cluster # 5222

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 5222 cluster # 5222 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_5222#0 length = 715 sequences # 1

consensus_5222#1 length = 693 sequences # 2

consensusID : consensus_5222#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 715
fasta sequence

                              [TTCCTCCCCCGCGTTCCGCCTTTGTGGGGTTGTCTAAGGTGTCTGATGGACTATAAGGATTTGTGGGCGTTTGGTTATTGGTCCCCTTGGATGGCATTTGGGTTGTTGGTAAATGACATAGTAATTTTTGGTTGGTCTCTGATTTCCACCCGTTGGATATGTCTTGCACTGTGTTGGGGTGCTAAGTTGAAGCACAATCTGCATGCAGGAGTATCTGGTGATTTGGGAGGATGTAGCTGGGACGACGCACGAGCTGTCTGGTGGGATATGGTGTATGCTAGGGAAGATGATGAACGCATGTGCGATGAGCTTGTGTGTGCATTGATTGGGTGGCGCAATGCCCTATATCCACTAATTGTGTGTGGCCCCACATATTGTGTATTGGATTGTTGCCGTGTTGTGTCATGCCGGTGATGATGCCCCGGTGATGGTGTGTGAGGTTGTGTGTTGGGTGTTTTGCCCGAAATTGTGGCGGACATAATGTGGTATAGCCACGTTGTGCGTGAAATGACTGCAGGGTGTGCTGTGTGTGCCACACATGATGGGCTGTGGCTGGTGACATGGAATGGTGACCCTTGCCTGTGCCCCTGCGTCTGGATTCCTGATGTGTAAGATAAGACAACCCATTTACCCAAGTTTTGGATTTGTCATTCATGTGTAGTTTGTTGATGCATGCTAAGCTGGCCCCCAAGTATTCTTGCATCTAAAAAAAAAA]

[+] EMBL BI803411             [TTCCTCCCCCGCGTTCCGCCTTTGTGGGGTTGTCTAAGGTGTCTGATGGACTATAAGGATTTGTGGGCGTTTGGTTATTGGTCCCCTTGGATGGCATTTGGGTTGTTGGTAAATGACATAGTAATTTTTGGTTGGTCTCTGATTTCCACCCGTTGGATATGTCTTGCACTGTGTTGGGGTGCTAAGTTGAAGCACAATCTGCATGCAGGAGTATCTGGTGATTTGGGAGGATGTAGCTGGGACGACGCACGAGCTGTCTGGTGGGATATGGTGTATGCTAGGGAAGATGATGAACGCATGTGCGATGAGCTTGTGTGTGCATTGATTGGGTGGCGCAATGCCCTATATCCACTAATTGTGTGTGGCCCCACATATTGTGTATTGGATTGTTGCCGTGTTGTGTCATGCCGGTGATGATGCCCCGGTGATGGTGTGTGAGGTTGTGTGTTGGGTGTTTTGCCCGAAATTGTGGCGGACATAATGTGGTATAGCCACGTTGTGCGTGAAATGACTGCAGGGTGTGCTGTGTGTGCCACACATGATGGGCTGTGGCTGGTGACATGGAATGGTGACCCTTGCCTGTGCCCCTGCGTCTGGATTCCTGATGTGTAAGATAAGACAACCCATTTACCCAAGTTTTGGATTTGTCATTCATGTGTAGTTTGTTGATGCATGCTAAGCTGGCCCCCAAGTATTCTTGCATCTAAAAAAAAAA]




>consensus_5222#0
TTCCTCCCCCGCGTTCCGCCTTTGTGGGGTTGTCTAAGGTGTCTGATGGACTATAAGGAT
TTGTGGGCGTTTGGTTATTGGTCCCCTTGGATGGCATTTGGGTTGTTGGTAAATGACATA
GTAATTTTTGGTTGGTCTCTGATTTCCACCCGTTGGATATGTCTTGCACTGTGTTGGGGT
GCTAAGTTGAAGCACAATCTGCATGCAGGAGTATCTGGTGATTTGGGAGGATGTAGCTGG
GACGACGCACGAGCTGTCTGGTGGGATATGGTGTATGCTAGGGAAGATGATGAACGCATG
TGCGATGAGCTTGTGTGTGCATTGATTGGGTGGCGCAATGCCCTATATCCACTAATTGTG
TGTGGCCCCACATATTGTGTATTGGATTGTTGCCGTGTTGTGTCATGCCGGTGATGATGC
CCCGGTGATGGTGTGTGAGGTTGTGTGTTGGGTGTTTTGCCCGAAATTGTGGCGGACATA
ATGTGGTATAGCCACGTTGTGCGTGAAATGACTGCAGGGTGTGCTGTGTGTGCCACACAT
GATGGGCTGTGGCTGGTGACATGGAATGGTGACCCTTGCCTGTGCCCCTGCGTCTGGATT
CCTGATGTGTAAGATAAGACAACCCATTTACCCAAGTTTTGGATTTGTCATTCATGTGTA
GTTTGTTGATGCATGCTAAGCTGGCCCCCAAGTATTCTTGCATCTAAAAAAAAAA

consensusID : consensus_5222#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 693
fasta sequence

                              [TTTTTTTGAATGACAAATCCAAAACTTGGGTAAATGGGTTGTCTTTCTTACACA-TCAGGAATCCAGACGAGGGAAGAAGGTACATTATGTACAGCAAGCATATGGTGAAAAGAACCTATATTTACAACTGCTTACAAAGCGAATCGAAACAAAACT-AACATACGGAT-----ATACGATGAAACGAATCATAATTGGAC-AATGGTGGCTGC-ACATATGACAAGCTATGAATGCTTCTATCTCACGATCACATCACGAGCTCGGTCTCAGCTATCTCAATACAGTTCGATGAGTGGCTACTGACCAAAAGGAGCTTCAAGGGGATCGAAAAAAATATTTCTTCAACCATCTCAGGCCTACACCCAATCTTTCTAGAATAAACCAAGGGAGGGGTTCTGTTATGAAAGGTCAGGGCCAAAATGCTCTGTATTTTGGTTGAACAGTATGATGCAGGGAATTACGTCACTCAGCATGGCTTTCTCCTGTCAATTTTGAAAGGAATGTTTAACCATTTCTTCCTTGGGAACCGCTCTTTGGTTTTCTTTTCATTTGAATCTTCATCTGCACTTCTGCATCCACCCGTGGGTTGGNCTTTCACTTTCTTTTCCTTTCTCTGATTGGTGCCCTCCTCACCTTTGGAAAATTTTGAAGGTGATTTAGCTTTACTCCTGCTGGAACTCCTCTTCAGTGGTGAATTGC]

[+] EMBL CA761746             [TTTTTTTGAATGACAAATCCAAAACTTGGGTAAATGGGTTGTCTTTCTTACACA TCAGGAATCCAGACGAGGGAAGAAGGTACATTATGTACAGCAAGCATATGGTGAAAAGAACCTATATTTACAACTGCTTACAAAGCGAATCGAAACAAAACT AACATACGGAT     ATACGATGAAACGAATCATAATTGGAC AATGGTGGCTGC ACATATGACAAGCTATGAATGCTTCTATCTCACGATCACATCACGAGCTCGGTCTCAGCTATCTCAATACAGTTCGATGAGTGGCTACTGACCAAAAGGAGCTTCAAGGGGATCGAAAAAAATATTTCTTCAACCATCTCAGGCCTACACCCAATCTTTCTAGAATAAACCAAGGGAGGGGTTCTGTTATGAAAGGTCAGGGCCAAAATGCTCTGTATTTTGGTTGAACAGTATGATGCAGGGAATTACGTCACTCAGCATGGCTTTCTCCTGTCAATTTTGAAAGGAATGTTTAACCATTTCTTCCTTGGGAACCGCTCTTTGGTTTTCTTTTCATTTGAATCTTCATCTGCACTTCTGCATCCACCCGTGGGTTGGNCTTTCACTTTCTTTTCCTTTCTCTGATTGGTGCCCTCCTCACCTTTGGAAAATTTTGAAGGTGATTTAGCTTTACTCCTGCTGGAACTCCTCTTCAGTGGTGAATTGC]
[+] EMBL OS31680              [            cgtagccgAAAACTTGGGTAAATGGGTTGTCTTTCTTACACATTCAGGAATCCAGACGAGGGAAGAAGGTACATTATGTACAGCAAGCATATGGTGAAAAGAACCTATATTTACAACTGCTTACAAAGCGAATCGAAACAAAACTAAACATACGGATGGATGATACGATGAAACGAATGATAATTGGACGAATGGTGGCTGCGACATATGACAAGCTATGAATGCTTCTATCTCACGATCACATCACGAGCTC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]




>consensus_5222#1
TTTTTTTGAATGACAAATCCAAAACTTGGGTAAATGGGTTGTCTTTCTTACACATCAGGA
ATCCAGACGAGGGAAGAAGGTACATTATGTACAGCAAGCATATGGTGAAAAGAACCTATA
TTTACAACTGCTTACAAAGCGAATCGAAACAAAACTAACATACGGATATACGATGAAACG
AATCATAATTGGACAATGGTGGCTGCACATATGACAAGCTATGAATGCTTCTATCTCACG
ATCACATCACGAGCTCGGTCTCAGCTATCTCAATACAGTTCGATGAGTGGCTACTGACCA
AAAGGAGCTTCAAGGGGATCGAAAAAAATATTTCTTCAACCATCTCAGGCCTACACCCAA
TCTTTCTAGAATAAACCAAGGGAGGGGTTCTGTTATGAAAGGTCAGGGCCAAAATGCTCT
GTATTTTGGTTGAACAGTATGATGCAGGGAATTACGTCACTCAGCATGGCTTTCTCCTGT
CAATTTTGAAAGGAATGTTTAACCATTTCTTCCTTGGGAACCGCTCTTTGGTTTTCTTTT
CATTTGAATCTTCATCTGCACTTCTGCATCCACCCGTGGGTTGGNCTTTCACTTTCTTTT
CCTTTCTCTGATTGGTGCCCTCCTCACCTTTGGAAAATTTTGAAGGTGATTTAGCTTTAC
TCCTGCTGGAACTCCTCTTCAGTGGTGAATTGC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5222#0      TTCCTCCCCCGCGTTCCGCCTTTGTGGGGTTGTCTAAGGTGTCTGATGGAC-TATAAGGA 59
consensus_5222#1      TTTTTTTGAATGACAAATCCAAAACTTGGGTAAATGGGTTGTCTTTCTTACACATCAGGA 60
                      **  *             **       ** *   *  * *****     **  ** ****

consensus_5222#0      TTTGTGGGCGTTTGGTTATTGGTCCCCTTGGATGGCATTTGGGTTGTTGGTAAATGACAT 119
consensus_5222#1      ATC-CAGACGAGGGAAGAAGGTACATTATGTACAGCAAGCATATGGT--GAAAAGAACCT 117
                       *    * **   *   *  *  *    ** *  ***      * **  * ***  ** *

consensus_5222#0      AGTAATTTTTGGTTGGTCTCTGATTTCCACCCGTTGGATATGTCTTGCACTGTGTTGGGG 179
consensus_5222#1      A--TATTTACAACTGCTTACAAA--GCGAATCG--AAACAAAACTAACA-TACGGATATA 170
                      *   ****     ** *  *  *   * *  **    * *   **  ** *  *      

consensus_5222#0      TGCTAAGTTGAAGCACAATCTGCATGCAGGAGTATCTGGTGATTTGGGAGGATGTAGCTG 239
consensus_5222#1      CGATGAAACGAATCATAATTGG---ACAATGGTGGCTGCACATATGACAAGCTATGAATG 227
                       * * *   *** ** ***  *    **   **  ***   ** **  * * * *   **

consensus_5222#0      GGACGA-CGCACGAGCTGTCTGGTGGGATATGGTGTATGCTAGG--GAAGATGATGAACG 296
consensus_5222#1      CTTCTATCTCACGA-TCACATCACGAGCT-CGGTCTCAGCTATCTCAATACAGTTCGATG 285
                         * * * *****      *   * * *  *** *  ****     *    * *  * *

consensus_5222#0      CATGTGCGATGAGCTTGTGTGTGCATTGATTGGGTGGCGCAATGCCCTATATCCACTAAT 356
consensus_5222#1      AGTG-GCTACTGACCAAAAGGAGCTTCAAGGGGATCGAAAAAAATATTTCTTCAACCATC 344
                        ** ** *    *      * ** *  *  ** * *   **     *   ** ** *  

consensus_5222#0      T-GTGTGTGGCCCCACATATTGTGTATTGGATTGTTGCCGTG-TTGTGTCATGCCGGTGA 414
consensus_5222#1      TCAGGCCTACACCCAATCTTTCTAGAATAAACCAAGGGAGGGGTTCTGTTATG--AAAGG 402
                      *   *  *   ****    ** *  * *  *     *  * * ** *** ***     * 

consensus_5222#0      TGATGCCCCGGTGATGGTGTGTGAGGTTGTGTGTTGGGTGTTTTGCCCGAAATTGTGGCG 474
consensus_5222#1      TCAGGGCCAAA--ATGCTCTGT-ATTTTGGTTGAACAGTATGATGCAGGGAATTACGTC- 458
                      * * * **     *** * *** *  ***  **    ** *  ***  * ****  * * 

consensus_5222#0      GACATAATGTGGTATAGCCACGTTGTGCGTGAAATGACTGCAGGGTGTGCTGTGTGTGCC 534
consensus_5222#1      -ACTCAGCATGGCTTTCTCCTGTCAATTTTGAAAGGAATGT----TTAACCATTTCTTCC 513
                       **  *   ***  *   *  **      ***** ** **     *   *  * * * **

consensus_5222#0      ACACATGATGGGCTGTGGCTGGTGACATGGAATGGTGACCCTTGCCTGTGCCCCTGCGTC 594
consensus_5222#1      TTGGGAACCGCTCTTTGGTTT---TCTTTTCATTTGAATCTTCATCTGCACTTCTGCATC 570
                               *  ** *** *     * *   **    * * *   ***  *  **** **

consensus_5222#0      TGGATTCCTGATGTGTAAGATAAGACAACCCATTTACCCAAGTTTTGGATTTGTCATTCA 654
consensus_5222#1      C--ACCCGTGGGTTGGNCTTTCACTTTCTTTTCCTTTCTCTGATTGGTGCCCTCCTCACC 628
                         *  * **   **     * *           *  *   * ** *       *   * 

consensus_5222#0      TGTGTAGTTTGTTGATGCATGCTAAGCTGGCCCCCAAGTATTCTTGCATCTAAAAAAAAA 714
consensus_5222#1      TTTGGAAAATTTTGAAGGTGATTTAGCTTTACTCCTGCTGGAACTCCTCTTCAGTGGTGA 688
                      * ** *   * **** *     * ****   * **   *     * *   * *      *

consensus_5222#0      A---- 715
consensus_5222#1      ATTGC 693
                      *