cluster # 3469

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Oryza sativa
cluster # 3469 cluster # 3469 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_3469#0 length = 365 sequences # 1

consensus_3469#1 length = 251 sequences # 1

consensusID : consensus_3469#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 365
fasta sequence

                              [GCGGCTCGGCTAGGGTTCCGGCCGGGCGACGGCTCGCCGAGGACGACGAGTCCGACAGGTGGGACCCACCTGTCAGCGGCCGAGCGCGCGCGCGGGCGGCTGCGGGCTGACTGGGCTGAAGAGGAGAGAGAGGGAAGGTTTTGGGCCGAAGCCAAAAGAGGATTTTAAAAACCTTTTTCAATTTAAATTATTCATTAAATGCAATTCCATTTATTAAAAATACTTCCTTAACTCAAATAATTCCCACAAAAATCTAGGAATTATAGAATTAAGCAAAGTATTTAATGAAATTTTATCTGGCCCCATTTTATATTGGAATTTATTAATTAAAACTAGATCTTCTCTTTTAGGCTTTTAAAATAAAT]

[+] EMBL CB000559             [GCGGCTCGGCTAGGGTTCCGGCCGGGCGACGGCTCGCCGAGGACGACGAGTCCGACAGGTGGGACCCACCTGTCAGCGGCCGAGCGCGCGCGCGGGCGGCTGCGGGCTGACTGGGCTGAAGAGGAGAGAGAGGGAAGGTTTTGGGCCGAAGCCAAAAGAGGATTTTAAAAACCTTTTTCAATTTAAATTATTCATTAAATGCAATTCCATTTATTAAAAATACTTCCTTAACTCAAATAATTCCCACAAAAATCTAGGAATTATAGAATTAAGCAAAGTATTTAATGAAATTTTATCTGGCCCCATTTTATATTGGAATTTATTAATTAAAACTAGATCTTCTCTTTTAGGCTTTTAAAATAAAT]




>consensus_3469#0
GCGGCTCGGCTAGGGTTCCGGCCGGGCGACGGCTCGCCGAGGACGACGAGTCCGACAGGT
GGGACCCACCTGTCAGCGGCCGAGCGCGCGCGCGGGCGGCTGCGGGCTGACTGGGCTGAA
GAGGAGAGAGAGGGAAGGTTTTGGGCCGAAGCCAAAAGAGGATTTTAAAAACCTTTTTCA
ATTTAAATTATTCATTAAATGCAATTCCATTTATTAAAAATACTTCCTTAACTCAAATAA
TTCCCACAAAAATCTAGGAATTATAGAATTAAGCAAAGTATTTAATGAAATTTTATCTGG
CCCCATTTTATATTGGAATTTATTAATTAAAACTAGATCTTCTCTTTTAGGCTTTTAAAA
TAAAT

consensusID : consensus_3469#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 251
fasta sequence

                              [CATGGATTGAAGGAGTAGTTTATTTATTAATACTAAAATCCCTGATCAGCGAGTCTCTTGTTGCTATGTCACACCCTAAAAATCTCAAAAGTATAAATTGTTGTTTAATTGGAATTATTAGAATTTATTGTAAAAGCCTAAAAGAGAAGATCTAATTTTAATTAATAAATTCCAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL CF315498             [CATGGATTGAAGGAGTAGTTTATTTATTAATACTAAAATCCCTGATCAGCGAGTCTCTTGTTGCTATGTCACACCCTAAAAATCTCAAAAGTATAAATTGTTGTTTAATTGGAATTATTAGAATTTATTGTAAAAGCCTAAAAGAGAAGATCTAATTTTAATTAATAAATTCCAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]




>consensus_3469#1
CATGGATTGAAGGAGTAGTTTATTTATTAATACTAAAATCCCTGATCAGCGAGTCTCTTG
TTGCTATGTCACACCCTAAAAATCTCAAAAGTATAAATTGTTGTTTAATTGGAATTATTA
GAATTTATTGTAAAAGCCTAAAAGAGAAGATCTAATTTTAATTAATAAATTCCAATAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_3469#0      GCGGCTCGGCTAGGGTTCCGGCCGGGCGACGGCTCGCCGAGGACGACGAGTCCGACAGGT 60
consensus_3469#1      --------------------------------------------CATGGATTGAAGGAGT 16
                                                                   * *  *   *   **

consensus_3469#0      GGGACCCACCTGTCAGCGGCCGAGCGCGCGCGCGGGCGGCTGCGGGCTGACTGGGCTGAA 120
consensus_3469#1      AG--TTTATTTATTAATACTAAAATCCCTGATCAGCGAGTCTCTTGTTG-CTATGTCACA 73
                       *     *  * * *       *   *  *  * *   *   *  * ** **  *    *

consensus_3469#0      GAGGAGAGAGAGGGAAGGTTTTGGGCCGAAGCCAAAAGAGGATTTTAAAAACCTTTTTCA 180
consensus_3469#1      CCCTAAAAATCTCAAAAGTAT-AAATTGTTGTTTAATTGGAATTATTAGAATTTATTGTA 132
                          * * *     ** ** *      *  *   **   * *** * * **  * **  *

consensus_3469#0      ATTTAAATTATTCATTAAATGCAATTCCATTTATTAAAAATACTTCCTTAACTCAAATAA 240
consensus_3469#1      AAA-GCCTAAAAGAGAAGATCTAATTTTAATTAATAAATTCCAATAAAAAAAAAAAAAAA 191
                      *      * *   *  * **  ****  * *** ****      *    **   *** **

consensus_3469#0      TTCCCACAAAAATCTAGGAATTATAGAATTAAGCAAAGTATTTAATGAAATTTTATCTGG 300
consensus_3469#1      AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 251
                           * *****   *  **  * * **  **  ***  *   **  ***    *     

consensus_3469#0      CCCCATTTTATATTGGAATTTATTAATTAAAACTAGATCTTCTCTTTTAGGCTTTTAAAA 360
consensus_3469#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_3469#0      TAAAT 365
consensus_3469#1      -----