cluster # 3407

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 3407 cluster # 3407 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_3407#0 length = 1085 sequences # 1

consensus_3407#1 length = 1032 sequences # 1

consensusID : consensus_3407#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 1085
fasta sequence

                              [CTACAACTCAACTTGTCCTTAAACAACCTATCTTCAGCGAAAATAAGGAGAAATGGGGGGCAAGTCTGCAACCAAGGCCGCGTACTTCGACAAGCTCAAGGGCTTGCTCGAGGAGTACCGCTCCATCTTCATCTGCGGTGTTGACAATGTCTCCTCCCAGCAGATGCACGAGATCCGTGCCGCTCTCCGTGGTGAGGCCGTCGTCCTGATGGGTAAGAACACCATGGTCCGTCGTGCCCTGAAGGGTTTCGTCGCCGAGAACCCCGAGTGGGAGCGTCTTCTGCCCCACGTCAAGGGTAACGTTGGTTTCATCTTCACCAACGGTGATCTCTCCGAGATCAAGGAGAAGATCCTGGCCAACCGTGTCGCCGCCCCCGCCCGTGCTGGTGCCTTCGCTCCCGCCGATGTCTGGGTTCCCGCCGGTAACACTGGTATGGAGCCTGGTAAGACCTCTTTCTTCCAGGCTCTCGGTGTCCCCACCAAGATTGCTCGTGGTACCATCGAAATTGTCTCTGACCTCAAGCTCATTGAGGCCGGTAACAAGGTCGGTGCTTCCGAGGCTGCTCTGCTGAACTTGCTGAACATCTCTCCCTTCACCTACGGTATGACCATCAGCCAGGTCTACGACCAGGGTCAGATCTTCAGCGCCGATGTCCTTGACATTGGTGAGGACCAGCTCCTCAAGACCTTCAGCCAGGCTATCCAGACCATCGCCGCTCTGTCCCTGGCCACCAACATCCCCACCATTCCCGCCACCATCCACTCCATCGTCAACGCCTACAAGAAGGTTCTTGCTGTCGCTGTCGAGACTGAGATCAGCTGGCCCGAGATTGAGGAGCTCAAGGACCGCATCGCCAACCCCGATGCTTACGCCTCTGCTGCTCCCGCCGCTGCCGCCGCTACCGGTGGTGACGCCCCCGCTGCCGCTGCCCCCGCTGAGGCTGAGGAGGAGTCCGACGAGGACATGGGCTTCGGTCTTTTCGACTAAACGGCTCGTCCTAGGACGGATACGACTGCCATGTTTTAGATACTTTGATTTAACCTGGACCTGAAAATGGCCGGGTAATGAAATTATGACGACTTGG]

[+] EMBL AK110702             [CTACAACTCAACTTGTCCTTAAACAACCTATCTTCAGCGAAAATAAGGAGAAATGGGGGGCAAGTCTGCAACCAAGGCCGCGTACTTCGACAAGCTCAAGGGCTTGCTCGAGGAGTACCGCTCCATCTTCATCTGCGGTGTTGACAATGTCTCCTCCCAGCAGATGCACGAGATCCGTGCCGCTCTCCGTGGTGAGGCCGTCGTCCTGATGGGTAAGAACACCATGGTCCGTCGTGCCCTGAAGGGTTTCGTCGCCGAGAACCCCGAGTGGGAGCGTCTTCTGCCCCACGTCAAGGGTAACGTTGGTTTCATCTTCACCAACGGTGATCTCTCCGAGATCAAGGAGAAGATCCTGGCCAACCGTGTCGCCGCCCCCGCCCGTGCTGGTGCCTTCGCTCCCGCCGATGTCTGGGTTCCCGCCGGTAACACTGGTATGGAGCCTGGTAAGACCTCTTTCTTCCAGGCTCTCGGTGTCCCCACCAAGATTGCTCGTGGTACCATCGAAATTGTCTCTGACCTCAAGCTCATTGAGGCCGGTAACAAGGTCGGTGCTTCCGAGGCTGCTCTGCTGAACTTGCTGAACATCTCTCCCTTCACCTACGGTATGACCATCAGCCAGGTCTACGACCAGGGTCAGATCTTCAGCGCCGATGTCCTTGACATTGGTGAGGACCAGCTCCTCAAGACCTTCAGCCAGGCTATCCAGACCATCGCCGCTCTGTCCCTGGCCACCAACATCCCCACCATTCCCGCCACCATCCACTCCATCGTCAACGCCTACAAGAAGGTTCTTGCTGTCGCTGTCGAGACTGAGATCAGCTGGCCCGAGATTGAGGAGCTCAAGGACCGCATCGCCAACCCCGATGCTTACGCCTCTGCTGCTCCCGCCGCTGCCGCCGCTACCGGTGGTGACGCCCCCGCTGCCGCTGCCCCCGCTGAGGCTGAGGAGGAGTCCGACGAGGACATGGGCTTCGGTCTTTTCGACTAAACGGCTCGTCCTAGGACGGATACGACTGCCATGTTTTAGATACTTTGATTTAACCTGGACCTGAAAATGGCCGGGTAATGAAATTATGACGACTTGG]




>consensus_3407#0
CTACAACTCAACTTGTCCTTAAACAACCTATCTTCAGCGAAAATAAGGAGAAATGGGGGG
CAAGTCTGCAACCAAGGCCGCGTACTTCGACAAGCTCAAGGGCTTGCTCGAGGAGTACCG
CTCCATCTTCATCTGCGGTGTTGACAATGTCTCCTCCCAGCAGATGCACGAGATCCGTGC
CGCTCTCCGTGGTGAGGCCGTCGTCCTGATGGGTAAGAACACCATGGTCCGTCGTGCCCT
GAAGGGTTTCGTCGCCGAGAACCCCGAGTGGGAGCGTCTTCTGCCCCACGTCAAGGGTAA
CGTTGGTTTCATCTTCACCAACGGTGATCTCTCCGAGATCAAGGAGAAGATCCTGGCCAA
CCGTGTCGCCGCCCCCGCCCGTGCTGGTGCCTTCGCTCCCGCCGATGTCTGGGTTCCCGC
CGGTAACACTGGTATGGAGCCTGGTAAGACCTCTTTCTTCCAGGCTCTCGGTGTCCCCAC
CAAGATTGCTCGTGGTACCATCGAAATTGTCTCTGACCTCAAGCTCATTGAGGCCGGTAA
CAAGGTCGGTGCTTCCGAGGCTGCTCTGCTGAACTTGCTGAACATCTCTCCCTTCACCTA
CGGTATGACCATCAGCCAGGTCTACGACCAGGGTCAGATCTTCAGCGCCGATGTCCTTGA
CATTGGTGAGGACCAGCTCCTCAAGACCTTCAGCCAGGCTATCCAGACCATCGCCGCTCT
GTCCCTGGCCACCAACATCCCCACCATTCCCGCCACCATCCACTCCATCGTCAACGCCTA
CAAGAAGGTTCTTGCTGTCGCTGTCGAGACTGAGATCAGCTGGCCCGAGATTGAGGAGCT
CAAGGACCGCATCGCCAACCCCGATGCTTACGCCTCTGCTGCTCCCGCCGCTGCCGCCGC
TACCGGTGGTGACGCCCCCGCTGCCGCTGCCCCCGCTGAGGCTGAGGAGGAGTCCGACGA
GGACATGGGCTTCGGTCTTTTCGACTAAACGGCTCGTCCTAGGACGGATACGACTGCCAT
GTTTTAGATACTTTGATTTAACCTGGACCTGAAAATGGCCGGGTAATGAAATTATGACGA
CTTGG

consensusID : consensus_3407#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 1032
fasta sequence

                              [AAAACCAGCCTTAAAGAATTCCTATACCGCAGGACGCTATGGGTGGCAAATCGGCAACCAAGTCGCAGTACTTCGACAAGCTGAAGTCGCTCCTCGAGGAGTACCACAGCATCTTCATCGTCGGTGTCGACAATGTCTCGTCTCAGCAGATGCACGAGATCCGTCACGCCATGCGCTCCAAGGGTGTGATCCTTATGGGAAAGAACACCATGGTCCGCCGTGCGCTCAAGGGCTTCGTCTCTGAGCACCCCGAGTACGAGCGTCTCCTCCCCTACGTCAAGGGCAACGTCGGTTTCGTTTTCACCAACGAGGAGCTCAAGGAGATCCGCAGTCTCATCCTCGACAACCGTGTCGCTGCCCCTGCCCGTCCCGGTGCCGTCGCCCCCGGTGATGTCTACATCCCCGCTGGCAACACCGGTATGGAGCCCGGTAAGACCTCTTTCTTCCAGGCTCTTGGTGTCCCCACCAAGATTGCCCGTGGTACCATTGAGATCACCTCCGACCTCAAGCTCATTGAGGCCGGCTCCAAGGTCGGTGCCTCCGAGGCCACCCTCCTTAACTTGCTTAACATCTCTCCGTTCACCTACGGTATGACTGTTACTCAGATCTACGACCACGGTCAGACCTTTGCCAGCGATGTTCTTGACATCGAGGAGTCTCAGCTCCTCAAGGCCTTCACCTCGGCCATCAACACCATCGCCTGCATCTCCCTGGCTACCAACTACCCTACTCTTCCCTCCGTCATGCACAGCCTTGTCAACTCTTACAAGAACGCCATCGCTGTTGCCATCGAGATCGAGTACGAGTGGGAGGCCATCCACGAGCTCAAGGACCGCATCGCCAACCCCGATGCTTACGCCGCTGCTGCCCCTGCCGCTGGCTCCGCCCCTGCCGCCGCCGCCGACGCTCCCGCTGAGGAGAAGAAGGCTGAGTCCGAGGAGGAGGAGGACGATGACATGGGCTTCGGTCTCTTCGACTAAGCGTTTGCTTTGCAATTCGACTAGACAGATGCCGATAATGTATCATTGACTA]

[+] EMBL AK109195             [AAAACCAGCCTTAAAGAATTCCTATACCGCAGGACGCTATGGGTGGCAAATCGGCAACCAAGTCGCAGTACTTCGACAAGCTGAAGTCGCTCCTCGAGGAGTACCACAGCATCTTCATCGTCGGTGTCGACAATGTCTCGTCTCAGCAGATGCACGAGATCCGTCACGCCATGCGCTCCAAGGGTGTGATCCTTATGGGAAAGAACACCATGGTCCGCCGTGCGCTCAAGGGCTTCGTCTCTGAGCACCCCGAGTACGAGCGTCTCCTCCCCTACGTCAAGGGCAACGTCGGTTTCGTTTTCACCAACGAGGAGCTCAAGGAGATCCGCAGTCTCATCCTCGACAACCGTGTCGCTGCCCCTGCCCGTCCCGGTGCCGTCGCCCCCGGTGATGTCTACATCCCCGCTGGCAACACCGGTATGGAGCCCGGTAAGACCTCTTTCTTCCAGGCTCTTGGTGTCCCCACCAAGATTGCCCGTGGTACCATTGAGATCACCTCCGACCTCAAGCTCATTGAGGCCGGCTCCAAGGTCGGTGCCTCCGAGGCCACCCTCCTTAACTTGCTTAACATCTCTCCGTTCACCTACGGTATGACTGTTACTCAGATCTACGACCACGGTCAGACCTTTGCCAGCGATGTTCTTGACATCGAGGAGTCTCAGCTCCTCAAGGCCTTCACCTCGGCCATCAACACCATCGCCTGCATCTCCCTGGCTACCAACTACCCTACTCTTCCCTCCGTCATGCACAGCCTTGTCAACTCTTACAAGAACGCCATCGCTGTTGCCATCGAGATCGAGTACGAGTGGGAGGCCATCCACGAGCTCAAGGACCGCATCGCCAACCCCGATGCTTACGCCGCTGCTGCCCCTGCCGCTGGCTCCGCCCCTGCCGCCGCCGCCGACGCTCCCGCTGAGGAGAAGAAGGCTGAGTCCGAGGAGGAGGAGGACGATGACATGGGCTTCGGTCTCTTCGACTAAGCGTTTGCTTTGCAATTCGACTAGACAGATGCCGATAATGTATCATTGACTA]




>consensus_3407#1
AAAACCAGCCTTAAAGAATTCCTATACCGCAGGACGCTATGGGTGGCAAATCGGCAACCA
AGTCGCAGTACTTCGACAAGCTGAAGTCGCTCCTCGAGGAGTACCACAGCATCTTCATCG
TCGGTGTCGACAATGTCTCGTCTCAGCAGATGCACGAGATCCGTCACGCCATGCGCTCCA
AGGGTGTGATCCTTATGGGAAAGAACACCATGGTCCGCCGTGCGCTCAAGGGCTTCGTCT
CTGAGCACCCCGAGTACGAGCGTCTCCTCCCCTACGTCAAGGGCAACGTCGGTTTCGTTT
TCACCAACGAGGAGCTCAAGGAGATCCGCAGTCTCATCCTCGACAACCGTGTCGCTGCCC
CTGCCCGTCCCGGTGCCGTCGCCCCCGGTGATGTCTACATCCCCGCTGGCAACACCGGTA
TGGAGCCCGGTAAGACCTCTTTCTTCCAGGCTCTTGGTGTCCCCACCAAGATTGCCCGTG
GTACCATTGAGATCACCTCCGACCTCAAGCTCATTGAGGCCGGCTCCAAGGTCGGTGCCT
CCGAGGCCACCCTCCTTAACTTGCTTAACATCTCTCCGTTCACCTACGGTATGACTGTTA
CTCAGATCTACGACCACGGTCAGACCTTTGCCAGCGATGTTCTTGACATCGAGGAGTCTC
AGCTCCTCAAGGCCTTCACCTCGGCCATCAACACCATCGCCTGCATCTCCCTGGCTACCA
ACTACCCTACTCTTCCCTCCGTCATGCACAGCCTTGTCAACTCTTACAAGAACGCCATCG
CTGTTGCCATCGAGATCGAGTACGAGTGGGAGGCCATCCACGAGCTCAAGGACCGCATCG
CCAACCCCGATGCTTACGCCGCTGCTGCCCCTGCCGCTGGCTCCGCCCCTGCCGCCGCCG
CCGACGCTCCCGCTGAGGAGAAGAAGGCTGAGTCCGAGGAGGAGGAGGACGATGACATGG
GCTTCGGTCTCTTCGACTAAGCGTTTGCTTTGCAATTCGACTAGACAGATGCCGATAATG
TATCATTGACTA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_3407#0      CTACAACTCAACTTGTCCTTAAACAACCTATCTTCAGCGAAAATAAGGAGAAATGGGGGG 60
consensus_3407#1      --------AAAACCAGCCTTAAAGAATTCCTATACCGC------AGGACGCTATGGGTGG 46
                               **     ******* **    * * * **      * *  *  ***** **

consensus_3407#0      CAAGTCTGCAACCAAGGCCGCGTACTTCGACAAGCTCAAGGGCTTGCTCGAGGAGTACCG 120
consensus_3407#1      CAAATCGGCAACCAAGTCGCAGTACTTCGACAAGCTGAAGTCGCTCCTCGAGGAGTACCA 106
                      *** ** ********* *   *************** ***    * ************* 

consensus_3407#0      CTCCATCTTCATCTGCGGTGTTGACAATGTCTCCTCCCAGCAGATGCACGAGATCCGTGC 180
consensus_3407#1      CAGCATCTTCATCGTCGGTGTCGACAATGTCTCGTCTCAGCAGATGCACGAGATCCGTCA 166
                      *  **********  ****** *********** ** *********************  

consensus_3407#0      CGCTCTCCGTGGTGAGGCCGTCGTCCTGATGGGTAAGAACACCATGGTCCGTCGTGCCCT 240
consensus_3407#1      CGCCATGCGCTCCAAGGGTGTGATCCTTATGGGAAAGAACACCATGGTCCGCCGTGCGCT 226
                      ***  * **     ***  **  **** ***** ***************** ***** **

consensus_3407#0      GAAGGGTTTCGTCGCCGAGAACCCCGAGTGGGAGCGTCTTCTGCCCCACGTCAAGGGTAA 300
consensus_3407#1      CAAGGGCTTCGTCTCTGAGCACCCCGAGTACGAGCGTCTCCTCCCCTACGTCAAGGGCAA 286
                       ***** ****** * *** *********  ******** ** *** ********** **

consensus_3407#0      CGTTGGTTTCATCTTCACCAACGGTGATCTCTCCGAGATCAAGGAGAAGATCCTGGCCAA 360
consensus_3407#1      CGTCGGTTTCGTTTTCACCAACGAGGAGCTCAAGGAGATCCGCAGTCTCATCCTCGACAA 346
                      *** ****** * **********  ** ***   ******         ***** * ***

consensus_3407#0      CCGTGTCGCCGCCCCCGCCCGTGCTGGTGCCTTCGCTCCCGCCGATGTCTGGGTTCCCGC 420
consensus_3407#1      CCGTGTCGCTGCCCCTGCCCGTCCCGGTGCCGTCGCCCCCGGTGATGTCTACATCCCCGC 406
                      ********* ***** ****** * ****** **** ****  *******   * *****

consensus_3407#0      CGGTAACACTGGTATGGAGCCTGGTAAGACCTCTTTCTTCCAGGCTCTCGGTGTCCCCAC 480
consensus_3407#1      TGGCAACACCGGTATGGAGCCCGGTAAGACCTCTTTCTTCCAGGCTCTTGGTGTCCCCAC 466
                       ** ***** *********** ************************** ***********

consensus_3407#0      CAAGATTGCTCGTGGTACCATCGAAATTGTCTCTGACCTCAAGCTCATTGAGGCCGGTAA 540
consensus_3407#1      CAAGATTGCCCGTGGTACCATTGAGATCACCTCCGACCTCAAGCTCATTGAGGCCGGCTC 526
                      ********* *********** ** **   *** ***********************   

consensus_3407#0      CAAGGTCGGTGCTTCCGAGGCTGCTCTGCTGAACTTGCTGAACATCTCTCCCTTCACCTA 600
consensus_3407#1      CAAGGTCGGTGCCTCCGAGGCCACCCTCCTTAACTTGCTTAACATCTCTCCGTTCACCTA 586
                      ************ ********  * ** ** ******** *********** ********

consensus_3407#0      CGGTATGACCATCAGCCAGGTCTACGACCAGGGTCAGATCTTCAGCGCCGATGTCCTTGA 660
consensus_3407#1      CGGTATGACTGTTACTCAGATCTACGACCACGGTCAGACCTTTGCCAGCGATGTTCTTGA 646
                      *********  * *  *** ********** ******* ***   *  ****** *****

consensus_3407#0      CATTGGTGAGGACCAGCTCCTCAAGACCTTCAGCCAGGCTATCCAGACCATCGCCGCTCT 720
consensus_3407#1      CATCGAGGAGTCTCAGCTCCTCAAGGCCTTCACCTCGGCCATCAACACCATCGCCTGCAT 706
                      *** *  ***   ************ ****** *  *** *** * *********    *

consensus_3407#0      GTCCCTGGCCACCAACATCCCCACCATTCCCGCCACCATCCACTCCATCGTCAACGCCTA 780
consensus_3407#1      CTCCCTGGCTACCAACTACCCTACTCTTCCCTCCGTCATGCACAGCCTTGTCAACTCTTA 766
                       ******** ******  *** **  ***** **  *** ***  * * ****** * **

consensus_3407#0      CAAGAAGGTTCTTGCTGTCGCTGTCGAGACTGAGATCAGCTGGCCCGAGATTGAGGAGCT 840
consensus_3407#1      CAAGAACGCCATCGCTGTTGCCATCGAGATCGAGTACGAGTGGGAGGCCATCCACGAGCT 826
                      ****** *   * ***** **  ******  ***  *   ***   *  **  * *****

consensus_3407#0      CAAGGACCGCATCGCCAACCCCGATGCTTACGCCTCTGCTGCTCCCGCCGCTG------C 894
consensus_3407#1      CAAGGACCGCATCGCCAACCCCGATGCTTACGCCGCTGCTGCCCCTGCCGCTGGCTCCGC 886
                      ********************************** ******* ** *******      *

consensus_3407#0      CGCCGCTACCGGTGGTGACGCCCCCGCTGCCGCTGCCCCCGCTGAGGCTGAGGAGGAGTC 954
consensus_3407#1      CCCTGCCGCCGCCGCCGACGCTCCCGCTGAGGAGAAGAAGGCTGAGTCCGAGGAGGAGGA 946
                      * * **  ***  *  ***** *******  *        ****** * *********  

consensus_3407#0      CGACGAGGACATGGGCTTCGGTCTTTTCGACTAAACGGCTCGTCCTAGGACGGATACGAC 1014
consensus_3407#1      GGACGATGACATGGGCTTCGGTCTCTTCGACTAAGCG-TTTGCTTTGCAA----TTCGAC 1001
                       ***** ***************** ********* **  * *   *   *    * ****

consensus_3407#0      TGCCATGTTTTAGATACTTTGATTTAACCTGGACCTGAAAATGGCCGGGTAATGAAATTA 1074
consensus_3407#1      TAGACAGATGCCGATAATGTATCATTGACTA----------------------------- 1032
                      *     * *   **** * *    *   **                              

consensus_3407#0      TGACGACTTGG 1085
consensus_3407#1      -----------