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Oryza sativa
cluster # 5669 cluster # 5669       Sequences # 3       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_5669#0 length = 2551 sequences # 3  

consensusID : consensus_5669#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 2551
fasta sequence
                              [GGAGTTGAGCTCCTGCCGTCGCCGT-TCCGGCCTCCTCCCCTAACTCCTTCGCTGGGCGACCACTTCCCCGGGTGCGTGTCGCTCGGGAACACACTTGGCCGCCGCTGTTGAGGCCGTTCCACCATCGGAGCACCGGCGTCCCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCTGTTCACGGGAAGAAGAGAAGGAAGAAGAAGACGAGAGGAAGAAGAAGGAGAAAAAAAAAAAAATAAAGAGCTACTGACAGCGCGTAGATTCCGCCGTTTTGGAAGATCGCGATCGCGAGGAAAAGTGTTCAGAAGATTCTTTTGAAGAAGCAAGTACTTCTGAGCTGAAGACGAAGTTAGAGGACCAAGGCACATACCCAGTTGAGTTTTGCCTGTGGAGTAGAGCTGAAGCCCCGCTAGGATCGCCTTTTTCGCTTCTATCGTTCTCTTCCGATGTGAGTACTAAGTGCCTCTTTTGTAAGTATTTACACTTTATTTATGTTTGGAACTATATATTACTTGTCGTTTTGTGTACCTGACTGGTCCTGGATAGGGATTTAATACACAAAATAATCTAGAAATTTGGGGCTAAATTTCTGGGCGTGACAATCCCTCAGCCATATATATGGTGATGGGTGAATGGGCCCATTTGAATATGTTTCGTTAGGTTTGTGTGCCCAAAACTCCATAGGCTTGAATATGAGTTTGATTCTCCTCCTACTTTATGTATATTTCTTCTCAACTTTAGTAGTTTGTCACCAGCGTCCAAATATACACCAACTCTCGTGGAATTTGTTAGAAATAAATCCTACCACTATGTTGGATGTTTTACATTTTCATATTAATGAAGGTATTGACGGTGTAAATTTGGTATTTAATTCAGTAGTGGCATATAATGGACATGCTTGCCAGTCAAAGTTACAAATCTATTTCTCATTTGTTACAACTTGCTTGCAATACTAAAAGTCAAATAGAGGAGGACATGGAAAAACAACACGCTATGTTTTTGCCTCCTTTTACTAACCATTTGCTGGAAGTGCATAATCATGAAAAGGAGGAGAGAGACATGATTGAACCATCATTCCCTTTATTCACACTCAAATTCGATGCACCTCCATCATCTGAAGAAATCACCAAAGGTAAACTAGATGATGCTAAAACTAATCAAGGTGAATGTGTTGTTAATAAATTGAATTTGTCCACTTTTCATGCTATAGTAGGGCAACCATTAATGAAACCAATTGTTGAGATTACTTTGTCACAAGTTGATTTTTTTTTGTTGTTCCTTGTGATAAAGAAGAGTTGCGTGATACTGCTTCACTTATACTCATTCCACAATTAGTGAATGAACATGATATTCCTATTGTTAATCCTTTATGTGTTGATTTTAAGCATGTTGTTCACATGTCTAATGAAGTTAAGGAACGCAAAGTATTGTCTTCTTTAAATACTTTGGGCTATGTTCAGTTTGATGATATTTGTGAGCTAGTAAATAATTTGAAGAAGAAATTATTGGCTAAGTTTGAATTGCCATGTCCAACTAATACTATATTTTATATCTTTGGCAAACATAATAATAGAGGATTATATTTGGTGCACATAATTTATATATATTTAGATTTGGAACCTCTTATAATTACGTGAGAAAATAGCAAGCTAGAGAGTAGTATCATTGCTAATCATGTTATCTCGAGTTTGTGTTGTTTTGATTTGAAGCATCAGGTCGGTTTTAAGGAAGAGGAGAGACCGGATCACTCTTTGTGGTCACCATGCACCTAGATAGTTGCGCCATATGAGTACTCGGCTTCTGAAGAAGGGAGCAAATGAGTAGCAAGCGAAACAATCAAATGTGGCATCGATGTTCTTTGTTGTGCGTCTATATCGGGTACATTTGTTTCATTGGATATTAATACTATTTGCTAAATAACTGATGATATTACATGACGAAAGTTTGTTGCATTTATTTTCATGTAGGCACTTCTATGTGCAAGACCATGCACTACACGATAAGCACCATATGGAAAAACTGAGGACGGTTTTCTATGAAGAAGAGGAGGATGATGTGACCTGGCTACCATAGGTATAACAATTGTTCACTTCAGGGATCAAGAAGAATACATCAAGATCAAGCCGTCCAAGTGATGGAATCAAATTCGGCTACCTGCTACCGTGCTGACTTCAAACGACTGTCAAATATGTATACAAGCTCTGTTTTGGTTCTGTGAGTATTTGATGGATAGCTCTTATCGGAGTCCTCTTTCCAACGGATCTAGCCTCATCGCCAAATTCCATCTCAGTCATCCGCAATCAAAGAAACATGGTGCTAAAATACCTGTCGTGGGCCTTTGGATTTGTAACTTCATTTAGGACCCCGGCCCATGTGGGGTGAGCCCCATCCTGGTGGAGCACGACCCTAGGGACCCTTTGGTCGTCCCCTCATCTCCTTAAATAGCCATGTATCCCTTCAGAGTGTCTAGAGTTTGTTTAGATTAAAGTTTAGCCATTGCTACTTTACCTTGTACTTACACGTGTCGGCTAGACCACCTAATTACTCATCT]

[+] EMBL AK103071             [GGAGTTGAGCTCCTGCCGTCGCCGT TCCGGCCTCCTCCCCTAACTCCTTCGCTGGGCGACCACTTCCCCGGGTGCGTGTCGCTCGGGAACACACTTGGCCGCCGCTGTTGAGGCCGTTCCACCATCGGAGCACCGGCGTCCCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCTGTTCACGGGAAGAAGAGAAGGAAGAAGAAGACGAGAGGAAGAAGAAGGAGAAAAAAAAAAAAATAAAGAGCTACTGACAGCGCGTAGATTCCGCCGTTTTGGAAGATCGCGATCGCGAGGAAAAGTGTTCAGAAGATTCTTTTGAAGAAGCAAGTACTTCTGAGCTGAAGACGAAGTTAGAGGACCAAGGCACATACCCAGTTGAGTTTTGCCTGTGGAGTAGAGCTGAAGCCCCGCTAGGATCGCCTTTTTCGCTTCTATCGTTCTCTTCCGATGTGAGTACTAAGTGCCTCTTTTGTAAGTATTTACACTTTATTTATGTTTGGAACTATATATTACTTGTCGTTTTGTGTACCTGACTGGTCCTGGATAGGGATTTAATACACAAAATAATCTAGAAATTTGGGGCTAAATTTCTGGGCGTGACAATCCCTCAGCCATATATATGGTGATGGGTGAATGGGCCCATTTGAATATGTTTCGTTAGGTTTGTGTGCCCAAAACTCCATAGGCTTGAATATGAGTTTGATTCTCCTCCTACTTTATGTATATTTCTTCTCAACTTTAGTAGTTTGTCACCAGCGTCCAAATATACACCAACTCTCGTGGAATTTGTTAGAAATAAATCCTACCACTATGTTGGATGTTTTACATTTTCATATTAATGAAGGTATTGACGGTGTAAATTTGGTATTTAATTCAGTAGTGGCATATAATGGACATGCTTGCCAGTCAAAGTTACAAATCTATTTCTCATTTGTTACAACTTGCTTGCAATACTAAAAGTCAAATAGAGGAGGACATGGAAAAACAACACGCTATGTTTTTGCCTCCTTTTACTAACCATTTGCTGGAAGTGCATAATCATGAAAAGGAGGAGAGAGACATGATTGAACCATCATTCCCTTTATTCACACTCAAATTCGATGCACCTCCATCATCTGAAGAAATCACCAAAGGTAAACTAGATGATGCTAAAACTAATCAAGGTGAATGTGTTGTTAATAAATTGAATTTGTCCACTTTTCATGCTATAGTAGGGCAACCATTAATGAAACCAATTGTTGAGATTACTTTGTCACAAGTTGATTTTTTTTTGTTGTTCCTTGTGATAAAGAAGAGTTGCGTGATACTGCTTCACTTATACTCATTCCACAATTAGTGAATGAACATGATATTCCTATTGTTAATCCTTTATGTGTTGATTTTAAGCATGTTGTTCACATGTCTAATGAAGTTAAGGAACGCAAAGTATTGTCTTCTTTAAATACTTTGGGCTATGTTCAGTTTGATGATATTTGTGAGCTAGTAAATAATTTGAAGAAGAAATTATTGGCTAAGTTTGAATTGCCATGTCCAACTAATACTATATTTTATATCTTTGGCAAACATAATAATAGAGGATTATATTTGGTGCACATAATTTATATATATTTAGATTTGGAACCTCTTATAATTACGTGAGAAAATAGCAAGCTAGAGAGTAGTATCATTGCTAATCATGTTATCTCGAGTTTGTGTTGTTTTGATTTGAAGCATCAGGTCGGTTTTAAGGAAGAGGAGAGACCGGATCACTCTTTGTGGTCACCATGCACCTAGATAGTTGCGCCATATGAGTACTCGGCTTCTGAAGAAGGGAGCAAATGAGTAGCAAGCGAAACAATCAAATGTGGCATCGATGTTCTTTGTTGTGCGTCTATATCGGGTACATTTGTTTCATTGGATATTAATACTATTTGCTAAATAACTGATGATATTACATGACGAAAGTTTGTTGCATTTATTTTCATGTAGGCACTTCTATGTGCAAGACCATGCACTACACGATAAGCACCATATGGAAAAACTGAGGACGGTTTTCTATGAAGAAGAGGAGGATGATGTGACCTGGCTACCATAGGTATAACAATTGTTCACTTCAGGGATCAAGAAGAATACATCAAGATCAAGCCGTCCAAGTGATGGAATCAAATTCGGCTACCTGCTACCGTGCTGACTTCAAACGACTGTCAAATATGTATACAAGCTCTGTTTTGGTTCTGTGAGTATTTGATGGATAGCTCTTATCGGAGTCCTCTTTCCAACGGATCTAGCCTCATCGCCAAATTCCATCTCAGTCATCCGCAATCAAAGAAACATGGTGCTAAAATACCTGTCGTGGGCCTTTGGATTTGTAACTTCATTTAGGACCCCGGCCCATGTGGGGTGAGCCCCATCCTGGTGGAGCACGACCCTAGGGACCCTTTGGTCGTCCCCTCATCTCCTTAAATAGCCATGTATCCCTTCAGAGTGTCTAGAGTTTGTTTAGATTAAAGTTTAGCCATTGCTACTTTACCTTGTACTTACACGTGTCGGCTAGACCACCTAATTACTCATCT]
[+] EMBL CF316825             [GGAGTTGAGCTCCTGCCGTCGCCGT TCCGGCCTCCTCCCCTAACTCCTTCGCTGGGCGACCACTTCCCCGGGTGCGTGTCGCTCGGGAACACACTTGGCCGCCGCTGTTGAGGCCGTTCCACCATCGGAGCACCGGCGTCCCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCTGTTCACGGGAAGAAGAGAAGGAAGAAGAAGACGAGAGGAAGAAGAAGGAGAAAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[-] EMBL CF316826             [ GAGTTGAGCTCCTGCCGTCGCCGTATCCGGCCTCCTCCCCTAACTCCTTCGCTGGGCGACCACTTCCCCGGGTGCGTGTCGCTCGGGAACACACTTGGCCGCCGCTGTTGAGGCCGTTCCACCATCGGAGCACCGGCGTCCCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCTGTTCACGGGAAGAAGAGAAGGAAGAAGAAGACGAGAGGAAGAAGAAGGAGAAAAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]


>consensus_5669#0 GGAGTTGAGCTCCTGCCGTCGCCGTTCCGGCCTCCTCCCCTAACTCCTTCGCTGGGCGAC CACTTCCCCGGGTGCGTGTCGCTCGGGAACACACTTGGCCGCCGCTGTTGAGGCCGTTCC ACCATCGGAGCACCGGCGTCCCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCTGTTCACG GGAAGAAGAGAAGGAAGAAGAAGACGAGAGGAAGAAGAAGGAGAAAAAAAAAAAAATAAA GAGCTACTGACAGCGCGTAGATTCCGCCGTTTTGGAAGATCGCGATCGCGAGGAAAAGTG TTCAGAAGATTCTTTTGAAGAAGCAAGTACTTCTGAGCTGAAGACGAAGTTAGAGGACCA AGGCACATACCCAGTTGAGTTTTGCCTGTGGAGTAGAGCTGAAGCCCCGCTAGGATCGCC TTTTTCGCTTCTATCGTTCTCTTCCGATGTGAGTACTAAGTGCCTCTTTTGTAAGTATTT ACACTTTATTTATGTTTGGAACTATATATTACTTGTCGTTTTGTGTACCTGACTGGTCCT GGATAGGGATTTAATACACAAAATAATCTAGAAATTTGGGGCTAAATTTCTGGGCGTGAC AATCCCTCAGCCATATATATGGTGATGGGTGAATGGGCCCATTTGAATATGTTTCGTTAG GTTTGTGTGCCCAAAACTCCATAGGCTTGAATATGAGTTTGATTCTCCTCCTACTTTATG TATATTTCTTCTCAACTTTAGTAGTTTGTCACCAGCGTCCAAATATACACCAACTCTCGT GGAATTTGTTAGAAATAAATCCTACCACTATGTTGGATGTTTTACATTTTCATATTAATG AAGGTATTGACGGTGTAAATTTGGTATTTAATTCAGTAGTGGCATATAATGGACATGCTT GCCAGTCAAAGTTACAAATCTATTTCTCATTTGTTACAACTTGCTTGCAATACTAAAAGT CAAATAGAGGAGGACATGGAAAAACAACACGCTATGTTTTTGCCTCCTTTTACTAACCAT TTGCTGGAAGTGCATAATCATGAAAAGGAGGAGAGAGACATGATTGAACCATCATTCCCT TTATTCACACTCAAATTCGATGCACCTCCATCATCTGAAGAAATCACCAAAGGTAAACTA GATGATGCTAAAACTAATCAAGGTGAATGTGTTGTTAATAAATTGAATTTGTCCACTTTT CATGCTATAGTAGGGCAACCATTAATGAAACCAATTGTTGAGATTACTTTGTCACAAGTT GATTTTTTTTTGTTGTTCCTTGTGATAAAGAAGAGTTGCGTGATACTGCTTCACTTATAC TCATTCCACAATTAGTGAATGAACATGATATTCCTATTGTTAATCCTTTATGTGTTGATT TTAAGCATGTTGTTCACATGTCTAATGAAGTTAAGGAACGCAAAGTATTGTCTTCTTTAA ATACTTTGGGCTATGTTCAGTTTGATGATATTTGTGAGCTAGTAAATAATTTGAAGAAGA AATTATTGGCTAAGTTTGAATTGCCATGTCCAACTAATACTATATTTTATATCTTTGGCA AACATAATAATAGAGGATTATATTTGGTGCACATAATTTATATATATTTAGATTTGGAAC CTCTTATAATTACGTGAGAAAATAGCAAGCTAGAGAGTAGTATCATTGCTAATCATGTTA TCTCGAGTTTGTGTTGTTTTGATTTGAAGCATCAGGTCGGTTTTAAGGAAGAGGAGAGAC CGGATCACTCTTTGTGGTCACCATGCACCTAGATAGTTGCGCCATATGAGTACTCGGCTT CTGAAGAAGGGAGCAAATGAGTAGCAAGCGAAACAATCAAATGTGGCATCGATGTTCTTT GTTGTGCGTCTATATCGGGTACATTTGTTTCATTGGATATTAATACTATTTGCTAAATAA CTGATGATATTACATGACGAAAGTTTGTTGCATTTATTTTCATGTAGGCACTTCTATGTG CAAGACCATGCACTACACGATAAGCACCATATGGAAAAACTGAGGACGGTTTTCTATGAA GAAGAGGAGGATGATGTGACCTGGCTACCATAGGTATAACAATTGTTCACTTCAGGGATC AAGAAGAATACATCAAGATCAAGCCGTCCAAGTGATGGAATCAAATTCGGCTACCTGCTA CCGTGCTGACTTCAAACGACTGTCAAATATGTATACAAGCTCTGTTTTGGTTCTGTGAGT ATTTGATGGATAGCTCTTATCGGAGTCCTCTTTCCAACGGATCTAGCCTCATCGCCAAAT TCCATCTCAGTCATCCGCAATCAAAGAAACATGGTGCTAAAATACCTGTCGTGGGCCTTT GGATTTGTAACTTCATTTAGGACCCCGGCCCATGTGGGGTGAGCCCCATCCTGGTGGAGC ACGACCCTAGGGACCCTTTGGTCGTCCCCTCATCTCCTTAAATAGCCATGTATCCCTTCA GAGTGTCTAGAGTTTGTTTAGATTAAAGTTTAGCCATTGCTACTTTACCTTGTACTTACA CGTGTCGGCTAGACCACCTAATTACTCATCT



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)