCCATTATTCCATGGATGAACCTCGGC
CTTGAGAAGCTGTTTGTTGCTGCTGATGAGATTCCAGAGGGGGTATTTCTCCTTTGGCAT
GACATAGTCCCCTTCCCCTAGCTTAAGGGAGGGGCAATAATCTCCTCTGCCATCACCAAT
GTAGATGAAATGCCTTTTACCATTGGCCGTCTCCAGGCTGACTTGCCTGCCTCCCTCCTC
CTTACACATGTTTGCTCTCTGATTCTGTATCCCATGGTACCATTAATTAGTAGATCGATC
GTGGTCATC
clustalw multiple alignements is not computed in this case