Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 5139 cluster # 5139       Sequences # 3       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_5139#0 length = 1195 sequences # 3  

consensusID : consensus_5139#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 1195
fasta sequence
                              [GCCTTCGCGCTCCGGATGACCAAGGAGGGCGTCCTCCCCGATGTGGCCACATTCAACTCGCTCGCCGAGGCGCTTTGCAGCTCTGGAGATGTGGAATTCGCCGTGGCGCTTCTCGCCGATGCATCCAGCCGCGGCCTGTGCCCGGACATCTCCACCTACAAGGTGATGATACCAGCTGTGGCCAAGGCTGGCCGAATTGATGAGGCATTTCGGTTGTTCTATGCAGCTCTTGAGGATGGCCACCGGCCATTCCCCAGCCTGTATGCAGCGATTATCAAGGCGCTCTGTAAGGCGGGGCGATTCGCCGATGCTTTCGCATTTTTCGGTGATATGAAGTCGAAGGGGCACCCGCCAAATCGTCCTGTGTATGTGATGCTTGTTAAAATGTGTGTGAGAGGCGGTCGGTTCGTGGAGGCTGCAAACTACCTTGTTGAGATGAGTGAAGCTGGATTCGCTCCTCGTGCTCCGACCTTTAATTCTGTAGTTGACGGGTTGCGGCATTGTGGGAAGCATGATCTAGCTCAGAGGATGGAGCAGCTTGAGATGTCGATGAATGGGAATTGAATGGATTATGAACTGTATCCAGTTCTCTTTTTCCATTGGGCCTTGCAAATGGCATGGCAGTGCTCCTGGATTTCCAGGATCTCAGGTTGGCTTGATGAGGACTCCATAATTATCTGCAATTGATGGGGATGTTTGAATGTTGCACTTTGCTCGTGCCGTTTAGAATATTCTTACATTTGGATGTTCTAGAGCTAAACATAATCACGAGAATTGTGATGCTTCTATGGAATTGATCCTGCATCCAATAGGATAACACTGTAAATGAATCGATCAGACTGGCAGCAAGTCATAGAAAAGGGTGAATTCCTTATTGTACCAAAATTTTCATTTGGTTGCTGTTGTCTTGTGCATTAATGTAATTTTCACAATCTTGTAAGGAAGTGAGGTGAGTGTGGACTATGAGGAATTGTTGATGTAAACAGCGAAGCATAATCCTTGTGAACTGTGATTATCATTGGTTGCACTAAATAGCAGATTTAGGCATGCCTTCAAAACTGGGAAGTAGAGTGGGCTAAAGTAGGCACTAGGCAGTACTGGAATGTGGATACTGGATGTCTGGATGTTGAAGAAGGTGCAATCAGAACCCAATATGTAAATGATGCAGTGAAGAGTGATGCTGACGATCTTGTTT]

[+] EMBL AK073336             [GCCTTCGCGCTCCGGATGACCAAGGAGGGCGTCCTCCCCGATGTGGCCACATTCAACTCGCTCGCCGAGGCGCTTTGCAGCTCTGGAGATGTGGAATTCGCCGTGGCGCTTCTCGCCGATGCATCCAGCCGCGGCCTGTGCCCGGACATCTCCACCTACAAGGTGATGATACCAGCTGTGGCCAAGGCTGGCCGAATTGATGAGGCATTTCGGTTGTTCTATGCAGCTCTTGAGGATGGCCACCGGCCATTCCCCAGCCTGTATGCAGCGATTATCAAGGCGCTCTGTAAGGCGGGGCGATTCGCCGATGCTTTCGCATTTTTCGGTGATATGAAGTCGAAGGGGCACCCGCCAAATCGTCCTGTGTATGTGATGCTTGTTAAAATGTGTGTGAGAGGCGGTCGGTTCGTGGAGGCTGCAAACTACCTTGTTGAGATGAGTGAAGCTGGATTCGCTCCTCGTGCTCCGACCTTTAATTCTGTAGTTGACGGGTTGCGGCATTGTGGGAAGCATGATCTAGCTCAGAGGATGGAGCAGCTTGAGATGTCGATGAATGGGAATTGAATGGATTATGAACTGTATCCAGTTCTCTTTTTCCATTGGGCCTTGCAAATGGCATGGCAGTGCTCCTGGATTTCCAGGATCTCAGGTTGGCTTGATGAGGACTCCATAATTATCTGCAATTGATGGGGATGTTTGAATGTTGCACTTTGCTCGTGCCGTTTAGAATATTCTTACATTTGGATGTTCTAGAGCTAAACATAATCACGAGAATTGTGATGCTTCTATGGAATTGATCCTGCATCCAATAGGATAACACTGTAAATGAATCGATCAGACTGGCAGCAAGTCATAGAAAAGGGTGAATTCCTTATTGTACCAAAATTTTCATTTGGTTGCTGTTGTCTTGTGCATTAATGTAATTTTCACAATCTTGTAAGGAAGTGAGGTGAGTGTGGACTATGAGGAATTGTTGATGTAAACAGCGAAGCATAATCCTTGTGAACTGTGATTATCATTGGTTGCACTAAATAGCAGATTTAG                                                                                                                                                       ]
[+] EMBL AK063792             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGTTAAAATGTGTGTGAGAGGCGGTCGGTTCGTGGAGGCTGCAAACTACCTTGTTGAGATGAGTGAAGCTGGATTCGCTCCTCGTGCTCCGACCTTTAATTCTGTAGTTGACGGGTTGCGGCATTGTGGGAAGCATGATCTAGCTCAGAGGATGGAGCAGCTTGAGATGTCGATGAATGGGAATTGAATGGATTATGAACTGTATCCAGTTCTCTTTTTCCATTGGGCCTTGCAAATGGCATGGCAGTGCTCCTGGATTTCCAGGATCTCAGGTTGGCTTGATGAGGACTCCATAATTATCTGCAATTGATGGGGATGTTTGAATGTTGCACTTTGCTCGTGCCGTTTAGAATATTCTTACATTTGGATGTTCTAGAGCTAAACATAATCACGAGAATTGTGATGCTTCTATGGAATTGATCCTGCATCCAATAGGATAACACTGTAAATGAATCGATCAGACTGGCAGCAAGTCATAGAAAAGGGTGAATTCCTTATTGTACCAAAATTTTCATTTGGTTGCTGTTGTCTTGTGCATTAATGTAATTTTCACAATCTTGTAAGGAAGTGAGGTGAGTGTGGACTATGAGGAATTGTTGATGTAAACAGCGAAGCATAATCCTTGTGAACTGTGATTATCATTGGTTGCACTAAATAGCAGATTTAGGCATGCCTTCAAAACTGGGAAGTAGAGTGGGCTAAAGTAGGCACTAGGCAGTACTGGAATGTGGATACTGGATGTCTGGATGTTGAAGAAGGTGCAATCAGAACCCAATATGTAAATGATGCAGTGAAGAGTGATGCTGACGATCTTGTTT]
[+] EMBL BQ908231             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGGCAGTGCTCCTGGATTTCCAGGATCTCAGGTTGGCTTGATGAGGACTCCATAATTATCTGCAATTGATGGGGATGTTTGAATGTTGCACTTTGCTCGTGCCGTTTAGAATATTCTTACATTTGGATGTTCTAGAGCTAAACATAATCACGAGAATTGTGATGCTTCTATGGAATTGATCCTGCATCCAATAGGATAACACTGTAAATGAATCGATCAGACTGGCAGCAAGTCATAGAAAAGGGTGAATTCCTTATTGTACCCAAATTTTCATTTGGTTGCTGTTGTCTTGTGCATTAATGTAATTTTCACAATCTTGTAAGGAAGTGAGGTGAGTGTGGACTATGAGGAATTGTTGATGTAAACAGCGAAGCATAATCCTTGTGAACTGTGATTATCATTGGTTGCACTAAATAGCAGATTTAGGCATGCCTTCAAAAaaaaa                                                                                                                                    ]


>consensus_5139#0 GCCTTCGCGCTCCGGATGACCAAGGAGGGCGTCCTCCCCGATGTGGCCACATTCAACTCG CTCGCCGAGGCGCTTTGCAGCTCTGGAGATGTGGAATTCGCCGTGGCGCTTCTCGCCGAT GCATCCAGCCGCGGCCTGTGCCCGGACATCTCCACCTACAAGGTGATGATACCAGCTGTG GCCAAGGCTGGCCGAATTGATGAGGCATTTCGGTTGTTCTATGCAGCTCTTGAGGATGGC CACCGGCCATTCCCCAGCCTGTATGCAGCGATTATCAAGGCGCTCTGTAAGGCGGGGCGA TTCGCCGATGCTTTCGCATTTTTCGGTGATATGAAGTCGAAGGGGCACCCGCCAAATCGT CCTGTGTATGTGATGCTTGTTAAAATGTGTGTGAGAGGCGGTCGGTTCGTGGAGGCTGCA AACTACCTTGTTGAGATGAGTGAAGCTGGATTCGCTCCTCGTGCTCCGACCTTTAATTCT GTAGTTGACGGGTTGCGGCATTGTGGGAAGCATGATCTAGCTCAGAGGATGGAGCAGCTT GAGATGTCGATGAATGGGAATTGAATGGATTATGAACTGTATCCAGTTCTCTTTTTCCAT TGGGCCTTGCAAATGGCATGGCAGTGCTCCTGGATTTCCAGGATCTCAGGTTGGCTTGAT GAGGACTCCATAATTATCTGCAATTGATGGGGATGTTTGAATGTTGCACTTTGCTCGTGC CGTTTAGAATATTCTTACATTTGGATGTTCTAGAGCTAAACATAATCACGAGAATTGTGA TGCTTCTATGGAATTGATCCTGCATCCAATAGGATAACACTGTAAATGAATCGATCAGAC TGGCAGCAAGTCATAGAAAAGGGTGAATTCCTTATTGTACCAAAATTTTCATTTGGTTGC TGTTGTCTTGTGCATTAATGTAATTTTCACAATCTTGTAAGGAAGTGAGGTGAGTGTGGA CTATGAGGAATTGTTGATGTAAACAGCGAAGCATAATCCTTGTGAACTGTGATTATCATT GGTTGCACTAAATAGCAGATTTAGGCATGCCTTCAAAACTGGGAAGTAGAGTGGGCTAAA GTAGGCACTAGGCAGTACTGGAATGTGGATACTGGATGTCTGGATGTTGAAGAAGGTGCA ATCAGAACCCAATATGTAAATGATGCAGTGAAGAGTGATGCTGACGATCTTGTTT



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)