These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_585#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 674 fasta sequence [GCTTGGGTGAATTGGGTTTAAGACGCACGCTGGGAATGACTGACCGCCATTGTTGCTATACGGATATTATGCTGACTGACTTGGCTTTGTGGTTATGACTGTGAAATGATGATGCCTATGATAGTGCGGGTGGTGAGTGGGTGATATGATGTGTGGCCTTGCCCGGAGGATGTTGATGGTGCTGCAGCTGATGATTACTGCCCGAACTGTGCAAACTATCACCGTTTGGGATAAGTTATGGTTTATGTTTGGGTTGCCAAAAATGACTGATGTGATGGATGGTTTTGCCAAGCATTACGATTTGGGGGGGAATCTGCTGTGTGCCCCATTTTGATAGTGGAAATGAAGCTGCTGTGGTGTGCCTGGGCCCCAGGAATTGTGACAGCGCTGCGTGGCGCCTTGATATGATGCATACCTGATATGTGGTGGTGATGGATTTGAACCGCTGCAGCTGCTTCGCCCCCTGGCCCTGTGTGCTGGTGATGTTGATGGCATGGTGACCGAGGAAAGGCTGAGTGAAATGGTGTTGTATGATGATGTGTGGCATGTGGTGGAAATGTTGCTGTGTTGCTTGGGATGAGTGCAGCAATGTGAACCTGCTGTGTTGGCAAGCTGGTGAGAATGATGGATGCATGATGATTGTGCCTGCCTTGCGCCACCCCCCAAAAAAAAAA] [+] EMBL BI812911 [GCTTGGGTGAATTGGGTTTAAGACGCACGCTGGGAATGACTGACCGCCATTGTTGCTATACGGATATTATGCTGACTGACTTGGCTTTGTGGTTATGACTGTGAAATGATGATGCCTATGATAGTGCGGGTGGTGAGTGGGTGATATGATGTGTGGCCTTGCCCGGAGGATGTTGATGGTGCTGCAGCTGATGATTACTGCCCGAACTGTGCAAACTATCACCGTTTGGGATAAGTTATGGTTTATGTTTGGGTTGCCAAAAATGACTGATGTGATGGATGGTTTTGCCAAGCATTACGATTTGGGGGGGAATCTGCTGTGTGCCCCATTTTGATAGTGGAAATGAAGCTGCTGTGGTGTGCCTGGGCCCCAGGAATTGTGACAGCGCTGCGTGGCGCCTTGATATGATGCATACCTGATATGTGGTGGTGATGGATTTGAACCGCTGCAGCTGCTTCGCCCCCTGGCCCTGTGTGCTGGTGATGTTGATGGCATGGTGACCGAGGAAAGGCTGAGTGAAATGGTGTTGTATGATGATGTGTGGCATGTGGTGGAAATGTTGCTGTGTTGCTTGGGATGAGTGCAGCAATGTGAACCTGCTGTGTTGGCAAGCTGGTGAGAATGATGGATGCATGATGATTGTGCCTGCCTTGCGCCACCCCCCAAAAAAAAAA] consensusID : consensus_585#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 428 fasta sequence [ACGAGCTGCTACTATTAGGGGAAAAGCTGGGTGAATCGCCTGGCAGGGTACCGGTGCCGGAATGTCCCGGGTGCGACCCACGCGTGCCGAATTTGAAGTGGAAATGAAGCTGCTGTGGTTGCCTGGCTCCAGAATGTTGACAGCGCTGCGTGGCGCCCTTGAATGATGCAACTGAATTGGTGGTGATGCCCCCCACCCGCTGCAGCTGCTGTGTGCGGCTGTGTGGCCCTGTGTGCTGGTGATGTGTGATGGCATGGTGCCGAGGAAGGGGCTGAGGTGAATGGTGTGTGTGATGATGATGTGTGGCATGTGGTGGAAATTGTGCTGTGTTGCTGTGGGATGAGTGCAGCAATGTGAACCTGCTGTTTGGCAACTGGTGAGAATGATGGATGCATCACCCCCTGCCTGCCTTGCGGCATGAAAAAAAA] [+] EMBL BI812896 [ACGAGCTGCTACTATTAGGGGAAAAGCTGGGTGAATCGCCTGGCAGGGTACCGGTGCCGGAATGTCCCGGGTGCGACCCACGCGTGCCGAATTTGAAGTGGAAATGAAGCTGCTGTGGTTGCCTGGCTCCAGAATGTTGACAGCGCTGCGTGGCGCCCTTGAATGATGCAACTGAATTGGTGGTGATGCCCCCCACCCGCTGCAGCTGCTGTGTGCGGCTGTGTGGCCCTGTGTGCTGGTGATGTGTGATGGCATGGTGCCGAGGAAGGGGCTGAGGTGAATGGTGTGTGTGATGATGATGTGTGGCATGTGGTGGAAATTGTGCTGTGTTGCTGTGGGATGAGTGCAGCAATGTGAACCTGCTGTTTGGCAACTGGTGAGAATGATGGATGCATCACCCCCTGCCTGCCTTGCGGCATGAAAAAAAA] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_585#0 GCTTGGGTGAATTGGGTTTAAGACGCACGCTGGGAATGACTGACCGCCATTGTTGCTATA 60 consensus_585#1 ------------------------------------------------------------ consensus_585#0 CGGATATTATGCTGACTGACTTGGCTTTGTGGTTATGACTGTGAAATGATGATGCCTATG 120 consensus_585#1 ------------------------------------------------------------ consensus_585#0 ATAGTGCGGGTGGTGAGTGGGTGATATGATGTGTGGCCTTGCCCGGAGGATGTTGATGGT 180 consensus_585#1 ------------------------------------------------------------ consensus_585#0 GCTGCAGCTGATGATTACTGCCCGAACTGTGCAAACTATCACCGTTTGGGATAAGTTATG 240 consensus_585#1 --------------------------------------------------ACGAGCT--- 7 * ** * consensus_585#0 GTTTATGTTTGGGTTGCCAAAAATGACTGATGTGATGGATGGTTTTGCCAAGCATTACGA 300 consensus_585#1 GCTACTATTAGGGG---AAAAGCTGGGTGAATCGCCTGGCAGGGTACCGGTGCCGGAATG 64 * * * ** *** *** ** *** * * * * * ** * consensus_585#0 TTTGGGGGGGAATCTGCTGTGTGCCCCATTTTGATAGTGGAAATGAAGCTGCTGTGGTGT 360 consensus_585#1 TCCCGGGTGCGACCCAC-GCGTGCCGAATTTGAA--GTGGAAATGAAGCTGCTGTGGT-T 120 * *** * * * * * ***** **** * ********************** * consensus_585#0 GCCTGGGCCCCAGGAATTGTGACAGCGCTGCGTGGCGCCTTGATATGATGCATACCTGAT 420 consensus_585#1 GCCTGGCTCC--AGAATGTTGACAGCGCTGCGTGGCGCCCTTGAATGATGCA-ACTGAAT 177 ****** ** **** ******************** * ******** ** ** consensus_585#0 ATGTGGTGGTGATGGATTTGAACCGCTGCAGCTGCTTCGCCC-----CCTGGCCCTGTGT 475 consensus_585#1 ---TGGTGGTGATGCCCCCCACCCGCTGCAGCTGCTGTGTGCGGCTGTGTGGCCCTGTGT 234 *********** * ************** * * *********** consensus_585#0 GCTGGTGATGT-TGATGGCATGGTGACCGAGGAAAGGCTGAGTGAAATGGTGT-TGT-AT 532 consensus_585#1 GCTGGTGATGTGTGATGGCATGGTGCCGAGGAAGGGGCTGAGGTGAATGGTGTGTGTGAT 294 *********** ************* * * * ******* ******** *** ** consensus_585#0 GATGATGTGTGGCATGTGGTGGAAATGTTGCTGTGTTGCT-TGGGATGAGTGCAGCAATG 591 consensus_585#1 GATGATGTGTGGCATGTGGTGGAAATTGTGCTGTGTTGCTGTGGGATGAGTGCAGCAATG 354 ************************** ************ ******************* consensus_585#0 TGAACCTGCTGTGTTGGCAAGCTGGTGAGAATGATGGATGCATGATGATTGTGCCTGCCT 651 consensus_585#1 TGAACCTGCTGT-TTGGCAA-CTGGTGAGAATGATGGATGCATCACCCCC-TGCCTGCCT 411 ************ ******* ********************** * ********* consensus_585#0 TGCGCCACCCCCCAAAAAAAAAA 674 consensus_585#1 TGCGGCA-----TGAAAAAAAA- 428 **** ** ******** |
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||