cluster # 4665

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Oryza sativa
cluster # 4665 cluster # 4665 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_4665#0 length = 842 sequences # 1

consensus_4665#1 length = 444 sequences # 2

consensusID : consensus_4665#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 842
fasta sequence

                              [ATTCTTTCGCCAACTCGTTTCTTGTTTTCAAAGTTGTGTTTGAGTCTGTTCAAGACGAAGATGAAGTGCAGGTATGTAAAACCAGAAAGTCGTTAGCGTATGATTAATTGGGTTATAATTATTACAAACTTGGAAAATAGATTTATTTGATATTTCTAAAAACAACTTCCATATAAAAATTTCCGCACAAAATGTACCGTTTATCAGTTTAAAAAACGTGCTAACAAAAACCAAGATAAATTTTGTATCTTAATCAAGTTAGAACGTATACCCACCAATGTTTGATCCGTCAATTTCATATTGTATTGCTGATTAAGTTTGGTATAATTTGCCATTCTATTTGCTCTTAAGGCTATGGTAACCACTGTACATCTCTTTGCATGTTTAATCACTAAATTCATGATTTTATTTGCTGATCTTGCGCATATTACTGTGTTGTAGTTGATATTTTATTTGTATTCATTTGCTCTGTTTTGGATCCAAGAGAATTTAATGTGTATGTACTTTGTGTTTGGTTTCAGGTAGGATAATTGAAGTTGGATGATCCTACACCTCCCTTTAAGTATTTCATTCACTCCCACAACAACTGAATTATTTGTTTGGTGGCTGGGTGTCCTTCTTCAACCGTGCATATTTTCATTGNGCTAAAAATGTTATATTTCCTCTTGAGNTTAAGGGGGNCTCAAATATGAAATACCTAATAATGGTTTCCCTTTCCTAATCCTAAATAAAATTAAATTCCTGAATATTTTCTTGGAAAAGGTTTTTTTAGTACATATGAAGTATACTGNTTACCACATATGCCTTCAGTATGTATATGNGGNAAAGCGGCATATTTAATT]

[+] EMBL CA766881             [ATTCTTTCGCCAACTCGTTTCTTGTTTTCAAAGTTGTGTTTGAGTCTGTTCAAGACGAAGATGAAGTGCAGGTATGTAAAACCAGAAAGTCGTTAGCGTATGATTAATTGGGTTATAATTATTACAAACTTGGAAAATAGATTTATTTGATATTTCTAAAAACAACTTCCATATAAAAATTTCCGCACAAAATGTACCGTTTATCAGTTTAAAAAACGTGCTAACAAAAACCAAGATAAATTTTGTATCTTAATCAAGTTAGAACGTATACCCACCAATGTTTGATCCGTCAATTTCATATTGTATTGCTGATTAAGTTTGGTATAATTTGCCATTCTATTTGCTCTTAAGGCTATGGTAACCACTGTACATCTCTTTGCATGTTTAATCACTAAATTCATGATTTTATTTGCTGATCTTGCGCATATTACTGTGTTGTAGTTGATATTTTATTTGTATTCATTTGCTCTGTTTTGGATCCAAGAGAATTTAATGTGTATGTACTTTGTGTTTGGTTTCAGGTAGGATAATTGAAGTTGGATGATCCTACACCTCCCTTTAAGTATTTCATTCACTCCCACAACAACTGAATTATTTGTTTGGTGGCTGGGTGTCCTTCTTCAACCGTGCATATTTTCATTGNGCTAAAAATGTTATATTTCCTCTTGAGNTTAAGGGGGNCTCAAATATGAAATACCTAATAATGGTTTCCCTTTCCTAATCCTAAATAAAATTAAATTCCTGAATATTTTCTTGGAAAAGGTTTTTTTAGTACATATGAAGTATACTGNTTACCACATATGCCTTCAGTATGTATATGNGGNAAAGCGGCATATTTAATT]




>consensus_4665#0
ATTCTTTCGCCAACTCGTTTCTTGTTTTCAAAGTTGTGTTTGAGTCTGTTCAAGACGAAG
ATGAAGTGCAGGTATGTAAAACCAGAAAGTCGTTAGCGTATGATTAATTGGGTTATAATT
ATTACAAACTTGGAAAATAGATTTATTTGATATTTCTAAAAACAACTTCCATATAAAAAT
TTCCGCACAAAATGTACCGTTTATCAGTTTAAAAAACGTGCTAACAAAAACCAAGATAAA
TTTTGTATCTTAATCAAGTTAGAACGTATACCCACCAATGTTTGATCCGTCAATTTCATA
TTGTATTGCTGATTAAGTTTGGTATAATTTGCCATTCTATTTGCTCTTAAGGCTATGGTA
ACCACTGTACATCTCTTTGCATGTTTAATCACTAAATTCATGATTTTATTTGCTGATCTT
GCGCATATTACTGTGTTGTAGTTGATATTTTATTTGTATTCATTTGCTCTGTTTTGGATC
CAAGAGAATTTAATGTGTATGTACTTTGTGTTTGGTTTCAGGTAGGATAATTGAAGTTGG
ATGATCCTACACCTCCCTTTAAGTATTTCATTCACTCCCACAACAACTGAATTATTTGTT
TGGTGGCTGGGTGTCCTTCTTCAACCGTGCATATTTTCATTGNGCTAAAAATGTTATATT
TCCTCTTGAGNTTAAGGGGGNCTCAAATATGAAATACCTAATAATGGTTTCCCTTTCCTA
ATCCTAAATAAAATTAAATTCCTGAATATTTTCTTGGAAAAGGTTTTTTTAGTACATATG
AAGTATACTGNTTACCACATATGCCTTCAGTATGTATATGNGGNAAAGCGGCATATTTAA
TT

consensusID : consensus_4665#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 444
fasta sequence

                              [ACTCGTTTCTTGTTTTCAAAGTTGNGTTTGAGTCTGTTCAAGACGAAGATGAAGTGCAGGTAGGATAATTGAAGTTGGATGATCCTACACCTCCCTTTAAGTATTTCATTCACTCCCACAACAACTGAATTATTTGTTTGGTGGCTGGGTGTCCTTCTTCAACCGTGCATATTTTCATTGTGCTAAAAATNTTATATTTCCTCTTGAGTTAAAGTGGTCTCAAATATGAAATACCTAATAATGTTTTCCCTTTCTAATNCTAAATAAATTAAATTCCTGAATATTTCTTTGAAAATGTTTTTTTAGTACATATGAAGTATACTGTATACCACATATGCTTCAGTATGTATATGTGTAAAGCGGCATATTAATTGGG-TATGAAGGTGTATGGGCGT-AAATCGGGGTTAGATTATAATTGTAAA-TTCAGTCAATTTGCAGGGTTAA]

[+] EMBL OSC462               [ACTCGTTTCTTGTTTTCAAAGTTGNGTTTGAGTCTGTTCAAGACGAAGATGAAGTGCAGGTAGGATAATTGAAGTTGGATGATCCTACACCTCCCTTTAAGTATTTCATTCACTCCCACAACAACTGAATTATTTGTTTGGTGGCTGGGTGTCCTTCTTCAACCGTGCATATTTTCATTGTGCTAAAAATNTTATATTTCCTCTTGAGTTAAAGTGGTCTCAAATATGAAATACCTAATAATGTTTTCCCTTTCTAATNCTAAATAAATTAAATTCCTGAATATTTCTTTGAAAATGTTTTTTTAGTACATATGAAGTATACTGTATACCACATATGCTTCAGTATGTATATGTGTAAAGCGGCATATTAATTGGG TATGAAGGTGTATGGGCGT AAATCGGGGTTAGATTATAATTGTAAA TTCAGTCAATTTGCAGGGTT  ]
[+] EMBL AU064839             [ACTCGTTTCTTGTTTTCAAAGTTGTGTTTGAGTCTGTTCAAGACGAAGATGAAGTGCAGGTAGGATAATTGAAGTTGGATGATCCTACACCTCCCTTTAAGTATTTCATTCACTCCCACANCANCTGAATTATTTGTTTGGTGGCTGGGTGTCCTTCTTCAACCGTGCATATTTTCATTGTGCTAAAAATGTTATATTTCCTCTTGAGTTAAAGTGGTCTCAAATATGAAATACCTAATAATGTTTTCCCTTTCTAATCCTAAATAAATTAAATTCCTGAATATTTCTTTGAAAATGTTTTTTTAGTACATATGAAGTATACTGTATACCACATATGCTTCAGTATGTATATGTGTAAAGCGGCATATTAATTGGGATATGAA GTGTAT GGCGTAAAATCGGG  TAGGATATAATTGTAAATTTCAGTCAA TTGCA GGTTAA]




>consensus_4665#1
ACTCGTTTCTTGTTTTCAAAGTTGNGTTTGAGTCTGTTCAAGACGAAGATGAAGTGCAGG
TAGGATAATTGAAGTTGGATGATCCTACACCTCCCTTTAAGTATTTCATTCACTCCCACA
ACAACTGAATTATTTGTTTGGTGGCTGGGTGTCCTTCTTCAACCGTGCATATTTTCATTG
TGCTAAAAATNTTATATTTCCTCTTGAGTTAAAGTGGTCTCAAATATGAAATACCTAATA
ATGTTTTCCCTTTCTAATNCTAAATAAATTAAATTCCTGAATATTTCTTTGAAAATGTTT
TTTTAGTACATATGAAGTATACTGTATACCACATATGCTTCAGTATGTATATGTGTAAAG
CGGCATATTAATTGGGTATGAAGGTGTATGGGCGTAAATCGGGGTTAGATTATAATTGTA
AATTCAGTCAATTTGCAGGGTTAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4665#0      ATTCTTTCGCCAACTCGTTTCTTGTTTTCAAAGTTGTGTTTGAGTCTGTTCAAGACGAAG 60
consensus_4665#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4665#0      ATGAAGTGCAGGTATGTAAAACCAGAAAGTCGTTAGCGTATGATTAATTGGGTTATAATT 120
consensus_4665#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4665#0      ATTACAAACTTGGAAAATAGATTTATTTGATATTTCTAAAAACAACTTCCATATAAAAAT 180
consensus_4665#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4665#0      TTCCGCACAAAATGTACCGTTTATCAGTTTAAAAAACGTGCTAACAAAAACCAAGATAAA 240
consensus_4665#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4665#0      TTTTGTATCTTAATCAAGTTAGAACGTATACCCACCAATGTTTGATCCGTCAATTTCATA 300
consensus_4665#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4665#0      TTGTATTGCTGATTAAGTTTGGTATAATTTGCCATTCTATTTGCTCTTAAGGCTATGGTA 360
consensus_4665#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4665#0      ACCACTGTACATCTCTTTGCATGTTTAATCACTAAATTCATGATTTTATTTGCTGATCTT 420
consensus_4665#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4665#0      GCGCATATTACTGTGTTGTAGTTGATATTTTATTTGTATTCATTTGCTCTGTTTTGGATC 480
consensus_4665#1      -------------------------------ACTCGT-TTCTTGTTTTCAAAGTTGNGTT 28
                                                     * * ** *** * *  **    ***  * 

consensus_4665#0      CAAGAGAATTTAATGTGTATGTACTTTGTGTTTGGTTTCAGGTAGGATAATTGAAGTTGG 540
consensus_4665#1      TGAGTCTGTTCAAGACGAA----------GATGAAGTGCAGGTAGGATAATTGAAGTTGG 78
                        **    ** **   * *          * *    * **********************

consensus_4665#0      ATGATCCTACACCTCCCTTTAAGTATTTCATTCACTCCCACAACAACTGAATTATTTGTT 600
consensus_4665#1      ATGATCCTACACCTCCCTTTAAGTATTTCATTCACTCCCACAACAACTGAATTATTTGTT 138
                      ************************************************************

consensus_4665#0      TGGTGGCTGGGTGTCCTTCTTCAACCGTGCATATTTTCATTGNGCTAAAAATGTTATATT 660
consensus_4665#1      TGGTGGCTGGGTGTCCTTCTTCAACCGTGCATATTTTCATTGTGCTAAAAATNTTATATT 198
                      ****************************************** ********* *******

consensus_4665#0      TCCTCTTGAGNTTAAGGGGGNCTCAAATATGAAATACCTAATAATGGTTTCCCTTTCCTA 720
consensus_4665#1      TCCTCTTGAGTT-AAAGTGGTCTCAAATATGAAATACCTAATAATGTTTTCCCTTTC-TA 256
                      ********** * ** * ** ************************* ********** **

consensus_4665#0      ATCCTAAATAAAATTAAATTCCTGAATATTTTCTTGGAAAAGGTTTTTTTAGTACATATG 780
consensus_4665#1      ATNCTAAATAAA-TTAAATTCCTGAATATTTCTTTG-AAAATGTTTTTTTAGTACATATG 314
                      ** ********* ******************  *** **** ******************

consensus_4665#0      AAGTATACTGNTTACCACATATGCCTTCAGTATGTATATGNGGNAAAGCGGCATATTTAA 840
consensus_4665#1      AAGTATACTGTATACCACATATGC-TTCAGTATGTATATGTG-TAAAGCGGCATATT-AA 371
                      **********  ************ *************** *  ************* **

consensus_4665#0      TT---------------------------------------------------------- 842
consensus_4665#1      TTGGGTATGAAGGTGTATGGGCGTAAATCGGGGTTAGATTATAATTGTAAATTCAGTCAA 431
                      **                                                          

consensus_4665#0      -------------
consensus_4665#1      TTTGCAGGGTTAA 444