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Oryza sativa
cluster # 3187 cluster # 3187       Sequences # 2       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_3187#0 length = 1632 sequences # 2  

consensusID : consensus_3187#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 1632
fasta sequence
                              [GCGGCCTACTATGGCTTCGCGGGGGCCGCCTCGGTTTCTGCCCGTTGCCTCGCCAACTCCGCCGTCGTCAAGGATATGGCCGTGTTTGTTGGCGCGTCCAAGGAATCCCCGTTCGCGGGCCGGCCATTGCCGAGGTTTCCGGTACAGCGTGTGCCGCTGCACTCGACGACGAGCTTTGCGGTCTTGGGTAGGGAGAGCGGGATGAGCCATGTCCCGGAATGGCTCCCGGCCTTTCCGGAACCTCACACGTATGTGAGGAGCGAGTTGTGGAGTGAGGAGGTGGCTAAGGCTGGGGCGGATGAGGTGGAGCGGGCGCGGCAGCGGAGGAAAGCTGAGAAGTCGCTGCTCAGCCTGCAACGGCGTCTTGCTCTTGCAGGTGCCGACGGGTTCCGACCAGGAATGCTGGTCGATGATGCAGTCAAAGCGAACGGACTAGATGTGGTTGAGAGCAAGGCGAATCCGTTTCATGAGCGAGCTTTGCCTTATGGGGAGAAGGCGGTGTCCGAGGTTACCATGCCTGGTGTGGGGAAGACATTCTCTGTTGTTGAGGCCTTCGCACCCGCATTTGAAGAATCAAAAGGTGGAGAATTTGATGAGGGTATGGATCAGGGCCAAAATGATAGTCAGACTCAGAAGAGGGTTGTTCCAAAAGAGAGGCCACCGGTGTATTTTAGAATTGGGATTGATAAGAAGTCAATGGTGATGGCACTGAATTCGAGAGCTCTGGTTGAACTGAAGGATCCCTGGTTCTTCAAGGAGGATAAGGAGCAGAGGGCAGAGTTGATACTAAGGGAAGCAATGGATAATCCACATGAACTTACTCAGCTTTAACGTTCCTGTATGTTTGCAGTACCCACAGAGCTGCATGGTGAATTTTGGACTGGCTAAACTAGGGACTTTTCAAATTCATGTTGGAGCAGCATTTGCCAAGATCTTGAGATATGCTATTGCTATACTGATGAATCCATGATGCAACCTTCTCTCAGTTGGAGTGACCTGCTCTGAGTGGCGTGTTGATGGATTGATTTGTGATGAACACCAGTCCAAACTGTGGCACCATCTTGCTTGTCAAACCTTCTTATACAAGTTAAAATTCCCATTCTTGTTCTCCGGTGCTTTACTTGATCACAGAAATGGCATATCAAAAGGAACTGGTGCTGGTCAGCTCCATCTGTAACTCTATTTCTCCTAGCAAGCAGCGATGTTCATACTTCAACCAGGCTGACTCTACTAACTAAAAGCTCACAAATATACCGGAAGAACCTTGCAGTAACAAGCCTTTGCTGTACTCTGGTCATTGGTTAACTATTGTGTCTCATTAGTTTGCTTTGTGGATATATGTCAGCGGTTTGACAGATCTCCTGATGCTCTGTGGTGGTTGGCAGTCTCCAGCTACATGGCCACTTTATTGGCCATCAGTTATATATTAATTGTTGTTAAATTGCTGCGTTAGTTGCTTGGTTGCAACAACATTGTAGTAGATTTGTACCATATGATTGATGATTCATTTGGTACTGGGTGACCCTGTAGATTATCCCGGCCCTTCTGAATTGCAAATCATACCTTTTCTGTAAACTGTAAAAAGCAAACAGTGACAGTTGTGAAGAACAGTTATCCTCGCAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL AK102310             [GCGGCCTACTATGGCTTCGCGGGGGCCGCCTCGGTTTCTGCCCGTTGCCTCGCCAACTCCGCCGTCGTCAAGGATATGGCCGTGTTTGTTGGCGCGTCCAAGGAATCCCCGTTCGCGGGCCGGCCATTGCCGAGGTTTCCGGTACAGCGTGTGCCGCTGCACTCGACGACGAGCTTTGCGGTCTTGGGTAGGGAGAGCGGGATGAGCCATGTCCCGGAATGGCTCCCGGCCTTTCCGGAACCTCACACGTATGTGAGGAGCGAGTTGTGGAGTGAGGAGGTGGCTAAGGCTGGGGCGGATGAGGTGGAGCGGGCGCGGCAGCGGAGGAAAGCTGAGAAGTCGCTGCTCAGCCTGCAACGGCGTCTTGCTCTTGCAGGTGCCGACGGGTTCCGACCAGGAATGCTGGTCGATGATGCAGTCAAAGCGAACGGACTAGATGTGGTTGAGAGCAAGGCGAATCCGTTTCATGAGCGAGCTTTGCCTTATGGGGAGAAGGCGGTGTCCGAGGTTACCATGCCTGGTGTGGGGAAGACATTCTCTGTTGTTGAGGCCTTCGCACCCGCATTTGAAGAATCAAAAGGTGGAGAATTTGATGAGGGTATGGATCAGGGCCAAAATGATAGTCAGACTCAGAAGAGGGTTGTTCCAAAAGAGAGGCCACCGGTGTATTTTAGAATTGGGATTGATAAGAAGTCAATGGTGATGGCACTGAATTCGAGAGCTCTGGTTGAACTGAAGGATCCCTGGTTCTTCAAGGAGGATAAGGAGCAGAGGGCAGAGTTGATACTAAGGGAAGCAATGGATAATCCACATGAACTTACTCAGCTTTAACGTTCCTGTATGTTTGCAGTACCCACAGAGCTGCATGGTGAATTTTGGACTGGCTAAACTAGGGACTTTTCAAATTCATGTTGGAGCAGCATTTGCCAAGATCTTGAGATATGCTATTGCTATACTGATGAATCCATGATGCAACCTTCTCTCAGTTGGAGTGACCTGCTCTGAGTGGCGTGTTGATGGATTGATTTGTGATGAACACCAGTCCAAACTGTGGCACCATCTTGCTTGTCAAACCTTCTTATACAAGTTAAAATTCCCATTCTTGTTCTCCGGTGCTTTACTTGATCACAGAAATGGCATATCAAAAGGAACTGGTGCTGGTCAGCTCCATCTGTAACTCTATTTCTCCTAGCAAGCAGCGATGTTCATACTTCAACCAGGCTGACTCTACTAACTAAAAGCTCACAAATATACCGGAAGAACCTTGCAGTAACAAGCCTTTGCTGTACTCTGGTCATTGGTTAACTATTGTGTCTCATTAGTTTGCTTTGTGGATATATGTCAGCGGTTTGACAGATCTCCTGATGCTCTGTGGTGGTTGGCAGTCTCCAGCTACATGGCCACTTTATTGGCCATCAGTTATATATTAATTGTTGTTAAATTGCTGCGTTAGTTGCTTGGTTGCAACAACATTGTAGTAGATTTGTACCATATGATTGATGATTCATTTGGTACTGGGTGACCCTGTAGATTATCCCGGCCCTTCTGAATTGCAAATCATACCTTTTCTGTAAACTGTAAAAAGCAAACAGTGACAGTTGTGAAGAACAG                     ]
[+] EMBL AU166266             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CAACCAGGCTGACTCTACTAACTAAAAGCTCACAAATATACCGGAAGAACCTTGCAGTAACAAGCCTTTGCTGTACTCTGGTCATTGGTTAACTATTGTGTCTCATTAGTTTGCTTTGTGGATATATGTCAGCGGTTTGACAGATCTCCTGATGCTCTGTGGTGGTTGGCAGTCTCCAGCTACATGGCCACTTTATTGGCCATCAGTTATATATTAATTGTTGTTAAATTGCTGCGTTAGTTGCTTGGTTGCAACAACATTGTAGTAGATTTGTACCATATGATTGATGATTCATTTGGTACTGGGTGACCCTGTAGATTATCCCGGCCCTTNTGAATTGCAAATCATACCTTTTCTGTAAACTGTAAAAAGCAAACAGTGACAGTTGTGAAGAACAGTTATCCTCGCAAAAAAAAAAA]


>consensus_3187#0 GCGGCCTACTATGGCTTCGCGGGGGCCGCCTCGGTTTCTGCCCGTTGCCTCGCCAACTCC GCCGTCGTCAAGGATATGGCCGTGTTTGTTGGCGCGTCCAAGGAATCCCCGTTCGCGGGC CGGCCATTGCCGAGGTTTCCGGTACAGCGTGTGCCGCTGCACTCGACGACGAGCTTTGCG GTCTTGGGTAGGGAGAGCGGGATGAGCCATGTCCCGGAATGGCTCCCGGCCTTTCCGGAA CCTCACACGTATGTGAGGAGCGAGTTGTGGAGTGAGGAGGTGGCTAAGGCTGGGGCGGAT GAGGTGGAGCGGGCGCGGCAGCGGAGGAAAGCTGAGAAGTCGCTGCTCAGCCTGCAACGG CGTCTTGCTCTTGCAGGTGCCGACGGGTTCCGACCAGGAATGCTGGTCGATGATGCAGTC AAAGCGAACGGACTAGATGTGGTTGAGAGCAAGGCGAATCCGTTTCATGAGCGAGCTTTG CCTTATGGGGAGAAGGCGGTGTCCGAGGTTACCATGCCTGGTGTGGGGAAGACATTCTCT GTTGTTGAGGCCTTCGCACCCGCATTTGAAGAATCAAAAGGTGGAGAATTTGATGAGGGT ATGGATCAGGGCCAAAATGATAGTCAGACTCAGAAGAGGGTTGTTCCAAAAGAGAGGCCA CCGGTGTATTTTAGAATTGGGATTGATAAGAAGTCAATGGTGATGGCACTGAATTCGAGA GCTCTGGTTGAACTGAAGGATCCCTGGTTCTTCAAGGAGGATAAGGAGCAGAGGGCAGAG TTGATACTAAGGGAAGCAATGGATAATCCACATGAACTTACTCAGCTTTAACGTTCCTGT ATGTTTGCAGTACCCACAGAGCTGCATGGTGAATTTTGGACTGGCTAAACTAGGGACTTT TCAAATTCATGTTGGAGCAGCATTTGCCAAGATCTTGAGATATGCTATTGCTATACTGAT GAATCCATGATGCAACCTTCTCTCAGTTGGAGTGACCTGCTCTGAGTGGCGTGTTGATGG ATTGATTTGTGATGAACACCAGTCCAAACTGTGGCACCATCTTGCTTGTCAAACCTTCTT ATACAAGTTAAAATTCCCATTCTTGTTCTCCGGTGCTTTACTTGATCACAGAAATGGCAT ATCAAAAGGAACTGGTGCTGGTCAGCTCCATCTGTAACTCTATTTCTCCTAGCAAGCAGC GATGTTCATACTTCAACCAGGCTGACTCTACTAACTAAAAGCTCACAAATATACCGGAAG AACCTTGCAGTAACAAGCCTTTGCTGTACTCTGGTCATTGGTTAACTATTGTGTCTCATT AGTTTGCTTTGTGGATATATGTCAGCGGTTTGACAGATCTCCTGATGCTCTGTGGTGGTT GGCAGTCTCCAGCTACATGGCCACTTTATTGGCCATCAGTTATATATTAATTGTTGTTAA ATTGCTGCGTTAGTTGCTTGGTTGCAACAACATTGTAGTAGATTTGTACCATATGATTGA TGATTCATTTGGTACTGGGTGACCCTGTAGATTATCCCGGCCCTTCTGAATTGCAAATCA TACCTTTTCTGTAAACTGTAAAAAGCAAACAGTGACAGTTGTGAAGAACAGTTATCCTCG CAAAAAAAAAAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)