cluster # 5424

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 5424 cluster # 5424 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_5424#0 length = 704 sequences # 2

consensus_5424#1 length = 484 sequences # 1

consensusID : consensus_5424#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 704
fasta sequence

                              [GCCGNGGACGAGNACAAGGGGAGACCTTCATTTGCTAATATTATGGATAGTTTGAGATCTTTAATTAAGGTTCCACTGCCGCAGTTGATTCGTTCAGACTCATAGCCATTTGTATATTGAAGAGTCATATCATGATTTGCCTTGATAAGATCAACATGGAGAAGTTTTTCAATATCTGACTTGCTTATACTTGGATAATTCTGACCACATTATTTGGTGCTAAGAAAATGGAGTCTTGATTTACATTTTTCAAGCAAAACAAAACGTACCTGGCAACTCCTGTCCATGGTTTCAAGATCTGTTGATATTCCTTGTATGAACATCTGGTTGGCCAAGTTATCCATGAGATGCAGCACTTCACTTGTCTGCATCCTTTACTGATAGAGATCTCCGACTGGCTGCAACCTTTGATAAGAACGCCATCCTTCCCTGTGTTGGTAGCTGAATCACATATTGGAAATGCATGCTGGGAGGTTCATCAAACTTGAGGATCCTGACTGTAAATTCTAGTCTCTCCTAGATGTCTATGTATAATGTTGACTGCAGTTAGCTATGATGAAAGTAAAGAGG---TTTTTTTTGGCTTATGTACATGTAAGTCTGTTACACTATCCTAGAGCAGGTAGTACTGTACATATGCTGTACTAGTGCTCCTACATGTGTATTGCTTGGTGTAATGCACTGGGNTGGTTCATTTTTACTAACAT]

[+] EMBL CA766328             [GCCGNGGACGAGNACAAGGGGAGACCTTCATTTGCTAATATTATGGATAGTTTGAGATCTTTAATTAAGGTTCCACTGCCGCAGTTGATTCGTTCAGACTCATAGCCATTTGTATATTGAAGAGTCATATCATGATTTGCCTTGATAAGATCAACATGGAGAAGTTTTTCAATATCTGACTTGCTTATACTTGGATAATTCTGACCACATTATTTGGTGCTAAGAAAATGGAGTCTTGATTTACATTTTTCAAGCAAAACAAAACGTACCTGGCAACTCCTGTCCATGGTTTCAAGATCTGTTGATATTCCTTGTATGAACATCTGGTTGGCCAAGTTATCCATGAGATGCAGCACTTCACTTGTCTGCATCCTTTACTGATAGAGATCTCCGACTGGCTGCAACCTTTGATAAGAACGCCATCCTTCCCTGTGTTGGTAGCTGAATCACATATTGGAAATGCATGCTGGGAGGTTCATCAAACTTGAGGATCCTGACTGTAAATTCTAGTCTCTCCTAGATGTCTATGTATAATGTTGACTGCAGTTAGCTATGATGAAAGTAAAGAGG   TTTTTTTTGGCTTATGTACATGTAAGTCTGTTACACTATCCTAGAGCAGGTAGTACTGTACATATGCTGTACTAGTGCTCCTACATGTGTATTGCTTGGTGTAATGCACTGGGNTGGTTCATTTTTACTAAC  ]
[-] EMBL CB626809             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CACATATTGGAAATGCATGCTGGGAGGTTCATCAAACTTGAGGATCCTGACTGTAAATTCTAGTCTCTCCTAGATGTCTATGTATAATGTTGACTGCAGTTAGCTATGATGAAAGTAAAGAGGTTTTTTTTTTTGGCTTATGTACATGTAAGTCTGTTACACTATCCTAGAGCAGGTAGTACTGTACATATGCTGTACTAGTGCTCCTACATGTGTATTGCTTGTTGTAATGCACTGTGTTGTTTCATTTTTACTAACAT]




>consensus_5424#0
GCCGNGGACGAGNACAAGGGGAGACCTTCATTTGCTAATATTATGGATAGTTTGAGATCT
TTAATTAAGGTTCCACTGCCGCAGTTGATTCGTTCAGACTCATAGCCATTTGTATATTGA
AGAGTCATATCATGATTTGCCTTGATAAGATCAACATGGAGAAGTTTTTCAATATCTGAC
TTGCTTATACTTGGATAATTCTGACCACATTATTTGGTGCTAAGAAAATGGAGTCTTGAT
TTACATTTTTCAAGCAAAACAAAACGTACCTGGCAACTCCTGTCCATGGTTTCAAGATCT
GTTGATATTCCTTGTATGAACATCTGGTTGGCCAAGTTATCCATGAGATGCAGCACTTCA
CTTGTCTGCATCCTTTACTGATAGAGATCTCCGACTGGCTGCAACCTTTGATAAGAACGC
CATCCTTCCCTGTGTTGGTAGCTGAATCACATATTGGAAATGCATGCTGGGAGGTTCATC
AAACTTGAGGATCCTGACTGTAAATTCTAGTCTCTCCTAGATGTCTATGTATAATGTTGA
CTGCAGTTAGCTATGATGAAAGTAAAGAGGTTTTTTTTGGCTTATGTACATGTAAGTCTG
TTACACTATCCTAGAGCAGGTAGTACTGTACATATGCTGTACTAGTGCTCCTACATGTGT
ATTGCTTGGTGTAATGCACTGGGNTGGTTCATTTTTACTAACAT

consensusID : consensus_5424#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 484
fasta sequence

                              [TGTGATGCCATGGAGATGCTAGCTACTTCACTGTGGTGCTGGCATGCCTGTTGACTGATGAGGAGATGCTGCCGACTGGGCTGGCAAACCCTGTGTGGATGAAAGANACGTGCTATGCCTGTGCCCCTGGTGGTTGGTGAGCTGGATATGCAACATGTATTGGGAAATGGCATGGCTGGGGAGGGTTGCGATGCAAACCTTGGAGGGATGCCTGGACTTGTTAAATGTGCTGAGTGCTGCTCCTATGATGTGCTGATTGGTATAAATNGTTGACTCGCAGGTGTGAGGCTGATGGATGGAAAGGTGAAAGAGGGTGTTGTGTGTGTGTGTTGGGCTTGATGGTACATGGTGAAGTGCTGGTTGACACTGATGCCTGAGAGCAGGTAGTACTGTACATATGCTGTACTAGGGCTCCTACATGTGTATTGCTTGTTGTAATGCACTGTGTTGTNCTCATTTTTACTAACATGTTTAGTTTAAAAAA]

[+] EMBL BQ906072             [TGTGATGCCATGGAGATGCTAGCTACTTCACTGTGGTGCTGGCATGCCTGTTGACTGATGAGGAGATGCTGCCGACTGGGCTGGCAAACCCTGTGTGGATGAAAGANACGTGCTATGCCTGTGCCCCTGGTGGTTGGTGAGCTGGATATGCAACATGTATTGGGAAATGGCATGGCTGGGGAGGGTTGCGATGCAAACCTTGGAGGGATGCCTGGACTTGTTAAATGTGCTGAGTGCTGCTCCTATGATGTGCTGATTGGTATAAATNGTTGACTCGCAGGTGTGAGGCTGATGGATGGAAAGGTGAAAGAGGGTGTTGTGTGTGTGTGTTGGGCTTGATGGTACATGGTGAAGTGCTGGTTGACACTGATGCCTGAGAGCAGGTAGTACTGTACATATGCTGTACTAGGGCTCCTACATGTGTATTGCTTGTTGTAATGCACTGTGTTGTNCTCATTTTTACTAACATGTTTAGTTTAAAAAA]




>consensus_5424#1
TGTGATGCCATGGAGATGCTAGCTACTTCACTGTGGTGCTGGCATGCCTGTTGACTGATG
AGGAGATGCTGCCGACTGGGCTGGCAAACCCTGTGTGGATGAAAGANACGTGCTATGCCT
GTGCCCCTGGTGGTTGGTGAGCTGGATATGCAACATGTATTGGGAAATGGCATGGCTGGG
GAGGGTTGCGATGCAAACCTTGGAGGGATGCCTGGACTTGTTAAATGTGCTGAGTGCTGC
TCCTATGATGTGCTGATTGGTATAAATNGTTGACTCGCAGGTGTGAGGCTGATGGATGGA
AAGGTGAAAGAGGGTGTTGTGTGTGTGTGTTGGGCTTGATGGTACATGGTGAAGTGCTGG
TTGACACTGATGCCTGAGAGCAGGTAGTACTGTACATATGCTGTACTAGGGCTCCTACAT
GTGTATTGCTTGTTGTAATGCACTGTGTTGTNCTCATTTTTACTAACATGTTTAGTTTAA
AAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5424#0      GCCGNGGACGAGNACAAGGGGAGACCTTCATTTGCTAATATTATGGATAGTTTGAGATCT 60
consensus_5424#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5424#0      TTAATTAAGGTTCCACTGCCGCAGTTGATTCGTTCAGACTCATAGCCATTTGTATATTGA 120
consensus_5424#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5424#0      AGAGTCATATCATGATTTGCCTTGATAAGATCAACATGGAGAAGTTTTTCAATATCTGAC 180
consensus_5424#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5424#0      TTGCTTATACTTGGATAATTCTGACCACATTATT-TGGTGCTAAGAAAATGGAGTCTTGA 239
consensus_5424#1      -TG-TGATGCCATGGAGATGCTAGCTACTTCACTGTGGTGCTGGCATGCCTG----TTGA 54
                       ** * ** *   *   ** **  * ** * * * *******   *     *    ****

consensus_5424#0      TTTACATTTTTCAAGCAAAACAAAACGTACCTGGCAACTCCTGTCCATGGTTTCAAGATC 299
consensus_5424#1      CTGATGAG---GAGATGCTGCCGACTGGGC-TGGCAAACCCTGT--GTGGATGAAAGAN- 107
                       * *        *       *  *  *  * ******  *****   *** *  ****  

consensus_5424#0      TGTTGATATTCCTTGTATGAACATCTGGTTGGCCAAGTTATCCATGAGATGCAGCACTTC 359
consensus_5424#1      -----ACGTGCTATGCCTGTGCCCCTGGTGGTT--GGTGAGCTG-GATATGCAACATGTA 159
                           *  * *  **  **  *  ***** *     ** * *   ** ***** **  * 

consensus_5424#0      ACTTGTCTGCATCCTTTACTGATAGAGATCTCCGACTGGCTGCAACCTTTGATAAGAACG 419
consensus_5424#1      --TTGGGAAATGGCATGGCTGG-GGAGGGTTGCGA-----TGCAAACCTTGG-AGGGATG 210
                        ***        * *  ***   ***   * ***     ***** * ***  * * * *

consensus_5424#0      CCATCCTTCCCTGTGTTGGTAGCTGAATCACATATTGGAAATGCATGCTGGGAGGTTCAT 479
consensus_5424#1      CCTGGACTTGTTAAAT--GT-GCTGAGTGCTGCTCCTATGATG--TGCTG----ATTGGT 261
                      **     *   *   *  ** ***** *            ***  *****     **  *

consensus_5424#0      CAAACTTGAGGATCCTGACTGTAAATTCTAGTCTCTCCTAGATGTCTATGTATAATGTTG 539
consensus_5424#1      ATAAATNGTTGACTC-----GCAGGTGTGAGGCT------GATGG----ATGGAAAGGTG 306
                        ** * *  **  *     * *  *   ** **      ****      *  ** * **

consensus_5424#0      ACTGCAGTTAGCTATGATGAAAGTAAAGAGGTTTTTTTTGGCTTATGTACATGTAAGTCT 599
consensus_5424#1      AAAGAGGGT-GTTGTG-TGTGTGTGTTGGGCTTGATGGTACATGGTGAA-GTGCTGGTTG 363
                      *  *  * * * * ** **   **   * * **  *  *   *  ** *  **   **  

consensus_5424#0      GTTACACTATCCTAGAGCAGGTAGTACTGTACATATGCTGTACTAGTGCTCCTACATGTG 659
consensus_5424#1      ACACTGATGCCTGAGAGCAGGTAGTACTGTACATATGCTGTACTAGGGCTCCTACATGTG 423
                             *  *  ********************************* *************

consensus_5424#0      TATTGCTTGGTGTAATGCACTGGGNTG-GTTCATTTTTACTAACAT-------------- 704
consensus_5424#1      TATTGCTTGTTGTAATGCACTGTGTTGTNCTCATTTTTACTAACATGTTTAGTTTAAAAA 483
                      ********* ************ * **   ****************              

consensus_5424#0      -
consensus_5424#1      A 484