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Oryza sativa
cluster # 5343 cluster # 5343       Sequences # 3       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_5343#0 length = 3590 sequences # 3  

consensusID : consensus_5343#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 3590
fasta sequence
                              [TCTGGGAGGAGCAAGAAGAGGAGAGAAGAGAGCCATGGCCAAGAACACCGAGAGCCCCAAAACCTAGGGAAAGAGAGGAAAAAATCGATTTTCTTGGGTGGTGGTTGAGCCTGCAGTGAAGTTCATCAGGGAGGAAAGGGAGGGGATTAAGGGAAGGAGATACAGGAATCAATGGGAGGCCAAGAACAGGTGGCCATGGCGGAGAGGAGGCCTTGTTACTGTCGCAACAATGGCTTCTTGCTGCTGCTGGTACAAGTTCTCCTCTTCTTGTTCTTGTTTCTTGATTCGTCCATGGTCGCCACTGCCGCGTCGGCGCCGGCACCGCTAAATACGACTCAGGTATCGATCATGAAGGAGCTTTCTGGCTTGGTTACTGCCAGTGCCAAGTGGAACACGAGCGATTCGAATCCATGCCGATGGGATGGAGTGAGTTGCTCTTCTAGCTCCAATTCCATATCAGTTGTGACCAACCTTACTTTGTCTGGGTATGGTTTGTCCAACTCCACCATATTTGCAACCATATGCTCTCTTGACACCTTGCAAATCCTTGATCTCTCTAAGAATTCCTTCACCAATTCGATAGAGCAATTCTTCACCTCTTCTTGCTCCATGAAGGCTGGATTGCGGTCACTTAATCTCAGCAGCAGCCAGCTATCCATGCCTCTTAGTAATTTCTCTGGTTTTCCCCTTCTTGAGGTTCTTGACTTGTCCTTCAATTCTTTCAGTGGTGATGTCAGAACCCAGTTGAGTTCTTTGCTCAAGCTGAGAAGCTTGAATCTTAGTAGCAATAACTTGGCTGGTGATGTTCCTACAAGCATGACCCCGTCTTTGGAGGAATTGGTGTTGTCCATCAACAATTTCAGTGGTAGCATTCCAATAGCTTTGTTCAATTACCAAAATCTTACTATGCTGGATCTTAGTCAGAACAATCTAAATGGTGATGTACCGGATGAGTTCTTAAAGTTACCCAAGCTCAAGACTTTGCTCTTATCAGGTAATCAACTGAGTGGCAATATACCTGTGAGTGTGTCAAATGTTGCAAGCCTTGCTCGGTTTGCAGCTAATCAGAACAATTTTACCGGTTTCATCCCTAGTGGTATCACCAAGAATGTGAAGATGCTGGATCTGAGTTACAACGAACTTAGTGGAGTGATTCCCTCTGATATTCTTAGTCCTGTGGGACTGTGGACTGTTGATCTCACTCACAATAAGCTCGAAGGGCCCATCCCTAGCAGCTTGTCTCCGACCCTCTATCGGTTGAGGCTTGGTGGAGGCAACTCTCTCAATGGAACCATCCCGGCCACCATTGGTGATGCATCGACCTTGGCTTATCTTGAGCTGGATAGCAATCAGTTGACGGGAAGCATACCATTGGAACTTGGCAGATGCAAGAGTTTGTCTTTGCTGAATCTGGCATCAAATAAGTTTCAGGGTCCAGTGCCTGATGCAATCAGCAGCCTTGACAAACTGGTAGTTCTTAAACTCCAAATGAACAATCTGGATGGACCTATCCCAAGTGTATTTTCTAATTTGACAAGCCTGATCACATTGAATCTTAGTGGTAATTCATTCACTGGAGGGATACCAAGAGAAATCGGCAAGCTGCCAAAGCTTTCCATTTTGAATTTGCAATGCAACAAGATCAGCGGCACCATTCCAGATTCACTCCATTTATTAACTTCTCTAATTGAGCTCAATCTGGGGAATAATATCTTGACTGGTACCATCCCAACAATGCCGACCAAATTGAGTACTGTTCTTAATCTAAGCCACAACAATCTCAGCGGATCTATTCCTTCAAATATTGACTTATTGAGTGATCTAGAGATTCTTGATCTTTCATACAACAACTTGTATGGTGAGGTGCCGGCCTCACTTGCAAAGCTAGAAAGCTTGACGCAACTAGTGCTTTCTTATAATCACCTTTCTGGGTCCATTCCTATATTTCGTCAACATGTTGATATTGCTACCAATGGAAATCCCGATCTTACAAATGGTACAAGAAATTATGACAACGCCCCTACAAGTGGTAAGAGAAGGACACACAATACAGTCATCATCGTCGTTGCCATTACTGGTGCTCTTGTTGGATTGTGCTTGCTTGCTGCTATTGTTACAATTTCATATTCTAAGAGAATTTATCGTGTTGAAGATGAAGGACCATCAACTGAGGATGTTGCTCGAATCATCAATGGTCACCTCATAACTATGAATAGTATCCATACCTCTGCAATTGATTTCGTGAAAGCAATGGAAGCAGTCTCCAATCACAGCAACATTTTTCTGAAAACAAGGTTCTGCACTTACTATAAGGCTGTGATGCCTAATGGCTCAACCTATTCTTTAAAACAGATTAATTGTAGTGACAAGATATTCCAAATTGGGAGCCAAGGGAAGGTTGCTCATGAACTTGAGGTACTTGGGAAGTTGAGCAATTCCAATGTAATGGTGCCATTGGCTTATGTGTTGACAGAAGACAATGCATACATCATCTATGAGCATGTGCACAAGGGCACGGTGTTCGATTTCCTTCATGCTGGAAGATCAGATGTTCTGGACTGGCCTTCACGGTATAGCATAGCTTTTGGGCTAGCCCAAGGGCTGACATTTCTTCATGGGTGCACTCAGCCAGTTCTGCTTCTTGATCTGTCAACAAGGACTGTCCACTTGAAGTCAATGAATGAGCCTCAGATTGGAGATGTTGAACTTTACAAAATTGTTGATACTTTGAAGAGCAGTGGGAGCCTTTCGACCATTGCTGGTACAGTTGGTTATATTCCACCAGAGTATGCATACACGATGAGGTTGACGATGGCTGGCAACGTTTACAGCTTTGGAGTAATCTTACTGGAGCTTTTGACTGGGAAACCATCGGTCAGTGATGGCATCGAGTTAGCCAAGTGGGCTCTGAGTCTTTCAGGCAGCCCTGATCAGAGGGAGCAGATCCTTGACACCAGGGTCTCAAGAACTTCAGCTGCTGTTCACAGCCAGATGTTGTCGGTCCTGAACATCGCCCTCGCTTGTGTTGCGCTCTCTCCAGATGCTCGACCAAAGATGCGCACCGTCTTGAGGATGCTATTCAACGCAAAGTGATCTGGCATGATATGTTTTGGTAGCTTAGGTAGGTTCTGAATGGAGTTTGATCATTTTGCTTAGTTTGTGGATGTCAGCAATCAGTATACGGGGTCCTTGTATAGTACCAGCACCATAGTTCAAGGTAGAGTAGTAGATTATGATATGGCTGATCAATTTAGTATTCAGATATCTATTTTGGAATGAATGACCAATGGGTTTATCTATGCTGTATCATCATATATTCACACATGGTTATTAGCATACCTTGTACACGGCAATTCCATATAACAATAGTAGTGAAATAGAGCCATAGTTAAGGTAGAACAGTAGATAGACTATGATATATATCCCTGAACAATTTAGAAGCCAGATATCTGTTTTGGAATGAATCAGGAATTGTGTTCTTCTATGCTATATGATCATATTTGTAAATGGTTGGTTGTGTACATCCATGTGGGATGTCGAGGCCGGATTGGCATCCATTATCTAACAAACATATATATAAATTGTTATTA]

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[+] EMBL CB000486             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aTGTTCTTAATCTAAGCCACAACAATCTCAGCGCCTTTATACCTTCAAATATTGACTTATTGAGTGATCTAGAGATTCTTGATCTTTCATACAACAACTTGTATGGTGAGGTGCCGGCCTCACTTGCAAAGCTAGAAAGCTTGACGCAACTAGTGCTTTCTTATAATCACCTTTCTGGGTCCATTCCTATATTTCGTCAACATGTTGATATTGCTACCAATGGAAATCCCGATCTTACAAATGGTACAAGAAATTATGACAACGCCCCTACAAGTGGTAAGAGAAGGACACACAATACAGTCATCATCGTCGTTGCCATTACTGGTGCTCTTGTTGGATTGTGCTTGCTTGCTGCTATTGTTACAATTTCATATTCTAAGAGAATTTATCGTGTTGAAGATGAAGGACCATCAACTGAGGATGTTGCTCGAATCATCAATGGTCACCTCATAACTATGAATAGTATCCATACCTCTGCAATTGATTTCGTGAAAGCAATGGAAGCAGTCTCCAATCACAGCAACATTTTTCTGAAAACAAGGTTCTGCACTTACTATAAGGCTGTGATGCCTAATGGCTCAACCTATTCTTTAAAACAGATTAATTGTAGTGACAAGATATTCCAAATTGGGAGCCAAGGGAAGGTTGC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL CA998409             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CTTAATCTAAGCCACAACAATCTCAGCGGATCTATTCCTTCAAATATTGACTTATTGAGTGATCTAGAGATTCTTGATCTTTCATACAACAACTTGTATGGTGAGGTGCCGGCCTCACTTGCAAAGCTAGAAAGCTCGACGCAACTAGTGCTTTCTTATAATCACCTTTCTGGGCCCATTCCTATATTTCGTCAACATGCTGATATTGCTACCAATGCAAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]


>consensus_5343#0 TCTGGGAGGAGCAAGAAGAGGAGAGAAGAGAGCCATGGCCAAGAACACCGAGAGCCCCAA AACCTAGGGAAAGAGAGGAAAAAATCGATTTTCTTGGGTGGTGGTTGAGCCTGCAGTGAA GTTCATCAGGGAGGAAAGGGAGGGGATTAAGGGAAGGAGATACAGGAATCAATGGGAGGC CAAGAACAGGTGGCCATGGCGGAGAGGAGGCCTTGTTACTGTCGCAACAATGGCTTCTTG CTGCTGCTGGTACAAGTTCTCCTCTTCTTGTTCTTGTTTCTTGATTCGTCCATGGTCGCC ACTGCCGCGTCGGCGCCGGCACCGCTAAATACGACTCAGGTATCGATCATGAAGGAGCTT TCTGGCTTGGTTACTGCCAGTGCCAAGTGGAACACGAGCGATTCGAATCCATGCCGATGG GATGGAGTGAGTTGCTCTTCTAGCTCCAATTCCATATCAGTTGTGACCAACCTTACTTTG TCTGGGTATGGTTTGTCCAACTCCACCATATTTGCAACCATATGCTCTCTTGACACCTTG CAAATCCTTGATCTCTCTAAGAATTCCTTCACCAATTCGATAGAGCAATTCTTCACCTCT TCTTGCTCCATGAAGGCTGGATTGCGGTCACTTAATCTCAGCAGCAGCCAGCTATCCATG CCTCTTAGTAATTTCTCTGGTTTTCCCCTTCTTGAGGTTCTTGACTTGTCCTTCAATTCT TTCAGTGGTGATGTCAGAACCCAGTTGAGTTCTTTGCTCAAGCTGAGAAGCTTGAATCTT AGTAGCAATAACTTGGCTGGTGATGTTCCTACAAGCATGACCCCGTCTTTGGAGGAATTG GTGTTGTCCATCAACAATTTCAGTGGTAGCATTCCAATAGCTTTGTTCAATTACCAAAAT CTTACTATGCTGGATCTTAGTCAGAACAATCTAAATGGTGATGTACCGGATGAGTTCTTA AAGTTACCCAAGCTCAAGACTTTGCTCTTATCAGGTAATCAACTGAGTGGCAATATACCT GTGAGTGTGTCAAATGTTGCAAGCCTTGCTCGGTTTGCAGCTAATCAGAACAATTTTACC GGTTTCATCCCTAGTGGTATCACCAAGAATGTGAAGATGCTGGATCTGAGTTACAACGAA CTTAGTGGAGTGATTCCCTCTGATATTCTTAGTCCTGTGGGACTGTGGACTGTTGATCTC ACTCACAATAAGCTCGAAGGGCCCATCCCTAGCAGCTTGTCTCCGACCCTCTATCGGTTG AGGCTTGGTGGAGGCAACTCTCTCAATGGAACCATCCCGGCCACCATTGGTGATGCATCG ACCTTGGCTTATCTTGAGCTGGATAGCAATCAGTTGACGGGAAGCATACCATTGGAACTT GGCAGATGCAAGAGTTTGTCTTTGCTGAATCTGGCATCAAATAAGTTTCAGGGTCCAGTG CCTGATGCAATCAGCAGCCTTGACAAACTGGTAGTTCTTAAACTCCAAATGAACAATCTG GATGGACCTATCCCAAGTGTATTTTCTAATTTGACAAGCCTGATCACATTGAATCTTAGT GGTAATTCATTCACTGGAGGGATACCAAGAGAAATCGGCAAGCTGCCAAAGCTTTCCATT TTGAATTTGCAATGCAACAAGATCAGCGGCACCATTCCAGATTCACTCCATTTATTAACT TCTCTAATTGAGCTCAATCTGGGGAATAATATCTTGACTGGTACCATCCCAACAATGCCG ACCAAATTGAGTACTGTTCTTAATCTAAGCCACAACAATCTCAGCGGATCTATTCCTTCA AATATTGACTTATTGAGTGATCTAGAGATTCTTGATCTTTCATACAACAACTTGTATGGT GAGGTGCCGGCCTCACTTGCAAAGCTAGAAAGCTTGACGCAACTAGTGCTTTCTTATAAT CACCTTTCTGGGTCCATTCCTATATTTCGTCAACATGTTGATATTGCTACCAATGGAAAT CCCGATCTTACAAATGGTACAAGAAATTATGACAACGCCCCTACAAGTGGTAAGAGAAGG ACACACAATACAGTCATCATCGTCGTTGCCATTACTGGTGCTCTTGTTGGATTGTGCTTG CTTGCTGCTATTGTTACAATTTCATATTCTAAGAGAATTTATCGTGTTGAAGATGAAGGA CCATCAACTGAGGATGTTGCTCGAATCATCAATGGTCACCTCATAACTATGAATAGTATC CATACCTCTGCAATTGATTTCGTGAAAGCAATGGAAGCAGTCTCCAATCACAGCAACATT TTTCTGAAAACAAGGTTCTGCACTTACTATAAGGCTGTGATGCCTAATGGCTCAACCTAT TCTTTAAAACAGATTAATTGTAGTGACAAGATATTCCAAATTGGGAGCCAAGGGAAGGTT GCTCATGAACTTGAGGTACTTGGGAAGTTGAGCAATTCCAATGTAATGGTGCCATTGGCT TATGTGTTGACAGAAGACAATGCATACATCATCTATGAGCATGTGCACAAGGGCACGGTG TTCGATTTCCTTCATGCTGGAAGATCAGATGTTCTGGACTGGCCTTCACGGTATAGCATA GCTTTTGGGCTAGCCCAAGGGCTGACATTTCTTCATGGGTGCACTCAGCCAGTTCTGCTT CTTGATCTGTCAACAAGGACTGTCCACTTGAAGTCAATGAATGAGCCTCAGATTGGAGAT GTTGAACTTTACAAAATTGTTGATACTTTGAAGAGCAGTGGGAGCCTTTCGACCATTGCT GGTACAGTTGGTTATATTCCACCAGAGTATGCATACACGATGAGGTTGACGATGGCTGGC AACGTTTACAGCTTTGGAGTAATCTTACTGGAGCTTTTGACTGGGAAACCATCGGTCAGT GATGGCATCGAGTTAGCCAAGTGGGCTCTGAGTCTTTCAGGCAGCCCTGATCAGAGGGAG CAGATCCTTGACACCAGGGTCTCAAGAACTTCAGCTGCTGTTCACAGCCAGATGTTGTCG GTCCTGAACATCGCCCTCGCTTGTGTTGCGCTCTCTCCAGATGCTCGACCAAAGATGCGC ACCGTCTTGAGGATGCTATTCAACGCAAAGTGATCTGGCATGATATGTTTTGGTAGCTTA GGTAGGTTCTGAATGGAGTTTGATCATTTTGCTTAGTTTGTGGATGTCAGCAATCAGTAT ACGGGGTCCTTGTATAGTACCAGCACCATAGTTCAAGGTAGAGTAGTAGATTATGATATG GCTGATCAATTTAGTATTCAGATATCTATTTTGGAATGAATGACCAATGGGTTTATCTAT GCTGTATCATCATATATTCACACATGGTTATTAGCATACCTTGTACACGGCAATTCCATA TAACAATAGTAGTGAAATAGAGCCATAGTTAAGGTAGAACAGTAGATAGACTATGATATA TATCCCTGAACAATTTAGAAGCCAGATATCTGTTTTGGAATGAATCAGGAATTGTGTTCT TCTATGCTATATGATCATATTTGTAAATGGTTGGTTGTGTACATCCATGTGGGATGTCGA GGCCGGATTGGCATCCATTATCTAACAAACATATATATAAATTGTTATTA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)