cluster # 4943

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Oryza sativa
cluster # 4943 cluster # 4943 Sequences # 3 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_4943#0 length = 725 sequences # 1

consensus_4943#1 length = 365 sequences # 1
consensus_4943#2 length = 250 sequences # 1

consensusID : consensus_4943#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 725
fasta sequence

                              [ATCAAAATCAACCCACGAGCTCTTCCTCCCACCTCCATGGCCGCCACCCACCCCCTCCTCCTCCTCCTCCTCGCCGCCGCCGCCGTCGTCGTCCTCGTCGTAGCGGCGACACCGGCGGCGGCGAGCGGCAGCGGGACGTCGACGCCGACGGCGTACGAGATGCTGGAGAGGTACGACTTCCCGCGGGGATCCTGCCGGTGGGGGTGGAGGGGTACGAGCTCCGGGAGGACGGGAGCTTCGAGGTGTACTTCCCGCGGGACTGCGAGTTCATGCTGGCGAGGACGTGGCTGGTCCGGTACGGCGCCCGCATCGCCGGCGCCGCCGCCTCCGGCCGGCTCACGTCGCTCCAGGGCGTCTACGTCAAGGTGCTCTTCGTCTGGCTCCCCGTCGGCGAGGTCGACCGCTCCGGCGACACTCTCAGCTTCTACATCGGCCCCGTCTCCACCTCCTTCCCCCTCTCCGACTTCGCCCACAGCCCGCACTGCCGCGGTTACGACCACCTCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGCCTTGTGATTGGGTAGAGATGGGTAGTTCATTAATTAATCTGGGTGATTTGGCTGGGGTAATTACGTGTAATTAATCACAGGTGCTCCTGGTTGATTGGCTATTGATGCGAATGGAATTTACGCCACTATGGGATTTATTTTGAGTATATCATTTGGTGGCTTCTTTATGAACAAGTGTTGGATGCAGATGCTG]

[+] EMBL AK106324             [ATCAAAATCAACCCACGAGCTCTTCCTCCCACCTCCATGGCCGCCACCCACCCCCTCCTCCTCCTCCTCCTCGCCGCCGCCGCCGTCGTCGTCCTCGTCGTAGCGGCGACACCGGCGGCGGCGAGCGGCAGCGGGACGTCGACGCCGACGGCGTACGAGATGCTGGAGAGGTACGACTTCCCGCGGGGATCCTGCCGGTGGGGGTGGAGGGGTACGAGCTCCGGGAGGACGGGAGCTTCGAGGTGTACTTCCCGCGGGACTGCGAGTTCATGCTGGCGAGGACGTGGCTGGTCCGGTACGGCGCCCGCATCGCCGGCGCCGCCGCCTCCGGCCGGCTCACGTCGCTCCAGGGCGTCTACGTCAAGGTGCTCTTCGTCTGGCTCCCCGTCGGCGAGGTCGACCGCTCCGGCGACACTCTCAGCTTCTACATCGGCCCCGTCTCCACCTCCTTCCCCCTCTCCGACTTCGCCCACAGCCCGCACTGCCGCGGTTACGACCACCTCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGCCTTGTGATTGGGTAGAGATGGGTAGTTCATTAATTAATCTGGGTGATTTGGCTGGGGTAATTACGTGTAATTAATCACAGGTGCTCCTGGTTGATTGGCTATTGATGCGAATGGAATTTACGCCACTATGGGATTTATTTTGAGTATATCATTTGGTGGCTTCTTTATGAACAAGTGTTGGATGCAGATGCTG]




>consensus_4943#0
ATCAAAATCAACCCACGAGCTCTTCCTCCCACCTCCATGGCCGCCACCCACCCCCTCCTC
CTCCTCCTCCTCGCCGCCGCCGCCGTCGTCGTCCTCGTCGTAGCGGCGACACCGGCGGCG
GCGAGCGGCAGCGGGACGTCGACGCCGACGGCGTACGAGATGCTGGAGAGGTACGACTTC
CCGCGGGGATCCTGCCGGTGGGGGTGGAGGGGTACGAGCTCCGGGAGGACGGGAGCTTCG
AGGTGTACTTCCCGCGGGACTGCGAGTTCATGCTGGCGAGGACGTGGCTGGTCCGGTACG
GCGCCCGCATCGCCGGCGCCGCCGCCTCCGGCCGGCTCACGTCGCTCCAGGGCGTCTACG
TCAAGGTGCTCTTCGTCTGGCTCCCCGTCGGCGAGGTCGACCGCTCCGGCGACACTCTCA
GCTTCTACATCGGCCCCGTCTCCACCTCCTTCCCCCTCTCCGACTTCGCCCACAGCCCGC
ACTGCCGCGGTTACGACCACCTCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGCCTTGTGAT
TGGGTAGAGATGGGTAGTTCATTAATTAATCTGGGTGATTTGGCTGGGGTAATTACGTGT
AATTAATCACAGGTGCTCCTGGTTGATTGGCTATTGATGCGAATGGAATTTACGCCACTA
TGGGATTTATTTTGAGTATATCATTTGGTGGCTTCTTTATGAACAAGTGTTGGATGCAGA
TGCTG

consensusID : consensus_4943#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 365
fasta sequence

                              [TCGGCGAGGTCGACCGCTCCGGCGACACTCTCAGCTTTTACATCGGCCCCGTCTCCACCTCCTTCCCCCTCTCCGACTTCGCCCACAGCCCGCACTGCCGCGGTTACGACCCCCTCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGCCTTGTGATTGGGTAGAGATGGGTAGTTCATTAATTAATCTGGGTGATTTGGCTGGGGTCATTACGTGTAATTAATCACACGGTGCTCCTGGTTGATTGGCTATTGATGCGAATGGAATTTACCCCCCTATGGGATTTATTTTGAGTATATCATTTGGTGGCTTCTTTNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCANCAAAAAAAAAA]

[+] EMBL BM422074             [TCGGCGAGGTCGACCGCTCCGGCGACACTCTCAGCTTTTACATCGGCCCCGTCTCCACCTCCTTCCCCCTCTCCGACTTCGCCCACAGCCCGCACTGCCGCGGTTACGACCCCCTCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGCCTTGTGATTGGGTAGAGATGGGTAGTTCATTAATTAATCTGGGTGATTTGGCTGGGGTCATTACGTGTAATTAATCACACGGTGCTCCTGGTTGATTGGCTATTGATGCGAATGGAATTTACCCCCCTATGGGATTTATTTTGAGTATATCATTTGGTGGCTTCTTTNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCANCAAAAAAAAAA]




>consensus_4943#1
TCGGCGAGGTCGACCGCTCCGGCGACACTCTCAGCTTTTACATCGGCCCCGTCTCCACCT
CCTTCCCCCTCTCCGACTTCGCCCACAGCCCGCACTGCCGCGGTTACGACCCCCTCCCCG
CCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGCCTTGTGATTGGGTAGAGATGGGTAGTTCATTAATT
AATCTGGGTGATTTGGCTGGGGTCATTACGTGTAATTAATCACACGGTGCTCCTGGTTGA
TTGGCTATTGATGCGAATGGAATTTACCCCCCTATGGGATTTATTTTGAGTATATCATTT
GGTGGCTTCTTTNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCANCAAAAA
AAAAA

consensusID : consensus_4943#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 250
fasta sequence

                              [CTAGCTTCTACATCGGCCCCGTCTCCACCTCCTTCCCCCTCTCCGACTTCGCCCACAGCCCGCACTGCCGCGGTTACGACCACCTCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGCCTTGTGATTGGGTAGAGATGGGTAGTTCATTAATTAATCTGGGTGATTTGGCTGGGGTAATTACGTGTAATTAATCACAGGTGCTCCTGGTTGATTGGCTATTGATGCGAATGGAATTTACGCCAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL CF291206             [CTAGCTTCTACATCGGCCCCGTCTCCACCTCCTTCCCCCTCTCCGACTTCGCCCACAGCCCGCACTGCCGCGGTTACGACCACCTCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGCCTTGTGATTGGGTAGAGATGGGTAGTTCATTAATTAATCTGGGTGATTTGGCTGGGGTAATTACGTGTAATTAATCACAGGTGCTCCTGGTTGATTGGCTATTGATGCGAATGGAATTTACGCCAAAAAAAAAAA]




>consensus_4943#2
CTAGCTTCTACATCGGCCCCGTCTCCACCTCCTTCCCCCTCTCCGACTTCGCCCACAGCC
CGCACTGCCGCGGTTACGACCACCTCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGCCTTGT
GATTGGGTAGAGATGGGTAGTTCATTAATTAATCTGGGTGATTTGGCTGGGGTAATTACG
TGTAATTAATCACAGGTGCTCCTGGTTGATTGGCTATTGATGCGAATGGAATTTACGCCA
AAAAAAAAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4943#0      ATCAAAATCAACCCACGAGCTCTTCCTCCCACCTCCATGGCCGCCACCCACCCCCTCCTC 60
consensus_4943#2      ------------------------------------------------------------
consensus_4943#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4943#0      CTCCTCCTCCTCGCCGCCGCCGCCGTCGTCGTCCTCGTCGTAGCGGCGACACCGGCGGCG 120
consensus_4943#2      ------------------------------------------------------------
consensus_4943#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4943#0      GCGAGCGGCAGCGGGACGTCGACGCCGACGGCGTACGAGATGCTGGAGAGGTACGACTTC 180
consensus_4943#2      ------------------------------------------------------------
consensus_4943#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4943#0      CCGCGGGGATCCTGCCGGTGGGGGTGGAGGGGTACGAGCTCCGGGAGGACGGGAGCTTCG 240
consensus_4943#2      ------------------------------------------------------------
consensus_4943#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4943#0      AGGTGTACTTCCCGCGGGACTGCGAGTTCATGCTGGCGAGGACGTGGCTGGTCCGGTACG 300
consensus_4943#2      ------------------------------------------------------------
consensus_4943#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4943#0      GCGCCCGCATCGCCGGCGCCGCCGCCTCCGGCCGGCTCACGTCGCTCCAGGGCGTCTACG 360
consensus_4943#2      ------------------------------------------------------------
consensus_4943#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4943#0      TCAAGGTGCTCTTCGTCTGGCTCCCCGTCGGCGAGGTCGACCGCTCCGGCGACACTCTCA 420
consensus_4943#2      ---------------------------------------------------------CTA 3
consensus_4943#1      ---------------------------TCGGCGAGGTCGACCGCTCCGGCGACACTCTCA 33
                                                                                 *

consensus_4943#0      GCTTCTACATCGGCCCCGTCTCCACCTCCTTCCCCCTCTCCGACTTCGCCCACAGCCCGC 480
consensus_4943#2      GCTTCTACATCGGCCCCGTCTCCACCTCCTTCCCCCTCTCCGACTTCGCCCACAGCCCGC 63
consensus_4943#1      GCTTTTACATCGGCCCCGTCTCCACCTCCTTCCCCCTCTCCGACTTCGCCCACAGCCCGC 93
                      **** *******************************************************

consensus_4943#0      ACTGCCGCGGTTACGACCACCTCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGCCTTGTGAT 540
consensus_4943#2      ACTGCCGCGGTTACGACCACCTCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGCCTTGTGAT 123
consensus_4943#1      ACTGCCGCGGTTACGACCCCCTCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGCCTTGTGAT 153
                      ****************** *****************************************

consensus_4943#0      TGGGTAGAGATGGGTAGTTCATTAATTAATCTGGGTGATTTGGCTGGGGTAATTACGTGT 600
consensus_4943#2      TGGGTAGAGATGGGTAGTTCATTAATTAATCTGGGTGATTTGGCTGGGGTAATTACGTGT 183
consensus_4943#1      TGGGTAGAGATGGGTAGTTCATTAATTAATCTGGGTGATTTGGCTGGGGTCATTACGTGT 213
                      ************************************************** *********

consensus_4943#0      AATTAATCACA-GGTGCTCCTGGTTGATTGGCTATTGATGCGAATGGAATTTACGCCACT 659
consensus_4943#2      AATTAATCACA-GGTGCTCCTGGTTGATTGGCTATTGATGCGAATGGAATTTACGCCAAA 242
consensus_4943#1      AATTAATCACACGGTGCTCCTGGTTGATTGGCTATTGATGCGAATGGAATTTACCCCCCT 273
                      *********** ****************************************** **   

consensus_4943#0      ATGGGATTTATTTTGAGTATATCATTTGGTGGCTTCTTTATGAACAAGTGTTGGATGCAG 719
consensus_4943#2      AAAAAAAA---------------------------------------------------- 250
consensus_4943#1      ATGGGATTTATTTTGAGTATATCATTTGGTGGCTTCTTTNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 333
                      *    *                                                      

consensus_4943#0      ATGCTG-------------------------- 725
consensus_4943#2      --------------------------------
consensus_4943#1      AAAAAAAAAAAAAAAAACCANCAAAAAAAAAA 365