cluster # 585

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 585 cluster # 585 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_585#0 length = 674 sequences # 1

consensus_585#1 length = 428 sequences # 1

consensusID : consensus_585#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 674
fasta sequence

                              [GCTTGGGTGAATTGGGTTTAAGACGCACGCTGGGAATGACTGACCGCCATTGTTGCTATACGGATATTATGCTGACTGACTTGGCTTTGTGGTTATGACTGTGAAATGATGATGCCTATGATAGTGCGGGTGGTGAGTGGGTGATATGATGTGTGGCCTTGCCCGGAGGATGTTGATGGTGCTGCAGCTGATGATTACTGCCCGAACTGTGCAAACTATCACCGTTTGGGATAAGTTATGGTTTATGTTTGGGTTGCCAAAAATGACTGATGTGATGGATGGTTTTGCCAAGCATTACGATTTGGGGGGGAATCTGCTGTGTGCCCCATTTTGATAGTGGAAATGAAGCTGCTGTGGTGTGCCTGGGCCCCAGGAATTGTGACAGCGCTGCGTGGCGCCTTGATATGATGCATACCTGATATGTGGTGGTGATGGATTTGAACCGCTGCAGCTGCTTCGCCCCCTGGCCCTGTGTGCTGGTGATGTTGATGGCATGGTGACCGAGGAAAGGCTGAGTGAAATGGTGTTGTATGATGATGTGTGGCATGTGGTGGAAATGTTGCTGTGTTGCTTGGGATGAGTGCAGCAATGTGAACCTGCTGTGTTGGCAAGCTGGTGAGAATGATGGATGCATGATGATTGTGCCTGCCTTGCGCCACCCCCCAAAAAAAAAA]

[+] EMBL BI812911             [GCTTGGGTGAATTGGGTTTAAGACGCACGCTGGGAATGACTGACCGCCATTGTTGCTATACGGATATTATGCTGACTGACTTGGCTTTGTGGTTATGACTGTGAAATGATGATGCCTATGATAGTGCGGGTGGTGAGTGGGTGATATGATGTGTGGCCTTGCCCGGAGGATGTTGATGGTGCTGCAGCTGATGATTACTGCCCGAACTGTGCAAACTATCACCGTTTGGGATAAGTTATGGTTTATGTTTGGGTTGCCAAAAATGACTGATGTGATGGATGGTTTTGCCAAGCATTACGATTTGGGGGGGAATCTGCTGTGTGCCCCATTTTGATAGTGGAAATGAAGCTGCTGTGGTGTGCCTGGGCCCCAGGAATTGTGACAGCGCTGCGTGGCGCCTTGATATGATGCATACCTGATATGTGGTGGTGATGGATTTGAACCGCTGCAGCTGCTTCGCCCCCTGGCCCTGTGTGCTGGTGATGTTGATGGCATGGTGACCGAGGAAAGGCTGAGTGAAATGGTGTTGTATGATGATGTGTGGCATGTGGTGGAAATGTTGCTGTGTTGCTTGGGATGAGTGCAGCAATGTGAACCTGCTGTGTTGGCAAGCTGGTGAGAATGATGGATGCATGATGATTGTGCCTGCCTTGCGCCACCCCCCAAAAAAAAAA]




>consensus_585#0
GCTTGGGTGAATTGGGTTTAAGACGCACGCTGGGAATGACTGACCGCCATTGTTGCTATA
CGGATATTATGCTGACTGACTTGGCTTTGTGGTTATGACTGTGAAATGATGATGCCTATG
ATAGTGCGGGTGGTGAGTGGGTGATATGATGTGTGGCCTTGCCCGGAGGATGTTGATGGT
GCTGCAGCTGATGATTACTGCCCGAACTGTGCAAACTATCACCGTTTGGGATAAGTTATG
GTTTATGTTTGGGTTGCCAAAAATGACTGATGTGATGGATGGTTTTGCCAAGCATTACGA
TTTGGGGGGGAATCTGCTGTGTGCCCCATTTTGATAGTGGAAATGAAGCTGCTGTGGTGT
GCCTGGGCCCCAGGAATTGTGACAGCGCTGCGTGGCGCCTTGATATGATGCATACCTGAT
ATGTGGTGGTGATGGATTTGAACCGCTGCAGCTGCTTCGCCCCCTGGCCCTGTGTGCTGG
TGATGTTGATGGCATGGTGACCGAGGAAAGGCTGAGTGAAATGGTGTTGTATGATGATGT
GTGGCATGTGGTGGAAATGTTGCTGTGTTGCTTGGGATGAGTGCAGCAATGTGAACCTGC
TGTGTTGGCAAGCTGGTGAGAATGATGGATGCATGATGATTGTGCCTGCCTTGCGCCACC
CCCCAAAAAAAAAA

consensusID : consensus_585#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 428
fasta sequence

                              [ACGAGCTGCTACTATTAGGGGAAAAGCTGGGTGAATCGCCTGGCAGGGTACCGGTGCCGGAATGTCCCGGGTGCGACCCACGCGTGCCGAATTTGAAGTGGAAATGAAGCTGCTGTGGTTGCCTGGCTCCAGAATGTTGACAGCGCTGCGTGGCGCCCTTGAATGATGCAACTGAATTGGTGGTGATGCCCCCCACCCGCTGCAGCTGCTGTGTGCGGCTGTGTGGCCCTGTGTGCTGGTGATGTGTGATGGCATGGTGCCGAGGAAGGGGCTGAGGTGAATGGTGTGTGTGATGATGATGTGTGGCATGTGGTGGAAATTGTGCTGTGTTGCTGTGGGATGAGTGCAGCAATGTGAACCTGCTGTTTGGCAACTGGTGAGAATGATGGATGCATCACCCCCTGCCTGCCTTGCGGCATGAAAAAAAA]

[+] EMBL BI812896             [ACGAGCTGCTACTATTAGGGGAAAAGCTGGGTGAATCGCCTGGCAGGGTACCGGTGCCGGAATGTCCCGGGTGCGACCCACGCGTGCCGAATTTGAAGTGGAAATGAAGCTGCTGTGGTTGCCTGGCTCCAGAATGTTGACAGCGCTGCGTGGCGCCCTTGAATGATGCAACTGAATTGGTGGTGATGCCCCCCACCCGCTGCAGCTGCTGTGTGCGGCTGTGTGGCCCTGTGTGCTGGTGATGTGTGATGGCATGGTGCCGAGGAAGGGGCTGAGGTGAATGGTGTGTGTGATGATGATGTGTGGCATGTGGTGGAAATTGTGCTGTGTTGCTGTGGGATGAGTGCAGCAATGTGAACCTGCTGTTTGGCAACTGGTGAGAATGATGGATGCATCACCCCCTGCCTGCCTTGCGGCATGAAAAAAAA]




>consensus_585#1
ACGAGCTGCTACTATTAGGGGAAAAGCTGGGTGAATCGCCTGGCAGGGTACCGGTGCCGG
AATGTCCCGGGTGCGACCCACGCGTGCCGAATTTGAAGTGGAAATGAAGCTGCTGTGGTT
GCCTGGCTCCAGAATGTTGACAGCGCTGCGTGGCGCCCTTGAATGATGCAACTGAATTGG
TGGTGATGCCCCCCACCCGCTGCAGCTGCTGTGTGCGGCTGTGTGGCCCTGTGTGCTGGT
GATGTGTGATGGCATGGTGCCGAGGAAGGGGCTGAGGTGAATGGTGTGTGTGATGATGAT
GTGTGGCATGTGGTGGAAATTGTGCTGTGTTGCTGTGGGATGAGTGCAGCAATGTGAACC
TGCTGTTTGGCAACTGGTGAGAATGATGGATGCATCACCCCCTGCCTGCCTTGCGGCATG
AAAAAAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_585#0      GCTTGGGTGAATTGGGTTTAAGACGCACGCTGGGAATGACTGACCGCCATTGTTGCTATA 60
consensus_585#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_585#0      CGGATATTATGCTGACTGACTTGGCTTTGTGGTTATGACTGTGAAATGATGATGCCTATG 120
consensus_585#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_585#0      ATAGTGCGGGTGGTGAGTGGGTGATATGATGTGTGGCCTTGCCCGGAGGATGTTGATGGT 180
consensus_585#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_585#0      GCTGCAGCTGATGATTACTGCCCGAACTGTGCAAACTATCACCGTTTGGGATAAGTTATG 240
consensus_585#1      --------------------------------------------------ACGAGCT--- 7
                                                                       *  ** *   

consensus_585#0      GTTTATGTTTGGGTTGCCAAAAATGACTGATGTGATGGATGGTTTTGCCAAGCATTACGA 300
consensus_585#1      GCTACTATTAGGGG---AAAAGCTGGGTGAATCGCCTGGCAGGGTACCGGTGCCGGAATG 64
                     * *  * ** ***     ***  **  ***   *   *   *  *  *   **   *   

consensus_585#0      TTTGGGGGGGAATCTGCTGTGTGCCCCATTTTGATAGTGGAAATGAAGCTGCTGTGGTGT 360
consensus_585#1      TCCCGGGTGCGACCCAC-GCGTGCCGAATTTGAA--GTGGAAATGAAGCTGCTGTGGT-T 120
                     *   *** *  * *  * * *****  ****  *  ********************** *

consensus_585#0      GCCTGGGCCCCAGGAATTGTGACAGCGCTGCGTGGCGCCTTGATATGATGCATACCTGAT 420
consensus_585#1      GCCTGGCTCC--AGAATGTTGACAGCGCTGCGTGGCGCCCTTGAATGATGCA-ACTGAAT 177
                     ******  **   ****  ******************** *   ******** **   **

consensus_585#0      ATGTGGTGGTGATGGATTTGAACCGCTGCAGCTGCTTCGCCC-----CCTGGCCCTGTGT 475
consensus_585#1      ---TGGTGGTGATGCCCCCCACCCGCTGCAGCTGCTGTGTGCGGCTGTGTGGCCCTGTGT 234
                        ***********      * **************  *  *       ***********

consensus_585#0      GCTGGTGATGT-TGATGGCATGGTGACCGAGGAAAGGCTGAGTGAAATGGTGT-TGT-AT 532
consensus_585#1      GCTGGTGATGTGTGATGGCATGGTGCCGAGGAAGGGGCTGAGGTGAATGGTGTGTGTGAT 294
                     *********** ************* *   * *  *******   ******** *** **

consensus_585#0      GATGATGTGTGGCATGTGGTGGAAATGTTGCTGTGTTGCT-TGGGATGAGTGCAGCAATG 591
consensus_585#1      GATGATGTGTGGCATGTGGTGGAAATTGTGCTGTGTTGCTGTGGGATGAGTGCAGCAATG 354
                     **************************  ************ *******************

consensus_585#0      TGAACCTGCTGTGTTGGCAAGCTGGTGAGAATGATGGATGCATGATGATTGTGCCTGCCT 651
consensus_585#1      TGAACCTGCTGT-TTGGCAA-CTGGTGAGAATGATGGATGCATCACCCCC-TGCCTGCCT 411
                     ************ ******* ********************** *      *********

consensus_585#0      TGCGCCACCCCCCAAAAAAAAAA 674
consensus_585#1      TGCGGCA-----TGAAAAAAAA- 428
                     **** **       ********