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Oryza sativa
cluster # 5220 cluster # 5220       Sequences # 3       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_5220#0 length = 2426 sequences # 3  

consensusID : consensus_5220#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 2426
fasta sequence
                              [CAAC-TTTAGTAGCCGCAGGCCGCAGCCGCCCACGAACCGCCGGCGACGAGATCCGAGAGGAGGCTGGCCGGGGCTGTCGATGGCGTCGTGGTGCGGCGACCTGGCTGCGCCGCCCCGCCTCCTCGTCGCCCCTCGTCCTTCTGATGGCAATTGTCAAGGGAATGTTTTGTCTCTCCGCCACCCGAGATCAGATGAAGAAACAGGGTATCTGTTCATCGACGGTCAACTTCACGAGTTCAATTGGTTTAAGGAGCGATTTGGATCTTGGTTCTTGGGTGATTATGTTTGTGAAGATGGCAGCCTCTACTACTGCACAGTTGTTGATCCCATTTTTATTCTTCTACCAATTTTGAAAGCTGCACGTATGTCGGTATGCCAAATCAAATCAGAAATATTTCTAATATGAGGTTCACATTCAACATATTTGCCTGTTGAAAATTTGAAAAGCTAGTCCCTCAACAGCTTTACTGTGCTGCAGAATGGTAAAGATCCAGGAAAATTTAGGCAACTGGATGAAATATTGTATGTTGAAGGATATCCTGGATATCAACACCTCATGGGTATAGCAGGAAACCATATTGATCTGGTCTGTGAAGTTAAAGAAGTTGCTAATGTGAAGTTCTTTAGGCTGGACGATTCCAAGGTCTTATCTTGGTTGTGCTGTAAGGTTAGCTTGTGTCAGTAATTACATCTACTAACTCGATTTGCACTATGCTATTCCGCTGATACTTATTCTTATCAGAAGCTAACCCACCTTTTATCTTTACTTGTCCTTTTCATATTACAAAAGCAAGGATCTAACATGAAGTTAGGGTGGAATGTTGCTTATGTGGGTTAGGAAAAGAGGCATCTTATTGTTTTTAGACTGTTTGCCTTGAATAAGGATGCAACAATCCAACAAACTGAGCACAACATTGAGAATGTTGATGGGCTAAAACTTAATTCTTCCACACCATGTTTTAATTTATATTTGTATATAAACTATGTGCACCAAACATTAGTCTTTAAGTTCACTTTGGTTTTGAAGATGATAAATAAAGCATGAATTGGGACCCTAGTGAATTTCCTATATATTTAAGAACATGAATGCACATGGTCATTCTTGTAAACGTCCCTAAATAGGTGTCAGAGGGTAGTGGCTGCTATTCCTTGACTGCTGTTTGTAGCATTCTGCCTACCTTATGTTACAACCTTCTACAACCATTATAATGTACGGTGTGTTCCAGTACTGTTTATTTGTTGCATATTTCCTGCCATTTTCCAGTTGAACAATTTTACTTCATAAATTTCATTTAACTATGTTCTTGCAAAAATATAGCTAGCATGTGTTGTGCCCACTATAACACCACTGCTATCTGCTGTACCAACACTTTGCCACATGCTACATGCAACTCAAAACATCATACAATATTTTTGCATGATTAACCTAGTAATGGCTATTGTTATCTGCAAGAAACAAATGCCACTTTGGGATATCACTTAGATTTTTTAAAAAATTATGCTGCCTTGCAAATTCAAAATAACAGTTTGTCTTGGTAGCATCATGAGAACATACCAGTTCATGTGCCCTCATAATTTATGTTTTGATACGTCCTTTAGCTGTACTTAATATTCATGCCTGTGAATTTCGAATCATATTGATCTCACTTCACTTGTTACTCTGTAGTTTCGAAAATACTCTTATGAATCTCATATACAGGTTCACAATCTAAAAGAGGTTTTCCCCAAGCTAGGCAAAAATTATGCTGCCCAAGGAGAAAAAGAATTATTGAAGGATGCCGTCCAAATAATTCGCGAATACCTGAACGACGAACCATGGTTAACGTTACTCTGCAAGAAGTTGCAGTTGGATATCAAGGAGATCATTGAAGCGAACAAAACTAGCGAAGCTTCCTTCTGTGCAGAGAATTCTCCTGTACCTTTCCACCCTGCTGAGGAGAAGCTTGGAAGTAGTAGCACTAGGTCAAGCAAAGGGAGGCCAGCAAAGAAACAAAAGGCTGAGGTAGAATCGAAGAACATCAAAGACATGTTCCGGAGGGTCACAAGGAAAGGAACGTGATCCCATATTATTTATAGTATGACTTGGTTCTGATTTCGCCATCGAGACCTCGCAAGGCGCTTCATATTATTGAGGGAAAGCTGAGGTTTTCAGATTAAAGCATTGTTTATGCTTCAGAAGCATTCGTGCAGCTAATGGAATTAACTGTTTAACAAATTTACTCCAAGTCTCAACTTTGTTAGGTTTGAAATGTAGCATTGCAGGCGTGTATTTAAGTATTTGAGCAAAGAGTCTTGTACTATCCTACTGATTTGTATCGTACCAACCAATTTCCTTGAACATCTTGGCCTTGGGTCACTAGAGTAATCTGAAATGGTTGTTAATGTTATTTGTGAGCTTCAACACTTCCTATTTGAGAACATTTCTA]

[+] EMBL AK102076             [CAAC TTTAGTAGCCGCAGGCCGCAGCCGCCCACGAACCGCCGGCGACGAGATCCGAGAGGAGGCTGGCCGGGGCTGTCGATGGCGTCGTGGTGCGGCGACCTGGCTGCGCCGCCCCGCCTCCTCGTCGCCCCTCGTCCTTCTGATGGCAATTGTCAAGGGAATGTTTTGTCTCTCCGCCACCCGAGATCAGATGAAGAAACAGGGTATCTGTTCATCGACGGTCAACTTCACGAGTTCAATTGGTTTAAGGAGCGATTTGGATCTTGGTTCTTGGGTGATTATGTTTGTGAAGATGGCAGCCTCTACTACTGCACAGTTGTTGATCCCATTTTTATTCTTCTACCAATTTTGAAAGCTGCACGTATGTCGGTATGCCAAATCAAATCAGAAATATTTCTAATATGAGGTTCACATTCAACATATTTGCCTGTTGAAAATTTGAAAAGCTAGTCCCTCAACAGCTTTACTGTGCTGCAGAATGGTAAAGATCCAGGAAAATTTAGGCAACTGGATGAAATATTGTATGTTGAAGGATATCCTGGATATCAACACCTCATGGGTATAGCAGGAAACCATATTGATCTGGTCTGTGAAGTTAAAGAAGTTGCTAATGTGAAGTTCTTTAGGCTGGACGATTCCAAGGTCTTATCTTGGTTGTGCTGTAAGGTTAGCTTGTGTCAGTAATTACATCTACTAACTCGATTTGCACTATGCTATTCCGCTGATACTTATTCTTATCAGAAGCTAACCCACCTTTTATCTTTACTTGTCCTTTTCATATTACAAAAGCAAGGATCTAACATGAAGTTAGGGTGGAATGTTGCTTATGTGGGTTAGGAAAAGAGGCATCTTATTGTTTTTAGACTGTTTGCCTTGAATAAGGATGCAACAATCCAACAAACTGAGCACAACATTGAGAATGTTGATGGGCTAAAACTTAATTCTTCCACACCATGTTTTAATTTATATTTGTATATAAACTATGTGCACCAAACATTAGTCTTTAAGTTCACTTTGGTTTTGAAGATGATAAATAAAGCATGAATTGGGACCCTAGTGAATTTCCTATATATTTAAGAACATGAATGCACATGGTCATTCTTGTAAACGTCCCTAAATAGGTGTCAGAGGGTAGTGGCTGCTATTCCTTGACTGCTGTTTGTAGCATTCTGCCTACCTTATGTTACAACCTTCTACAACCATTATAATGTACGGTGTGTTCCAGTACTGTTTATTTGTTGCATATTTCCTGCCATTTTCCAGTTGAACAATTTTACTTCATAAATTTCATTTAACTATGTTCTTGCAAAAATATAGCTAGCATGTGTTGTGCCCACTATAACACCACTGCTATCTGCTGTACCAACACTTTGCCACATGCTACATGCAACTCAAAACATCATACAATATTTTTGCATGATTAACCTAGTAATGGCTATTGTTATCTGCAAGAAACAAATGCCACTTTGGGATATCACTTAGATTTTTTAAAAAATTATGCTGCCTTGCAAATTCAAAATAACAGTTTGTCTTGGTAGCATCATGAGAACATACCAGTTCATGTGCCCTCATAATTTATGTTTTGATACGTCCTTTAGCTGTACTTAATATTCATGCCTGTGAATTTCGAATCATATTGATCTCACTTCACTTGTTACTCTGTAGTTTCGAAAATACTCTTATGAATCTCATATACAGGTTCACAATCTAAAAGAGGTTTTCCCCAAGCTAGGCAAAAATTATGCTGCCCAAGGAGAAAAAGAATTATTGAAGGATGCCGTCCAAATAATTCGCGAATACCTGAACGACGAACCATGGTTAACGTTACTCTGCAAGAAGTTGCAGTTGGATATCAAGGAGATCATTGAAGCGAACAAAACTAGCGAAGCTTCCTTCTGTGCAGAGAATTCTCCTGTACCTTTCCACCCTGCTGAGGAGAAGCTTGGAAGTAGTAGCACTAGGTCAAGCAAAGGGAGGCCAGCAAAGAAACAAAAGGCTGAGGTAGAATCGAAGAACATCAAAGACATGTTCCGGAGGGTCACAAGGAAAGGAACGTGATCCCATATTATTTATAGTATGACTTGGTTCTGATTTCGCCATCGAGACCTCGCAAGGCGCTTCATATTATTGAGGGAAAGCTGAGGTTTTCAGATTAAAGCATTGTTTATGCTTCAGAAGCATTCGTGCAGCTAATGGAATTAACTGTTTAACAAATTTACTCCAAGTCTCAACTTTGTTAGGTTTGAAATGTAGCATTGCAGGCGTGTATTTAAGTATTTGAGCAAAGAGTCTTGTACTATCCTACTGATTTGTATCGTACCAACCAATTTCCTTGAACATCTTGGCCTTGGGTCACTAGAGTAATCTGAAATGGTTGTTAATGTTATTTGTGAGCTTCAACACTTCCTATTTGAGAACATTTCTA]
[+] EMBL OS0251A              [CAACATTTAGTAGCCGCACG CGCAGCCGCCCACGAACCGCCGGCGACGAGATCCGAGAGGAGGCTGGCCGGGGCTGTCGATGGCGTCGTGGTGCGGCGACCTGGCTGCCGCG CCCG CTCCTCGTCG CCCTCGTCCTTCTGATGGCAATTGTCAAGGGAATGTTTTGTCTCTCCG CA CCGAGATCAGATGAAGAAACAGGGTATCTGTTCATCGACGGTCAACTTCACGAGTTCAATTGG TTAAGGAGCGATTTGGATCTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[-] EMBL BI306165             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTCCACCCTGCTGAGGAGAAGCTTGGAAGTAGTAGCACTAGGTCAAGCAAAGGGAGGCCAGCAAAGAAACAAAAGGCTGAGGTAGAATCGAAGAACATCAAAGACATGTTCCGGAGGGTCACAAGGAAAGGAACGTGATCCCATATTATTTATAGTATGACTTGGTTCTGATTTCGCCATCGAGACCTCGCAAGGCGCTTCATATTATTGAGGGAAAGCTGAGGTTTTCAGATTAAAGCATTGTTTATGCTTCAGAAGCATTCGTGCAGCTAATGGAATTAACTGTTTAACAAATTTACTCCAAGTCTCAACTTTGTTAGGTTTGAAATGTAGCATTGCAGGCGTGTATTTAAGTATTTGAGCAAAGAGTCTTGTACTATCCTACTGATTTGTATCGTACCAACCAATTTCCTTGAACATCTTGGCCTTGGGTCACTAGAGTAATCTGAAATGGTT                                                 ]


>consensus_5220#0 CAACTTTAGTAGCCGCAGGCCGCAGCCGCCCACGAACCGCCGGCGACGAGATCCGAGAGG AGGCTGGCCGGGGCTGTCGATGGCGTCGTGGTGCGGCGACCTGGCTGCGCCGCCCCGCCT CCTCGTCGCCCCTCGTCCTTCTGATGGCAATTGTCAAGGGAATGTTTTGTCTCTCCGCCA CCCGAGATCAGATGAAGAAACAGGGTATCTGTTCATCGACGGTCAACTTCACGAGTTCAA TTGGTTTAAGGAGCGATTTGGATCTTGGTTCTTGGGTGATTATGTTTGTGAAGATGGCAG CCTCTACTACTGCACAGTTGTTGATCCCATTTTTATTCTTCTACCAATTTTGAAAGCTGC ACGTATGTCGGTATGCCAAATCAAATCAGAAATATTTCTAATATGAGGTTCACATTCAAC ATATTTGCCTGTTGAAAATTTGAAAAGCTAGTCCCTCAACAGCTTTACTGTGCTGCAGAA TGGTAAAGATCCAGGAAAATTTAGGCAACTGGATGAAATATTGTATGTTGAAGGATATCC TGGATATCAACACCTCATGGGTATAGCAGGAAACCATATTGATCTGGTCTGTGAAGTTAA AGAAGTTGCTAATGTGAAGTTCTTTAGGCTGGACGATTCCAAGGTCTTATCTTGGTTGTG CTGTAAGGTTAGCTTGTGTCAGTAATTACATCTACTAACTCGATTTGCACTATGCTATTC CGCTGATACTTATTCTTATCAGAAGCTAACCCACCTTTTATCTTTACTTGTCCTTTTCAT ATTACAAAAGCAAGGATCTAACATGAAGTTAGGGTGGAATGTTGCTTATGTGGGTTAGGA AAAGAGGCATCTTATTGTTTTTAGACTGTTTGCCTTGAATAAGGATGCAACAATCCAACA AACTGAGCACAACATTGAGAATGTTGATGGGCTAAAACTTAATTCTTCCACACCATGTTT TAATTTATATTTGTATATAAACTATGTGCACCAAACATTAGTCTTTAAGTTCACTTTGGT TTTGAAGATGATAAATAAAGCATGAATTGGGACCCTAGTGAATTTCCTATATATTTAAGA ACATGAATGCACATGGTCATTCTTGTAAACGTCCCTAAATAGGTGTCAGAGGGTAGTGGC TGCTATTCCTTGACTGCTGTTTGTAGCATTCTGCCTACCTTATGTTACAACCTTCTACAA CCATTATAATGTACGGTGTGTTCCAGTACTGTTTATTTGTTGCATATTTCCTGCCATTTT CCAGTTGAACAATTTTACTTCATAAATTTCATTTAACTATGTTCTTGCAAAAATATAGCT AGCATGTGTTGTGCCCACTATAACACCACTGCTATCTGCTGTACCAACACTTTGCCACAT GCTACATGCAACTCAAAACATCATACAATATTTTTGCATGATTAACCTAGTAATGGCTAT TGTTATCTGCAAGAAACAAATGCCACTTTGGGATATCACTTAGATTTTTTAAAAAATTAT GCTGCCTTGCAAATTCAAAATAACAGTTTGTCTTGGTAGCATCATGAGAACATACCAGTT CATGTGCCCTCATAATTTATGTTTTGATACGTCCTTTAGCTGTACTTAATATTCATGCCT GTGAATTTCGAATCATATTGATCTCACTTCACTTGTTACTCTGTAGTTTCGAAAATACTC TTATGAATCTCATATACAGGTTCACAATCTAAAAGAGGTTTTCCCCAAGCTAGGCAAAAA TTATGCTGCCCAAGGAGAAAAAGAATTATTGAAGGATGCCGTCCAAATAATTCGCGAATA CCTGAACGACGAACCATGGTTAACGTTACTCTGCAAGAAGTTGCAGTTGGATATCAAGGA GATCATTGAAGCGAACAAAACTAGCGAAGCTTCCTTCTGTGCAGAGAATTCTCCTGTACC TTTCCACCCTGCTGAGGAGAAGCTTGGAAGTAGTAGCACTAGGTCAAGCAAAGGGAGGCC AGCAAAGAAACAAAAGGCTGAGGTAGAATCGAAGAACATCAAAGACATGTTCCGGAGGGT CACAAGGAAAGGAACGTGATCCCATATTATTTATAGTATGACTTGGTTCTGATTTCGCCA TCGAGACCTCGCAAGGCGCTTCATATTATTGAGGGAAAGCTGAGGTTTTCAGATTAAAGC ATTGTTTATGCTTCAGAAGCATTCGTGCAGCTAATGGAATTAACTGTTTAACAAATTTAC TCCAAGTCTCAACTTTGTTAGGTTTGAAATGTAGCATTGCAGGCGTGTATTTAAGTATTT GAGCAAAGAGTCTTGTACTATCCTACTGATTTGTATCGTACCAACCAATTTCCTTGAACA TCTTGGCCTTGGGTCACTAGAGTAATCTGAAATGGTTGTTAATGTTATTTGTGAGCTTCA ACACTTCCTATTTGAGAACATTTCTA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)