cluster # 5855

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Oryza sativa
cluster # 5855 cluster # 5855 Sequences # 3 consensus # 1

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_5855#0 length = 413 sequences # 3

consensusID : consensus_5855#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 413
fasta sequence

                              [TTAAACCTACCCAGGACGGAGCCACCCGACCCAACCTTCCTTTACCTTCCTCCTCCACTGGGCTGAAGGAGGTCAAGTGCTGAGCGGTTCCTTCTGCTCGACA-CTGATGTTTTATCTATGCAGTCCGCCGTATTTTTGGTCTAGTCTATGGTTGTCAGTTGACTCGATATGGTCTAATGTTGGTGTCGGAAACAACTATCGTTTGCTTGTTATGGATGTTGAGATGAGTCCTTTTAAAAAAACCT-CCGGATTATTGGATTCATGAGCTCCTTAAATGTTTGGAACGATATTAATTTGCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCCT]

[+] EMBL BI798299             [TTAAACCTACCCAGGACGGAGCCACCCGACCCAACCTTCCTTTACCTTCCTCCTCCACTGGGCTGAAGGAGGTCAAGTGCTGACCGGTTCCTTCTGCTCGACACCTGATGTTTTATCTATGCAGTCC CGGTATTTTTGGTCTAGTCTATGGTTGTCAGTTGACTCGTTATGGTCCAATGTTGGTGTCGGAAACAACTATCGTTTGCTTGTTATGGATGTTGAGATGAGTCCTTTTAAAAAAACCTCCCGGATTATTGGATTCATGAaaaaaaaaa                                                                                                                                           ]
[+] EMBL CF321024             [                                                                                  AGCGGTTCCTTCTGCTCGACA CTGATGTTTTATCTATGCAGTCCGCCGTATTTTTGGTCTAGTCTATGGTTGTCAGTTGACTCGATATGGTCTAATGTTGGTGTCGGAAACAACTATCGTTTGCTTGTTATGGATGTTGAGATGAGTCCTTTTAAAAAAACCT CCGGATTATTGGATTCATGAGCTCCTTAAATGTTTGGAACGATATTAATTTGCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCCT]
[+] EMBL CF315201             [                                                                                  AGCGGTTCCTTCTGCTCGACA CTGATGTTTTATCTATGCAGTCCGCCGTATTTTTGGTCTAGTCTATGGTTGTCAGTTGACTCGATATGGTCTAATGTTGGTGTCGGAAACAACTATCGTTTGCTTGTTATGGATGTTGAGATGAGTCCTTTTAAAAAAACCT CCGGATTATTGGATTCATGAGCTCCTTAAATGTTTGGAACGATATTAA       AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA                           ]




>consensus_5855#0
TTAAACCTACCCAGGACGGAGCCACCCGACCCAACCTTCCTTTACCTTCCTCCTCCACTG
GGCTGAAGGAGGTCAAGTGCTGAGCGGTTCCTTCTGCTCGACACTGATGTTTTATCTATG
CAGTCCGCCGTATTTTTGGTCTAGTCTATGGTTGTCAGTTGACTCGATATGGTCTAATGT
TGGTGTCGGAAACAACTATCGTTTGCTTGTTATGGATGTTGAGATGAGTCCTTTTAAAAA
AACCTCCGGATTATTGGATTCATGAGCTCCTTAAATGTTTGGAACGATATTAATTTGCTT
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCCT

clustalw multiple alignements is not computed in this case