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Oryza sativa
cluster # 4967 cluster # 4967       Sequences # 3       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_4967#0 length = 2037 sequences # 3  

consensusID : consensus_4967#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 2037
fasta sequence
                              [AGAAAGGGCAAGTGATGAGCTCCTTTATGATAACCATAACCTTGGTAAGGATGATGGTTTACAGAAGTTCACCTGCAGATTATGTGGGATGATGTTTGATCTTTTGCCAGATCTTGGCCACCACCATCAAGTTGCTCATACAAACTCAGGTACAGTCAGTGATATCCCTTCAGGACGTGAAAAGTATCAGTTTAACCGTGGTCGGCACTATTATTCAGCCTTCAAGAAAAGTTTAAGACCATCCGGCTCATTGAAGAAGAGGACTAGTTCTGGAGTTGAGAAACATTTTAAGGCTCAAAGCTTGGATCTATCTATGGATACATCACACATTGTGGAATCTGAGACCACCACCCTTGGTAGGTTACTGGATTTCCAATGCTCAGACGTGGCATTGACTTTATTTTCAAAGATTCAAAAGACAAGACCCCACCCAAGCAACCTTGATATTCTGTCTATTGCCCGTTCTGTTTGCTGTAAGACAAGCCTTCGTGCTGCATTGAAAGCTAAATATGGAATCTTGCCTGATAACATATTTGTGAAAGCTGCAAAGCTTTGTAGTGATGTTGGCATCCAAATTGATTGGCATCAAGAAGAATTCTTTTGCCCTAAAGGTTGCAAGTCCAGGTCTAGTTCTAATTCCTTGCTCCCTTTACAGCCTACCCAAGTTGATTTTGTGATGAGTCCTCCAATTGGTGATGAGATATGGGGCAGGGATGAATACCACTATGTTCTTGATTCAGAGCACTTT-GGTTGGAATCTTAAGAATGAGATGGTTATTGTTTGTGAAGATGTTAGCTTTGGCAGGGAGAAAGTTCCAGTTGTCTGTGCCATTGATGTAGATGCAAAAGAATTTCCATATATGAAACCTGGAGAAATTTTGCAAAGTGAAAATTCTCTGCCCTGGCAAGGTTTCCACTACGTCACAAAGCGTTTGATGGATTCATCTCTTGTTGATTCAGAGAACACTATGGTTGGGTGTGCTTGTTCTCATGCCCATTGCAGTCCTGAGGAATGTGATCATGTGAGCCTCTTTGATAGTATCTATGAGAACCTAGTGGATCTCCATGGTGTACCTATGCGTGGTAGATTTGCATATGATGAAAATAGCAAAGTTATTTTGCAGGAAGGATATCCTATATATGAGTGCAATTCATCATGCACTTGTGATGCCTCCTGTCAGAATAAAGTACTGCAGAGAGGACTGCTGGTAAAGTTGGAAGTCTTCAGAACTGAGAATAAGGGTTGGGCTGTTAGAGCCGCAGAACCTATTCCACAGGGCACATTTGTATGTGAGTACATTGGAGAGGTTTTGAAGATGAAGGATGATGGGGCCATAAGACATGTAGAAAGGGAGGCAAAAAGTGGTAGCAGCTACTTGTTTGAAATCACTTCTCAGATTGACAGGGAAAGAGTTCAGACTACAGGGACTACTGCATACGTGATTGATGCCACAAGATATGGCAACGTATCCCGTTTTATTAATCATAGCTGTTCCCCAAATCTCAGTACGCGTTTAGTTTCGGTGGAGAGCAAAGACTGTCAGCTTGCGCACATTGGTTTGTTTGCAAACCAGGATATCTTGATGGGAGAAGAATTGGCCTATGACTATGGACAAAAATTGCTACCTGGTGATGGATGCCCCTGCCATTGTGGTGCTAAGAATTGCCGAGGACGTGTGTATTGAGTTTGCAGTGGGGCAGAAAATGGTAACGGAGCAGTCCAATCCTTAGCATATCTCCAGAAGTTCCTACAATGGCGTCACTTAGCAAGGGATAGCAATGTTTTTTTCTAGAGCAACAATGCAGTGCTAGGATCTAATTCCCCATGCATCATTAGGAATCATCATATAGGTCTCTCAACAGTTATTAGGCACACCATACGATTGATTTTAGTGTGGCACACTTATGCTTAACTGATCATTTGTTAGGAGCAACCTGAAATGAAAGCAGTTCAGGCTGCATTGTTCGTAGGCCAGAAGTGAAGTGTCGTTGTAACATACCTTCATTCAATTTTTACTGCTCATAAGCGCCATCGTCG]

[+] EMBL AK108743             [AGAAAGGGCAAGTGATGAGCTCCTTTATGATAACCATAACCTTGGTAAGGATGATGGTTTACAGAAGTTCACCTGCAGATTATGTGGGATGATGTTTGATCTTTTGCCAGATCTTGGCCACCACCATCAAGTTGCTCATACAAACTCAGGTACAGTCAGTGATATCCCTTCAGGACGTGAAAAGTATCAGTTTAACCGTGGTCGGCACTATTATTCAGCCTTCAAGAAAAGTTTAAGACCATCCGGCTCATTGAAGAAGAGGACTAGTTCTGGAGTTGAGAAACATTTTAAGGCTCAAAGCTTGGATCTATCTATGGATACATCACACATTGTGGAATCTGAGACCACCACCCTTGGTAGGTTACTGGATTTCCAATGCTCAGACGTGGCATTGACTTTATTTTCAAAGATTCAAAAGACAAGACCCCACCCAAGCAACCTTGATATTCTGTCTATTGCCCGTTCTGTTTGCTGTAAGACAAGCCTTCGTGCTGCATTGAAAGCTAAATATGGAATCTTGCCTGATAACATATTTGTGAAAGCTGCAAAGCTTTGTAGTGATGTTGGCATCCAAATTGATTGGCATCAAGAAGAATTCTTTTGCCCTAAAGGTTGCAAGTCCAGGTCTAGTTCTAATTCCTTGCTCCCTTTACAGCCTACCCAAGTTGATTTTGTGATGAGTCCTCCAATTGGTGATGAGATATGGGGCAGGGATGAATACCACTATGTTCTTGATTCAGAGCACTTT GGTTGGAATCTTAAGAATGAGATGGTTATTGTTTGTGAAGATGTTAGCTTTGGCAGGGAGAAAGTTCCAGTTGTCTGTGCCATTGATGTAGATGCAAAAGAATTTCCATATATGAAACCTGGAGAAATTTTGCAAAGTGAAAATTCTCTGCCCTGGCAAGGTTTCCACTACGTCACAAAGCGTTTGATGGATTCATCTCTTGTTGATTCAGAGAACACTATGGTTGGGTGTGCTTGTTCTCATGCCCATTGCAGTCCTGAGGAATGTGATCATGTGAGCCTCTTTGATAGTATCTATGAGAACCTAGTGGATCTCCATGGTGTACCTATGCGTGGTAGATTTGCATATGATGAAAATAGCAAAGTTATTTTGCAGGAAGGATATCCTATATATGAGTGCAATTCATCATGCACTTGTGATGCCTCCTGTCAGAATAAAGTACTGCAGAGAGGACTGCTGGTAAAGTTGGAAGTCTTCAGAACTGAGAATAAGGGTTGGGCTGTTAGAGCCGCAGAACCTATTCCACAGGGCACATTTGTATGTGAGTACATTGGAGAGGTTTTGAAGATGAAGGATGATGGGGCCATAAGACATGTAGAAAGGGAGGCAAAAAGTGGTAGCAGCTACTTGTTTGAAATCACTTCTCAGATTGACAGGGAAAGAGTTCAGACTACAGGGACTACTGCATACGTGATTGATGCCACAAGATATGGCAACGTATCCCGTTTTATTAATCATAGCTGTTCCCCAAATCTCAGTACGCGTTTAGTTTCGGTGGAGAGCAAAGACTGTCAGCTTGCGCACATTGGTTTGTTTGCAAACCAGGATATCTTGATGGGAGAAGAATTGGCCTATGACTATGGACAAAAATTGCTACCTGGTGATGGATGCCCCTGCCATTGTGGTGCTAAGAATTGCCGAGGACGTGTGTATTGAGTTTGCAGTGGGGCAGAAAATGGTAACGGAGCAGTCCAATCCTTAGCATATCTCCAGAAGTTCCTACAATGGCGTCACTTAGCAAGGGATAGCAATGTTTTTTTCTAGAGCAACAATGCAGTGCTAGGATCTAATTCCCCATGCATCATTAGGAATCATCATATAGGTCTCTCAACAGTTATTAGGCACACCATACGATTGATTTTAGTGTGGCACACTTATGCTTAACTGATCATTTGTTAGGAGCAACCTGAAATGAAAGCAGTTCAGGCTGCATTGTTCGTAGGCCAGAAGTGAAGTGTCGTTGTAACATACCTTCATTCAATTTTTACTGCTCATAAGCGCCATCGTCG]
[+] EMBL CF297682             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTCAAAAGACAAGACCCCACCCAAGCAACCTTGATATTCTGTCTATTGCCCGTTCTGTTTGCTGTAAGACAAGCCTTCGTGCTGCATTGAAAGCTAAATATGGAATCTTGCCTGATAACATATTTGTGAAAGCTGCAAAGCTTTGTAGTGATGTTGGCATCCAAATTGATTGGCATCAAGAAGAATTCTTTTGCCCTAAAGGTTGCAAGTCCAGGTCTAGTTCTAATTCCTTGCTCCCTTTACAGCCTACCCAAGTTGATTTTGTGATGAGTCCTCCAATTGGTGATGAGATATGGGGCATGGATGAATACCACTATGTTCTTGATTCAGAGCACTTTGGGTTGGAAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL AA750456             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACATTGGTTTTTTTGCAAACCAGGATATCTTGATGGGAGAAGATTTGGCCTATGACTATGGACAAAATTTGCTACCTGGTGATGGATGCCCCTCCCATTTTGGTGCTAAGATTTGCCGAGGACGTGTGTATTGAGTTTGCAGTGGGGCAGAAAATGGTAACGGAGCAGTCCAATCCTTAGCATATCTCCAGAAGTTCCTACAATGGCGTCACTTAGCAAGGGAT                                                                                                                                                                                                                                                                       ]


>consensus_4967#0 AGAAAGGGCAAGTGATGAGCTCCTTTATGATAACCATAACCTTGGTAAGGATGATGGTTT ACAGAAGTTCACCTGCAGATTATGTGGGATGATGTTTGATCTTTTGCCAGATCTTGGCCA CCACCATCAAGTTGCTCATACAAACTCAGGTACAGTCAGTGATATCCCTTCAGGACGTGA AAAGTATCAGTTTAACCGTGGTCGGCACTATTATTCAGCCTTCAAGAAAAGTTTAAGACC ATCCGGCTCATTGAAGAAGAGGACTAGTTCTGGAGTTGAGAAACATTTTAAGGCTCAAAG CTTGGATCTATCTATGGATACATCACACATTGTGGAATCTGAGACCACCACCCTTGGTAG GTTACTGGATTTCCAATGCTCAGACGTGGCATTGACTTTATTTTCAAAGATTCAAAAGAC AAGACCCCACCCAAGCAACCTTGATATTCTGTCTATTGCCCGTTCTGTTTGCTGTAAGAC AAGCCTTCGTGCTGCATTGAAAGCTAAATATGGAATCTTGCCTGATAACATATTTGTGAA AGCTGCAAAGCTTTGTAGTGATGTTGGCATCCAAATTGATTGGCATCAAGAAGAATTCTT TTGCCCTAAAGGTTGCAAGTCCAGGTCTAGTTCTAATTCCTTGCTCCCTTTACAGCCTAC CCAAGTTGATTTTGTGATGAGTCCTCCAATTGGTGATGAGATATGGGGCAGGGATGAATA CCACTATGTTCTTGATTCAGAGCACTTTGGTTGGAATCTTAAGAATGAGATGGTTATTGT TTGTGAAGATGTTAGCTTTGGCAGGGAGAAAGTTCCAGTTGTCTGTGCCATTGATGTAGA TGCAAAAGAATTTCCATATATGAAACCTGGAGAAATTTTGCAAAGTGAAAATTCTCTGCC CTGGCAAGGTTTCCACTACGTCACAAAGCGTTTGATGGATTCATCTCTTGTTGATTCAGA GAACACTATGGTTGGGTGTGCTTGTTCTCATGCCCATTGCAGTCCTGAGGAATGTGATCA TGTGAGCCTCTTTGATAGTATCTATGAGAACCTAGTGGATCTCCATGGTGTACCTATGCG TGGTAGATTTGCATATGATGAAAATAGCAAAGTTATTTTGCAGGAAGGATATCCTATATA TGAGTGCAATTCATCATGCACTTGTGATGCCTCCTGTCAGAATAAAGTACTGCAGAGAGG ACTGCTGGTAAAGTTGGAAGTCTTCAGAACTGAGAATAAGGGTTGGGCTGTTAGAGCCGC AGAACCTATTCCACAGGGCACATTTGTATGTGAGTACATTGGAGAGGTTTTGAAGATGAA GGATGATGGGGCCATAAGACATGTAGAAAGGGAGGCAAAAAGTGGTAGCAGCTACTTGTT TGAAATCACTTCTCAGATTGACAGGGAAAGAGTTCAGACTACAGGGACTACTGCATACGT GATTGATGCCACAAGATATGGCAACGTATCCCGTTTTATTAATCATAGCTGTTCCCCAAA TCTCAGTACGCGTTTAGTTTCGGTGGAGAGCAAAGACTGTCAGCTTGCGCACATTGGTTT GTTTGCAAACCAGGATATCTTGATGGGAGAAGAATTGGCCTATGACTATGGACAAAAATT GCTACCTGGTGATGGATGCCCCTGCCATTGTGGTGCTAAGAATTGCCGAGGACGTGTGTA TTGAGTTTGCAGTGGGGCAGAAAATGGTAACGGAGCAGTCCAATCCTTAGCATATCTCCA GAAGTTCCTACAATGGCGTCACTTAGCAAGGGATAGCAATGTTTTTTTCTAGAGCAACAA TGCAGTGCTAGGATCTAATTCCCCATGCATCATTAGGAATCATCATATAGGTCTCTCAAC AGTTATTAGGCACACCATACGATTGATTTTAGTGTGGCACACTTATGCTTAACTGATCAT TTGTTAGGAGCAACCTGAAATGAAAGCAGTTCAGGCTGCATTGTTCGTAGGCCAGAAGTG AAGTGTCGTTGTAACATACCTTCATTCAATTTTTACTGCTCATAAGCGCCATCGTCG



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)